View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19066_low_1 (Length: 777)
Name: NF19066_low_1
Description: NF19066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19066_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 32617979 - 32617239
Alignment:
| Q |
18 |
ccattgatgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtgataaaatttggcctattttattgtt |
117 |
Q |
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| T |
32617979 |
ccattgatgctatgatatttaacttttactctataatttgaacaccgttggttcgaagaagtataaatatcagtgataaaatttggcatattttattgtt |
32617880 |
T |
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| Q |
118 |
ttaatccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatggggtttcagtggttgggtttagttttccattcaaa |
217 |
Q |
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| T |
32617879 |
ttaatccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatgag-tttcagtggttgggtttagttttccattcaaa |
32617781 |
T |
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| Q |
218 |
atggtacatgatttgtgttaattttttccctcttatattctctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgttgttggtctt |
317 |
Q |
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| T |
32617780 |
atggtacatgatttgtgttaattttttcccacttatattttctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgatgttggtctt |
32617681 |
T |
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| Q |
318 |
ttcttcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaatgtcacaggagtcacatcagccttacacccagtcttgatatt |
417 |
Q |
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| T |
32617680 |
ttcttcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaatgtcacaggagccacatcagccttacacccaatcttgatatt |
32617581 |
T |
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| Q |
418 |
ctagaataatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttaga |
517 |
Q |
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| T |
32617580 |
ctagaataatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttaga |
32617481 |
T |
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| Q |
518 |
ttattttagacatagttaaagcactttgaatctacttcaacgtgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttggatctacttctacacgaag |
617 |
Q |
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| T |
32617480 |
ttattttagacatagttaaaacactttgaatctacttcaacatgaaattccattattttaaacatagttaaagcacatttgaatctgcttatgcatgaag |
32617381 |
T |
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| Q |
618 |
tttcaatatatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatatgaatt |
717 |
Q |
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| T |
32617380 |
tttcaat--atatcacttacattgaaggtttaatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatatgaatt |
32617283 |
T |
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| Q |
718 |
gttttacaaactttggataaaaagatgtttgtttactgatttta |
761 |
Q |
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| T |
32617282 |
gttttacaaactttggatacaaagatgtttgtttattgatttta |
32617239 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 770
Target Start/End: Original strand, 14604935 - 14605687
Alignment:
| Q |
18 |
ccattgatgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtgataa---aatttggcctattttatt |
114 |
Q |
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| T |
14604935 |
ccattgatgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtgataataaaatttggcctattttatt |
14605034 |
T |
|
| Q |
115 |
gttttaatccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatggggtttcagtggttgggtttagttttccattc |
214 |
Q |
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| T |
14605035 |
gttttaatccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatggatttt-agtggttgggtttagtttttcattc |
14605133 |
T |
|
| Q |
215 |
aaaatggtacatgatttgtgttaattttttccctcttatattctctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgttgttggt |
314 |
Q |
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| T |
14605134 |
aaaatggtacatgatttgtgttaattttttccctcttatattttctatcttctttttgttaagtttatacattttcccattcaaattgagtgttgttggt |
14605233 |
T |
|
| Q |
315 |
cttttcttcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataact--aatgtcacaggagtcacatcagccttacacccagtcttg |
412 |
Q |
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| T |
14605234 |
tttttcttcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaaaatgtcagaggagccacatcagctttacacccagccttg |
14605333 |
T |
|
| Q |
413 |
atattctagaataatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttag |
512 |
Q |
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| T |
14605334 |
atattctagaataatgcaacaaccttgaaag-taatagagttatagtgcaagtaaaacacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttag |
14605432 |
T |
|
| Q |
513 |
ttagattattttagacatagttaaagcactttgaatctacttcaacgtgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttggatctacttctaca |
612 |
Q |
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| T |
14605433 |
ttagattattttagacatagttaaagcactttgaatctacttcagcatgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttgaatctacttctaca |
14605532 |
T |
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| Q |
613 |
cgaagtttcaatatatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatat |
712 |
Q |
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| T |
14605533 |
tgaagtttca--atatatcacttacattgaaggtttcatgttaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatat |
14605630 |
T |
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| Q |
713 |
gaattgttttacaaactttggataaaaagatgtttgtttactgattttagttaaaata |
770 |
Q |
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||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
14605631 |
gaattgttttacaaacttt-gatacaaagatgtttgtttactgattttagttaaaata |
14605687 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 626 - 675
Target Start/End: Original strand, 23652436 - 23652484
Alignment:
| Q |
626 |
tatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacat |
675 |
Q |
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| T |
23652436 |
tatatcactaacattgaaggtctcatgctatcatg-ttatgttttaacat |
23652484 |
T |
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