View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19058_low_1 (Length: 1291)

Name: NF19058_low_1
Description: NF19058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19058_low_1
NF19058_low_1
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (23-1284)||(41718154-41719414)
chr5 (21-595)||(41722878-41723451)
chr5 (809-1284)||(34352542-34353017)
chr5 (257-595)||(34359934-34360271)
chr5 (257-595)||(29585302-29585640)
chr5 (257-578)||(34352226-34352546)
chr5 (793-1283)||(23318806-23319295)
chr5 (1203-1258)||(31502535-31502590)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (189-1284)||(48701134-48702228)
chr4 (259-1284)||(42265883-42266907)
chr4 (189-1284)||(30949496-30950607)
chr4 (189-595)||(48697133-48697539)
chr4 (259-595)||(42270602-42270937)
chr4 (258-591)||(24520031-24520363)
chr4 (189-595)||(30945479-30945901)
chr4 (306-595)||(10427315-10427595)
chr4 (743-1243)||(21514391-21514893)
chr4 (793-1061)||(1999427-1999695)
chr4 (389-584)||(48782850-48783031)
chr4 (1112-1246)||(1999723-1999857)
chr4 (345-473)||(1979253-1979375)
chr4 (652-743)||(1979687-1979778)
chr4 (446-544)||(17248015-17248112)
chr4 (518-595)||(36615361-36615438)
chr4 (518-586)||(30165900-30165968)
chr4 (493-531)||(1979567-1979604)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (258-1284)||(5822588-5823613)
chr3 (189-1284)||(2816576-2817658)
chr3 (257-595)||(5818515-5818852)
chr3 (300-595)||(54545902-54546198)
chr3 (763-1283)||(42585440-42585960)
chr3 (444-595)||(24659138-24659287)
chr3 (483-589)||(4579254-4579360)
chr3 (411-583)||(31204781-31204950)
chr3 (802-1140)||(25877355-25877693)
chr3 (890-1253)||(47277124-47277494)
chr3 (306-444)||(24671173-24671301)
chr3 (402-559)||(35977103-35977258)
chr3 (672-721)||(5382624-5382673)
chr3 (672-726)||(13722392-13722446)
chr3 (306-431)||(4579126-4579241)
chr3 (553-609)||(25877086-25877142)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (258-1284)||(9443405-9444430)
chr8 (258-595)||(9439374-9439710)
chr8 (763-1250)||(24597829-24598316)
chr8 (672-721)||(87218-87267)
chr8 (672-719)||(19803179-19803226)
chr8 (524-580)||(4799315-4799371)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (189-1284)||(27878022-27879134)
chr6 (546-1158)||(30967674-30968287)
chr6 (257-595)||(26976133-26976470)
chr6 (258-595)||(1234680-1235016)
chr6 (259-595)||(27873992-27874327)
chr6 (306-595)||(18967912-18968192)
chr6 (322-595)||(30986552-30986827)
chr6 (309-551)||(30966683-30966923)
chr6 (763-1247)||(8480156-8480640)
chr6 (429-926)||(23012182-23012667)
chr6 (406-592)||(21966677-21966860)
chr6 (1192-1284)||(30968283-30968375)
chr6 (890-1132)||(8481005-8481247)
chr6 (672-721)||(16777060-16777109)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (434-1284)||(825632-826483)
chr2 (377-1284)||(13843110-13844014)
chr2 (189-588)||(5198664-5199062)
chr2 (308-675)||(15602905-15603272)
chr2 (434-595)||(830288-830450)
chr2 (330-590)||(28715816-28716070)
chr2 (306-599)||(30396909-30397191)
chr2 (300-384)||(830205-830291)
chr2 (300-384)||(825549-825635)
chr2 (437-584)||(31592923-31593068)
chr2 (375-502)||(8004167-8004292)
chr2 (375-592)||(13840245-13840456)
chr2 (462-577)||(12175768-12175881)
chr2 (533-582)||(9358158-9358207)
chr2 (427-536)||(42117769-42117876)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (411-1284)||(8137771-8138645)
chr7 (597-993)||(25441076-25441478)
chr7 (306-592)||(16183636-16183913)
chr7 (300-592)||(30235038-30235334)
chr7 (375-621)||(8139940-8140183)
chr7 (439-584)||(5102606-5102749)
chr7 (482-592)||(36528420-36528529)
chr7 (672-721)||(11712072-11712121)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (306-595)||(27228-27508)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (306-595)||(46191266-46191544)
chr1 (411-592)||(30697120-30697300)
chr1 (411-595)||(4130215-4130399)
chr1 (672-721)||(2796411-2796460)
chr1 (672-721)||(42376095-42376144)
chr1 (794-870)||(46344296-46344372)
chr1 (672-721)||(14476165-14476214)
chr1 (672-721)||(23201147-23201196)
chr1 (1175-1268)||(46452552-46452644)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (672-721)||(28822-28871)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1182; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1182; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 1284
Target Start/End: Original strand, 41718154 - 41719414
Alignment:
Q  23 tgtgaacatgtgtgaacacataagccataaagtcaccttttgttgatatgttttcacatggcagtaatacatgtttgacaaaagggctttgcaatttacc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41718154 tgtgaacatgtgtgaacacataagccataaagtcaccttttgttgatatgttttcacatggcagtaatacatgtttgacaaaagggttttgcaatttacc 41718253  T
Q  123 attcagattttcggtgccaacattgtcaacataaattggttggcagtttggctattatctatggtaataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacgg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41718254 attcagattttcggtgccaacattgtcaacataaattggttggcagtttggctattatctatggtaataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacgg 41718353  T
Q  223 tcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41718354 tcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatat 41718452  T
Q  323 agagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtat 422  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  41718453 agagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtatttgtactctccttgtag 41718552  T
Q  423 ttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaata 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41718553 ttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaata 41718652  T
Q  523 ttgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgta 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  41718653 ttgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagccgctggttcgta 41718752  T
Q  623 gctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattc 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41718753 gctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattc 41718852  T
Q  723 ttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttgg 822  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41718853 ttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagagaagttcaacgggagaaatttttccctatgg 41718952  T
Q  823 aaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatg 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41718953 aaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgtctagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatg 41719052  T
Q  923 ataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaa 1022  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41719053 ataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaa 41719152  T
Q  1023 attgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaac 1122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41719153 attgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaac 41719252  T
Q  1123 accctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatg 1222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41719253 accctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatg 41719352  T
Q  1223 atcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  41719353 atcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactcttcactttgatgatgtc 41719414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 595
Target Start/End: Original strand, 41722878 - 41723451
Alignment:
Q  21 attgtgaacatgtgtgaacacataagccataaagtcaccttttgttgatatgttttcacatggcagtaatacatgtttgacaaaagggctttgcaattta 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41722878 attgtgaacatgtgtgaacacataagccataaagtcaccttttgttgatatgttttcacatggcagtaatacatgtttgacaaaagggttttgcaattta 41722977  T
Q  121 ccattcagattttcggtgccaacattgtcaacataaattggttggcagtttggctattatctatggtaataaatgaaaatggttgaggcatggcttttac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722978 ccattcagattttcggtgccaacattgtcaacataaattggttggcagtttggctattatctatggtaataaatgaaaatggttgaggcatggcttttac 41723077  T
Q  221 ggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41723078 ggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaat 41723176  T
Q  321 atagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgt 420  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41723177 atagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtatttgtactctccttgt 41723276  T
Q  421 atttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaa 520  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41723277 agttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaa 41723376  T
Q  521 tattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41723377 tattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 41723451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 809 - 1284
Target Start/End: Original strand, 34352542 - 34353017
Alignment:
Q  809 atttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtg 908  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34352542 atttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcttagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactgacgaaaagtg 34352641  T
Q  909 gaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgg 1008  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  34352642 gaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacggcaaaggagatttgg 34352741  T
Q  1009 gatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaa 1108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34352742 gatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaa 34352841  T
Q  1109 cggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagttt 1208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352842 cggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggagaatgagcgtgctgaacttctacttcagagttt 34352941  T
Q  1209 accagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34352942 accagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgtc 34353017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 257 - 595
Target Start/End: Original strand, 34359934 - 34360271
Alignment:
Q  257 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34359934 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgagatttct 34360032  T
Q  357 cctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34360033 cctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 34360132  T
Q  457 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34360133 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttctacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 34360232  T
Q  557 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34360233 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 34360271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 257 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 29585640 - 29585302
Alignment:
Q  257 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29585640 tcatcccaaatcagtaacaacacaacaacaagtaaagcttgtctagagtagtgagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 29585541  T
Q  357 cctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 456  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29585540 cctagtttgtattagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctctttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 29585441  T
Q  457 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29585440 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 29585341  T
Q  557 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29585340 tttagctgcatgataatattttgttactctgatacctaa 29585302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 257 - 578
Target Start/End: Original strand, 34352226 - 34352546
Alignment:
Q  257 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34352226 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgagatttct 34352324  T
Q  357 cctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352325 cctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 34352424  T
Q  457 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352425 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 34352524  T
Q  557 tttagctgcgtgataatatttt 578  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  34352525 tttagctgcgtgataatatttt 34352546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 793 - 1283
Target Start/End: Original strand, 23318806 - 23319295
Alignment:
Q  793 aagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagata 892  Q
    ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||   || ||| |||||| |||||| |||||||||| |||||   || ||||||||    
T  23318806 aagtttaatgggagtaatttctcactgtggaaattaaagataagggtggttctaa-aaaagaaaattgcgtagacgcaattgatggtgaacctgcagata 23318904  T
Q  893 tcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagac 992  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||| || || ||| |    
T  23318905 tcaccgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgatgttgccaattttcacttagcaatgacaaactcggtattgtcaagtattgcagagaaaaagtc 23319004  T
Q  993 agcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggt 1092  Q
     |||||||||||||  ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||| |||||||| || ||| ||||||||||  |||||  |    
T  23319005 tgcaaaggagatctaagatgctcttattaaattgtacgaggtcaaatcacttcacgcaagaattttcttaaaaaggaggttctacactctctgaatgtat 23319104  T
Q  1093 gaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaac 1192  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||| || ||| | ||||| |||||| |||| ||||| || || ||| |||  ||||| |||||||| |||||  |||    
T  23319105 gagtccatatcaataacaaatcacataaataccataaatacactatttgctcagctcacagcctcagatgtcatgatagctgaaaatgaacgtgcaaaac 23319204  T
Q  1193 ttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgt 1283  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||| |  ||||||| |||||||||||    
T  23319205 ttctacttcagagtttacctcattcatatgaacaactcatcatcaacattacaaacaacaatattgctgactctcttcattttgatgatgt 23319295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1203 - 1258
Target Start/End: Complemental strand, 31502590 - 31502535
Alignment:
Q  1203 gagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatag 1258  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31502590 gagtttacaagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataatatag 31502535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 984; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 984; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 48702228 - 48701134
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 288  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48702228 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 48702129  T
Q  289 taaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctattt 388  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48702128 taaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagttagtattctcctattt 48702030  T
Q  389 ataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 488  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48702029 ataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 48701930  T
Q  489 ccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctgg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701929 ccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctgg 48701830  T
Q  589 tacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcg 688  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701829 tacctaacagtggtatcagagccgctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcg 48701730  T
Q  689 gtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagat 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701729 gtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagat 48701630  T
Q  789 agaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgca 888  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  48701629 agagaagttcaacgggagaaatttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgtctagacgcaatagatggcagacctgca 48701530  T
Q  889 gatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaaga 988  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701529 gatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaaga 48701430  T
Q  989 agacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaat 1088  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701429 agacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaat 48701330  T
Q  1089 gggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgct 1188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701329 gggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgct 48701230  T
Q  1189 gaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  48701229 gaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactcttcactttgatgatgtc 48701134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 950; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 259 - 1284
Target Start/End: Original strand, 42265883 - 42266907
Alignment:
Q  259 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcc 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  42265883 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagcttctcctgtgaggtttctcc 42265981  T
Q  359 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42265982 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 42266081  T
Q  459 aagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattt 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266082 aagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattt 42266181  T
Q  559 tagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggta 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266182 tagctgcgtgataatattttgttactctggtatctaacagtggtatcagagccgctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggta 42266281  T
Q  659 agaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttg 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266282 agaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttg 42266381  T
Q  759 gtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataat 858  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266382 gtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagagaaattcaacgggagaaatttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataat 42266481  T
Q  859 tgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcgg 958  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266482 tgcctagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcgg 42266581  T
Q  959 actcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatatt 1058  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266582 actcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatatt 42266681  T
Q  1059 cttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttct 1158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42266682 cttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttct 42266781  T
Q  1159 gatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatag 1258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266782 gatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatag 42266881  T
Q  1259 ctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  42266882 ctgatactcttcactttgatgatgtc 42266907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 30950607 - 30949496
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaa- 287  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||     
T  30950607 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaattagtaacaacaccataacaaa 30950508  T
Q  288 gtaaagc---------ttgtt-----tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagt- 372  Q
    ||||  |         |||||     |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  30950507 gtaacacaacaactacttgttcttagtagaatagagagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctaggtagtgttagtg 30950408  T
Q  373 -ttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 471  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30950407 tttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactttccttgtatttagagagaggttctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 30950308  T
Q  472 ttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgata 571  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  30950307 ttgccccgtggttttttccc-ttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcttatcttattttagctgcgtgata 30950209  T
Q  572 atattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttag 671  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30950208 atattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagctcctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttag 30950109  T
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatg 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30950108 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattactccggtctagtttgaatgaaaaatatttggtgtaaaaccatg 30950009  T
Q  772 gcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaa 871  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30950008 gcagcgaaatttgagatagagaagttcaacgggagaaaattttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaa 30949909  T
Q  872 tagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtc 971  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949908 tagatggcagacctgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtc 30949809  T
Q  972 aagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaagg 1071  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949808 aagtattgctgaaaaaaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaagg 30949709  T
Q  1072 ctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatag 1171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30949708 ctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaaatag 30949609  T
Q  1172 cggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttca 1271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30949608 cggaaaatgagcgtgctgaacttctactccagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttca 30949509  T
Q  1272 ctttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||    
T  30949508 ctttgatgatgtc 30949496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 48697539 - 48697133
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 288  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48697539 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcattattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 48697440  T
Q  289 taaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctattt 388  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48697439 taaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagttagtattctcctattt 48697341  T
Q  389 ataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtt-ttt 487  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48697340 ataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 48697241  T
Q  488 tccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctg 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48697240 tccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcttctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctg 48697141  T
Q  588 gtacctaa 595  Q
    ||||||||    
T  48697140 gtacctaa 48697133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 259 - 595
Target Start/End: Original strand, 42270602 - 42270937
Alignment:
Q  259 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcc 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  42270602 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagcttctcctgtgaggtttctcc 42270700  T
Q  359 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42270701 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 42270800  T
Q  459 aagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattt 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42270801 aagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattt 42270900  T
Q  559 tagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42270901 tagctgcgtgataatattttgttactctggtatctaa 42270937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 258 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 24520363 - 24520031
Alignment:
Q  258 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  24520363 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctc 24520265  T
Q  358 ctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 457  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24520264 ctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 24520165  T
Q  458 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24520164 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 24520065  T
Q  558 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtac 591  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24520064 ttagttgcgtgataatattttgttactctggtac 24520031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 189 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 30945901 - 30945479
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaa- 287  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  30945901 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaattagtaacaacaccagaacaaa 30945802  T
Q  288 gtaaagc---------ttgtt-----tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagt- 372  Q
    ||||  |         |||||     |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  30945801 gtaacacaacaactacttgttcttagtagaatagagagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctaggtagtgttagtg 30945702  T
Q  373 -ttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 471  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30945701 tttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggttctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 30945602  T
Q  472 ttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgata 571  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30945601 ttgccccgtgatttttt-cccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcttctcttattttagctgcgtgata 30945503  T
Q  572 atattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  30945502 atattttgttactctgatacctaa 30945479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 306 - 595
Target Start/End: Original strand, 10427315 - 10427595
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  10427315 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcctagt--------gttagtattctcctatttc-aagagagag-ggtaa 10427404  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10427405 tttgtctctccttgtatttagagagaagtcttgtaattgtcttccacttagtgaaagttatctactttttccccgtagttttttccccttatttgttgag 10427504  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10427505 gggtttccgcgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagttgcgtgataatattctgttactctggtacctaa 10427595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 743 - 1243
Target Start/End: Complemental strand, 21514893 - 21514391
Alignment:
Q  743 gaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaat 842  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  21514893 gaaaaaaaaatatttggtgcaaaaccatggcaacgaaatttgagatagagaagttcaatgggagaaatttttccttgtggaaattgtagataagggcaat 21514794  T
Q  843 tttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttg 942  Q
    ||| |||||| ||||||||||| |||  ||| | |||| |||||  ||||  ||||| |||||||||||||| |  || || ||||  ||||| ||||||    
T  21514793 tttgagaaaaaataattgcctaaacgtgataaaaggcaaacttgtggatacgactgatgaaaagtggaaagaaaatgaagacaatgttgttgcaaatttg 21514694  T
Q  943 cacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgct--gaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatc 1040  Q
    ||||| ||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |  ||||| |||||| |||| |||||  | |  |||||| |||||||| ||||||||||||     
T  21514693 caccttgcaatggtggattcaatattgtcaagtattattgggaaaaaaagacaacaaatgagatacgaggcactctagtaaaattgaacgaggtcaaatt 21514594  T
Q  1041 actccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattt 1140  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||   |   |||  |||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  21514593 acttcacaactgaatattcttaaaaataaggctctacactcttcgaatgagtgaatccaagacaacaacatatcacatcaataccctaaatacgttattt 21514494  T
Q  1141 tctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaaca 1240  Q
    |  ||||| ||  ||||  |||||| |||| |||||| |||| | | | ||||||||||| ||  |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  21514493 ttccaacttacaacttcaaatttcagaataacggaaagtgagagagttaaacttctactttagtttttatcagatttgtatgataaactcatcgtcaaca 21514394  T
Q  1241 tta 1243  Q
    |||    
T  21514393 tta 21514391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 793 - 1061
Target Start/End: Original strand, 1999427 - 1999695
Alignment:
Q  793 aagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagata 892  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||  || |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||    
T  1999427 aagtttaatgggagtaatttctcactttggaaattaaagataagggcggttctaagaaaagacaattgcctagatgcaattgatggcagacctgcaaata 1999526  T
Q  893 tcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagac 992  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| | || || ||| |    
T  1999527 tcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgctgttaccaatttgcacttagcaatggcaaattcggtattgtcaagtattccagagaaaaagtc 1999626  T
Q  993 agcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattctt 1061  Q
     ||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||    
T  1999627 tgcaaaggagatatgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttctt 1999695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 389 - 584
Target Start/End: Original strand, 48782850 - 48783031
Alignment:
Q  389 ataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||         |||| ||  |||||    
T  48782850 ataagagagagtggtaattgtactc--catgtatttagagagaggtcatctaatttcttccacttagtgaaagttct---------ccccatg--ttttt 48782936  T
Q  489 ccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttact 584  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||| ||||    
T  48782937 ccctttatttgttgagaaatttccacgt-aaatattgtgtgttcagttcctgttttctcgtttcttattttaatcgcgtgataatattttgatact 48783031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 1112 - 1246
Target Start/End: Original strand, 1999723 - 1999857
Alignment:
Q  1112 atcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttacc 1211  Q
    ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1999723 atcacataaataccatgaatacactatttcctcaactcacagcctcagatttcacaatagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacc 1999822  T
Q  1212 agattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaa 1246  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1999823 tgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaa 1999857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 345 - 473
Target Start/End: Original strand, 1979253 - 1979375
Alignment:
Q  345 tgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaattt 444  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||    
T  1979253 tgtgaggtttctcctggttagtgctagt----attctcctgtttataagagagagtggtaaatataccctccttgcattt--agagaggtcgtgtaattt 1979346  T
Q  445 cttccacttagtgaaagttctctactctt 473  Q
    ||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  1979347 cttcctcttactgaaagttatctactctt 1979375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 652 - 743
Target Start/End: Original strand, 1979687 - 1979778
Alignment:
Q  652 agtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttg 743  Q
    ||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1979687 agtggtaagaaaaatcttagtttgttatatggttgcagtttagactaatattccacatcataaacgaattctaattattccagtctagtttg 1979778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 446 - 544
Target Start/End: Original strand, 17248015 - 17248112
Alignment:
Q  446 ttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctctttt 544  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| || |||| |||||| || ||||||||||| || |||| |||||||    
T  17248015 ttccacttaatgaaagttctatactcttatccggtggttttttccccttatttattaagggatttccatgt-aaatattgtgtatttagtttctctttt 17248112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 518 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 36615438 - 36615361
Alignment:
Q  518 aaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||| ||| ||||| ||| |||||||||| | |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  36615438 aaataatgtatgttcggtttctcttttctcatatcttattttaactgtgcgataatattttattactctagtacctaa 36615361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 518 - 586
Target Start/End: Original strand, 30165900 - 30165968
Alignment:
Q  518 aaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactct 586  Q
    ||||||| |||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  30165900 aaatattatgtgttcaattcattttttctcatatcttattttagttgtgtgatattattttgttactct 30165968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 493 - 531
Target Start/End: Original strand, 1979567 - 1979604
Alignment:
Q  493 ttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgtt 531  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1979567 ttatttgttgaggggtttccacgt-aaatattgtgtgtt 1979604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 955; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 955; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 258 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 5823613 - 5822588
Alignment:
Q  258 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5823613 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctc 5823515  T
Q  358 ctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 457  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823514 ctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 5823415  T
Q  458 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823414 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 5823315  T
Q  558 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggt 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823314 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagccgctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggt 5823215  T
Q  658 aagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatattt 757  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823214 aagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatattt 5823115  T
Q  758 ggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataa 857  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823114 ggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagagaagttcaacgggagaaatttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataa 5823015  T
Q  858 ttgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcg 957  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823014 ttgtctagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcg 5822915  T
Q  958 gactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatat 1057  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822914 gactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatat 5822815  T
Q  1058 tcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttc 1157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5822814 tcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttc 5822715  T
Q  1158 tgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacata 1257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822714 tgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacata 5822615  T
Q  1258 gctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  5822614 gctgatactcttcactttgatgatgtc 5822588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 2817658 - 2816576
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 288  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2817658 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtatacatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 2817559  T
Q  289 taaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctattt 388  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||              ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2817558 taaaacttgtttagggtaatgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcct--------------agtttgtattagttagtattctcctattt 2817473  T
Q  389 ataagagagag--tggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttt 486  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2817472 ataagagagagagtggtgattgtactctccttgtatttagagagagttcttgtaatttcttccacttagtgagagttctttactcttgccctgtggtttt 2817373  T
Q  487 ttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactct 586  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2817372 ttccc-ttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcttctcttattttagctgcgtgataatattttgttactct 2817274  T
Q  587 ggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttg 686  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2817273 ggtacctaacagtggtatcaaagccgctggttcgtagttgttattccgcagtaataaactagtggtgtggtaagaaaaatcttagtatgctatgtggttg 2817174  T
Q  687 cggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgag 786  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2817173 tggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaatgaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgag 2817074  T
Q  787 atagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttg 886  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2817073 atagagaagttcaacgggagaaatttttccttttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacctg 2816974  T
Q  887 cagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaa 986  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2816973 cagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagatatggtggactcggtattgtcaagtattgaagaaaa 2816874  T
Q  987 gaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcga 1086  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816873 gaagacagcaaaggagatctgggatactttaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcga 2816774  T
Q  1087 atgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtg 1186  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816773 atgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtg 2816674  T
Q  1187 ctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2816673 ctgaacttctactttagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgtc 2816576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 257 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 5818852 - 5818515
Alignment:
Q  257 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  5818852 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttct 5818754  T
Q  357 cctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5818753 cctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 5818654  T
Q  457 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5818653 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttattagttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 5818554  T
Q  557 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5818553 tttagttgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 5818515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 300 - 595
Target Start/End: Original strand, 54545902 - 54546198
Alignment:
Q  300 tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagt--ttgtattctcctatttataagagag 397  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  54545902 tagaatagtgagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctaggtagtgttagtgtttgtattctcctatttataagagag 54546001  T
Q  398 agtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatt 497  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54546002 agtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcatccacttagtgaaagttctctactctagccccgtggttttttccccttatt 54546101  T
Q  498 tgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54546102 tgttgaggggtttccacgt-aaatattgtatgttcagttcctcttttctcatctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 54546198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 763 - 1283
Target Start/End: Original strand, 42585440 - 42585960
Alignment:
Q  763 aaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcc 862  Q
    |||||||||||| | |||||| |||| || ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  42585440 aaaaccatggcaacaaaatttaagattgagaagtttaatgggagtaatttctcactgtggaaattaaagataagggcagttctaagaaaagacaattgcc 42585539  T
Q  863 tagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactc 962  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  42585540 tagatgcaattgatggcagacctgcagatatcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgttgttgccaatttgcacttagcaatggcagattc 42585639  T
Q  963 ggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattctta 1062  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||| | |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||    
T  42585640 ggtattatcaagtattgcagagaaaaagtctgcaaaggagatctgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttctta 42585739  T
Q  1063 aagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatt 1162  Q
    || || |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| ||||| || || ||||    
T  42585740 aaaaggaggctctacactctccgaatgaatgaatccatatcaataacaaatcacataaataccatgaatacactatttgctcagctcacagcctcagatt 42585839  T
Q  1163 tcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaa 1262  Q
    ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | | |    
T  42585840 tcacaatagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaaataacaatattgttga 42585939  T
Q  1263 tactcttcactttgatgatgt 1283  Q
      ||||||| |||||||||||    
T  42585940 ctctcttcattttgatgatgt 42585960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 444 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 24659287 - 24659138
Alignment:
Q  444 tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttt 543  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24659287 tcttccacttagtgaaagttct--actcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatgttgtgtgttcagttcctcttt 24659190  T
Q  544 tctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24659189 tctcatctcttattttagctgtgtgataatattttattactctggtacctaa 24659138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 483 - 589
Target Start/End: Original strand, 4579254 - 4579360
Alignment:
Q  483 ttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgtta 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4579254 ttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagttgcgtgataatattttgtta 4579353  T
Q  583 ctctggt 589  Q
    |||||||    
T  4579354 ctctggt 4579360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 411 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 31204950 - 31204781
Alignment:
Q  411 ctctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgcc-ccgtggttttttccccttatttgttgaggggtt 509  Q
    |||||||| |||||||||||  ||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31204950 ctctccttatatttagagag--gttttgtaatttttcccacttagtgaaagttctctactattgcctccgtgattttttcctcttatttgttgaggggtt 31204853  T
Q  510 tccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttac 583  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  31204852 tccacgt-aaatattgtgagttcagttcctctttt-tcatctcttcttttaactgcgtgctaatattttgttac 31204781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 802 - 1140
Target Start/End: Original strand, 25877355 - 25877693
Alignment:
Q  802 gggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacg 901  Q
    ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||   || ||||||||||  |||| | |||| || | ||||| || | |||| ||||||||||      
T  25877355 gggagtaatttctcactgtgaaaattaaagataagggatgttctaagaaaagactattgtcgagacacagttgatggtaggcatgcaaatatcactgatc 25877454  T
Q  902 aaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaagga 1001  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||  || || |||    ||| |||    
T  25877455 aaaagtgaaaagagatggatgacaatgttattgccaatttgcacttagtaatggcagactcgatattgtcaagtattggagagaaaaagttttcaaggga 25877554  T
Q  1002 gatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccaca 1101  Q
    |||||||||  ||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||||| |||||  |||||||| |    
T  25877555 gatctgggacgctctttttaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttcttaaaaaggaggctctatactctttgaatgaatgaatccata 25877654  T
Q  1102 tctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattt 1140  Q
    ||  ||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  25877655 tcaataacaaatcacataaacaccatgaatacactattt 25877693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 890 - 1253
Target Start/End: Complemental strand, 47277494 - 47277124
Alignment:
Q  890 atatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcg-----gtattgtcaagtattgctgaa 984  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| | |||      |||||||||||||||  |||     
T  47277494 atatcattgacgaaaaatggaaagagatagatgatattattgttgccaatttgcacctagcaatggcaggctcaacacagtattgtcaagtatttatgag 47277395  T
Q  985 aaga---agacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactc 1081  Q
    ||||   | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |  ||||| | ||||| | |||||| |||||  |||| | |||||||     
T  47277394 aagattaatacaacaaaggagatatgtgatactctaataaaattatacgagatataatcatttcacaataaaatattattaaaaggaagacactacactt 47277295  T
Q  1082 ttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatga 1181  Q
    || ||| |||||||||||| ||   |||  ||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||||  |||||  ||| | || ||||||||||||    
T  47277294 tttgaacgggtgaatccacgtca--aacatatcacat-aacaccttgaatatgcaattttctcatctcacaacttctcgttttagaaaagcggaaaatga 47277198  T
Q  1182 gcgtgc--tgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataa 1253  Q
    | |||   |||||||||||||| ||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  47277197 gtgtgtgttgaacttctacttctgagttaaccatctttgtatgatcacctcatcatcaacattaccaacaataa 47277124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 306 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 24671301 - 24671173
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  24671301 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcctagt--------gttagtattctcctattt-caagagagag-ggtaa 24671212  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaattt 444  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  24671211 tttgtctctccttgtatttagagagaagtcttgtaattt 24671173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 402 - 559
Target Start/End: Original strand, 35977103 - 35977258
Alignment:
Q  402 gtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttc-tctactcttgccccgtggttttttccccttatttgt 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  || | ||||||||||  |||  ||||||||  ||| |||    
T  35977103 gtaattgttctctccttgtatttagagagaagtcttgtaattttttccacttagtgaaaactcttttactcttgccaagtgagtttttccc--tatatgt 35977200  T
Q  501 tgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatttt 559  Q
    ||| || |||  |||| ||||||||| |||||| || ||||||||||  ||||||||||    
T  35977201 tgatggttttttacgt-aaatattgtttgttcaatttctcttttctcacctcttatttt 35977258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 5382673 - 5382624
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5382673 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaatt 5382624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 13722446 - 13722392
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttat 726  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13722446 tatgctctgtggttgtagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaattattat 13722392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 306 - 431
Target Start/End: Original strand, 4579126 - 4579241
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||        |||| ||||||||||||||  | ||||||| |||||    
T  4579126 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcatag--------agttagtattctcctattt-cacgagagag-ggtaa 4579215  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagaga 431  Q
    ||   |||||||||||||||||||||    
T  4579216 tttgtctctccttgtatttagagaga 4579241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 553 - 609
Target Start/End: Original strand, 25877086 - 25877142
Alignment:
Q  553 ttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagag 609  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  25877086 ttattttagttgcgtaataatattatgttattctggtacctaacagtggtatcagag 25877142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 935; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 935; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 258 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 9444430 - 9443405
Alignment:
Q  258 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  9444430 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctc 9444332  T
Q  358 ctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 457  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9444331 ctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 9444232  T
Q  458 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9444231 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 9444132  T
Q  558 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggt 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9444131 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagccgctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggt 9444032  T
Q  658 aagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatattt 757  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9444031 aagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatattt 9443932  T
Q  758 ggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataa 857  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443931 ggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagagaaattcaacgggagaaatttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataa 9443832  T
Q  858 ttgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcg 957  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443831 ttgtctagacgcaatagatggcagacctacagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcg 9443732  T
Q  958 gactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatat 1057  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443731 gactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatat 9443632  T
Q  1058 tcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttc 1157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9443631 tcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttc 9443532  T
Q  1158 tgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacata 1257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443531 tgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacata 9443432  T
Q  1258 gctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9443431 gctgatactcttcactttaatgatgtc 9443405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 258 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 9439710 - 9439374
Alignment:
Q  258 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  9439710 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctc 9439612  T
Q  358 ctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 457  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9439611 ctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 9439512  T
Q  458 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9439511 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 9439412  T
Q  558 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9439411 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 9439374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 763 - 1250
Target Start/End: Complemental strand, 24598316 - 24597829
Alignment:
Q  763 aaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcc 862  Q
    |||||||||||| | |||||| |||| || ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  24598316 aaaaccatggcaacaaaatttaagattgagaagtttaatgggagtaatttctcactgtggaaattaaagataagggcgattctaagaaaagacaattgcc 24598217  T
Q  863 tagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactc 962  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  24598216 tagatgcaattgatggcagacctgcagatatcaccgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgctgttgccaatttgcacttagcaatggcagattc 24598117  T
Q  963 ggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattctta 1062  Q
    |||||||||||||||||| || || ||| | |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||    
T  24598116 ggtattgtcaagtattgcagagaaaaagtctgcaaaggagatctgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttctta 24598017  T
Q  1063 aagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatt 1162  Q
    || || |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| ||||| || || ||||    
T  24598016 aaaaggaggctctacactctccgaatgaatgaatccatatcaataacaaatcacataaataccatgaatacactatttgctcagctcacagcctcagatt 24597917  T
Q  1163 tcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataa 1250  Q
    ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24597916 tcacaatagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaaataa 24597829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Original strand, 87218 - 87267
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  87218 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaatt 87267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 672 - 719
Target Start/End: Original strand, 19803179 - 19803226
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaa 719  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19803179 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaa 19803226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 524 - 580
Target Start/End: Original strand, 4799315 - 4799371
Alignment:
Q  524 tgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgt 580  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  4799315 tgtgtgttcaatttctcttttctcatctcttattttagcagtgtgataatattttgt 4799371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 27879134 - 27878022
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaa- 287  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  27879134 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaattagtaacaacaccagaacaaa 27879035  T
Q  288 gtaaagc---------ttgtt-----tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagt- 372  Q
    ||||  |         |||||     |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  27879034 gtaacacaacaactacttgttcttagtagaatagagagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctaggtagtgttagtg 27878935  T
Q  373 -ttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 471  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878934 tttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactc 27878835  T
Q  472 ttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgata 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878834 ttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgata 27878735  T
Q  572 atattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttag 671  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878734 atattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagcccctggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttag 27878635  T
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatg 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878634 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatg 27878535  T
Q  772 gcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaa 871  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27878534 gcagcgaaatttgagatagagaagttcaacgggagaaatttttccctatggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgtctagacgcaa 27878435  T
Q  872 tagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtc 971  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878434 tagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtc 27878335  T
Q  972 aagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaagg 1071  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878334 aagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaagg 27878235  T
Q  1072 ctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatag 1171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878234 ctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatag 27878135  T
Q  1172 cggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttca 1271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  27878134 cggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactcttca 27878035  T
Q  1272 ctttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||    
T  27878034 ctttgatgatgtc 27878022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 546 - 1158
Target Start/End: Original strand, 30967674 - 30968287
Alignment:
Q  546 tcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaac 645  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30967674 tcgtctcttattttagctgcttgataatattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagcctttagttcgtagctgttattccgctgcgataaac 30967773  T
Q  646 tagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggttt-aaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttga 744  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  30967774 tagtggtgtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttggagttttaaactgatcttccacatcataaaagaattcttattactctggtctagtttga 30967873  T
Q  745 aagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattt 844  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30967874 atgaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaattcgagatagagaagttcaacgggagaaatttttccctgtggaaattgaagataagggcaattt 30967973  T
Q  845 taagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgca 944  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30967974 taagaaaagataattgcctagacacaatagatggcagacctgcagatatcactgttgaaaagcggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgca 30968073  T
Q  945 cctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactc 1044  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30968074 cctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacattaaaggagatctgggatattctaataaaattgtacgaggtcaaatcactc 30968173  T
Q  1045 cacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctc 1144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30968174 cacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacgaatcacatcaacaccctgaatacgctattttctc 30968273  T
Q  1145 aactcacggcttct 1158  Q
    |||||| |||||||    
T  30968274 aactcatggcttct 30968287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 257 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 26976470 - 26976133
Alignment:
Q  257 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  26976470 tcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttct 26976372  T
Q  357 cctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26976371 cctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagt 26976272  T
Q  457 gaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 556  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26976271 gaaagttctctactcttgccccttggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttat 26976172  T
Q  557 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26976171 tttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 26976133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 258 - 595
Target Start/End: Original strand, 1234680 - 1235016
Alignment:
Q  258 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  1234680 catcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctc 1234778  T
Q  358 ctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 457  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1234779 ctagtttgtgttagttagtattctcctatttataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtg 1234878  T
Q  458 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1234879 aaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatt 1234978  T
Q  558 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1234979 ttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 1235016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 259 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 27874327 - 27873992
Alignment:
Q  259 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcc 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  27874327 atcccaaatcagtaacaacacaagaacaagtaaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagcttctcctgtgaggtttctcc 27874229  T
Q  359 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27874228 tagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtga 27874129  T
Q  459 aagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattt 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27874128 aagttctctactcttgccccgtggttttttccctttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcttctcttattt 27874029  T
Q  559 tagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27874028 tagatgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 27873992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 306 - 595
Target Start/End: Original strand, 18967912 - 18968192
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||  | ||||||| | |||    
T  18967912 agtgagaggaaaaatataaagaggaaatatagtttctcttgtgaggtttctcctagt--------gttagtattctcctatttc-atgagagag-gctaa 18968001  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18968002 tttgtctctccttgtatttagagagaagtcttgtaattgtcttccacttagtgaaagttttctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 18968101  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18968102 gggtttccacgtaaaatattatgtattcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 18968192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 322 - 595
Target Start/End: Original strand, 30986552 - 30986827
Alignment:
Q  322 tagagagaaa-aattagtttctcctg-tgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttg 419  Q
    |||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||| | |||| |||    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30986552 tagagagaaagaaatagtttctcctcatgaggtttctcctaggtagtgtcagt----attcttctatttacaagagagagtggtaattgtactctccttg 30986647  T
Q  420 tatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtgg--ttttttccccttatttgttgagggg---tttccac 514  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||   |||||||    
T  30986648 catttagagagaggtcctgcaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttttttccttatttgttgaggggtactttccac 30986747  T
Q  515 gtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30986748 gt-aaatattgtgcgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctacgtgataatattttgttactctgatacctaa 30986827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 309 - 551
Target Start/End: Original strand, 30966683 - 30966923
Alignment:
Q  309 gagagaaaaaatatagagagaaa-aattagtttctcct-gtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||| | |  | |||    ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  30966683 gagagaaaaaatatagagagaaagaaatagtttctacttgtgaggtttctcctaggtagcctcagt----attcttctatttacaagagagagtggtaat 30966778  T
Q  407 tgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttt-ttccccttatttgttgagg 505  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |    
T  30966779 tgtactctccttgcatttagagagaggttctgcaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtgattttatttcccttatttgttgatg 30966878  T
Q  506 ggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtct 551  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30966879 ggtttccacgt-aaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtct 30966923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 763 - 1247
Target Start/End: Complemental strand, 8480640 - 8480156
Alignment:
Q  763 aaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcc 862  Q
    ||||||||| || | |||||| | || || ||||| || | ||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  8480640 aaaaccatgacaacaaaatttaatattgagaagtttaatgagagtaatttttcattgtggaaattaaagataagggcgattctaagaaaagataattgcc 8480541  T
Q  863 tagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactc 962  Q
    |||| |||||  |||| |||  |||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| || |   || ||||||||||| ||||||| || |||||    
T  8480540 tagatgcaatttatggtagatatgcaaatatcactgattaaaagtggaaaaagatggatgacaacgttttttccaatttgcacttagcaattgcagactc 8480441  T
Q  963 ggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattctta 1062  Q
    |||||| ||||||||| | || || ||| | |||| |||||||| ||||  | | || ||||||||| |||| || ||||| ||||  ||||| ||||||    
T  8480440 ggtattttcaagtattacagagaaaaagtctgcaagggagatctaggatgttattattaaattgtacaaggtgaagtcacttcacacaagaattttctta 8480341  T
Q  1063 aagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatt 1162  Q
    ||  | || || |||||||| ||||||  ||||| || |||   |||  ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||| |||||  | || ||||    
T  8480340 aaatggagtctttacactctccgaatgaatgaatacatatcgacaacaaatcacataaacaccatgaatacactatttgctcagctcacaacatcagatt 8480241  T
Q  1163 tcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaa 1247  Q
    |||  ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8480240 tcatgatagctgaaaataaacgtgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaacattacaaa 8480156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 429 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 23012667 - 23012182
Alignment:
Q  429 agaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgt 528  Q
    ||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| | |||||| || | ||||||||||||| || |||||    
T  23012667 agaggtcttgaaatttctctcacttagtgaaagttctctactcttgccca-tggtttttccccttaatttgt-gacgagtttccacgtaaa-taatgtgt 23012571  T
Q  529 gttcagttcctctttt-ctcgtctcttattttagctgcgtgataata-ttttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctg 626  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || |||| || | ||  ||  ||||| |||| |||||| ||    
T  23012570 gttcaattcttctttttctcgtctcttattttagttgcgtgataatattttttttactttgttacccaacaatgtcatttgagccattggctcgtagttg 23012471  T
Q  627 ttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttat 726  Q
    || |||| |    | |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||  |||||||||||||||       |||| || |    
T  23012470 ttgttccacatcaacaaacaagtgcagtggtaagaaaaaacttagtatgctttgtggttacagtttagcctgatcttccacatc-------aattttttt 23012378  T
Q  727 tattccggtctagttt---gaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttgga 823  Q
    ||||||  | ||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||      ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  23012377 tattccaatttagtttggagaaataaaaatatttggtataaaaccatgacagcaaaattcgag------aagttgaatgggagaaatttttccctatgga 23012284  T
Q  824 aattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatga 923  Q
    ||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||| ||  || || ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||    
T  23012283 aattgaatataatggcaattttgataaaagataatttcctaaacgcaatagat-gcccacatgtagatatcacagaagaaaagttgaaagagatggaaga 23012185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 406 - 592
Target Start/End: Original strand, 21966677 - 21966860
Alignment:
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgagg 505  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||| ||||||    
T  21966677 ttgtactctctttgaaattagagagaggtcttataatttcttccatttagtgaaagttctctactcttgccccat-gatttttccctttatttattgagg 21966775  T
Q  506 ggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacc 592  Q
    ||||||||| | ||||||| | |||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  21966776 ggtttccacat-aaatattttatgtttagttcctcttttctcatatgtta-tttagctgcgtgataatgtttcgttactttggtacc 21966860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1192 - 1284
Target Start/End: Original strand, 30968283 - 30968375
Alignment:
Q  1192 cttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  30968283 cttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatatctgatactcttcacttttatgatgtc 30968375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 890 - 1132
Target Start/End: Original strand, 8481005 - 8481247
Alignment:
Q  890 atatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaa 989  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |   ||||| |||| ||| |||||||||| |||| | || | ||| ||||||   | || ||    
T  8481005 atatcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgatattgccgattttcacttagcaatggcagacttgatactttcatgtattgtatagaataa 8481104  T
Q  990 gacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatg 1089  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |  | ||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||    
T  8481105 gactgcaagggagatctaggatactcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcaaacaataattttcttgaaaaggaggctctacactctccgaatg 8481204  T
Q  1090 ggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaata 1132  Q
      |||||||| |||  ||||  ||||||| |||||| ||||||    
T  8481205 aatgaatccatatcaataacaaatcacataaacaccatgaata 8481247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 16777109 - 16777060
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16777109 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaatt 16777060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 1284
Target Start/End: Original strand, 825632 - 826483
Alignment:
Q  434 tcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttt-ttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttc 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  825632 tcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttttccccttatttgttgagtggtttccacgtaaaatattgtgtgttc 825731  T
Q  533 agttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattc 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  825732 agttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaacagtggtatcagagccgctggttcgtagctgttattc 825831  T
Q  633 cgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattcc 732  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  825832 cgctgtgataaactagtgaagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattgttcc 825931  T
Q  733 ggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaaga 832  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  825932 ggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagattgagaagttcaacgggagaaatttttcgctatggaaattgaaga 826031  T
Q  833 taagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgt 932  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  826032 taagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataattccgt 826131  T
Q  933 tgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgag 1032  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  826132 tgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgag 826231  T
Q  1033 gtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaata 1132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  826232 gtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacacccttaata 826331  T
Q  1133 cgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcat 1232  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826332 cgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcat 826431  T
Q  1233 catcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  826432 catcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgtc 826483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 377 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 13844014 - 13843110
Alignment:
Q  377 attctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgcc 476  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||||| || ||| |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||  |    
T  13844014 attctcctatttttaaaatagagtggtaattttattcttcttgtatttataaaggggtcctgtaatttcttccacttaatgaaaattctatacttttaac 13843915  T
Q  477 ccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttc-ctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatat 575  Q
    |  |  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||  || |||||||    |||| ||||  | |||||||||||    
T  13843914 ctataattttt-ctccttatttgttgaggggtttccacgtaaa-tattgtgt--tcatttttcttttttctcaaaacttactttacttacgtgataatat 13843819  T
Q  576 tttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatg 675  Q
    ||| |||||||| || | |  |||||||| |||||| |||| ||||    ||| |||||||||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13843818 tttattactctgatagccacaagtggtattagagccattggctcgtgatagttgttccgctgtagcaaactggtggagtggtaagaaaaatattagtatg 13843719  T
Q  676 ctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatatttggtgtaaaaccatggcag 775  Q
     | |||||||||  | || | |||| |||||||||| |||| |||||||||||||  || | || || ||||||||| | |||||||||||||||| ||     
T  13843718 ttatgtggttgcaatatagattgattttccacatcaaaaaaaaattcttattatttaggaccagctt-aaagaaaaaaagttggtgtaaaaccatgacat 13843620  T
Q  776 cgaaatttgagatagaaaagttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaataga 875  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||    
T  13843619 cgaaatttgagatagaaaagttcaacaggagaaattcttccctttggaaattgaagatacaagcaattttaagaaaagataattgtgtagacacaattga 13843520  T
Q  876 tggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagt 975  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||    
T  13843519 tggcaaacttgcaaatatcactgacgaaaagtaaaaagagatagatgataacgttgttgccaatttgcaccttgcaatggtagactcgatattgtcaagt 13843420  T
Q  976 attgctgaaaagaagacagcaaagg-agatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctc 1074  Q
    |||| |||||||||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||  | ||||||    
T  13843419 attgttgaaaagaaggcaacaaaggaagatctaggacactctaataaaattgtacgaggtcaaataacttcataacataatattcttaaatgggaggctc 13843320  T
Q  1075 tacactcttcgaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcgg 1174  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||| |    
T  13843319 tacactcttagaatgagtgaatccacatcaataacatatcacattaagaccttgaatacactattttctcaacttacaacttctgatttcataatagcag 13843220  T
Q  1175 aaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactt 1274  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| ||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | | |||||||||||    
T  13843219 aaaatgagcatgttgaacttctacttcatagtatatcaaatttgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataacaatatagttgacactcttcactt 13843120  T
Q  1275 tgatgatgtc 1284  Q
    ||||||||||    
T  13843119 tgatgatgtc 13843110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 5199062 - 5198664
Alignment:
Q  189 ataaatgaaaatggttgaggcatggcttttacggtcctataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 288  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||| || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5199062 ataaatgcaattggttggggcatggctctttcactagtataaatagcatgtcccttgcaccattctactcatcccaaatcagtaacaacacaagaacaag 5198963  T
Q  289 taaagcttgtttagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctattt 388  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5198962 taaagcttgtttaga-tagtgagagaaaaaatatagagaggaaaaatagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagttagtattctcctattt 5198864  T
Q  389 ataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 488  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5198863 ataagagagagtggtatttgtactctccttgtagttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt 5198764  T
Q  489 ccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctgg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5198763 ccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctgg 5198664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 308 - 675
Target Start/End: Original strand, 15602905 - 15603272
Alignment:
Q  308 tgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaatt 407  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| || | || ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  15602905 tgagaggaaaaatatagaaagaaaaattagatttttctatgaggtttctcttagtaagtgttagttagtattctcctatttacaagatagaatggtaatt 15603004  T
Q  408 gtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgagggg 507  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15603005 gtacactccatgcatttagagagaggtcttgtaatttcttctacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgagggg 15603104  T
Q  508 tttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcag 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||   ||| || |||| ||||||    
T  15603105 tttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttatttcaattgcgtgataatattttcttactctcacacccaacagtgctatcag 15603204  T
Q  608 agcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatg 675  Q
    || | ||||||||||  |||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15603205 agtcattggttcgtaattgttattccgatgcaaaaaactggtggagtggtaagaaatatcttagtatg 15603272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 434 - 595
Target Start/End: Original strand, 830288 - 830450
Alignment:
Q  434 tcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttt-ttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttc 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  830288 tcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctccactcttgccccgtggtttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttc 830387  T
Q  533 agttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  830388 agttcctcttttctcgtctcttattttaactgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 830450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 330 - 590
Target Start/End: Original strand, 28715816 - 28716070
Alignment:
Q  330 aaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagaga 429  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||    ||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28715816 aaaaatagtttctcttgtaaggtttctcctaggtagtgttagt----attctcctatttataggaaacggtggtaattgtactctccttgcatttagaga 28715911  T
Q  430 gaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtg 529  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |  |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28715912 gatgtcctgtaatttcttccactttgtgaaagttctctattcttctcttgtgg-tttttccccttatttaatgaggggtttccacgt-aaatattgtgtg 28716009  T
Q  530 ttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggta 590  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  28716010 ttcaattcctcttttgtcgtctcttattttaaatgtgtgataatattttgttactctggta 28716070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 306 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 30397191 - 30396909
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||        |||  |||||||||||||  || | |||| |||||    
T  30397191 agtgagaggaacaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgagatttctcctagt--------gttaatattctcctatttc-aacatagag-ggtaa 30397102  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaa-gttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  30397101 tttgtctctccttgtatatagaaagaggtcttgtaatttcttccacttagtgaaaagttctctactctcgccctgtgatttttttcccttatttgttgag 30397002  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagt 599  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  30397001 gggtttcaacg-aaaatat-gtgtgttcagttcgtcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgctactctggcacccaatagt 30396909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 300 - 384
Target Start/End: Original strand, 830205 - 830291
Alignment:
Q  300 tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgtta--gtttgtattctcct 384  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||    
T  830205 tagaatagtgagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctaggtagtgttagtgtttgtattctcct 830291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 300 - 384
Target Start/End: Original strand, 825549 - 825635
Alignment:
Q  300 tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgtta--gtttgtattctcct 384  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||    
T  825549 tagaatagtgagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgcgaggtttctcctaggtagtgttagtgtttgtattctcct 825635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 437 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 31593068 - 31592923
Alignment:
Q  437 tgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagtt 536  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||  | |||||| ||||| | |||||||||||| |||||| ||||  |||    
T  31593068 tgtaatttctttcggttagtgaaagttctctactcttatct-gtggttttttttc-ttatttattgagagatttccacgtaaattattgtatgttatgtt 31592971  T
Q  537 cctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttact 584  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||    
T  31592970 cctcttttctcgtctcttattctatctgtgtgataatattatgttact 31592923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 375 - 502
Target Start/End: Original strand, 8004167 - 8004292
Alignment:
Q  375 gtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttg 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||| ||||||||  | |||||||||||| | |||||||||| |||| || |     
T  8004167 gtattctcctatttataagagagagtg-taattgtactcttcttacatttaaagagaggttttataatttcttccattcagtgaaagttttctagtcata 8004265  T
Q  475 ccccgtggttttttccccttatttgttg 502  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||    
T  8004266 ccccgttg-tttttcctcttatttgttg 8004292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 375 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 13840456 - 13840245
Alignment:
Q  375 gtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttg 474  Q
    |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||  |||| || ||| || ||||||||||    
T  13840456 gtattcttttatttttaagagagaattgtaattgtactctccttatatttagagagaggttttgtaattt-ttttacttggtaaaaattttctactcttg 13840358  T
Q  475 ccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataata 574  Q
    | || ||  |||| |||||| ||||||||||  ||  || || ||||||  ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| ||  | ||||||||||    
T  13840357 ctccatg--ttttcccccttgtttgttgaggaattctcatgt-aaatat--tgtgttcggttcctcctttctcatcttttattataattacgtgataata 13840263  T
Q  575 ttttgttactctggtacc 592  Q
    |||||||| |||||||||    
T  13840262 ttttgttattctggtacc 13840245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 462 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 12175881 - 12175768
Alignment:
Q  462 ttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttag 561  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||||||  |||||| |||||  ||||||||  ||||||||||||||||| || || |||| || ||| |||||||||    
T  12175881 ttctctactcttgtccaattgttttttcca-ttatttattgagatgtttccaca-aaaatattgtgtgttcaatttcttttttatcatcttttattttag 12175784  T
Q  562 ctgcgtgataatattt 577  Q
     |||||||||||||||    
T  12175783 ttgcgtgataatattt 12175768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 533 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 9358207 - 9358158
Alignment:
Q  533 agttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgtta 582  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  9358207 agttcttcttttctcgtctgttgttttagctgcgtaataatatttggtta 9358158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 427 - 536
Target Start/End: Original strand, 42117769 - 42117876
Alignment:
Q  427 agagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgt 526  Q
    ||||||||| | ||||||||  |  ||| |||||||| |||||| ||| | ||||||||| ||||||||||  ||||| |||||| |||| |||||||||    
T  42117769 agagaggtcttataatttctctcgtttaatgaaagttatctacttttgtctcgtggtttt-tccccttattaattgagaggtttctacgt-aaatattgt 42117866  T
Q  527 gtgttcagtt 536  Q
     |||||||||    
T  42117867 atgttcagtt 42117876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 411 - 1284
Target Start/End: Complemental strand, 8138645 - 8137771
Alignment:
Q  411 ctctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggttt 510  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  8138645 ctctccttgtatttagagggaggtcttgtaatttcttccatttagtgaaagttctctaatcttgcctcgtggttttctccccttgtttgttaaggggttt 8138546  T
Q  511 ccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaatagtggtatcagagc 610  Q
    |||| |||  || |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||||| |||||    
T  8138545 ccacataat-tactgtgtgttaagtttttcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatactttgatactctgctacccaacagtggtattagagc 8138447  T
Q  611 ccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatc 710  Q
    | ||||||||| |  ||||||| || |     |||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  8138446 cattggttcgttgtcgttattctgccgc----aactggtcgagtggtaagaaaaatcttagtatgctatttggttgtggtttagactgaacttccacatc 8138351  T
Q  711 agaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaatat-----ttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaagttcaacggga 805  Q
    | ||||||||||||| ||||  | | |||||||| |||||||||      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||    
T  8138350 ataaaagaattcttactattttgatatagtttgagagaaaaataaaataattggtgtaaaaccatggcagcgaaattttagatagagaagttcaacgaga 8138251  T
Q  806 gaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaaga-taattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaa 904  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||    
T  8138250 gaaatttttccctattgaaattgaagataagggcaattttaagaaaaaaataattgcatagacgcaatagatggcagacctgcagatatcactaacaaaa 8138151  T
Q  905 agtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagat 1004  Q
    |||||||| ||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  8138150 agtggaaaaagatggaagataatgttgttgccaacctgcacctagcaatggcagactgggtattgtcaagtattgctgaaaagaagacaacaaacgagat 8138051  T
Q  1005 ctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatct 1104  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  8138050 cggggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccgcaacagaatattcttaaagaggaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacattc 8137951  T
Q  1105 gtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcaga 1204  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  8137950 ataacagatcacatcaacaccctgaatacggtattttctaaaatcccaacttctaatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgtggaacttctacttcaga 8137851  T
Q  1205 gtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactcttcactttgatgatgtc 1284  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8137850 gtttaccatatttgtatgatcaactcatcatcaacattccaaataataacatagctgatactcttcactttgataatgtc 8137771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 597 - 993
Target Start/End: Original strand, 25441076 - 25441478
Alignment:
Q  597 agtggtatcagagcccttggttcgtagctgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtttaaac 696  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25441076 agtggtatcagagccattgatttgtagttgttattccgctgtgataaactagtggagtggtaagaaaaatcttagtatgctctgtggttgcggtgtaaac 25441175  T
Q  697 tgatcttccacatcagaaaagaattcttattattccggtctagtttgaaagaaaaa--tatttggtgtaaaaccatggcagcgaaatttgagatagaaaa 794  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25441176 tgatctttcacatcataaaagaattcttattattcctgtctagtttgaagaaaaaacatatttggtgaaaaaccatggcagcgaaatttgagatagagaa 25441275  T
Q  795 gttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgcaatagatggcagacttgcagatatc 894  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||    
T  25441276 gttcaatgggagaaattttttcctatggaaattgaagataagggaaattttaagagaagataattgcctagatgcgatagatgtcagacctgcagatatc 25441375  T
Q  895 actgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctag----caatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaag 990  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25441376 actgacggaaagtggaaagagatggatgataatgtcgtcgccaatttgcacatcgacgccaatgacggactcagtattgtcaagtattgctgaaaagaag 25441475  T
Q  991 aca 993  Q
    |||    
T  25441476 aca 25441478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 306 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 16183913 - 16183636
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  16183913 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcctagt--------gttagtattctcctatttc-aagagagag-ggtaa 16183824  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16183823 tttgtctctccttgtatttagagagaggtcttgtaattgtcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 16183724  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacc 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16183723 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacc 16183636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 300 - 592
Target Start/End: Original strand, 30235038 - 30235334
Alignment:
Q  300 tagagtagtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctg-tgaggtttctcctagtttgtgttagt--ttgtattctcctatttataagaga 396  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30235038 tagagtagtgagaggaaaaatatagagagaaaaattagtttctccttatgaggtttctcttacgtagtgttagtgtttgtattctcctatttataagaga 30235137  T
Q  397 gagtggtaattgtactctccttgtatttag-agagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggtttttt-cccctt 494  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  30235138 gagtggtaattgtactctccttataaataggagagaggtcctgtaatttcttctagttattgaaagttttctactcttatcccgtggtttttttcccctt 30235237  T
Q  495 atttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacc 592  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  30235238 attcgttgaggggtttccacgtaaa-tattgtgtgttcagttcctcttttctcattttttattttagctgtgtaataatattttgctactctggtacc 30235334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 375 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 8140183 - 8139940
Alignment:
Q  375 gtattctcctatttataagagagagtggtaattgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttg 474  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||||||   ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||     
T  8140183 gtattctcctatttc-aagagagag-ggtaatttgtctctccttgtattaagagagaggtcttataatttcttccactgagtgaaagttttctaatctta 8140086  T
Q  475 ccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataata 574  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  8140085 ccccatggttttctccccttatttgttgaggggtttccacataaa-tattgtgcgttcagtttctcttttctcatctcttattttagctgtgtgataata 8139987  T
Q  575 ttttgttactctggtacctaatagtggtatcagagcccttggttcgt 621  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||    
T  8139986 ttttgttactctggtacccaacagtggtattagagccattggttcgt 8139940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 439 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 5102749 - 5102606
Alignment:
Q  439 taatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcc 538  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||| ||| || ||| ||    
T  5102749 taatttctcccacttagtaaaagttatctactcttgctccatgg-tttttccccttatttgttga-gggttttcatgt-aaatattatgtatttagtccc 5102653  T
Q  539 tc-ttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttact 584  Q
    || ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  5102652 tctttttctcatcttttattttagttgagtgataatattttgttact 5102606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 482 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 36528529 - 36528420
Alignment:
Q  482 gttttttccccttatttgttgaggggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgtt 581  Q
    |||||||  ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||  || ||||||    
T  36528529 gttttttttccttattcgtggaggggtttccacgtaaa-tattgtgtgttcaattcctctattctcatctcttattttagttgcgtaattttactttgtt 36528431  T
Q  582 actctggtacc 592  Q
    |||||| ||||    
T  36528430 actctgatacc 36528420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Original strand, 11712072 - 11712121
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  11712072 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaataatt 11712121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 306 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 27508 - 27228
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||| |||||||  |||||||| ||||||    
T  27508 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcctagt--------gttagtattcacctatttc-aagagaga-tggtaa 27419  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418 tttgtctctccttgtatttagagagaagtattgtaattgtcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 27319  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27318 gggtttccacgtaaagtattgtgtgttcagtttctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 27228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 8e-89; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 306 - 595
Target Start/End: Original strand, 46191266 - 46191544
Alignment:
Q  306 agtgagagaaaaaatatagagagaaaaattagtttctcctgtgaggtttctcctagtttgtgttagtttgtattctcctatttataagagagagtggtaa 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  46191266 agtgagaggaaaaatatagagaggaaatatagtttctcctgtgaggtttctcctagt--------gttagtattctcctatttc-aagagagag-ggtaa 46191355  T
Q  406 ttgtactctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgag 504  Q
    ||   |||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46191356 tttgtctctccttctatttagagagaagtcttgtaattgtcttccacttagtgaaagttctctactcttgtcccgtggttttttccccttatttgttgag 46191455  T
Q  505 gggtttccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46191456 gggtttccacgtaaaatat--tgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcatgataatattttgttactctggttcctaa 46191544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 411 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 30697300 - 30697120
Alignment:
Q  411 ctctccttgtatttagagagaggtcctgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggttt 510  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30697300 ctctccttgtatttagaaagaggtcttgtaatttcttccacttagtgaaagttctctactcttgccacgtggctttttccccttatttgttgaggggttt 30697201  T
Q  511 ccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacc 592  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30697200 ccacgt-aaatattttgtgttaagttcctcttttctcgtctcttatgttagctgcgtgataatattttgttactctagtacc 30697120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 411 - 595
Target Start/End: Original strand, 4130215 - 4130399
Alignment:
Q  411 ctctccttgtatttagagagaggtcctgtaatt-tcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccccttatttgttgaggggtt 509  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4130215 ctctccttgtatttagagagaagtcttgtaattatcttccacttagtgaaagttctctactcttgccccgtggttttttccctttatttgttgagggatt 4130314  T
Q  510 tccacgtaaaatattgtgtgttcagttcctcttttctcgtctcttattttagctgcgtgataatattttgttactctggtacctaa 595  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4130315 tccacgt-aaattttgtgtgttcagttcctcttttctcgtcacttattttagttgcgtgataatattttgttactcaagtacctaa 4130399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 2796460 - 2796411
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2796460 tatgctctgtggttgcagtttaatgtgatcttccacatcagaaaagaatt 2796411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Original strand, 42376095 - 42376144
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42376095 tatgctttgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaatt 42376144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 794 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 46344372 - 46344296
Alignment:
Q  794 agttcaacgggagaaatttttccctttggaaattgaagataagggcaattttaagaaaagataattgcctagacgca 870  Q
    |||||||  |||||||||||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  46344372 agttcaattggagaaatttttccttgtgaaaatcgaagataaatgcaattttaagaaaccataattgcctagacgca 46344296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 14476214 - 14476165
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  14476214 tatgctctatggttgcagtttaatcggatcttccacatcagaaaagaatt 14476165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Original strand, 23201147 - 23201196
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  23201147 tatgctatgtggttgcagtttaatatgatcttccacatcagaaaagaatt 23201196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1175 - 1268
Target Start/End: Original strand, 46452552 - 46452644
Alignment:
Q  1175 aaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctaatactct 1268  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| || ||  ||| |||||||||    
T  46452552 aaaatgagtgtgctaaacttctacttcatagtttattaga-tcctatgatgaactcatcatcaacattaaaaacaacaatgtagttaatactct 46452644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 28871 - 28822
Alignment:
Q  672 tatgctctgtggttgcggtttaaactgatcttccacatcagaaaagaatt 721  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28871 tatgctctgtggttgcagtttaatctgatcttccacatcagaaaagaatt 28822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University