View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19056_low_4 (Length: 276)

Name: NF19056_low_4
Description: NF19056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19056_low_4
NF19056_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-263)||(17248669-17248931)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-258)||(41337571-41337828)
chr5 (1-250)||(41316798-41317047)
chr5 (2-263)||(41324849-41325110)
chr5 (1-250)||(31187852-31188101)
chr5 (1-263)||(41286952-41287213)
chr5 (1-250)||(31177789-31178038)
chr5 (1-263)||(41328826-41329088)
chr5 (8-258)||(41366943-41367193)
chr5 (1-250)||(31225677-31225926)
chr5 (1-237)||(41332785-41333021)
chr5 (1-263)||(41310986-41311252)
chr5 (147-261)||(41432002-41432116)
chr5 (1-91)||(41305269-41305359)
chr5 (206-262)||(14235906-14235962)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 17248669 - 17248931
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17248669 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttt 17248768  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17248769 tccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 17248868  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17248869 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 17248931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 7e-58; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 41337828 - 41337571
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| || |||||||| ||||||  || | |     
T  41337828 ctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctc 41337729  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    || ||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||| | || || | |||||| || |    
T  41337728 tctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtct 41337629  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccat 258  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  41337628 cgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccat 41337571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 41317047 - 41316798
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| || |||||| | | | |     
T  41317047 ctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctc 41316948  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||  ||  ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| || |    
T  41316947 tccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtct 41316848  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgct 250  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  41316847 catccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgct 41316798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 41325110 - 41324849
Alignment:
Q  2 tcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgttttt 101  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||    |||| ||||||  |||| || |||||||| |||||| | | | | |    
T  41325110 tcagcatcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctct 41325011  T
Q  102 ccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttc 201  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| |||||  | ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||||| || ||    
T  41325010 ccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctc 41324911  T
Q  202 atctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 263  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41324910 atccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacct 41324849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 31187852 - 31188101
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||  |||| || |||||||| |||||| | | | |     
T  31187852 ctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctc 31187951  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    || ||||||| |||||||| |||||| || |||  |||||| ||||||| ||||||| |||| | ||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||    
T  31187952 tctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgttt 31188051  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgct 250  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  31188052 catcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgct 31188101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 41287213 - 41286952
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||  |||||  | || |||||||| || || ||| | | |       
T  41287213 ctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggc 41287114  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    | | |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| | |||||| || |    
T  41287113 ttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtct 41287014  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 263  Q
    || | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  41287013 caaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct-tttccatcacct 41286952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 31177789 - 31178038
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||  |||| || |||||||| |||||| | | | |     
T  31177789 ctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctc 31177888  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    || ||||||| ||||||||||||||| |||| |  |||||||| ||| | |||||||||||| | ||| ||||||||||| || || | |||||| ||||    
T  31177889 tctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgttt 31177988  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgct 250  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  31177989 catcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgct 31178038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 41329088 - 41328826
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| ||    |||| ||||||  |||| || |||||||| |||||| | | | |     
T  41329088 ctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctc 41328989  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||   ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||| || |    
T  41328988 tccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtct 41328889  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 263  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||| || || ||||| ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41328888 catccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacct 41328826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 8 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 41367193 - 41366943
Alignment:
Q  8 tcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttttccctac 107  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |||   |||| ||||||  |||| |||||||| |  || ||| | | |   | | |||    
T  41367193 tcaacccaatacctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtac 41367094  T
Q  108 tttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctac 207  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||| || ||||  ||    
T  41367093 tttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcac 41366994  T
Q  208 atacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccat 258  Q
    ||| |||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41366993 atatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccat 41366943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31225926 - 31225677
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||  |||| || |||||||| |||||| | | | |     
T  31225926 ctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctc 31225827  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    || ||||||| |||||||| |||||| ||| ||   ||||| |  |||| ||||||| | || | ||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  31225826 tctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgttt 31225727  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgct 250  Q
    |||| ||||  |||||| ||||||| |   ||||||| ||||||||||||    
T  31225726 catcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgct 31225677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41333021 - 41332785
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| ||    |||| ||||||  |||| || |||||||| || ||| | | |       
T  41333021 ctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggc 41332922  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    | | |||||| ||||||||| ||||||||| ||   ||||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||||| |  |    
T  41332921 ttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgact 41332822  T
Q  201 catctacatacccctttctatcaaaaacacttcttac 237  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  41332821 catccacatacccctttttatcaaacactcttcttac 41332785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 41311252 - 41310986
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgattcgacgtttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || | | | | || | ||||||   ||| || |||| ||  || ||| | | | |     
T  41311252 ctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctc 41311153  T
Q  101 tccctactttgtcttggaatcaacaatggtacactaggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgttt 200  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||   ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  | | ||||||| | |    
T  41311152 tccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatct 41311053  T
Q  201 catc----tacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacct 263  Q
    ||||    || |||||||||| ||||||| || |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41311052 catccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacct 41310986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 41432116 - 41432002
Alignment:
Q  147 tcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttg 246  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||  | |||||| || ||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||||||||||||    
T  41432116 tcagtgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttg 41432017  T
Q  247 tgctgcttccatcac 261  Q
    |||| ||||||||||    
T  41432016 tgcttcttccatcac 41432002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 41305359 - 41305269
Alignment:
Q  1 ctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccctgtcttctctggaatatcatacccgttgatt 91  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||  |||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  41305359 ctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatt 41305269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235906
Alignment:
Q  206 acatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacc 262  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacc 14235906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University