View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19054_high_5 (Length: 386)

Name: NF19054_high_5
Description: NF19054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19054_high_5
NF19054_high_5
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (16-375)||(30005718-30006077)
chr5 (16-375)||(29962971-29963330)
chr5 (16-375)||(30011468-30011827)
chr5 (148-375)||(29951998-29952225)
chr5 (16-375)||(30045077-30045436)
chr5 (16-375)||(30070907-30071266)
chr5 (16-375)||(29999280-29999639)
chr5 (16-375)||(29943745-29944104)
chr5 (16-158)||(29949413-29949555)
chr5 (16-375)||(29990576-29990935)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 30005718 - 30006077
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||    
T  30005718 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttt 30005817  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
    |||||| || |||||| |||||||| | || |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30005818 tgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 30005917  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
     |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  30005918 ttttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttatatctttggagaaagctg 30006017  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30006018 ccttggagggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaatcttattgaggatattg 30006077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 29962971 - 29963330
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  29962971 atggttcaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattt 29963070  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
    |||||| |||||||||| ||||| | || | |||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29963071 tgcaagtcggccaaagactcaagcatctcagctcattttttatggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaa 29963170  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  29963171 ctttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttg 29963270  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  29963271 ttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattgaagatattg 29963330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30011827 - 30011468
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30011827 atggttcaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattt 30011728  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
    |||||| |||||||||| ||||| | || | |||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  30011727 tgcaagtcggccaaagactcaagcatctcagctcattttttatggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaa 30011628  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  30011627 ctttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttg 30011528  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30011527 ttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattgaagatattg 30011468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 148 - 375
Target Start/End: Original strand, 29951998 - 29952225
Alignment:
Q  148 tcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaactttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaa 247  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29951998 tcatcacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaactttgcactttaaaacttcttagtgcttcaaa 29952097  T
Q  248 agttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgag 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29952098 agttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgag 29952197  T
Q  348 gttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  29952198 gttgtagagaatcttattgaggatattg 29952225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30045436 - 30045077
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   ||    
T  30045436 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagtcccagctattgtcatttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccacgacatcgtttt 30045337  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
     |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  | ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045336 cgcaagccgaccaaagattcaaggatctgagctcatgtcttatggttccaaagggatggctttttgtgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 30045237  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| || ||  |||||  | ||||| ||||  | ||| |||||||||    
T  30045236 ttttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctg 30045137  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  30045136 ctttggttggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaatctaatagaagatattg 30045077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30071266 - 30070907
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||   ||    
T  30071266 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcatttctcaaaacccatgacatcgtttt 30071167  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||   |||||||||||||||| | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30071166 tgcaagccgaccaaagagtcaaggatctgagctcatgttatatggttccaaagggatagttttttctgactatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 30071067  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| || ||  |||||  | ||||| ||||  | ||| |||||||||    
T  30071066 ttttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctg 30070967  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||    
T  30070966 ctttggttggtgaggttgtgaatgttagtgaggtagtagagaatctaatagaagatattg 30070907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 29999280 - 29999639
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||   ||    
T  29999280 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaaggagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgtttt 29999379  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
     |||||||| || |||||||||||| | || |||||  | |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29999380 cgcaagccgaccgaagattcaaggatcagagctcatgtcctatggttctaaagggttgcctttttctgagtatggtccttattggcgcagtatgaggaaa 29999479  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||| || ||  |||||| ||||||| ||||  | ||| ||||||||     
T  29999480 ttttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtcctattagaaaagaggagttgggtgttttggttaacactttgaagaaagctt 29999579  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  29999580 ctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtcgagaatcttattgaggatattg 29999639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 29943745 - 29944104
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||   ||    
T  29943745 atggtccaatcatgtccttacaactaggtcaagtcccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccatgacatcgtttt 29943844  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
     |||| ||| ||  |  ||  |||| |  |  ||||  | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||| |||    
T  29943845 cgcaaaccgaccggaacttgtaggagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgactcttattggcgtagtgtgagaaaa 29943944  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  29943945 ctttgtacttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctg 29944044  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    || ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||    
T  29944045 ctctggagggtgaggttgtgaatgttagtgaggctgtagagaatgttatagaggatattg 29944104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 158
Target Start/End: Original strand, 29949413 - 29949555
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29949413 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 29949512  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatat 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29949513 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatat 29949555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 29990576 - 29990935
Alignment:
Q  16 atggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatt 115  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||   ||    
T  29990576 atggtccaattatgtctttacaacttggacaagttccaacaattgtcatttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgtttt 29990675  T
Q  116 tgcaagccggccaaagattcaaggaactgaactcataacatatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaa 215  Q
     |||| ||| || ||  ||  |||| | ||  ||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| | ||||    
T  29990676 cgcaaaccgaccgaaacttataggagcagagatcatatcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaa 29990775  T
Q  216 ctttgcactttaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctg 315  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||| |  ||  |||||| | ||||| ||||  | ||| | ||||||     
T  29990776 ctctgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagctt 29990875  T
Q  316 ctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagaaaatcttattgaggatattg 375  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  29990876 ctttggtaggtgaggttgtgaatgtcagtgagattgtagagaatgttattgaagatattg 29990935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University