View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19062_low_2 (Length: 719)

Name: NF19062_low_2
Description: NF19062
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19062_low_2
NF19062_low_2
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (17-719)||(2749711-2750413)
chr3 (21-719)||(5413602-5414299)
chr3 (21-708)||(2791047-2791728)
chr3 (21-708)||(2807994-2808681)
chr3 (22-719)||(2837328-2838022)
chr3 (33-683)||(2798113-2798763)
chr3 (35-709)||(2759940-2760614)
chr3 (27-719)||(2854543-2855232)
chr3 (21-708)||(2769796-2770477)
chr3 (41-708)||(2819284-2819954)
chr3 (379-519)||(3356448-3356588)
chr3 (417-519)||(3722448-3722550)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (21-708)||(4876-5563)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (534-671)||(11116737-11116875)
chr1 (21-259)||(11116476-11116714)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 659; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 2750413 - 2749711
Alignment:
Q  17 cactagtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2750413 cactagtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgc 2750314  T
Q  117 aagtgaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttaccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2750313 aagtgaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtcccttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttaccca 2750214  T
Q  217 tgaaatgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctataga 316  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2750213 tgaaatgctccaatgatccatcttcttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtggctataga 2750114  T
Q  317 taggcgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2750113 taggcgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatcttcatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttctaatgatcaattcccgcatt 2750014  T
Q  417 aaatcatggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaa 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2750013 aaatcatggacttgacatgtttgaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaa 2749914  T
Q  517 cttgctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataa 616  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749913 cttgctctggagttcttctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataa 2749814  T
Q  617 accaaaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattacatcctaat 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  2749813 accaaaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgggcattacgtcctaat 2749714  T
Q  717 tcc 719  Q
    |||    
T  2749713 tcc 2749711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 5414299 - 5413602
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  5414299 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatacagctcactac-agatttaggaagaacctttactttcgtattccttaggttaatgtacctcaagt 5414201  T
Q  121 gaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaa 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| ||||||| ||| |  ||| | ||||||| | |||| |||||    
T  5414200 gaaaaagattccccaagtttttagggatatgattcaacaatgtaccttgaatgtcaagaaccttcagaatccgagaccgtgaacaaagtatacctatgaa 5414101  T
Q  221 atgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagatagg 320  Q
    ||| |||   |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||  |||| |||||||||| |  |||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  5414100 atgctccggagatccacctttttcaaacacatgaatagcacgaaaatgtggattaatagtgctccttagtacattgtttggactagtggctatagatagg 5414001  T
Q  321 cgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaat 420  Q
    ||||||||| ||||||   | ||||||||||||||||  ||||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  5414000 cgtctagtttttccaaccacgactgattcactatcttgttgcacactatgaccgaaacttaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcagtaaat 5413901  T
Q  421 catggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttg 520  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  5413900 catgtacttgacatgtttgaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaaccagacttctttgaatcaattcagacaagtattcctctgcaacttg 5413801  T
Q  521 ctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaacca 620  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  5413800 ctccggagttcttctctcttgcaattgaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaataacatagtcctctggatataaacca 5413701  T
Q  621 aaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattacatcctaattcc 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5413700 aaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaaggaaggccatcgtaactaagtgacagaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgtcctaattcc 5413602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 2791728 - 2791047
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagt 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||    
T  2791728 agtgtttctcttaaatctaatgtctctaaattctgtagctcaccaacagatttaggaagagtttgtacattagtatagcttaggtttatgtacctcaagt 2791629  T
Q  121 gaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaa 220  Q
    |||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| ||    
T  2791628 gaaaaagacttcccagatttttaggaatatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctagactgcgaacacagtttacccatcaa 2791529  T
Q  221 atgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagatagg 320  Q
    ||  |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  2791528 attctccaatgatccacctttttccaaaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgttagtgctcttcaacacattgttgagattagtggatatagatagg 2791429  T
Q  321 cgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaat 420  Q
    |||||||| |||||||   | | |||||||| ||| | |||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||| | ||||  | |||||  | |||||    
T  2791428 cgtctagtgcttccaaccacgattgattcaccatcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttctgatgagaacttcccagaataaat 2791329  T
Q  421 catggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  2791328 catggacttgacatgtttgaactttccctt------caacaattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttc 2791235  T
Q  521 ctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaacca 620  Q
    ||||||||||| |||||| |   |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | |||||| |  || |||| ||||    
T  2791234 ctctggagttcgtctctcataacatttaataaacccttcggctatccattgtcgagttaatctcttattattaacagaatagtcttgaggatatatacca 2791135  T
Q  621 aaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || | ||||||||| || |||| |||||||  |||||  | |||||| |||||||    
T  2791134 aaatacaaaatgcatggtttcaagtagtagggcaggctatcataactcagagataaaatctttgttagactagataaatgggcattac 2791047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 2808681 - 2807994
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagt 120  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | |||||  ||||    
T  2808681 agtgtgtcccttaaatccaatgtctctaagttctgcagttcaccaacagatttaggaagagcctgtatttttgtattccttaggtttaagtaccttaagt 2808582  T
Q  121 gaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||  ||||||||||||  ||||||||||| || ||||  |||||||  ||| ||||||     
T  2808581 gaaaaagattccccaaatttttaggaatatgatgcaaggatgtaccttgaatgtcaaataccttcaaaatactagactttgaacaaagcttatccatgat 2808482  T
Q  221 atgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagatagg 320  Q
    ||| ||||| | | |||||||||| || |||| |||||| || || ||| |||| |||| |||| |    ||||||| |||| ||||  ||||||||||     
T  2808481 atgctccaacggttcacctttttcgaaaacatgaatagcacggaaatgtgaattgttagcgctcttctgaacattgtcgggagtagtgactatagataga 2808382  T
Q  321 cgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaat 420  Q
    ||||||||| ||||||  || | ||||||  |||||| | |||   ||||||  ||| ||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| |||||    
T  2808381 cgtctagtttttccaaccgcgattgattcgttatcttcacgcacagaatgacaaaaacttaaatccttcattttcctaatgatcacttgccgcaataaat 2808282  T
Q  421 catggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttg 520  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| || ||||| |  ||    
T  2808281 catggacttgacatatttgaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaaccagacttctgtgaatcaattcatacaagtattcctctgctatatg 2808182  T
Q  521 ctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaacca 620  Q
    ||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| |||| ||||    
T  2808181 ctctggagttcttctctcatctgatttaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatatacca 2808082  T
Q  621 aaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattac 708  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||| ||||| ||||||| |||||||  |||||  |||||||| |||||||    
T  2808081 aaatacaaaatgcagggtttcaagtagtagggcaagccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattac 2807994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 22 - 719
Target Start/End: Original strand, 2837328 - 2838022
Alignment:
Q  22 gtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagtg 121  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||  |||||    
T  2837328 gtgtttctcttaagtccaatgtctctaagttctgtaattcaccaatagatttaggaagaacctttacttttgtattccttaggtttaagtaccttaagtg 2837427  T
Q  122 aaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| | |||||| ||||||    
T  2837428 aaaaagattccccaaatttttaggaatatgattcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagagtgtgaacataatttaccaatgaaa 2837527  T
Q  222 tgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagataggc 321  Q
     | ||||   ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || |||   ||| ||||||||| |||||  || || |||| ||    
T  2837528 ggctccagcaatccaccttttccaaaaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctctgcaacgcattgttggaattagaagcaattgataagc 2837627  T
Q  322 gtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatc 421  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| ||||   ||| |||||   |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||    
T  2837628 gtctagttattccaactgcaactgaatcac---cttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgataacttcccgcaataaatc 2837724  T
Q  422 atggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgc 521  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||    
T  2837725 atggacttgacatgttttaactttcccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgc 2837824  T
Q  522 tctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaa 621  Q
    ||   ||||| |||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |  || |||||||| |||| |||||    
T  2837825 tccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaa 2837924  T
Q  622 aatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattacatcctaattcc 719  Q
    ||||||||||||||||||| || || || || || |  |||||||| || |||| |||||||  |||||  |||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  2837925 aatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattcc 2838022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 33 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 2798763 - 2798113
Alignment:
Q  33 aaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagtgaaaaagattcc 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||||| || |||||| ||||  |||||||| |||||||  | |||| ||||| ||     
T  2798763 aaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactca 2798664  T
Q  133 ccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaatgttccaatga 232  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||| || ||  ||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  2798663 ccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtcaagcaccttcaatatcctagactgtgaacacagtttacccatcaaatgctccaatga 2798564  T
Q  233 tccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagataggcgtctagttctt 332  Q
    | || |||||||||| |||| ||| || ||||| ||   ||| ||||||||| | ||||||||||| |||  | | || |||||||||||||||||| |     
T  2798563 ttcatctttttcaaaaacatgaattgcacgaaaatgcgtattgttagtgctcttcaacacattgtttggacaactggcaatagataggcgtctagttttc 2798464  T
Q  333 ccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgac 432  Q
    |||| ||| | |||||||||||||| |||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||||||||||||| | |    
T  2798463 ccaactgcgattgattcactatcttgatgcacacaatgacagaatcttaaatccttcatttttctaatgagcacttcccggaataaatcatggactcggc 2798364  T
Q  433 atgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctggagttcc 532  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||     
T  2798363 atgtttgaactttcccttcaaatccaacatttgagacctgaaccatacttctgtgaattagttcagacaaatactcttctgcaactatctcttgagttcg 2798264  T
Q  533 tctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatg 632  Q
    |||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||  || |||| | ||||||||||||||    
T  2798263 tctctcatcagatttaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattgatagaatagtcctgaggatatatagcaaaatacaaaatg 2798164  T
Q  633 catggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatcttt 683  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| |||| |||||||    
T  2798163 catggtttcaagtaaaaaggaaggctatcgtaactaagagataaaatcttt 2798113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 35 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 2760614 - 2759940
Alignment:
Q  35 atccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagtgaaaaagattcccc 134  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||| ||||||  |||||| || ||||||| | |||||  ||||||||||||||||||    
T  2760614 atccaatatctctaagttctgtagctcaccaactgatttaggaagaacctttatttttgtactctttaggtttaagtaccttaagtgaaaaagattcccc 2760515  T
Q  135 aaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaatgttccaatgatc 234  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||| || || | |||||| | ||| |||| |||||| ||||||||      
T  2760514 aaatttttaggaatatgattcaacgatgtaccttcaatgtcaagtaccttcaaaatcctagatttcgaacacagtttgcccacgaaatgctccaatgaca 2760415  T
Q  235 cacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagataggcgtctagttcttcc 334  Q
    ||| ||| | ||| |||| |||||| || || ||| || | |||| |||| | |||||||||||| |  |||| | ||| ||||||||||||||| | ||    
T  2760414 cacttttatgaaaaacatgaatagcacggaaatgtgaaatgttagagctcttcaacacattgttgtggctagtggttattgataggcgtctagttttccc 2760315  T
Q  335 aagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgacat 434  Q
    ||   ||| |||||||| ||| | |||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  2760314 aaccacaagtgattcaccatcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacat 2760215  T
Q  435 gtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctggagttcctc 534  Q
    || || ||||| ||||||||   |||||  ||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2760214 gtatgtactttcccttcaaagttaacatccgagacttggactagacttctctgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttc 2760115  T
Q  535 tctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgca 634  Q
    || | ||  |||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2760114 tcccatcagatttaacaaacccttcagctgcccattgttgagttaatctcctatgatgaatagcaaaatcctctggatataaaccaaaatacaaaatgca 2760015  T
Q  635 tggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattaca 709  Q
    |||||||||||| | ||| || |||||||||||||| || | |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||    
T  2760014 tggtttcaagtagtgaggcaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggtattaca 2759940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 27 - 719
Target Start/End: Original strand, 2854543 - 2855232
Alignment:
Q  27 tctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagtgaaaaa 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||    
T  2854543 tctcttaagtccaatgtctctaagttctgtagttcaccaatagatttaggaagaacctttacttttgtattccttaggtttaagtaccttaagtgaaaaa 2854642  T
Q  127 gattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaatgttc 226  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| | |||||| |||||| | ||    
T  2854643 gattcccaaaattattaggaatataattcaaagacgtaccttgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctc 2854742  T
Q  227 caatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagataggcgtcta 326  Q
    |||  ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || |  ||| | ||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||||    
T  2854743 caacaatccaccttttccaaaaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgctctcatcaacacattgttggaatgagaagctattgataggcgtcta 2854842  T
Q  327 gttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatcatgga 426  Q
    | | ||||||  || || |||||||   ||| ||||| | |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  2854843 gatattccaacagcgacagattcac---cttcatgcacgaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatgga 2854939  T
Q  427 cttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctgg 526  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||       
T  2854940 cttgacatgttttaactttcccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaa 2855039  T
Q  527 agttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatac 626  Q
    ||||| |||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |  || |||||||| |||| ||||||||||    
T  2855040 agttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatac 2855139  T
Q  627 aaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattacatcctaattcc 719  Q
    |||||||||||||| || || || || || |  |||||||| || |||| |||||||  ||||   |||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  2855140 aaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagattggttaaatgggcattacgtcccaattcc 2855232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 2770477 - 2769796
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagt 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || | || |||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||  |||||||| |||||||  ||||    
T  2770477 agtgtttctcttaaatctaatgtctctaaattctttagctcaccaacagatttaggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtaccttaagt 2770378  T
Q  121 gaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaa 220  Q
    |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||| | |||| |||| ||    
T  2770377 gaaaaagacttcccaaatttttaggaatatgattcaacgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctaggctgtgaacacagtttatccatcaa 2770278  T
Q  221 atgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagatagg 320  Q
    ||  ||||  | |||||||||||| || |||| ||||||  |||| ||| |||| ||||| ||| | |||||||||||| || |||| ||||| ||||||    
T  2770277 attctccatcggtccacctttttcgaaaacatgaatagcatgaaaatgtgaattgttagtactcttcaacacattgttgagactagtggctatggatagg 2770178  T
Q  321 cgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaat 420  Q
    ||||||||  ||||||  || | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||  | |||| | | |||||    
T  2770177 cgtctagtgtttccaaccgcgattgattcactatcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttttaatgaaaacttcctggaataaat 2770078  T
Q  421 catggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttg 520  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||      ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  2770077 catggacttgacatgtttgaattttccctt------caacaattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttc 2769984  T
Q  521 ctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaacca 620  Q
     ||||| |||| |||||| ||  |||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| | |||||| |  || |||| ||||    
T  2769983 ttctggggttcgtctctcatcagatttaataaacccttcagctatccattgccgtgttaatctcttattattaatagaatagtcttgaggatatatacca 2769884  T
Q  621 aaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | |||||||  |||||  | |||||| |||||||    
T  2769883 aaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaaggaaggccatcataactaagagacaaaatctttgttagactagataaatgggcattac 2769796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 41 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 2819954 - 2819284
Alignment:
Q  41 tgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagtgaaaaagattccccaaattt 140  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||||| | |||||  ||||| |||||| |||||||||||    
T  2819954 tgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttaggaagagcatgtatttttgtattctttaggtttaagtaccttaagtggaaaagactccccaaattt 2819855  T
Q  141 ttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaatgttccaatgatccacctt 240  Q
    ||||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||  ||||  | ||| |||| |||||| ||||| || ||| |||    
T  2819854 ttaggtacatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatccgagactttgaacccagtttgcccacgaaatgctccaacgacccagctt 2819755  T
Q  241 tttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagataggcgtctagttcttccaagtgc 340  Q
    | ||||| |||| |||||| ||||| ||| || | ||||||||| | ||||||| ||||  | |||| | ||||||||||||||||||| |||||    |    
T  2819754 tatcaaaaacatgaatagcacgaaaatgtgaaatgttagtgctcttcaacacatcgttgtcactagtggttatagataggcgtctagtttttccattcac 2819655  T
Q  341 aactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgacatgtttga 440  Q
       | | |||| ||| | |||||  |||||||  ||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | | |    
T  2819654 gggtaactcaccatcatcatgcacacaatgacaaaatcttaaatcctttatttttgtaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatttatca 2819555  T
Q  441 acttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctggagttcctctctctt 540  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |      
T  2819554 actttaccttcaaagtcaacatccgagacttgaaccagacttctctgaatcagttcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttctcccaa 2819455  T
Q  541 ccaatttt---acaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgcatgg 637  Q
    |  || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819454 ctgatatttgaacaaacccttcagctatccattgtcgagttattctcccatgactaatagcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgcatgg 2819355  T
Q  638 tttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattac 708  Q
    ||||| ||| | ||| || |||||||||||||| || | |||||||  ||||| ||||||||| |||||||    
T  2819354 tttcaggtagtgagggaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattac 2819284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 379 - 519
Target Start/End: Original strand, 3356448 - 3356588
Alignment:
Q  379 ttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaa 478  Q
    ||||||| ||||||||| |||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||| ||||  || || |||||||||||    
T  3356448 ttaaatctttcatttttttaatgaccacttcacgcaacaaatcatggacttgacatcttttaactttcccatcaaagccaagtttggaaacctgaaccaa 3356547  T
Q  479 acttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaactt 519  Q
    ||||||||| | ||| ||   |||||||||||| |||||||    
T  3356548 acttctctgtaccaactctatcaagtactcttcagcaactt 3356588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 417 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 3722550 - 3722448
Alignment:
Q  417 aaatcatggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaa 516  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||| ||||  || || |||||||||||||||||||| | ||| ||   |||||||||||| ||||    
T  3722550 aaatcatggacttgacatcttttaactttcccatcaaagccaagtttggaaacctgaaccaaacttctctgtaccaactctatcaagtactcttcagcaa 3722451  T
Q  517 ctt 519  Q
    |||    
T  3722450 ctt 3722448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Original strand, 4876 - 5563
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaagt 120  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||    
T  4876 agtgtttctcttaaatccaacgtctctaagttttgtagctcaccaacagatttaggaagagcctctacttttgtgttccgtaggtttatgtacctcaagt 4975  T
Q  121 gaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||  | ||||| || || | ||||||||||||    
T  4976 gaaaaagattccccaaatttttgggaatatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatcttagactgtgagcacagtttacccatgaa 5075  T
Q  221 atgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtcgctatagatagg 320  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| || | |||||| ||||| ||| ||||||  |||||| | ||||||||| ||||| |||| | |||||| |||    
T  5076 atgctccaacgatccacctttttcaaaaacgtgaatagcacgaaaatgtgaattatcggtgctcttcaacacattgctgggactagtggttatagacagg 5175  T
Q  321 cgtctagttcttccaagtgcaactgattcactatctttatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttgtaatgatcaattcccgcattaaat 420  Q
    ||||||||| || |||   ||| ||||||||||| || |||||  |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||    
T  5176 cgtctagtttttacaaccacaattgattcactattttcatgcacacaatgacaaaaagttaaatccttcatttttctaatgatcacttcacgcaataaat 5275  T
Q  421 catggacttgacatgtttgaacttttccttcaaacccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5276 catggacttgacatgtttgaactttcccctcaaagccaacatttgagacctgaaccagacttctgtgaatcaattcagacaagtactcatctgcaacttg 5375  T
Q  521 ctctggagttcctctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaacca 620  Q
    ||| ||||||  |||||| ||  | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||| ||||    
T  5376 ctcgggagtttgtctctcatcatacttaacaaacccttcagctatccattgacgagttaatctcttatgattaatagaatagtcctctggatatatacca 5475  T
Q  621 aaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgtgcattac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |||||||    
T  5476 aaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaaggcaggccatcataactaagtgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattac 5563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 534 - 671
Target Start/End: Original strand, 11116737 - 11116875
Alignment:
Q  534 ctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgc 633  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  11116737 ctctcttccaatttaacaaacccttcagctatccat-gtcgagttaatctcctgtgattaatagcatagtcctctggatatacaccaaaatacaaaatgc 11116835  T
Q  634 atggtttcaag--taataaggaagtccatcataactaagt 671  Q
    |||||||||||  || ||||| || |||||||||||||||    
T  11116836 atggtttcaagtatagtaaggtaggccatcataactaagt 11116875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Original strand, 11116476 - 11116714
Alignment:
Q  21 agtgtttctcttaaatccaatgtctct-aagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||| |||||| ||||| | ||||  ||||    
T  11116476 agtgtttctcttaaatccattgcctcttaagttctgtagctcaccaacagatttacgaagaacctgtacttttgcattcctcaggtttacgtacttcaag 11116575  T
Q  120 tgaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtctcttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatga 219  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||  |||| || | |||  ||||||||| ||| ||||  | ||| | |||||||| ||    
T  11116576 tgaaaaagattccccaaattttcaggaatacgattcaacgatgtaccttgcatat-aagtgccttcaaaactctagactttgcacacaatttacccagga 11116674  T
Q  220 aatgttccaatgatccacctttttcaaacacataaatagc 259  Q
    || | |||||  |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  11116675 aaggctccaagaatccacctttttcaaaaacatgaatagc 11116714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University