View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19045_high_11 (Length: 402)

Name: NF19045_high_11
Description: NF19045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19045_high_11
NF19045_high_11
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (25-392)||(6394886-6395253)
chr6 (27-383)||(6426542-6426898)
chr6 (101-392)||(6410028-6410319)
chr6 (104-392)||(6432183-6432471)
chr6 (101-387)||(14820720-14821003)
chr6 (25-382)||(7119189-7119546)
chr6 (25-382)||(7131667-7132024)
chr6 (101-385)||(6415995-6416279)
chr6 (105-367)||(6423264-6423526)
chr6 (111-366)||(6589119-6589374)
chr6 (25-382)||(10579447-10579803)
chr6 (228-382)||(6402892-6403046)
chr6 (225-379)||(6594516-6594670)
chr6 (25-382)||(6596638-6596995)
chr6 (228-382)||(7994095-7994249)
chr6 (228-382)||(6585150-6585304)
chr6 (228-363)||(8913897-8914033)
chr6 (298-374)||(12102306-12102382)
chr6 (101-379)||(19632474-19632749)
chr6 (307-387)||(14818409-14818489)
chr6 (234-373)||(11936194-11936333)
chr6 (234-373)||(11948174-11948313)
chr6 (321-382)||(14802368-14802429)
chr6 (313-365)||(9411404-9411456)
chr6 (101-133)||(6403162-6403194)
chr6 (25-101)||(6410337-6410413)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (101-359)||(15091937-15092195)
chr7 (101-364)||(10614643-10614906)
chr7 (234-322)||(7977670-7977758)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (101-366)||(13470518-13470783)
chr3 (147-382)||(51113613-51113848)
chr3 (101-382)||(51764226-51764507)
chr3 (294-381)||(51120872-51120959)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (101-359)||(21834164-21834422)
chr4 (227-359)||(53761684-53761816)
chr4 (234-382)||(55908647-55908795)
chr4 (234-382)||(1524405-1524553)
chr4 (169-374)||(570391-570593)
chr4 (234-382)||(1548345-1548491)
chr4 (234-380)||(1600453-1600599)
chr4 (296-381)||(532222-532307)
chr4 (241-376)||(7225809-7225944)
chr4 (234-387)||(8187010-8187163)
chr4 (234-382)||(659741-659889)
chr4 (316-376)||(1519143-1519203)
chr4 (249-380)||(553513-553644)
chr4 (245-380)||(12116505-12116640)
chr4 (277-392)||(55505070-55505185)
chr4 (340-382)||(640947-640989)
chr4 (316-382)||(12121458-12121524)
chr4 (316-377)||(8184031-8184092)
chr4 (229-289)||(641040-641100)
chr4 (234-286)||(12120061-12120113)
chr4 (315-382)||(1513407-1513474)
chr4 (312-366)||(1537764-1537818)
chr4 (245-290)||(3438496-3438541)
chr4 (111-199)||(532401-532489)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (101-392)||(19468285-19468576)
chr1 (130-392)||(9586661-9586923)
chr1 (101-284)||(9581198-9581384)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (234-382)||(1037583-1037731)
chr2 (234-382)||(45245004-45245152)
chr2 (316-380)||(32785773-32785837)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (234-382)||(543-691)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (239-379)||(1388-1528)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (263-374)||(21235598-21235709)
chr8 (234-380)||(18315192-18315338)
chr8 (235-380)||(17636317-17636466)
chr8 (317-380)||(27922542-27922605)
chr8 (234-373)||(28246214-28246353)
chr8 (235-382)||(34936083-34936230)
chr8 (314-382)||(32151333-32151401)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (165-387)||(41889401-41889626)
chr5 (228-382)||(20477995-20478149)
chr5 (322-380)||(41901542-41901600)
chr5 (245-380)||(32267509-32267641)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 6395253 - 6394886
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395253 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatggaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 6395154  T
Q  125 tctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctca 224  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395153 tctctatttgggtacaaattactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttccccaatttacagctacttgatttgacacgttgctca 6395054  T
Q  225 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395053 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 6394954  T
Q  325 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6394953 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 6394886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 27 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 6426898 - 6426542
Alignment:
Q  27 gttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctc 126  Q
    ||||||||||||||||   |||  |||||||||||| ||  |||||  ||||||| | | ||| | |  |||||||||||||||||||| || || ||||    
T  6426898 gttagaaactgtccttcaattagtgagattaaaatggaaggcacatcaattgggataaatactttagaacattctggtgtataccctcaattgaagtctc 6426799  T
Q  127 tctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcaca 226  Q
    ||||| |||||||||||   |||||||  |||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||||    |    
T  6426798 tctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtga 6426699  T
Q  227 aatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaacttt 326  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6426698 aatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaacttt 6426599  T
Q  327 gcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaact 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6426598 gcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaact 6426542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 101 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 6410319 - 6410028
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   |||   | |||||  ||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||| |||||||     
T  6410319 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttacaa 6410220  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  ||   ||    
T  6410219 ctacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaa 6410120  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 392  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6410119 aagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtg 6410028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 104 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 6432471 - 6432183
Alignment:
Q  104 tgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagct 202  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||| |||||||   ||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| || |     
T  6432471 tgtataccctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattca-tggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaaca 6432373  T
Q  203 acttgatttgacacgttgctcacaa---atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 299  Q
     |||||||||   ||||| |  ||    |||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||  |    
T  6432372 tcttgatttg---cgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtata 6432276  T
Q  300 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 392  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  6432275 aaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtg 6432183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 101 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 14821003 - 14820720
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 199  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||| |||||||  ||||||||||||||  ||| | |||||||||||||  ||||| |    
T  14821003 tggtgtataccctcaattgaagtctctctatttgggtcacaattca-tggttaaatgatgaaataatcattttgtatgcttccattttcccaaatttaaa 14820905  T
Q  200 gctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 299  Q
    |||||||||||| ||| | | |||  |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  14820904 gctacttgattt-acaagattctccta--tatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttca 14820808  T
Q  300 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactcttt 387  Q
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  14820807 ggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacacttt 14820720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7119546 - 7119189
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 124  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||  ||| | |||||| || |||||  ||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  7119546 tcgttagaaactgcccttcacttagtgagttcaaaatggaatacacagctatagggaaagagagtgtagggaattctagtgtatatcctcagttaaagtc 7119447  T
Q  125 tctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctca 224  Q
    ||||||||| |||||||||    ||||||  ||||||| |||  |||| ||  ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||    ||||       
T  7119446 tctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaat 7119347  T
Q  225 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 324  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  7119346 aacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaact 7119247  T
Q  325 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||  |||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  7119246 ttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaac 7119189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7132024 - 7131667
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 124  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||  ||| | |||||| || |||||  ||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  7132024 tcgttagaaactgcccttcacttagtgagttcaaaatggaatacacagctatagggaaagagagtgtagggaattctagtgtatatcctcagttaaagtc 7131925  T
Q  125 tctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctca 224  Q
    ||||||||| |||||||||    ||||||  ||||||| |||  |||| ||  ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||    ||||       
T  7131924 tctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaat 7131825  T
Q  225 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 324  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  7131824 aacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaact 7131725  T
Q  325 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||  |||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  7131724 ttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaac 7131667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 101 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 6416279 - 6415995
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||  ||||||   |||||||||||| ||||||  |||||| |||| |||    
T  6416279 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaatttgcag 6416180  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    || ||||||||||  |||||    |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| || |||  ||    
T  6416179 ctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaa 6416080  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactct 385  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||    
T  6416079 aagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactct 6415995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 105 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 6423526 - 6423264
Alignment:
Q  105 gtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctac 204  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   | |   |||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||    
T  6423526 gtataccctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactac 6423427  T
Q  205 ttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagt 304  Q
    |||||||||   |||||   ||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||    
T  6423426 ttgatttgaagggttgccatcaaatatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagt 6423327  T
Q  305 gaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaag 367  Q
    ||| |||| || ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423326 gaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaag 6423264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 111 - 366
Target Start/End: Original strand, 6589119 - 6589374
Alignment:
Q  111 cctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatt 210  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||   |||||||  |||| ||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||||    
T  6589119 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 6589218  T
Q  211 tgacacgttgctcacaa-atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaac 309  Q
    | |    ||| | | || |||||| |||||||||||||||| || |  | |||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||   |||||||| |    
T  6589219 tcaattcttg-taataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagc 6589317  T
Q  310 tacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 366  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589318 tacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 6589374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 382
Target Start/End: Original strand, 10579447 - 10579803
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 124  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||  ||||| |||||| ||||||||  |||| ||| | ||| ||| | | ||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  10579447 tcgtaagaaattgtccttcgcttagtgagatcaaaatggaaaacacagctatttggacaaagagtgtagagaattctggtgtatacc-tcaattaaaatc 10579545  T
Q  125 tctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctca 224  Q
    |||||||||||||||||||   | ||||   |||||||| || ||||||||  ||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||    ||||  |    
T  10579546 tctctatttgggtagaaattcattgttacgtgatgaaatgattataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaa 10579645  T
Q  225 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 324  Q
     | |||||||||||||||| |||||||| |   | |||| ||||| |||| ||||||||||||||    ||| ||| |||||| | || | |||| ||      
T  10579646 tacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaaga 10579745  T
Q  325 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  10579746 ttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaac 10579803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402892
Alignment:
Q  228 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||  |||||||||||| ||   ||||||| |||||| |||| |||||| |||||||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  328 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||||||| | || || ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaac 6402892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 225 - 379
Target Start/End: Original strand, 6594516 - 6594670
Alignment:
Q  225 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||||| |    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  6594516 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaact 6594615  T
Q  325 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatga 379  Q
    ||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||    
T  6594616 ttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatga 6594670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 382
Target Start/End: Original strand, 6596638 - 6596995
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactc 124  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||  ||||||||  |||| ||| | | |||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  6596638 tcgtaagaaattgtccttcgcttagtgagatcaaaatgcaaaacacagctattgggacggagagtgtagagaattctgatgtataccctcaattaaagtc 6596737  T
Q  125 tctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctca 224  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||   ||||||  || ||||  ||  ||||| |||| ||  |||| ||||| ||||| || | |   |  | |    
T  6596738 tctctatttgggtagaaatttttggttaagtaatgaaaatattataagattagcttccttttttcctaatttgcagctgcttgactt-atattctaataa 6596836  T
Q  225 caa-atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaac 323  Q
     || || ||||||||||||||||||||||| | || ||||  |||| |||| |||||||||| |||    |||||||  ||||| | || || ||| |||    
T  6596837 taacatttctgaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaac 6596936  T
Q  324 tttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  6596937 tttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaac 6596995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Original strand, 7994095 - 7994249
Alignment:
Q  228 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 327  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||| ||||    ||| ||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  7994095 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 7994194  T
Q  328 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
     ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  7994195 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaac 7994249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585304
Alignment:
Q  228 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 327  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||  |||  |||||||||||  ||   ||||||| |||||| |||| |||||| ||||||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  328 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
     |||| || || ||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaac 6585304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 228 - 363
Target Start/End: Original strand, 8913897 - 8914033
Alignment:
Q  228 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||| | |   || |||| |||||| |||| || ||| |||||||    
T  8913897 atatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgtaagattaaacatttgaacttcgttggatgatcaagagtgaagctacttgcaataaactttg 8913996  T
Q  328 cagttcccgagctgga-ggtgttgaacttgtcaaata 363  Q
     ||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||    
T  8913997 tagttcccaagttggattgtgttgaatttgtcaaata 8914033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 298 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12102382 - 12102306
Alignment:
Q  298 caaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgat 374  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  12102382 caaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgat 12102306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 101 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 19632749 - 19632474
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||  |||||||  || | ||||||  ||||  |||| ||| ||||  ||    
T  19632749 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggtcgaaatttacggttaagtgatgaaaagattacaatgttcgcttcgttttttcccaatttgtag 19632650  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    |  ||||||||||  |||||||   | |||||| | | |||||||||||||||||    |||||||||| | |  |||||||||||| ||   |||||||    
T  19632649 cggcttgatttgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagttttaag---atgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaa 19632553  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatga 379  Q
     ||| || |||| |||||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||||  |||||||||||    
T  19632552 tagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatga 19632474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 307 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 14818489 - 14818409
Alignment:
Q  307 aactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactcttt 387  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  14818489 aactacatggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacacttt 14818409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 373
Target Start/End: Original strand, 11936194 - 11936333
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |||| |||| |  | ||||||||| |||||    
T  11936194 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11936293  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 373  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  11936294 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 11936333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 373
Target Start/End: Original strand, 11948174 - 11948313
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |||| |||| |  | ||||||||| |||||    
T  11948174 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11948273  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 373  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  11948274 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 11948313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802368
Alignment:
Q  321 aactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    ||||||| ||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaac 14802368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 9411456 - 9411404
Alignment:
Q  313 atggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaataca 365  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9411456 atggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatataca 9411404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 101 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 6403194 - 6403162
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctattt 133  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6403194 tggtgtataccctcagttaaagtctctctattt 6403162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 6410413 - 6410337
Alignment:
Q  25 tcgttagaaactgtcctttgcttaccgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattct 101  Q
    |||||||||| |||||||  ||||  ||||| |||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6410413 tcgttagaaattgtccttcacttaatgagatcaaaatgaaaagaacaagtattgggaaagagagtgtagggcattct 6410337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 101 - 359
Target Start/End: Original strand, 15091937 - 15092195
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   ||| || ||||||  |||||||| |||| |||  || |||||||||||||| | ||| ||    
T  15091937 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagag 15092036  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    ||||||||||||   | |||||   | |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||| ||    
T  15092037 ctacttgatttgggtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaa 15092136  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 359  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15092137 gtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtca 15092195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 101 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 10614906 - 10614643
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||  ||||||   || |||| |||| |||||| ||||||| |||| ||     
T  10614906 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaa 10614807  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    || ||||||||||  ||||||   |   ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||||||||||||| |  |||  ||    
T  10614806 ctgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaa 10614707  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatac 364  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10614706 aagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatac 10614643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 234 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 7977758 - 7977670
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaa 322  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||||||||  ||| |||||| ||| |||| |  |||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  7977758 gaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaa 7977670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 101 - 366
Target Start/End: Original strand, 13470518 - 13470783
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||  ||||||   |||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||    
T  13470518 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcag 13470617  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    || ||||||||||   |||||   |   ||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||||||||||||| |  |||  ||    
T  13470618 ctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaa 13470717  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 366  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13470718 aagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 13470783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 147 - 382
Target Start/End: Original strand, 51113613 - 51113848
Alignment:
Q  147 tggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtc 246  Q
    ||||||| |||||| |  ||||||||| || |||||||||||||| || | ||||| |||||||| || | |||||   | ||||| |||||||||||||    
T  51113613 tggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtc 51113712  T
Q  247 aagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggt 346  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||||    
T  51113713 aagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggt 51113812  T
Q  347 gttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||  |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  51113813 gttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaac 51113848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 382
Target Start/End: Original strand, 51764226 - 51764507
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||   |||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  51764226 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcag 51764325  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    || |||||||| |    ||||   |  |||||| ||||| | ||| ||||||||| || ||||| |||| |||  ||||||||| || |    |||||||    
T  51764326 ctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaa 51764425  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||  |||||  ||||||||| ||||    
T  51764426 gagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaac 51764507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 294 - 381
Target Start/End: Original strand, 51120872 - 51120959
Alignment:
Q  294 tgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaa 381  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |  |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  51120872 tgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaa 51120959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 101 - 359
Target Start/End: Original strand, 21834164 - 21834422
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||  | |||   |||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  21834164 tggtgtgtaccctcaattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacag 21834263  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 300  Q
    || |||||||||||   || | |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |    ||||  |    
T  21834264 ctgcttgatttgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttata 21834363  T
Q  301 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 359  Q
    ||||||| |||||| | || ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21834364 aagtgaagctacatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 227 - 359
Target Start/End: Original strand, 53761684 - 53761816
Alignment:
Q  227 aatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaacttt 326  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||  ||||||||||||||    ||||||| |||||| |||  |||||||||||||    
T  53761684 aatatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaacttt 53761783  T
Q  327 gcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 359  Q
    | ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  53761784 gtagttcccaagctagaggcgttgaacttgtca 53761816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 55908647 - 55908795
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  55908647 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 55908746  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  55908747 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaac 55908795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 1524405 - 1524553
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||   |||||| ||| |  |||| |||||||||||||||| |||||    
T  1524405 gaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttc 1524504  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    || |  ||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  1524505 ccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaac 1524553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 570593 - 570391
Alignment:
Q  169 taatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaa 268  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| |    ||||   || ||||| ||  ||||||||||||||||||    |||||||||    
T  570593 taatgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagtatttgtcaagttttaag---atgttgtaa 570497  T
Q  269 gcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagc 368  Q
     ||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | | || |||||||||||||||||| ||||| |     
T  570496 acttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgtcatatacagga 570397  T
Q  369 gttgat 374  Q
    ||||||    
T  570396 gttgat 570391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 1548345 - 1548491
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacat-ggaatgaactttgcagtt 332  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| | ||| ||||||||| | ||    
T  1548345 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaatt 1548441  T
Q  333 cccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  1548442 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaac 1548491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 234 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600453
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||||||||||||| || || || |||  ||| |||||||||||||||    ||||||| | |||| || |  ||||||||||||| |||||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
       | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaa 1600453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 296 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 532307 - 532222
Alignment:
Q  296 ttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaa 381  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  532307 ttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaa 532222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 241 - 376
Target Start/End: Original strand, 7225809 - 7225944
Alignment:
Q  241 tttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagct 340  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||||||||||| | | |||| ||| |||||| ||||     |||||||||| ||||| |||  |    
T  7225809 tttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaatt 7225908  T
Q  341 ggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 376  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  7225909 ggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatga 7225944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 387
Target Start/End: Original strand, 8187010 - 8187163
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||   ||||||||||||| | |||| ||| |||    ||    ||||||||||||| | ||     
T  8187010 gaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaattt 8187109  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactcttt 387  Q
    || | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  8187110 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacacttt 8187163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 659889 - 659741
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||| |||| ||||| |||||| || |||||||||  ||| | |||| |||||||| | |||||||| || ||| ||||  | ||| || |||| |||||    
T  659889 gaagatattggtcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttc 659790  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    || | || |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||    
T  659789 ccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaac 659741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 316 - 376
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519203
Alignment:
Q  316 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 376  Q
    |||||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatga 1519203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 553644 - 553513
Alignment:
Q  249 gttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgt 348  Q
    ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| |   |||||||| ||||||  ||| |  | ||||||||  ||||| | | ||||||||||    
T  553644 gttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgt 553545  T
Q  349 tgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  553544 tgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaa 553513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 380
Target Start/End: Original strand, 12116505 - 12116640
Alignment:
Q  245 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 344  Q
    |||| |||||| || ||||||||| || |  ||||  |||||||| | |||||||||| | ||||| | | ||||||||||||  |||||  |  | |||    
T  12116505 tcaaattttaaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagag 12116604  T
Q  345 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  12116605 gtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaa 12116640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 277 - 392
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505185
Alignment:
Q  277 atttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 376  Q
    |||||||| |||| | |||||||| |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  377 tgaaactctttctgtg 392  Q
    || ||| |||| ||||    
T  55505170 tggaacactttatgtg 55505185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 340 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 640989 - 640947
Alignment:
Q  340 tggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  640989 tggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaac 640947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 382
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121524
Alignment:
Q  316 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||||||||||| ||||||| | || || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaac 12121524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 316 - 377
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184092
Alignment:
Q  316 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 377  Q
    |||||||||||| ||||||  | || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgat 8184092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 641100 - 641040
Alignment:
Q  229 tatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagc 289  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  641100 tatctgaaggaatttttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagc 641040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 234 - 286
Target Start/End: Original strand, 12120061 - 12120113
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaactt 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||    
T  12120061 gaaggtattggtcaagttttaaagaaaagtagtaagattagacatttgaactt 12120113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 315 - 382
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513474
Alignment:
Q  315 ggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    ||||||||||||| ||||||| | || || |||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaac 1513474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 366
Target Start/End: Original strand, 1537764 - 1537818
Alignment:
Q  312 catggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 366  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || || ||||||||||||||| ||||||    
T  1537764 catggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaa 1537818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 290
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438541
Alignment:
Q  245 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagct 290  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagct 3438541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 532489 - 532401
Alignment:
Q  111 cctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 199  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||  | ||| ||||| | ||||||||  || ||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  532489 cctcagttaaagtctctaaatttgggtatgagtcaatggttgagagatgaaagcattataatgtttgcatccattttccccaatttaca 532401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 101 - 392
Target Start/End: Original strand, 19468285 - 19468576
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 199  Q
    |||||||| |||||| ||||| | |||||| |||| | |||| ||| |||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||    
T  19468285 tggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattca-tggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgca 19468383  T
Q  200 gctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 299  Q
    ||| ||||||||||     |||   || ||||| ||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||  |||  ||||| ||||||||   |||||||    
T  19468384 gctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttca 19468483  T
Q  300 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 392  Q
    | |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||| |||| ||||    
T  19468484 agagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtg 19468576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9586923 - 9586661
Alignment:
Q  130 atttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaat 229  Q
    |||||||| | ||||| ||||||| |||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| |||||| ||   | |||||   | ||    
T  9586923 atttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacat 9586824  T
Q  230 atctga---aggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaacttt 326  Q
    |||| |   ||||||||||||||||||| | | ||||||| || ||| |||||||||| || ||   |||||    || || |||| || ||| || |||    
T  9586823 atctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatct---tgttctcctgtaaacctacttgaaattaatttt 9586727  T
Q  327 gcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtg 392  Q
    | ||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||||| |||| ||||    
T  9586726 gaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtg 9586661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9581384 - 9581198
Alignment:
Q  101 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 200  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||   ||||| || |||| |||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||    
T  9581384 tggtgtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcag 9581285  T
Q  201 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaa---ggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaac 284  Q
    || |||||| ||   | |||||   | |||||| ||   |||||||||||||||||||| | ||||||| || ||| ||||||||||    
T  9581284 ctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgttgtcagattagacatttgaac 9581198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 1037583 - 1037731
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || ||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  1037583 gaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 1037682  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  1037683 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaac 1037731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 45245004 - 45245152
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    ||||| || ||||| ||||||| || |||||||||  |||  ||||| ||||||| || |||||||| | || || ||| |||||| ||||||| |||||    
T  45245004 gaaggaatgtgtcatgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttc 45245103  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |  | || ||||||||||| |||||| | ||||  ||||||||||||||    
T  45245104 caaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaac 45245152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 316 - 380
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785837
Alignment:
Q  316 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    |||||||||||  || |||| | || |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaa 32785837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 234 - 382
Target Start/End: Original strand, 543 - 691
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||  || ||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaac 691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 239 - 379
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1528
Alignment:
Q  239 tatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgag 338  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |  ||||||   ||| | |||  || ||||||||||| ||||||  ||    
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  339 ctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatga 379  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatga 1528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 21235709 - 21235598
Alignment:
Q  263 ttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaat 362  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||   |||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  21235709 ttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatat 21235610  T
Q  363 acaagcgttgat 374  Q
    ||| | ||||||    
T  21235609 acaggagttgat 21235598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 234 - 380
Target Start/End: Original strand, 18315192 - 18315338
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||||||||||||||   |  |||| | || ||| ||| ||||||||||||     ||||| | |||| |||| |||||||||||||  |||||    
T  18315192 gaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttc 18315291  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    || | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  18315292 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaa 18315338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 235 - 380
Target Start/End: Original strand, 17636317 - 17636466
Alignment:
Q  235 aaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatgga----atgaactttgcag 330  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||  |||  |||||||||||||     ||||||| ||||||||||||| ||    |||||||||| ||    
T  17636317 aaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaag 17636416  T
Q  331 ttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||||| | ||| | ||||| ||||||    
T  17636417 ttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaa 17636466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 317 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922542
Alignment:
Q  317 aatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    ||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaa 27922542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 373
Target Start/End: Original strand, 28246214 - 28246353
Alignment:
Q  234 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 333  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||   ||||||| | |||| ||||||  | ||||||||| |||||    
T  28246214 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttc 28246313  T
Q  334 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 373  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  28246314 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 28246353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 235 - 382
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936230
Alignment:
Q  235 aaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 334  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||||||| |  ||| ||||||| |||| ||    |||||||||||||| || ||  |||||| |||||  |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  335 cgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
      | || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaac 34936230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 32151401 - 32151333
Alignment:
Q  314 tggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
    |||||||||||| | |||| || | ||||||||||| |||||||||  ||||||  |||||||||||||    
T  32151401 tggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaac 32151333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 165 - 387
Target Start/End: Original strand, 41889401 - 41889626
Alignment:
Q  165 atcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctga---aggtatttgtcaagttttaaagaaat 261  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    ||| |  |  |||| |||   |||||||  ||||||||||| || ||    
T  41889401 atcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatat 41889500  T
Q  262 gttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaa 361  Q
    |||||||  ||| | ||||||||||| |    ||||||| |||||| |||| || ||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||| ||| |    
T  41889501 gttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcata 41889600  T
Q  362 tacaagcgttgatgatgaaactcttt 387  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||    
T  41889601 tacaaaagttgatgatgaaacacttt 41889626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Original strand, 20477995 - 20478149
Alignment:
Q  228 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 327  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||| || |||||||||| | |  |||||||||||||||   |||  || || ||| |||| |||||| ||| |||    
T  20477995 atatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttg 20478094  T
Q  328 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaac 382  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||    
T  20478095 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaac 20478149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 380
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901600
Alignment:
Q  322 actttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaa 41901600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 245 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 32267641 - 32267509
Alignment:
Q  245 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 344  Q
    |||| |||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| |    ||||||| |||||||||| |   ||||||||||| ||||||| |  |||||    
T  32267641 tcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaactttgaagttcccaaattggag 32267545  T
Q  345 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaa 380  Q
    || |||||||||||| | ||||  ||||||||||||    
T  32267544 gtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaa 32267509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University