View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19044_low_3 (Length: 464)
Name: NF19044_low_3
Description: NF19044
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19044_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 454
Target Start/End: Original strand, 26073048 - 26073483
Alignment:
| Q |
19 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
118 |
Q |
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| T |
26073048 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
26073147 |
T |
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| Q |
119 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaa |
218 |
Q |
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| T |
26073148 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaa |
26073247 |
T |
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| Q |
219 |
tctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaag |
318 |
Q |
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| T |
26073248 |
tctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaag |
26073347 |
T |
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| Q |
319 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagca |
418 |
Q |
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| T |
26073348 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagca |
26073447 |
T |
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| Q |
419 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
454 |
Q |
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| T |
26073448 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacctctatg |
26073483 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 1670654 - 1670219
Alignment:
| Q |
19 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
118 |
Q |
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1670654 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
1670555 |
T |
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| Q |
119 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaa |
218 |
Q |
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1670554 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaa |
1670455 |
T |
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| Q |
219 |
tctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaag |
318 |
Q |
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1670454 |
tctataagagataatccatcaaaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaag |
1670355 |
T |
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| Q |
319 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagca |
418 |
Q |
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| T |
1670354 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagca |
1670255 |
T |
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| Q |
419 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
454 |
Q |
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| T |
1670254 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
1670219 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 454
Target Start/End: Original strand, 44271825 - 44272260
Alignment:
| Q |
19 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
118 |
Q |
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| T |
44271825 |
ccaagcggttgaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagct |
44271924 |
T |
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| Q |
119 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaa |
218 |
Q |
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| T |
44271925 |
agaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaa |
44272024 |
T |
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| Q |
219 |
tctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaag |
318 |
Q |
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| T |
44272025 |
tctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaag |
44272124 |
T |
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| Q |
319 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagca |
418 |
Q |
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| T |
44272125 |
cactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagca |
44272224 |
T |
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| Q |
419 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
454 |
Q |
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| T |
44272225 |
tttttctaaggctttacctatggtgtcacctctatg |
44272260 |
T |
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