View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19036_low_2 (Length: 474)

Name: NF19036_low_2
Description: NF19036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19036_low_2
NF19036_low_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-456)||(7615610-7616065)
chr4 (1-446)||(7606596-7607059)
chr4 (168-452)||(7637612-7637896)
chr4 (168-403)||(7629166-7629401)
chr4 (169-399)||(7655483-7655710)
chr4 (3-152)||(7637429-7637578)
chr4 (4-144)||(7628984-7629124)
chr4 (4-149)||(7655748-7655893)
chr4 (262-399)||(39098306-39098443)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-452)||(8935391-8935860)
chr7 (3-383)||(8910525-8910919)
chr7 (227-452)||(8934450-8934675)
chr7 (236-452)||(8929995-8930211)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (169-452)||(40146679-40146959)
chr3 (172-399)||(8103025-8103252)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (170-399)||(6501058-6501283)
chr6 (262-290)||(11969547-11969575)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (169-287)||(15190642-15190757)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 456
Target Start/End: Original strand, 7615610 - 7616065
Alignment:
Q  1 aggtgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7615610 aggtgagttaaaagcacttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaa 7615709  T
Q  101 atatcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgtaaacgaaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7615710 atatcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgtaaacgaaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatt 7615809  T
Q  201 tggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7615810 tggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactct 7615909  T
Q  301 ccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7615910 ccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagc 7616009  T
Q  401 tttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggtaggt 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7616010 tttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggtaggt 7616065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 7606596 - 7607059
Alignment:
Q  1 aggtgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  7606596 aggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaatgaa 7606695  T
Q  101 atatcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgtaaac------------------gaaaggaaatcgtat 182  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |                    |||||||||||||||    
T  7606696 ataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtat 7606795  T
Q  183 gggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatg 282  Q
    |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  7606796 gggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatg 7606895  T
Q  283 aaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggtt 382  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  7606896 aaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggtt 7606995  T
Q  383 ttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtac 446  Q
    |||| |||||||| ||| ||| | | ||| | || || ||||||||||| |||||| |||||||    
T  7606996 ttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaattagaggtac 7607059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 168 - 452
Target Start/End: Original strand, 7637612 - 7637896
Alignment:
Q  168 gaaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttca 267  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7637612 gaaaggaaatcgtataggccgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttca 7637711  T
Q  268 gcccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaa 367  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7637712 gcccaggaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaa 7637811  T
Q  368 ctgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggt 452  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||   ||  ||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  7637812 ctgccaacaatggttttgatgtgccttcatagcttcttacttcggataaagcaaataataaatcaacaattggaggtacgtaggt 7637896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 168 - 403
Target Start/End: Original strand, 7629166 - 7629401
Alignment:
Q  168 gaaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttca 267  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7629166 gaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgttcagatgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttca 7629265  T
Q  268 gcccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaa 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  7629266 gcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacaacaacatggttgaatgtgcaaccaataaagacaccgtcaactagctccgttacttgaa 7629365  T
Q  368 ctgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagcttt 403  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  7629366 cagccaacaatggttttgacgtgccttcgtagcttt 7629401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 169 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 7655710 - 7655483
Alignment:
Q  169 aaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcag 268  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||    
T  7655710 aaaggaaatcgtataggtcgttgaattccatttggaaaccaacgctccagcgttggggagttagatatttgatgatga---caaccacgtgacatttcag 7655614  T
Q  269 cccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 368  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||| | || |||||||||||     | ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7655613 cccacgaattgatgaaatgccacgtggactgtccgtcagctacgacatggttgaaattaaagccaatgaagatgccgtcaactagctccgtgacttgaac 7655514  T
Q  369 tgccaacaacggttttgaggtgccttcgtag 399  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7655513 agccaacaatggttttgatgtgccttcgtag 7655483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 152
Target Start/End: Original strand, 7637429 - 7637578
Alignment:
Q  3 gtgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaaat 102  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || |||||||||||||| | |||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  7637429 gtgagttaaaagtgcttgtagagaagatattttggtggtgccgatctcttcgttgattttcgatttcaattgtaggattttctcctttgtgaaatgaaat 7637528  T
Q  103 atcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaa 152  Q
    | ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7637529 aacctatttgataaacaatatttttcctcattaaacgatgaaaaactcaa 7637578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 144
Target Start/End: Original strand, 7628984 - 7629124
Alignment:
Q  4 tgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaaata 103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || || ||||    
T  7628984 tgagttagaagcgcttgtagagaagatattttgatgttaccaatctctttgttgatttttgatttcagttgcacgattttctcctttgtaaagtggaata 7629083  T
Q  104 tcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaa 144  Q
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7629084 atctatttgataaacaaagtttttcatcattagatgacgaa 7629124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 7655893 - 7655748
Alignment:
Q  4 tgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaaata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||  |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||  ||||| || |||||||    
T  7655893 tgagttaaaagcgcttgtagagaagatatttttttggtatcaatctctgcattgactttcgatttcagttgcatgattttcttctttgtaaagtgaaata 7655794  T
Q  104 tcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaact 149  Q
    |||| | ||||| | | |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  7655793 tcctctctgatagaaagagtttttcgtcatcagaagacgaaaaact 7655748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 262 - 399
Target Start/End: Original strand, 39098306 - 39098443
Alignment:
Q  262 atttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgtta 361  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||  || || || |||||||| ||||  ||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| || |    
T  39098306 atttcagaccatgaattgatgaaatgccaaaacgacttaccatcgacaacaacatgattgattgagaagccaatgaaaataccatcaacaagctcagtaa 39098405  T
Q  362 cttgaactgccaacaacggttttgaggtgccttcgtag 399  Q
    |||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||    
T  39098406 cttgaactgcaagcaatggttttgatgtgccttcgtag 39098443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8935860 - 8935391
Alignment:
Q  1 aggtgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaa 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8935860 aggtgagttaaaggcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcttcattgatttttaatttcagctgtacgattttctcttttgtgaaatgaa 8935761  T
Q  101 atatcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgt------------------aaacgaaaggaaatcgtat 182  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||  |||||  ||                  ||  |||||||||||||||    
T  8935760 atattctatttgagaaacaaagtttttcatcatctaacgacaaaaaactcaacccatcagagtgattcttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcgtat 8935661  T
Q  183 gggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatg 282  Q
     ||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  8935660 tggccgttgaacaccatccggaaaccaacgttctagtgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccaagaattgatg 8935561  T
Q  283 aaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggtt 382  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  8935560 aaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaattaactcagttacttgaactgccaacaatggtt 8935461  T
Q  383 ttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggt 452  Q
    |||| |||||||||||||||  |||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8935460 ttgatgtgccttcgtagcttctaacatcggttaaagcaaaaaatgaatcaacaattggtggtacgtaggt 8935391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8910919 - 8910525
Alignment:
Q  3 gtgagttaaaagcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaatgaaat 102  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || |||||||||||||| | |||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  8910919 gtgagttaaaagtgcttgtagagaagatattttggtggtgccgatctcttcgttgattttcgatttcaattgtaggattttctcctttgtgaaatgaaat 8910820  T
Q  103 atcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgtaaac------------------gaaaggaaatcgtatgg 184  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||  |||||  || | |                  ||||||||||||||| |    
T  8910819 aacctatttgataaacaatgtttttcctcattaagcgatgaaaaactcaacccatcagagtgatccttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcgtatag 8910720  T
Q  185 gctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatgaa 284  Q
    || |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  8910719 gccgttgaac----tttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgataatgacaacaactacgtgagatttcagcccaggaattaatgaa 8910624  T
Q  285 atgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggttt 383  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8910623 atgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaatggttt 8910525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 227 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8934675 - 8934450
Alignment:
Q  227 gtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacga 326  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || ||    
T  8934675 gtttaaatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatga 8934576  T
Q  327 gcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaat 426  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  8934575 gcaaccaatgaaaataccgtcaattaactccgttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaat 8934476  T
Q  427 gaatcaacaattggaggtacataggt 452  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  8934475 gaatcaacaattggaggtacgtaggt 8934450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 236 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8930211 - 8929995
Alignment:
Q  236 tttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaat 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||| | ||||| || |||||||||||    
T  8930211 tttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgtcacacagactttccatcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaat 8930112  T
Q  336 aaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaaca 435  Q
     ||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  8930111 gaaaataccgtcaattaactcagttacttgaaatgccaacaatggttttgatgtgacttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaatgaatcaaca 8930012  T
Q  436 attggaggtacataggt 452  Q
    ||||||||||| |||||    
T  8930011 attggaggtacgtaggt 8929995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 40146959 - 40146679
Alignment:
Q  169 aaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcag 268  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||| |||| |||||  || ||||||| ||| || ||||  |    
T  40146959 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 40146863  T
Q  269 cccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 368  Q
    |||||||||| |||||| ||||    |||||||||||||| ||  ||||||| || |   ||||||| || |  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  40146862 cccatgaattaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 40146763  T
Q  369 tgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggt 452  Q
     || ||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||| | |||||| |  ||||||||||| || || ||||| || |||||    
T  40146762 agctaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggt 40146679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 172 - 399
Target Start/End: Original strand, 8103025 - 8103252
Alignment:
Q  172 ggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagccc 271  Q
    ||||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||| || ||||||| | |||| ||| ||||||    ||||| || |||||| ||||||||||    
T  8103025 ggaaatcgtatgggacattgaataccatctggaaaccaacgttcaagtgttgagagtttggatgtttgattgcaacaaccaccacgtgagatttcagccc 8103124  T
Q  272 atgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgc 371  Q
    | ||||| ||||||| |||  | ||   ||| ||||| || |||||||| || |   |||||||||| || |||||||||| ||| || ||||| || ||    
T  8103125 acgaattaatgaaataccatgccgaagttccatcaacaaccacatggttaaaagtaaaaccaataaagatgccgtcaactaactctgtcacttgcacggc 8103224  T
Q  372 caacaacggttttgaggtgccttcgtag 399  Q
     ||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  8103225 aaacaatggttgtgatgtgccttcgtag 8103252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 399
Target Start/End: Original strand, 6501058 - 6501283
Alignment:
Q  170 aaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagc 269  Q
    |||||||||||||||   | |||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||| |||||||||| |   ||||||| |||||| ||||||||    
T  6501058 aaggaaatcgtatggaacgctgaatatcatttggaaac-aacgttctagtgatgggagtttggatatttgatta---caacaaccacgtgaaatttcagc 6501153  T
Q  270 ccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaact 369  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||  |||| |||  ||  ||| |||||||||||     | |||||||| | |||| |||||| ||| || ||||| |||    
T  6501154 ccaggaactgataaaatgccacatggactttccaccagtgaccacatggttgaatctaaacccaataaagacaccgccaactaactctgtcacttgcact 6501253  T
Q  370 gccaacaacggttttgaggtgccttcgtag 399  Q
    || | ||| ||||||||  |||||||||||    
T  6501254 gcaagcaatggttttgatatgccttcgtag 6501283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 290
Target Start/End: Original strand, 11969547 - 11969575
Alignment:
Q  262 atttcagcccatgaattgatgaaatgcca 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11969547 atttcagcccatgaattgatgaaatgcca 11969575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 15190757 - 15190642
Alignment:
Q  169 aaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcag 268  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||  |||| || |||||||| |||  ||||||||   |||| ||| ||| |||||| |||||||    
T  15190757 aaaggaaatcgtatgggacgttgaattccatttggaaataaacgttcaagtgttggaggtacagatattt---gatggcaagaaccacgtgagatttcag 15190661  T
Q  269 cccatgaattgatgaaatg 287  Q
    ||  |||||||||||||||    
T  15190660 ccagtgaattgatgaaatg 15190642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University