View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19032_high_1 (Length: 954)

Name: NF19032_high_1
Description: NF19032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19032_high_1
NF19032_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-947)||(43410287-43411247)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 813; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 813; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 947
Target Start/End: Original strand, 43410287 - 43411247
Alignment:
Q  11 aacaacaacaatagcttctataataataaccatggagatggaatagttactagtttgaaatccccaccctctgcttgcagtcagacccatgcaggaaaca 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410287 aacagcaacaatagcttctataataataaccatggagatggaatagttactagtttgaaatccccaccctctgcttgcagtcagacccatgcaggaaaca 43410386  T
Q  111 aattacctatgactactactactgccattaaccatcatcatgttgtgatgacagaaaaccctacaggagctcctttaggagttgatcatgccttcatgca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410387 aattacctatgactactactactgccattaaccatcatcatgttgtgatgacagaaaaccctacaggagctcctttaggagttgatcatgccttcatgca 43410486  T
Q  211 tgcatctaatattaatatccaggactaccatcagcagctgcaggaggatcttgatactaagcaattactgctacatttcaacaacaacaataatcaaatc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  43410487 tgcatctaatattaatatccaggactaccatcagc---tgcaggaggatcttgatactaagcaattactgctacatttcaac---aacaataatcaaatc 43410580  T
Q  311 ctacctccaagaccaactgtggcctggaacaacaacaattcttcatcatcaacactcctagaaaggggtgctttcagagtgaaggcaactttcgcggatg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410581 ctacctccaagaccaactgtggcctggaacaacaacaattcttcatcatcaacactcctagaaaggggtgctttcagagtgaaggcaactttcgcggatg 43410680  T
Q  411 aaaaaatcaggtttagcttgcaagcaatgtggggatttagagatttgcagcttgagattgcaaggcgatttaacctaacagatatgaacaacttggttct 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410681 aaaaaatcaggtttagcttgcaagcaatgtggggatttagagatttgcagcttgagattgcaaggcgatttaacctaacagatatgaacaacttggttct 43410780  T
Q  511 aaaatatttggatgatgaaggagaatgggttgtgttatcatgtgatgctgatcttgaagaatgtaaagacttgcacacatcatctcacacacgtaccatt 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410781 aaaatatttggatgatgaaggagaatgggttgtgttatcatgtgatgctgatcttgaagaatgtaaagacttgcacacatcatctcacacacgtaccatt 43410880  T
Q  611 agactctctctttttcaagcttcccctctcaatcttccaaacactttccgcaacagcagcagcagcagtccatcctc----ctagctagcttacaacttc 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  43410881 agactctctctttttcaagcttcccctctcaatcttccaaacactttccgcaacagcagcagcagcagtccatcctcctagctagctagcttacaacttc 43410980  T
Q  707 ---tcatctgaatgtgttg------------tgtctgtctgtatattgtatagcatccaaattcccaagcaaacataacatcaatgttagctcatatacc 791  Q
       ||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410981 tgatcatctgaatgtgttgtgtctgtctgtctgtctgtctgtatattgtatagcatccaaattcccaagcaaacataacatcaatgttagctcatatacc 43411080  T
Q  792 tttactgcttttcatttaattactcgttaagttagattctgcggctttattttgttaattacacatcatattgtttaattagagttttagttaacaaagc 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43411081 tttactgcttttcatttaattactcgttaagttagattctgcggctttattttgttaattacacatcttgttgtttaattagagttttagttaacaaagc 43411180  T
Q  892 atcataccaaa-----------catgtagtcttcgtgattacataaactattttgttcatctcactc 947  Q
    |||||||||||           ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43411181 atcataccaaactgttacttctcatgtagtctttgtgattacataaactattttgttcatctcactc 43411247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University