View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19058_low_5 (Length: 680)

Name: NF19058_low_5
Description: NF19058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19058_low_5
NF19058_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-666)||(2527888-2528535)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (114-653)||(49463788-49464327)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (114-621)||(33800169-33800679)
chr2 (227-653)||(31028797-31029223)
chr2 (227-621)||(33804749-33805147)
chr2 (227-621)||(33813157-33813555)
chr2 (325-562)||(44695311-44695548)
chr2 (120-179)||(44695106-44695165)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 628; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 666
Target Start/End: Original strand, 2527888 - 2528535
Alignment:
Q  19 ctgaagaagtgccactctcacttgttggtctaagcaaatttaaataaaatttagaacctaatggagacccatttggtaccttaggaacatcacatagacc 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2527888 ctgaagaagtcccactctcacttgttggtctaagcaaatttaaataaaatttagaacctaatggagacccatttggtaccttaggaacatcacatagacc 2527987  T
Q  119 ctcaagcatttgtacaactttattcatagaaggcctcaaacacatatcttcttgtatacacaaaaatgcaacattcaaagcaatctcaactctcacatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2527988 ctcaagcatttgtacaactttattcatagaaggcctcaaacacatatcttcttgtatacacaaaaatgcaacattcaaagcaatctcaactctcacatca 2528087  T
Q  219 ttttcacatattttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgtatttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2528088 ttttcacatattttcacctcagagtcaattaaatcttccatcttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgaatttt 2528187  T
Q  319 ctttaggatcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatcca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528188 ctttaggatcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatcca 2528287  T
Q  419 ttctggtgctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggct 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528288 ttctggtgctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggct 2528387  T
Q  519 tcaaaattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttagctgttc 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2528388 tcaaaattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttggctgttc 2528487  T
Q  619 ctactgcaattttgtaccttgtgttccaatccaaagataattctttat 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528488 ctactgcaattttgtaccttgtgttccaatccaaagataattctttat 2528535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 9e-78; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 114 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 49464327 - 49463788
Alignment:
Q  114 agaccctcaagcatttgtacaactttattcatagaaggcctcaaacacatatcttcttgtatacacaaaaatgcaacattcaaagcaatctcaactctca 213  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||  |||| ||||| |||| | |||| ||||||||||||||| | ||||||||  | | ||||   | ||| ||      
T  49464327 agaccctccaacatttgaacaactttggtcattgaaggtctcatagacatgtcttcttgtatacaccacaatgcaacccttatagcacattgaaccctat 49464228  T
Q  214 catcattttcacatattttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgt 313  Q
    ||||||  |||   ||||||| ||| ||||||| || ||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||    |||||| |     
T  49464227 catcatgctcatcaattttcagctcggaatcaagtatatctctcactttcccttcttccatcatcttaaaagcaaaactagggaaataacttttctctga 49464128  T
Q  314 attttctttaggatcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtg 413  Q
    | | || |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  49464127 actctcattagtatcatagttcttccttccaccaataatctctagcaataccatcccatagctgtatacatcacttttctctgatatagcatagcttgtt 49464028  T
Q  414 atccattctggtgctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactt 513  Q
    |||||||| ||||| |  || || | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| || || | ||| ||||| |||||||    
T  49464027 atccattcaggtgcaaggtatccacgtgttcctcgcattgttgtaaaaacatgactttgttctctattcatgagtttggctaaaccaaaatctgaaactt 49463928  T
Q  514 tggcttcaaaattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttagc 613  Q
    ||||    ||||  ||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||    
T  49463927 tggccatgaaatggtcatctagaagcacattttcaggtttgatgtcacaatgaacaatctttgaatcacaatcttcatgtagataagctagcccttttgc 49463828  T
Q  614 tgttcctactgcaattttgtaccttgtgttccaatccaaa 653  Q
     ||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||    
T  49463827 cgttcctactgctatattataccttgtatcccaatccaaa 49463788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 114 - 621
Target Start/End: Original strand, 33800169 - 33800679
Alignment:
Q  114 agaccctcaagcatttgtacaactttattcatagaaggcctcaaacacatatcttcttgtatacacaaaaatgcaacattcaaagcaatctcaactctca 213  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||  |||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| | ||||   | ||| ||      
T  33800169 agaccctctaacatttgaacaacttttgtcatggaaggtctcatagacatgtcttcctgtatacaccacaatgcaacatttatagcacaatgaaccctat 33800268  T
Q  214 catcattttca-cat--attttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctc 310  Q
    ||||||| ||| |||  ||||||| ||| |||||||| | ||||  ||  || |||| ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||   |||||||    
T  33800269 catcattctcatcatctattttcatctctgaatcaatgatatctctcattttaccttcttccatcatcttaaaagcaaaacgagggaaattgaatttctc 33800368  T
Q  311 cgtattttctttaggatcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagttt 410  Q
    || | | || ||||||||||| || ||||||||  |||| ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33800369 cgaagtctcattaggatcataattcttccttcccgcaattatctctagcaacaccatcccatagctgtatacatcgcttttctctgatatagcatagttt 33800468  T
Q  411 gtgatccattctggtgctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaa 510  Q
    || ||||| || ||||| |  || || |  |||||||| | ||| |||||||||||||||| ||| |  ||||| ||||| || | ||| || || ||||    
T  33800469 gttatccactcgggtgcaaggtagccacgagttcctcttaatgtagtaaaaacatggctttcttctctattcataagcttggctaaaccaaagtctgaaa 33800568  T
Q  511 ctttggcttcaaaattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtccttt 610  Q
    |||||||    |||| |||||||| ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  33800569 ctttggcaatgaaatgatcatctagaagtacattttcaggtttgatgtcacaatgaacaatctttgaatcacactcttgatgcagataagcaagtccttt 33800668  T
Q  611 agctgttccta 621  Q
     ||||||||||    
T  33800669 tgctgttccta 33800679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 227 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 31029223 - 31028797
Alignment:
Q  227 tattttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgtattttctttagga 326  Q
    |||||||| ||| |||||||| | ||||  ||| || |||| ||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||| | | | || ||||||    
T  31029223 tattttcatctccgaatcaatgatatctctcactttaccttcttccatcatcttaaaagcaaaacgagggaaattcgatttctctgaagtctcattagga 31029124  T
Q  327 tcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatccattctggtg 426  Q
    ||||| || |||| ||| || || ||||| | ||||| ||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  31029123 tcataattcttccgtcccccgattatctcaagcaacatcatcccataactgtatacatcacttttctctgatatagcgtagtttgttatccactcaggtg 31029024  T
Q  427 ctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggcttcaaaatt 526  Q
    | |  || || | ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || | ||| ||||| |||||||||||    ||||     
T  31029023 caaggtagccacgtgttcctcttagtgtcgtaaaaacatggctttgttctctattcatgagcttggctaaaccaaaatctgaaactttggcaatgaaatg 31028924  T
Q  527 atcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttagctgttcctactgca 626  Q
    |||||||| ||| |||||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| |||     
T  31028923 atcatctagaagtacattttcaggcttgatgtcacagtgaacaatctttgagtcacattcttgatgtagataagctagcccttttgctgttcctaatgct 31028824  T
Q  627 attttgtaccttgtgttccaatccaaa 653  Q
    || ||  ||||||| | ||||||||||    
T  31028823 atattaaaccttgtatcccaatccaaa 31028797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 227 - 621
Target Start/End: Original strand, 33804749 - 33805147
Alignment:
Q  227 tattttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgtattttctttagga 326  Q
    |||||||| ||| |||||||| | ||||  ||  || |||| ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||   |||||||||   | ||  |||||    
T  33804749 tattttcaactctgaatcaatgatatctctcattttaccttcttccatcatcttaaaagcaaaacgagggaaattgaatttctccgacgtctcagtagga 33804848  T
Q  327 tcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatccattctggtg 426  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  33804849 tcataattcttccttcccccaattatctctagcaacaccatcccatagctgtatacatcacttttctctgatatagcatagtttgttatccactcgggtg 33804948  T
Q  427 c---taaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggc-tttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggcttcaa 522  Q
    |    |  || || |  |||||||| | ||||||||||||||||| |||| || |  ||||| ||||| || | ||| ||||| |||||||||||    |    
T  33804949 caaggaggtagccacgagttcctcttagtgttgtaaaaacatggcttttgctctctattcataagcttggctaaaccaaaatctgaaactttggcaatga 33805048  T
Q  523 aattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttagctgttccta 621  Q
    ||| |||||| | ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||||||| ||||||||||    
T  33805049 aatgatcatcaagaagtacattttcaggtttcatgtcacaatgaacaatctttgagtcacactcttgatgcagatacgcaagtccttttgctgttccta 33805147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 227 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 33813555 - 33813157
Alignment:
Q  227 tattttcacctcagaatcaattaaatcttccaccttcccttgttccatcatcttataagcaaaagaaggaaaatgcgatttctccgtattttctttagga 326  Q
    |||||||| ||| |||||||| | ||||  ||  || |||| ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||   |||||||||   | ||  |||||    
T  33813555 tattttcaactctgaatcaatgatatctctcattttaccttcttccatcatcttaaaagcaaaacgagggaaattgaatttctccgacgtctcagtagga 33813456  T
Q  327 tcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatccattctggtg 426  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  33813455 tcataattcttccttcccccaattatctctagcaacaccatcccatagctgtatacatcacttttctctgatatagcatagtttgttatccactcgggtg 33813356  T
Q  427 c---taaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggc-tttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggcttcaa 522  Q
    |    |  || || |  |||||||| | ||||||||||||||||| |||| || |  ||||| ||||| || | ||| ||||| |||||||||||    |    
T  33813355 caaggaggtagccacgagttcctcttagtgttgtaaaaacatggcttttgctctctattcataagcttggctaaaccaaaatctgaaactttggcaatga 33813256  T
Q  523 aattatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcacaatgaacaatctttgagtcacaatcttcatgcaaataagctagtcctttagctgttccta 621  Q
    ||| |||||| | ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||||||| ||||||||||    
T  33813255 aatgatcatcaagaagtacattttcaggtttcatgtcacaatgaacaatctttgagtcacactcttgatgcagatacgcaagtccttttgctgttccta 33813157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 325 - 562
Target Start/End: Original strand, 44695311 - 44695548
Alignment:
Q  325 gatcatagtttttccttcctccaataatctctaacaacaccattccatagctataaacatcacttttctctgatatagcatagtttgtgatccattctgg 424  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||| | ||||||||||||  | |||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||||||    
T  44695311 gatcatagttttttcttcctccaacaatctcaagcaaaagcattccatagctgaacacatcactcttctccgaaatcgcgtagttagttatccattctgg 44695410  T
Q  425 tgctaaataacctcttgttcctctcattgttgtaaaaacatggctttgttcacggttcatgagcttcgcaagaccgaaatcggaaactttggcttcaaaa 524  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |  ||||| || |||||||||||||| | | |||| ||||| || |  || ||||| ||||| || ||    |||    
T  44695411 tgctaaataccctcttgttcccctaagagttgtgaatacatggctttgttctctgctcattagctttgccaatccaaaatccgaaaccttagccatgaaa 44695510  T
Q  525 ttatcatctaaaagcacattttctggtttaatatcaca 562  Q
    |||||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  44695511 ttatcatcaagaagaacattttgtggtttgatatcaca 44695548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 179
Target Start/End: Original strand, 44695106 - 44695165
Alignment:
Q  120 tcaagcatttgtacaactttattcatagaaggcctcaaacacatatcttcttgtatacac 179  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||  |||||| ||||||||||||    
T  44695106 tcaagcatttgaacaactttactcatggaaggtctcaaattcatatcatcttgtatacac 44695165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University