View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19060_low_1 (Length: 1326)

Name: NF19060_low_1
Description: NF19060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19060_low_1
NF19060_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-1320)||(33387497-33388809)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (126-1282)||(20816333-20817503)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (648-1304)||(38779167-38779834)
chr1 (276-512)||(38778277-38778513)
chr1 (515-641)||(38778622-38778748)
chr1 (20-162)||(38777260-38777402)
chr1 (155-274)||(38778045-38778164)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1239; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1239; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1320
Target Start/End: Original strand, 33387497 - 33388809
Alignment:
Q  19 aaggtaaggcttcatttgcgattccgggcttcatccttttccttctctcttttcttgtaaagcctgtcaagaacttgcttcgcttcacaccgtgggaaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387497 aaggtaaggcttcatttgcgattccgggcttcatccttttccttctctcttttcttgtaaagcctgtcaagaacttgcttcgcttcacaccgtgggaaat 33387596  T
Q  119 tagacaaatcatagtaatttggtgctatatcaactaaccagtcaccacgtatatctgtcacagtacgtatgaaattgtcactcgtaaaaacatattcatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387597 tagacaaatcatagtaatttggtgctatatcaactaaccagtcaccacgtatatctgtcacagtacgtatgaaattgtcactcgtaaaaacatattcatt 33387696  T
Q  219 atagataacccactcgggcttgtggtccaggcaatttgatggatgcaattgtaccatctggttatctttcactgtcaagtagtgtcctgtccgctcaaga 318  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387697 atagataacccactcgggcttggggtccaggcaatttgatggatgcaattgtaccatctggttatctttcactgtcaagtagtgtcctgtccgctcaaga 33387796  T
Q  319 tgagccacctgcatgaagtatcctgctagcattgcctttttaatgttgacatagtagtcgcgactattgaagtaagtgctgcataacttcaggttaaacc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387797 tgagccacctgcatgaagtatcctgctagcattgcctttttaatgttgacatagtagtcgcgactattgaagtaagtgctgcataacttcaggttaaacc 33387896  T
Q  419 gagccatgattcgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttcagcgccctgtgattaacaaagttttcatagcaccaagatggatcctcattgtt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387897 gagccatgattcgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttcagcgccctgtgattaacaaagttttcatagcaccaagatggatcctcattgtt 33387996  T
Q  519 ttgcttgtaggcatggtatacgttcaatagtgtgagatgatctccatcaatgtgtgcaaacctagcttttgcttcatctgcagcttcttgtgcatcccta 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33387997 ttgcttgtaggcatggtatacgttcaatagtgtgagatgatctccatcaatgtgtgcaaacctagcttttgcttcatctgcagcttcttgtgcatcccta 33388096  T
Q  619 ggccgaataaagcaattgggtaccgataccatcgcagatattgaaagaatctcgtttgaacagttgaactctggactaacaataagcatctttgacatct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33388097 ggccgaataaagcaattgggtaccgctaccatcgcagaaattgaaagaatctcgtttgaacagttgaactctggactaacaataagcatctttgacatct 33388196  T
Q  719 gagggtccaatggaaactcactcataatctcacccagctttgttaagttaccttcatcatcaattgcacctaagtaattcaacactt-----------at 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||    
T  33388197 gagggtccaatggaaactcactcataatctcacccagctttgttaagttaccttcatcatcaattgcacctaagtaattcaacacttccaaagcacgcat 33388296  T
Q  808 taaggtttcaggagcaggagggtccatgaagtcaaaatgaactaaatcatctatacccaatttcttcaatgtaagaacagtgtttgcaagattagatctc 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33388297 taaggtttcaggagcaggagggtccatgaagtcaaaatgaactaaatcatctatacccaatttcttcaatgtaagaaccgtgtttgcaagattagatctc 33388396  T
Q  908 aaaattccaggataggtctgcggctgaagatcattactgaaacttattttggtatagagtctatagcatttccccggttgagttcttccggcacgacctg 1007  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33388397 aaaatttcaggataggtctgcggctgaagatcattactgaaacttatttcggtatagagtctatagcatttccccggttgagttcttccggcacgacctg 33388496  T
Q  1008 atctctggtgtgcactagcctttgatattggagacaccaacaaagactcaacacgagttcggggataataaaccttctgcttggcaaatccagggtcaat 1107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33388497 atctctggtgtgcactagcctttgatattggagacaccaacaaagactcaacacgagttcggggattataaaccttctgcttggcaaatccagggtcaat 33388596  T
Q  1108 aacatatactataccatcaatagtcaaagaagtttctgctatgtttgttgataccacaatctttcttccagggaggcctccctccttaactggaggcgga 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33388597 aacatatactataccatcaatagtcaaagaagtttctgctatgtttgttgataccacaatctttcttccagggaggcctccctccttaactggaggcgga 33388696  T
Q  1208 gctggctcaaaaatcttctgctgcatagctgggggaagggtggaatacagtgataacactttcacagggcccaccttctcccctaaatttgcaactttgt 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33388697 gctggctcaaaaatcttctgctgcatagctgggggaagggtagaatacagtgataacactttcacagggcccaccttctcccctaaatttgcaactttgt 33388796  T
Q  1308 ttgatattcttcg 1320  Q
    |||||||| ||||    
T  33388797 ttgatatttttcg 33388809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 1282
Target Start/End: Complemental strand, 20817503 - 20816333
Alignment:
Q  126 atcatagtaatttggtgctatatcaactaaccagtcaccacgtatatctgtcacagtacgtatgaaattgtcactcgtaaaaacatattcattatagata 225  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  20817503 atcatggtaatgtggtgctatatcaactaaccattcaccacgtatatccatcacagtacgtatgaaatgacgactcgtaagaacatattcattatagata 20817404  T
Q  226 acccactcgggcttgtggtccaggcaatttgatggatgcaattgtaccatctggttatctttcactgtcaagtagtgtcctgtccgct---caagatgag 322  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   ||| || ||||| |||||||||||| ||||| || |||   ||| |||||    
T  20817403 acccattcaggcttgtggtccaggcaatttgatggatgcaagtatacttcctgcttgtctttaactgtcaagtagcgtcctctctgctgatcaaaatgag 20817304  T
Q  323 ccacctgcatgaagtatcctgctagcattgcctttttaatgttgacatagtagtcgcgactattgaagtaagtgctgcataacttcaggttaaaccgagc 422  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20817303 ccacctgcatgaaatatcctgctagcattgtctttcttatgttgacgtagtagtggcgactattgaagtcagtgctgcataacttcagattaaaccgagc 20817204  T
Q  423 catgattcgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttcagcgccctgtgattaacaaagttttcatagcaccaagatggatcctcattgttttgc 522  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||| |||||| || ||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  20817203 catgatacgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttcaacaccctataattaataaagttgtcgtagcaccaagaagcatcctcgttgttttgc 20817104  T
Q  523 ttgtaggcatggtatacgttcaatagtgtgagatgatctccatcaatgtgtgcaaacctagcttttgcttcatctgcagcttcttgtgcatccctaggcc 622  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||| ||||||  |||||| ||| ||||||    
T  20817103 ttgtaggcatgatatacattcaagagtgtgagatgatctccatcaacgtgtataaacctagctttcgcttcatccgcagctatttgtgcctccttaggcc 20817004  T
Q  623 gaataaagcaattgggtaccgataccatcgcagatattgaaagaatctcgtttgaacagttgaactctggactaacaataagcatctttgacatctgagg 722  Q
    | ||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20817003 ggataaagcaattgggtactgacagcatcgcagaaattgacagaatctcatttgaacagttgaactcagggctaacaacaagcatctttgacatctgagg 20816904  T
Q  723 gtccaatggaaactcactcataatctcacccagctttgttaagttaccttcatcatcaattgcacctaagtaattcaacactt-----------attaag 811  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||           ||||||    
T  20816903 gtccaacggaaactcactcataatcttacccaactttgttaagttaccttcatcatccattgcacccaagtaattcaacacttccaaagcgcgcattaag 20816804  T
Q  812 gtttcaggagcaggagggtccatgaagtcaaaatgaactaaatcatctatacccaatttcttcaatgtaagaacagtgtttgcaagattagatctcaaaa 911  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  20816803 gtttctggtgcaggagggtccataaagtcaaaatgtactaaatcgtctatacccaatttcttcaaagtaagaactgtgttggcgagattagatctcaaaa 20816704  T
Q  912 ttccaggataggtctgcggctgaagatcattactgaaacttattttggtatagagtctatagcatttccccggttgagttcttccggcacgacctgatct 1011  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  20816703 tttcaggataggtctgcggctgaagatcattattgaaacttctttccgtataaagtctaaagcatttccctggttgtgttcttccagcacgcccagatct 20816604  T
Q  1012 ctggtgtgcactagcctttgatattggagacaccaacaaagactcaacacgagttcggggataataaaccttctgcttggcaaatccagggtcaataaca 1111  Q
    |||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  20816603 ctgaaccgcactagcctttgatattggagacaccaataaagactcaacacgagctcgagggttataaaccttctgcttagccaatccagggtcaacaaca 20816504  T
Q  1112 tatactataccatcaatagtcaaagaagtttctgctatgtttgttgataccacaatctttcttccagggaggcctccctccttaactggaggcggagctg 1211  Q
    || ||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  20816503 tagactataccattgatggtcaatgaagtttctgctatgtttgttgataccaaaatcttccttccaggaaggcctccctctctaactggaggtggagctg 20816404  T
Q  1212 gctcaaaaatcttctgctgcatagctgggggaagggtggaatacagtgataacactttcacagggcccacc 1282  Q
    ||||||||||| | || |||||||| |||||||| || |||||||  | ||  ||||||||||||||||||    
T  20816403 gctcaaaaatcctgtgttgcatagccgggggaagagtagaatacaacggtacaactttcacagggcccacc 20816333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 648 - 1304
Target Start/End: Original strand, 38779167 - 38779834
Alignment:
Q  648 catcgcagatattgaaagaatctcgtttgaacagttgaactctggactaacaataagcatctttgacatctgagggtccaatggaaactcactcataatc 747  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38779167 catcgcagaaattgaaagaatctcattcgaacagttgaactcaggactaacaacaagcatctttgacatctgagggtccaatggaaactcactcataatc 38779266  T
Q  748 tcacccagctttgttaagttaccttcatcatcaattgcacctaagtaattcaacactt-----------attaaggtttcaggagcaggagggtccatga 836  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||           || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38779267 tcaccaagctttgttaagttaccttcatcatccagtgcacccaagtaattcaacacttccaaagcacgcatcaaggtttcaggggcaggagggtccatga 38779366  T
Q  837 agtcaaaatgaactaaatcatctatacccaatttcttcaatgtaagaacagtgtttgcaagattagatctcaaaattccaggataggtctgcggctgaag 936  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38779367 agtcaaaatgaactaaatcatctatacccagtttcttcaatgtaagaactgtgttggcaagattagatctcaaaatttcaggataggtctgcggctgaag 38779466  T
Q  937 atcattactgaaacttattttggtatagagtctatagcatttccccggttgagttcttccggcacgacctgatctctggtgtgcactagcctttgatatt 1036  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  38779467 atcattattgaaacttctttcggtataaagtctaaagcatttccccggctgagttcttccagcacgtccagacctctggtgtgcactagcttttgatatt 38779566  T
Q  1037 ggagacaccaacaaagactcaacacgagttcggggataataaaccttctgcttggcaaatccagggtcaataacatatactataccatcaatagtcaaag 1136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  38779567 ggagacaccaacaaagactcaacacgaactcgagggttatagaccttctgcttagcaaatccaggatcaataacatagactataccatcaattgtcaagg 38779666  T
Q  1137 aagtttctgctatgtttgttgataccacaatctttcttccagggaggcctccctccttaactggaggcggagctggctcaaaaatcttctgctgcatagc 1236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38779667 aagtttctgctatgtttgttgataccacaatcttccttccaggggggcctccctccttaactggaggtggagctggctcaaaaatcttctgttgcatagc 38779766  T
Q  1237 tgggggaagggtggaatacagtgataacactttcacagggcccaccttctcccctaaatttgcaactt 1304  Q
    ||||||||| || ||||| | ||  |   ||||||||||||||||||  ||||| |  ||||||||||    
T  38779767 tgggggaagagtagaatataatggcacggctttcacagggcccacctggtcccccatgtttgcaactt 38779834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 276 - 512
Target Start/End: Original strand, 38778277 - 38778513
Alignment:
Q  276 ctggttatctttcactgtcaagtagtgtcctgtccgctcaagatgagccacctgcatgaagtatcctgctagcattgcctttttaatgttgacatagtag 375  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||    
T  38778277 ctggttgtctttaactgtcaagtagtgtcctgtccgctcaagatgagccacctgcatgaaatatcctgctaacattgcctttcttatgttgacgtagtag 38778376  T
Q  376 tcgcgactattgaagtaagtgctgcataacttcaggttaaaccgagccatgattcgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttcagcgccctgt 475  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  38778377 tcgcgactattgaagtcagtgctgcataacttcaggttaaacctagccatgatacgcactagctgttgtcgaacattatcagctgatttaagcgccctat 38778476  T
Q  476 gattaacaaagttttcatagcaccaagatggatcctc 512  Q
     |||||| ||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  38778477 tattaacgaagttgtcgtagcaccaagaagcatcctc 38778513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 515 - 641
Target Start/End: Original strand, 38778622 - 38778748
Alignment:
Q  515 tgttttgcttgtaggcatggtatacgttcaatagtgtgagatgatctccatcaatgtgtgcaaacctagcttttgcttcatctgcagcttcttgtgcatc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||    
T  38778622 tgttttgcttgtaggcatggtatacattcaagagtgtgagatgatctccatcaatgtgtccaaacctagctttggcttcatccgcagctttttgtgcctc 38778721  T
Q  615 cctaggccgaataaagcaattgggtac 641  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  38778722 cctaggccggataaagcaattgggtac 38778748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 162
Target Start/End: Original strand, 38777260 - 38777402
Alignment:
Q  20 aggtaaggcttcatttgcgattccgggcttcatccttttccttctctcttttcttgtaaagcctgtcaagaacttgcttcgcttcacaccgtgggaaatt 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||  |||| |||||    
T  38777260 aggtaaggcttcatttacgattccgggcttcatccttttccttctctcgtttcttgtaaagcttttcaagaacacgctttgcttcacattgtggaaaatt 38777359  T
Q  120 agacaaatcatagtaatttggtgctatatcaactaaccagtca 162  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  38777360 agacaaatcatagtaatgtggtgctatatcaaccaacctgtca 38777402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 155 - 274
Target Start/End: Original strand, 38778045 - 38778164
Alignment:
Q  155 accagtcaccacgtatatctgtcacagtacgtatgaaattgtcactcgtaaaaacatattcattatagataacccactcgggcttgtggtccaggcaatt 254  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38778045 accattcaccacgaatatctgtcacagtacgtatgaaattccgactcgtaagaacatattcattgtagataacccactcgggcttgtggtccagacaatt 38778144  T
Q  255 tgatggatgcaattgtacca 274  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  38778145 tgatggatgcaagtgtacca 38778164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University