View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19042_high_5 (Length: 389)

Name: NF19042_high_5
Description: NF19042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19042_high_5
NF19042_high_5
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (9-372)||(924306-924669)
chr1 (16-372)||(916255-916611)
chr1 (10-358)||(909787-910135)
chr1 (34-217)||(936684-936867)
chr1 (39-371)||(419496-419831)
chr1 (39-371)||(975330-975665)
chr1 (34-326)||(942492-942787)
chr1 (34-211)||(949599-949776)
chr1 (34-326)||(960453-960748)
chr1 (34-217)||(971874-972057)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (39-371)||(10740-11075)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 924669 - 924306
Alignment:
Q  9 gagatgaaattggtggttttattttgaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924669 gagatgaaattggtggttttattttgaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttga 924570  T
Q  109 aaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924569 aaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaa 924470  T
Q  209 ctttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttgttctcgcccaacttcttaactccttt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  924469 ctttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgtatatggataatccattggatggcacacaacaattttgttctcacccaacttcttaactccttt 924370  T
Q  309 tgctattatatattgttgtatatcactttctttgttcacttctgttgaaataacttcaacattg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  924369 tgctattatatattgttgtatatcactttctttgttcacttctgttgaaacagcttcaacattg 924306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 916611 - 916255
Alignment:
Q  16 aattggtggttttattttgaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagcca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  916611 aattggtggttttattttgaaaaccaaataacatgaccatgttgtaggaagtggcaaactggaacagttccaggttgaaccttgagtacatgaaaagcca 916512  T
Q  116 aatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagt 215  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  916511 aatgcttgggactccattgtgaagtatcattgtggcaaatagcagcagttttaactttggtaccatcaataccttccataggcaaatagtaaactttagt 916412  T
Q  216 tgcacgtagtttgtgacaataaaacactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttgttctcgcccaacttcttaactccttttgctatt 315  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  916411 tgcccgtaatttgtgacaataaaacactgcatatggataactcagtagatggcacacaacaattttgttctcactcaacttcttaactccttttgctatt 916312  T
Q  316 atatattgttgtatatcactttctttgttcacttctgttgaaataacttcaacattg 372  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  916311 atatattgttgtttatcactttctttgttcgcttctgttgaaacagcttcaacattg 916255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 910135 - 909787
Alignment:
Q  10 agatgaaattggtggttttattttgaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaa 109  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  910135 agatggaattggtgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaa 910036  T
Q  110 aagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaac 209  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||    
T  910035 aagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaac 909936  T
Q  210 tttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgcatatggataa-tccattggatggcacacaacaattttgttctcgcccaacttcttaactccttt 308  Q
    ||||||||||  |  ||||||||| ||||| |||||||| || ||| ||| || | ||||||||||| |  |||||||| ||||  ||||| ||||| ||    
T  909935 tttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttg-tggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtt 909837  T
Q  309 tgctattatatattgttgtatatcactttctttgttcacttctgttgaaa 358  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||   || |||||||||||||    
T  909836 tgctattacatattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaa 909787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 936867 - 936684
Alignment:
Q  34 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 133  Q
    |||| ||||||||||||| |||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  936867 gaaacccaaacaacatgatcctgaggaaggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttaggattccatt 936768  T
Q  134 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttg 217  Q
    |||||||||||| ||| || | |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  936767 gtgaagtatcagtgtgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttg 936684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 371
Target Start/End: Original strand, 419496 - 419831
Alignment:
Q  39 ccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaa 138  Q
    ||||||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||     
T  419496 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 419595  T
Q  139 gtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaa 238  Q
    ||||||| ||| || | ||||| |||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||| | ||||| ||||||||| |  |  ||||||||| ||||    
T  419596 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 419695  T
Q  239 acactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcgcccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtatatcact 335  Q
    |||||||||| || |||| |  |   || |||||||||  ||||   ||||| ||||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||| || |||    
T  419696 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattact 419795  T
Q  336 ttctttgttcacttctgttgaaataacttcaacatt 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  419796 ttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatt 419831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 975665 - 975330
Alignment:
Q  39 ccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaa 138  Q
    ||||||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||     
T  975665 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 975566  T
Q  139 gtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaa 238  Q
    ||||||| ||| || | ||||| |||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||| | ||||| ||||||||| |  |  ||||||||| ||||    
T  975565 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 975466  T
Q  239 acactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcgcccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtatatcact 335  Q
    |||||||||| || |||| |  |   || |||||||||  ||||   ||||| ||||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||| || |||    
T  975465 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattact 975366  T
Q  336 ttctttgttcacttctgttgaaataacttcaacatt 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  975365 ttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatt 975330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 942787 - 942492
Alignment:
Q  34 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 133  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  942787 gaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccatt 942688  T
Q  134 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgaca 233  Q
     ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  || ||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| ||||| |     ||| |||||    
T  942687 ctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgaca 942588  T
Q  234 ataaaacactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcgcccaacttcttaactccttttgctattatatattgttg 326  Q
     ||||| |||||||| || |||| |  |   || ||||||| | |||||   ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  942587 gtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttg 942492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 949776 - 949599
Alignment:
Q  34 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 133  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  949776 gaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccatt 949677  T
Q  134 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactt 211  Q
     ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  || ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||    
T  949676 ctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaactt 949599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 960748 - 960453
Alignment:
Q  34 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 133  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  960748 gaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccatt 960649  T
Q  134 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgaca 233  Q
     ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  || ||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| ||||| |     ||| |||||    
T  960648 ctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgaca 960549  T
Q  234 ataaaacactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcgcccaacttcttaactccttttgctattatatattgttg 326  Q
     ||||| |||||||| || |||| |  |   || ||||||| | |||||   ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  960548 gtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttg 960453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 972057 - 971874
Alignment:
Q  34 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 133  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  972057 gaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccatt 971958  T
Q  134 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttg 217  Q
     ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  || ||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||||    
T  971957 ctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttg 971874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 11075 - 10740
Alignment:
Q  39 ccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaa 138  Q
    ||||||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||     
T  11075 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 10976  T
Q  139 gtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaa 238  Q
    ||||||| ||| || | ||||| |||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||| | ||||| ||||||||| |  |  ||||||||| ||||    
T  10975 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 10876  T
Q  239 acactgcatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcgcccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtatatcact 335  Q
    |||||||||| || |||| |  |   || |||||||||  ||||   ||||| ||||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||| || |||    
T  10875 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattact 10776  T
Q  336 ttctttgttcacttctgttgaaataacttcaacatt 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  10775 ttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatt 10740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University