View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19053_high_1 (Length: 727)

Name: NF19053_high_1
Description: NF19053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19053_high_1
NF19053_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-727)||(23917291-23918000)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 23918000 - 23917291
Alignment:
Q  18 ccatataggatctaataacctcatgaaggtgcttgatatgtttctcttatgaccatgcaccttattatctttgctacaattattcaagcgagaagattca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23918000 ccatataggatctaataacctcatgaaggtgcttgatatgtttctcttatgaccatgcaccttattatctttgctacaattattcaagcgagaagattca 23917901  T
Q  118 aatatcaatggaccagactttgcactaatcggcatggagctttgttttggaatggtaggtccctccttgaaacttaaacttctacctatccgattcaagc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23917900 aatatcaatggaccagactttgcactaatcggcatggagctttgttttggaatggtaggtccctccttgaaacttaaacttctacctatccgattcaagc 23917801  T
Q  218 cgaagctaagctgattttgggatatgttattcctgtcactctcagttgattctttcgtattaccgatagaacattgatttcttagcttcgtgtctaacat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23917800 cgaagctaagctgattttgggataagttattcctgtcactctcagttgattctttcgtattaccgatagaacattgatttcttagcttcgtgtctaacat 23917701  T
Q  318 atccttttcaatgaaagtatctatattagattggaaactagaaatcttattcgagcgaccaggtttgttcgattgaacagatgaaaaatcaatatctaga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| |||||||| |||||||||    
T  23917700 atccttttcaatgaaagtatctatattagattggaaactagaaatcttattcgagcaaccaggtttgtttgatcgaccagaagaaaaatcgatatctaga 23917601  T
Q  418 tcactatcgaaactgtctcgtgttgtttctgaagaagaagcaagatcggtcgcagaagggagaatcacacttgaatgtatagtttcagaacatgcatttt 517  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23917600 tcactatcaaaactgtctcgtgttgtttctgaagaagaagcaagatcggtcacagaagggagaattacacttgaatgtatagtttcagaacatgcatttt 23917501  T
Q  518 cagtgtatgcctcctcaggaagtgaaatatatgatgagccactcaggcttgattctgaaaaaatttcatcagatgaagctattgattgagaaagtggaaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23917500 cagtgtatgcctcctcaggaagtgaaatatatgatgagccactcaggcttgattctgaaaaaatttcatcagatgaggctattgattgagaaagcggaaa 23917401  T
Q  618 atagtcttcgaaattcgactgtagaaatttccgtggacgaagtaaaacaatgtctcttggaatgctatgagaatgtttttggtcaacatcagtacctgag 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  23917400 atagtcttcgaaattcgactgtagaaatttccgtggacgaagcaaaacaatgtctcttggaatactatgagaatttttttgatcaacatcagtacctgag 23917301  T
Q  718 tccttccact 727  Q
    ||||||||||    
T  23917300 tccttccact 23917291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University