View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19033_high_13 (Length: 288)
Name: NF19033_high_13
Description: NF19033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19033_high_13 |
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| [»] chr6 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Original strand, 31492458 - 31492745
Alignment:
| Q |
1 |
ccgccggcttatccacaacctccaccaccggcttatccataccctccactggcttatccacaggctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
100 |
Q |
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| T |
31492458 |
ccgccggcttatccacaacctccaccgccggcttatccataccctccaccggcttatccacaagctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
31492557 |
T |
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| Q |
101 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
200 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31492558 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
31492657 |
T |
|
| Q |
201 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
288 |
Q |
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| T |
31492658 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
31492745 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Original strand, 31497847 - 31498134
Alignment:
| Q |
1 |
ccgccggcttatccacaacctccaccaccggcttatccataccctccactggcttatccacaggctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
100 |
Q |
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| T |
31497847 |
ccgccagcttatccacaacctccaccgccggcttatccataccctccaccggcttatccacaagctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
31497946 |
T |
|
| Q |
101 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
200 |
Q |
| |
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| T |
31497947 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
31498046 |
T |
|
| Q |
201 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
288 |
Q |
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|
| T |
31498047 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
31498134 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Original strand, 31503234 - 31503521
Alignment:
| Q |
1 |
ccgccggcttatccacaacctccaccaccggcttatccataccctccactggcttatccacaggctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
100 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
31503234 |
ccgccagcttatccacaacctccaccgccggcttatccataccctccaccggcttatccacaagctccaccggttccagcgacctatctatatactccac |
31503333 |
T |
|
| Q |
101 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
31503334 |
aaccttatttgcaggctccaccaatgtatccacatgttaatccaagaccacaaaaacctaagaggagtcgttttgaaagattgggattaaaagtagggtt |
31503433 |
T |
|
| Q |
201 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
288 |
Q |
| |
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|
| T |
31503434 |
gattggagttgcatgtgcaataaccagtggggtgactggagttgaacatatgatttatgatgcttttgttggtgatgatgatgatgat |
31503521 |
T |
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