View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19048_low_1 (Length: 848)

Name: NF19048_low_1
Description: NF19048
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19048_low_1
NF19048_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-825)||(31692121-31692945)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 825
Target Start/End: Original strand, 31692121 - 31692945
Alignment:
Q  1 actattggaaggaagtttaagaaaaggtgacgaatcaggagactctaccgagttacaaactgtaaaggaggaacttgaggccgcaataaaagaattagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31692121 actattggaaggaagtttaagaaaaggtgacgaatcaggagactctaccgagttacaaactgtaaaggaggaacttgaggccgcaacgaaagaattagct 31692220  T
Q  101 ttgattagagatgaaggttttcagtttatggcttctatggatgttataagaaatgagttgaagcatgtaactaaggaaatagctcgcttgaagaaaaacg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31692221 ttgattagagatgaaggttttcagtttatggcttctatggatgttataagaaatgagctgaagcatgtaactaaggaaatagctcgcttgaagaaaaacg 31692320  T
Q  201 attcatcggttcaaaatctcaattcaaaggttctcagaacaaaatctaagctagaagctgcatccgctgcagaggaaaaagcaagatcattagtagttag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31692321 attcatcggttcaaaatctcaattcaaaggttctaagaacaaaatctaagctagaagctgcatctgctgcagaggaaaaagcaagatcattagtagttag 31692420  T
Q  301 tctatctcattctcttgagactctgaagaaagaaacagatgaagctaaaacggaaaaagagctcatatctcaagatattataacaactaagttggaaatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31692421 tctatctcattctcttgagactctgaagaaagaaacagatgaagctaaaacggaaaaagagctcatatctcaagatattataacaactaagttggaaatt 31692520  T
Q  401 gaaaaaaccgattttgagattgatacgagtgaggaaaaattgcaaggcattatgaaagagttggaagaagcaaaaacaactgaaggtttagctttggaga 500  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31692521 gaaaaaaccgagtttgagattgatacgagtgaggaaaaattgcaaggcgttatgaaagagttggaagaagcaaaaacaactgaagctttagctttggaga 31692620  T
Q  501 agctgaaaacactttctgagactaccatgaaagaaagagctttaacagcaaaacatagttcatcgattactatctccaaatttgaatacgagtatctaac 600  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31692621 agcttaaaacactttctgagactaccatgaaagaaagagctttaacagcaaaacatagttcatcgattactatctccaaatttgaatacgagtatctaac 31692720  T
Q  601 taatcatgcagctgcagcagaagaacttgctgataaaaaagttgcggcagctgaggcatggattgaagcgctcaaggcgagtgagagggaaatactaatg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31692721 taatcatgcagctgcagcagaagaacttgctgataaaaaagttgcggcagctgaggcatggattgaagcgctcaaggcgagtgagaaggaaatactaatg 31692820  T
Q  701 gaaacaaaaatagttcaaagagaactcaaagaaaacattttgaaggaagagagggaggtttacatcaaagagaagatggctgcaagaagagttagtagtg 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31692821 gaaacaaaaatagttcaaagagaactcaaagaaaacattttgaaggaagagagggaggtttacatcaaagagaagatggctgcaagaagagttagtagtg 31692920  T
Q  801 aggagtttgatagaacaagaaaacg 825  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  31692921 aggagtttgatagaacaagaaaacg 31692945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University