View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1903_low_1 (Length: 648)

Name: NF1903_low_1
Description: NF1903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1903_low_1
NF1903_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-631)||(53957959-53958584)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 53958584 - 53957959
Alignment:
Q  11 atcatcacattaacatggcttcagaatttaatctatccccttcagatgcacaccctgagtcaatggatttcctttcacttgcttggtgtaactttgctgt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53958584 atcatcacattaacatggcttcagaatttaatctatccccttcagatgcacaccctgactcaatggatttcctttcacttgcttggtgtaactttgctgt 53958485  T
Q  111 acaggctctgaagcctgagccacaacatggatcacttgttctacttgataaccctatgaaacaattcgagcctagtagccccatggctcttcctacggtg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53958484 acaggctctgaagcctgagccacaacatggatcacttgttctacttgataaccctatgaaacaattcgagcctagtagccccatggctcttcctacggtg 53958385  T
Q  211 aatccaattttaaactatactctaaatttctaatttcatgtcatgtcacgt-----tcaattattannnnnnnaccaacctactcacttttgatcaatat 305  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  53958384 aatccaagtttaaactatactctaaatttctaatttcatgtcatgtcatgtcaagttcaattattatttttttaccaacctactcacttttgatcaatat 53958285  T
Q  306 ttgtcaaacttgtatgatatgaaaaagagtgctagaatggatgatgctgatttcaggtctatacctccattgaagtctaatgatcttaaggtaaagaagt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53958284 ttgtcaaacttgtatgatatgaaaaagagtgctagaatggatgatgctgatttcaggtctatacctccattgaagtctaatgatcttaaggtaaagaagt 53958185  T
Q  406 acacatggaaataatttgagaaaacaaaagtggttgaattgaatgtaatcacaggtgtcaatgtcgcacaattatttgacattgtcacgcacaaacatat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53958184 acacatggaaataatttgagaaaacaaaagtggttgaattgaatgtaatcacacgtgtcaatgtcgcacaattatttgacattgtcacgcacaaacatat 53958085  T
Q  506 cttcaaccacaagtattagacacacagacacatcttagatgctcaaagacatttcaagaataacaatttatttttatgttctgttttttcagtcatggat 605  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53958084 cttcaaccgcaagtattagacacacagacacatcttagatgctcaaagacatttcaagaataacaatttatttttatgttctgttttttcagtcatggat 53957985  T
Q  606 atggatgcagcaagcaatgcaccctg 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  53957984 atggatgcagcaagcaatgcaccctg 53957959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University