View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19065_high_3 (Length: 650)

Name: NF19065_high_3
Description: NF19065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19065_high_3
NF19065_high_3
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (12-634)||(39568184-39568806)
chr3 (308-634)||(39561110-39561436)
chr3 (305-634)||(39581667-39581996)
chr3 (292-634)||(39585306-39585649)
chr3 (336-634)||(39571325-39571623)
chr3 (283-634)||(39575106-39575457)
chr3 (283-634)||(39565796-39566145)
chr3 (79-199)||(39565514-39565640)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 634
Target Start/End: Original strand, 39568184 - 39568806
Alignment:
Q  12 tcatcagaaatttgtttctaaattttttcctcataacaaacaaagttgttcttagaggcttaaagattatgttgttttcatgtacttttctgaattattg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39568184 tcatcagaaatttgtttctaaattttttcctcataacaaacaaagttgttcttagaggcttaaagattatgtcgttttcatgtacttttctgaattattg 39568283  T
Q  112 aatggcttaatcagttcttacgaaataagatatacggaagatgtgatttaaatttcttattaagccgatgtttggtaatcattaaatttcttattgaggg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39568284 aatggcttaatcagttcttacgaaataagatatacggaagatgtgatttaaatttcttattaagccgatgtttggtaatcattaaatttcttattgagtg 39568383  T
Q  212 acaccgaagaaaactctagtcatatagaatcaacccttataattttgtcaaaaaatatcaattgaatatccattaaaatgataagctaattagtgatgtt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39568384 acaccgaagaaaactctagtcatatagaatgaacccttataattttgtcaaaaaatatcaattgaatatccattaaaatgataagctaattagtgatgtt 39568483  T
Q  312 agtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaagcat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39568484 agtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaagcat 39568583  T
Q  412 tatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattttaat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39568584 tatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagccactcttattttaat 39568683  T
Q  512 ttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnagctccatgttttgtgat 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  39568684 ttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccatttttttagctccatgttttgtgat 39568783  T
Q  612 tcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  39568784 tcaagaatcactttccatggaat 39568806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 308 - 634
Target Start/End: Original strand, 39561110 - 39561436
Alignment:
Q  308 tgttagtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaa 407  Q
    |||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  39561110 tgttagtacatatatgcattgcacggtcttgcattaaaatcaaaaagcctccaaagctgcgccaagcacgaatatatcacaatcttcagcgctgcaccaa 39561209  T
Q  408 gcattatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattt 507  Q
    || | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39561210 gcgtgatgatcatggccattcttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattt 39561309  T
Q  508 taatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnagctccatgttttg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||||||       | ||||||||||||    
T  39561310 taatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttccactcactaaatatatcttcaaccatttttttaactccatgttttg 39561409  T
Q  608 tgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39561410 tgattcaagaatcactttccatggaat 39561436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 305 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 39581996 - 39581667
Alignment:
Q  305 tgatgttagtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcac 404  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  39581996 tgatgttagtgcatatatacatcacataattttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccaagcgcaaatatatcacaatcttctgcgcagcac 39581897  T
Q  405 caagcattatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactctta 504  Q
    ||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | | | |||||||||| ||| ||||  ||| |||    
T  39581896 caagcacgatggtcatggccgtttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcgtctccatctcagaaactgaagctactttta 39581797  T
Q  505 ttttaatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnagctccatgtt 604  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||       | |||||||||    
T  39581796 ttttaatctccacttccacttctggtgttgtgaacataccctctttgtaatcacttccactcaccaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgtt 39581697  T
Q  605 ttgtgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39581696 ttgtgattcaagaatcactttccatggaat 39581667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 292 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 39585649 - 39585306
Alignment:
Q  292 ataagctaattagt-gatgttagtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaat 390  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| |  ||||||| ||||||||    
T  39585649 ataagctaattagttgatgttagtgcatatatacatcacataattttgcatccaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatatatcacaat 39585550  T
Q  391 cttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaac 490  Q
    |||| | | ||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  ||||| || || ||||||||||||||    
T  39585549 cttcagtgttgcaccatgcttgatgattatgaccatttttgcatccacactcattccagttattcaatctccatttatttttgttctccatctcagcaac 39585450  T
Q  491 cgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccannnn 590  Q
    |||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||        
T  39585449 cgaaggaacttttattttaatctccacttccacttctgttgttgtgaacataccctctttgcaatcacttccactcacaaattccattttcaaccatttt 39585350  T
Q  591 nnnagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39585349 tttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 39585306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 336 - 634
Target Start/End: Original strand, 39571325 - 39571623
Alignment:
Q  336 ttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatc 435  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |  ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  39571325 ttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatc 39571424  T
Q  436 cacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgg 535  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  39571425 cacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtact 39571524  T
Q  536 gaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  39571525 gaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccatttttttaactccatgttttgtgcttcaagaatcaccttccatggaat 39571623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 283 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 39575457 - 39575106
Alignment:
Q  283 attaaaatgataagctaattagtgatgttagtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataa 382  Q
    |||| |||||||||| | ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |  |||||||     
T  39575457 attacaatgataagcaatttagttatggtagtgcatatatacatcacatatttttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatat 39575358  T
Q  383 atcacaatcttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatc 482  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||    
T  39575357 atcacaatcttcagtgttgcaccaagctcgatgatcatgaccatttttacatccacacttgttccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatc 39575258  T
Q  483 tcagcaaccgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttca 582  Q
    || ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||| |  || |||  ||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  39575257 tccgcaaccgaagctacttttattttaatctccacttccacctacggcgttatgaatataccctctttgcaatcacttccactcaacaaatccatcttca 39575158  T
Q  583 accannnnnnnagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    ||||       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39575157 accatttttttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 39575106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 283 - 634
Target Start/End: Original strand, 39565796 - 39566145
Alignment:
Q  283 attaaaatgataagctaattagt-gatgttagtacatatatgcatcacatagtcttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaata 381  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| | |  |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||    |||| ||||||||    
T  39565796 attataatgataagctaattagttgatgttagtgcctatatacgtagcataatcttgcatcaaaactaaaaagcctccaaagcg---ccaaacgcaaata 39565892  T
Q  382 aatcacaatcttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccat 481  Q
     |||||| ||||| |||| ||||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| |||||    
T  39565893 tatcacactcttctgcgcagcaccaagcacgatggtcatggccgtttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctgttattttgcttctccat 39565992  T
Q  482 ctcagcaaccgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgggaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttc 581  Q
    |||||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  39565993 ctcagcaaccgaggctacttttattttaatctccacttccacttctggcgttatgaacataccctctttgaaatcactgccactcaccaaatccatcttc 39566092  T
Q  582 aaccannnnnnnagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaat 634  Q
    |||||       | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39566093 aaccatttttttaactccatgttttttgattcaagaatcactttccatggaat 39566145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 199
Target Start/End: Original strand, 39565514 - 39565640
Alignment:
Q  79 tatgttgttttcatgtacttttctgaattattgaatggcttaatcagttctta-------cgaaataagatatacggaagatgtgatttaaatttcttat 171  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  39565514 tatgttgttttcaagtatttttctgaattattgaatggcttaatcagttcttagttcttacaaaataagacatacagaagatgtgacttaaatttcttat 39565613  T
Q  172 taagccgatgtttggtaatcattaaatt 199  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39565614 taagctgat-tttggtaatcattaaatt 39565640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University