View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19065_low_9 (Length: 405)

Name: NF19065_low_9
Description: NF19065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19065_low_9
NF19065_low_9
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (133-398)||(2586421-2586686)
chr6 (158-398)||(2620111-2620351)
chr6 (155-398)||(2432836-2433079)
chr6 (171-398)||(2572410-2572637)
chr6 (155-398)||(2677230-2677473)
chr6 (171-398)||(2448703-2448930)
chr6 (172-398)||(2599989-2600215)
chr6 (171-398)||(2644808-2645035)
chr6 (18-110)||(2433043-2433135)
chr6 (18-110)||(2677181-2677266)
chr6 (98-191)||(2677094-2677191)
chr6 (92-140)||(2588404-2588452)
chr6 (92-193)||(2433123-2433227)
chr6 (74-122)||(2677155-2677203)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (275-391)||(17872688-17872804)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 133 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 2586686 - 2586421
Alignment:
Q  133 tcatattttgtttatagcatattgacaaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagct 232  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  2586686 tcatatttggtttatagcatatttacaaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgaaatgaaattatgagcattagaagct 2586587  T
Q  233 ttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcattctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcacta 332  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2586586 ttagcagcatccacaacatcttcaaatgtagcatcctctcttccaaaaagtatattctccttgatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcacta 2586487  T
Q  333 aacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2586486 aacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaagaatct 2586421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 158 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 2620351 - 2620111
Alignment:
Q  158 caaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcat 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2620351 caaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacaatgaaatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcat 2620252  T
Q  258 atgtagcattctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccactt 357  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2620251 atgtagcatcctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgtgacctaagccactt 2620152  T
Q  358 aagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2620151 aagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaagaatct 2620111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 155 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 2433079 - 2432836
Alignment:
Q  155 tgacaaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttctt 254  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2433079 tgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttggcagcatccacaatttctt 2432980  T
Q  255 catatgtagcattctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagcca 354  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2432979 catatgtagcatcctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgtgacctaagcca 2432880  T
Q  355 cttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2432879 cttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaagaatct 2432836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 171 - 398
Target Start/End: Original strand, 2572410 - 2572637
Alignment:
Q  171 cactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcattctc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2572410 cactaacctgagtatcatatccttgtggcaacaatgaaatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcatcctc 2572509  T
Q  271 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaactta 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572510 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaactta 2572609  T
Q  371 tgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  2572610 tgaatagcaactccatcaagaagaatct 2572637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 155 - 398
Target Start/End: Original strand, 2677230 - 2677473
Alignment:
Q  155 tgacaaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttctt 254  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2677230 tgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgaaatgaaattatgagcattagaagctttagcagcatccacgatttctt 2677329  T
Q  255 catatgtagcattctctcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagcca 354  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2677330 catatgtagcatcctctcttccaaaaagtatattctccataatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgtgacctaagcca 2677429  T
Q  355 cttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2677430 cttaagttgcaacttatgaatagcaactccatcaagaagaatct 2677473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 171 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 2448930 - 2448703
Alignment:
Q  171 cactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcattctc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  2448930 cactaacctgagtatcatatccttgtggcaacaatgaaatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaacatcttcatatgtagcatcctc 2448831  T
Q  271 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaactta 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2448830 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaactta 2448731  T
Q  371 tgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  2448730 tgaatagcaactccatcaagaagaatct 2448703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 172 - 398
Target Start/End: Original strand, 2599989 - 2600215
Alignment:
Q  172 actaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcattctct 271  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2599989 actaacctgagtatcatatacttgtggcaacaatgaaatgaaattatgagcattagaagttttagcagcattcacaatttcttcatatgtagcatcctct 2600088  T
Q  272 cttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaacttat 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2600089 cttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaacttat 2600188  T
Q  372 gaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2600189 gaatagcaactccatcaagaagaatct 2600215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 171 - 398
Target Start/End: Original strand, 2644808 - 2645035
Alignment:
Q  171 cactaacctgagtatcatatccttgtggcaacattgatatgaaattatgagcattggaagctttagcagcatccacaatttcttcatatgtagcattctc 270  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||    
T  2644808 cactaacctgcgtatcatatccttgtggcaacaatgaaatgaaattatgagcattggaaactttagcagcatctacaacatcttcatatgtagcatcctc 2644907  T
Q  271 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaactta 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  2644908 tcttccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgacttactaaacccatttgagacctaagccactgaagttgcaactta 2645007  T
Q  371 tgaatagcaactccatcaagaataatct 398  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  2645008 tgaatggcaactccatcaagaagaatct 2645035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 2433135 - 2433043
Alignment:
Q  18 agtatcaaatcctaggaaaattctattatatttggttaatactgaatagcataatgtgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2433135 agtatcaaatcctaggaaaattctattatatttggttaatactgaatagcataatgtgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatc 2433043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 110
Target Start/End: Original strand, 2677181 - 2677266
Alignment:
Q  18 agtatcaaatcctaggaaaattctattatatttggttaatactgaatagcataatgtgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatc 110  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2677181 agtatcatatcttacgaaaattctattatatttgattaata-------gcataatgtgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatc 2677266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 98 - 191
Target Start/End: Original strand, 2677094 - 2677191
Alignment:
Q  98 tgagtatcatatcttaggaaaattccac-taattactcatattttgtttatagcatat---tgacaaaagcaatcaacactaacctgagtatcatatc 191  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||   ||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||    
T  2677094 tgagtatcatatctaaggaaaattccacttaattactcatatttggttaatagcatattaatgacaaaagcaattagcactaacccaagtatcatatc 2677191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 92 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 2588452 - 2588404
Alignment:
Q  92 ctaacctgagtatcatatcttaggaaaattccactaattactcatattt 140  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2588452 ctaacatgagtatcatatcctaggaaaattccagtaattactcatattt 2588404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 2433227 - 2433123
Alignment:
Q  92 ctaacctgagtatcatatcttaggaaaattccac-taattactcatattttgtttatagcatatt---gacaaaagcaatcaacactaacctgagtatca 187  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||   |||||||||||| | ||||||||  |||||||    
T  2433227 ctaacctaagtatcatatcctaggaaa-ttccacataactactcatatttggttaatagcatattaatgacaaaagcaattagcactaacccaagtatca 2433129  T
Q  188 tatcct 193  Q
     |||||    
T  2433128 aatcct 2433123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 74 - 122
Target Start/End: Original strand, 2677155 - 2677203
Alignment:
Q  74 tgacaaaagtaattaacactaacctgagtatcatatcttaggaaaattc 122  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  2677155 tgacaaaagcaattagcactaacccaagtatcatatcttacgaaaattc 2677203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 275 - 391
Target Start/End: Original strand, 17872688 - 17872804
Alignment:
Q  275 ccaaaaagtatattctccttaatgcttgttgcaaacaaagcaggttcttgactcactaaacccatttgtgacctaagccacttaagttgcaacttatgaa 374  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||   |||||||||||| ||||  ||||| ||| |||    
T  17872688 ccaaaaattatattctctttaatgcttgttgcaaataaagcaggttcttgactaaccaaccccatcattgacctaagccatttaatctgcaagttacgaa 17872787  T
Q  375 tagcaactccatcaaga 391  Q
    |||| ||||||||||||    
T  17872788 tagctactccatcaaga 17872804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University