View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19066_low_7 (Length: 433)

Name: NF19066_low_7
Description: NF19066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19066_low_7
NF19066_low_7
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (8-194)||(23338815-23339001)
chr3 (8-181)||(3110496-3110669)
chr3 (8-181)||(13990831-13991004)
chr3 (8-181)||(23344375-23344548)
chr3 (8-184)||(13985256-13985432)
chr3 (8-181)||(2174205-2174378)
chr3 (8-181)||(40800625-40800798)
chr3 (8-181)||(3112113-3112286)
chr3 (8-181)||(9730300-9730473)
chr3 (15-181)||(2168645-2168811)
chr3 (8-183)||(40802549-40802724)
chr3 (8-182)||(48216323-48216497)
chr3 (8-181)||(13980643-13980816)
chr3 (8-181)||(13991975-13992148)
chr3 (67-181)||(9724670-9724783)
chr3 (12-125)||(34578808-34578921)
chr3 (99-174)||(20454624-20454699)
chr3 (8-70)||(9721550-9721612)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (8-181)||(22430347-22430520)
chr2 (8-181)||(22435941-22436114)
chr2 (8-181)||(630730-630903)
chr2 (8-181)||(636281-636454)
chr2 (8-181)||(43776990-43777163)
chr2 (8-181)||(7909950-7910123)
chr2 (8-181)||(7917405-7917578)
chr2 (8-181)||(14898782-14898955)
chr2 (8-181)||(22424977-22425150)
chr2 (8-181)||(14893225-14893402)
chr2 (8-182)||(43771463-43771635)
chr2 (9-181)||(26694152-26694324)
chr2 (8-181)||(1519141-1519318)
chr2 (8-181)||(1525641-1525820)
chr2 (9-108)||(26702321-26702420)
chr2 (83-173)||(19052428-19052518)
chr2 (25-78)||(11147147-11147200)
chr2 (28-88)||(14188410-14188470)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (8-182)||(26711464-26711638)
chr1 (8-181)||(27178957-27179130)
chr1 (8-181)||(15716623-15716796)
chr1 (8-181)||(27194958-27195131)
chr1 (8-182)||(15711041-15711215)
chr1 (8-182)||(33498406-33498580)
chr1 (52-181)||(33492968-33493097)
chr1 (20-146)||(3343872-3344002)
chr1 (10-96)||(17721823-17721909)
chr1 (83-165)||(16498808-16498889)
chr1 (8-56)||(33491511-33491559)
chr1 (25-91)||(16498728-16498794)
chr1 (8-88)||(29644986-29645066)
chr1 (102-181)||(17721717-17721796)
chr1 (25-79)||(27162769-27162823)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (8-181)||(16648422-16648595)
chr7 (8-181)||(17622783-17622956)
chr7 (8-181)||(32148476-32148649)
chr7 (9-181)||(42208892-42209070)
chr7 (9-181)||(44655598-44655770)
chr7 (9-181)||(42167609-42167781)
chr7 (8-181)||(557859-558032)
chr7 (8-181)||(576042-576215)
chr7 (9-104)||(25499152-25499247)
chr7 (9-104)||(25493915-25494010)
chr7 (83-181)||(25499053-25499151)
chr7 (4-181)||(38011672-38011845)
chr7 (47-181)||(26456872-26457007)
chr7 (83-181)||(25493816-25493914)
chr7 (143-181)||(42162377-42162415)
chr7 (25-91)||(11726487-11726552)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (8-181)||(20192579-20192752)
chr4 (8-181)||(6162247-6162420)
chr4 (8-181)||(20197943-20198116)
chr4 (8-181)||(6156550-6156723)
chr4 (9-181)||(53982094-53982265)
chr4 (25-85)||(12733922-12733982)
chr4 (119-161)||(7156308-7156350)
chr4 (135-181)||(19582035-19582081)
chr4 (134-174)||(7739869-7739909)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (8-182)||(28375708-28375882)
chr5 (8-181)||(28366968-28367141)
chr5 (8-174)||(1536542-1536708)
chr5 (8-181)||(30963161-30963332)
chr5 (306-433)||(38090183-38090308)
chr5 (8-130)||(30927370-30927490)
chr5 (186-307)||(38091525-38091647)
chr5 (10-163)||(34647923-34648068)
chr5 (126-181)||(30957702-30957757)
chr5 (135-181)||(14664069-14664115)
chr5 (8-91)||(14663985-14664063)
[»] scaffold0004 (2 HSPs)
scaffold0004 (8-181)||(350979-351152)
scaffold0004 (8-181)||(345658-345831)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-181)||(12756149-12756322)
chr8 (9-186)||(41043473-41043650)
chr8 (8-187)||(24052021-24052200)
chr8 (9-181)||(41048858-41049023)
chr8 (8-88)||(2232107-2232186)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (8-181)||(14855936-14856109)
chr6 (8-181)||(14847078-14847251)
chr6 (9-181)||(26680570-26680741)
chr6 (113-181)||(6933039-6933107)
chr6 (128-181)||(6924849-6924902)
chr6 (128-182)||(10345850-10345904)
[»] scaffold0211 (1 HSPs)
scaffold0211 (8-181)||(26903-27076)
[»] scaffold0169 (2 HSPs)
scaffold0169 (8-154)||(10984-11130)
scaffold0169 (46-181)||(8695-8830)
[»] scaffold0121 (2 HSPs)
scaffold0121 (8-104)||(11413-11509)
scaffold0121 (83-181)||(11510-11608)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (8-104)||(39540-39636)
scaffold0124 (83-181)||(39441-39539)
[»] scaffold1317 (1 HSPs)
scaffold1317 (9-50)||(2027-2068)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23339001 - 23338815
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  23339001 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 23338902  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacagatatattgaatt 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  23338901 atggcccaataagctaacaatatgatccaataatccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacagatatatttaatt 23338815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 3110496 - 3110669
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  3110496 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 3110595  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3110596 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 3110669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 13991004 - 13990831
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  13991004 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaat 13990905  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13990904 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 13990831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 23344548 - 23344375
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  23344548 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 23344449  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23344448 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 23344375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 13985432 - 13985256
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  13985432 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaat 13985333  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacagat 184  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13985332 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacagat 13985256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 2174205 - 2174378
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  2174205 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaat 2174304  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2174305 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatacacttgtaatattcataaca 2174378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 40800625 - 40800798
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  40800625 gagaagaaagatgattatattattctcttgttatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 40800724  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40800725 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 40800798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 3112113 - 3112286
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  3112113 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 3112212  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3112213 atggcccaataagctaacaatatgatcttataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 3112286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 9730300 - 9730473
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  9730300 gagaagaaagaggattatattattctcttgtcatgtataattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggggagcaagcacaat 9730399  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9730400 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 9730473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 2168645 - 2168811
Alignment:
Q  15 aagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatgaccc 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||    
T  2168645 aagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggctacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggccc 2168744  T
Q  115 aataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2168745 aataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 2168811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 183
Target Start/End: Original strand, 40802549 - 40802724
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  40802549 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaat 40802648  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacaga 183  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40802649 atcgcccaataagctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacaga 40802724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Original strand, 48216323 - 48216497
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || |||    
T  48216323 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatatataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaccaaaat 48216422  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48216423 atggcccaataagctgacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 48216497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 13980643 - 13980816
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13980643 gagaagaaagatgattatattattctcttggtatgtacaattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 13980742  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  13980743 atggcccaataagctaatagtatgacccaataacccaattcctatatagacatccacttataatattcataaca 13980816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 13991975 - 13992148
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||   ||| |||||||||    
T  13991975 gagaagaaagataattatattattctcttgatatgtataattaggttgcatatgagctctatttatacataaacacaatgacttgaagagcaagcacaat 13992074  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  13992075 atgacccaataagctaatagtatgacccaataacccaattgctatatagacatccacttataatattcataaca 13992148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 67 - 181
Target Start/End: Original strand, 9724670 - 9724783
Alignment:
Q  67 tatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactt 166  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9724670 tatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggccaaa-aagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacta 9724768  T
Q  167 gtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||| ||||    
T  9724769 gtaatattcataaca 9724783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 125
Target Start/End: Original strand, 34578808 - 34578921
Alignment:
Q  12 agaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatga 111  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||   ||   |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  34578808 agaaagatgattatattattctcttagtatcactaattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttggggaataagtacaatatga 34578907  T
Q  112 cccaataagctaac 125  Q
     |||||||||||||    
T  34578908 tccaataagctaac 34578921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 99 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 20454699 - 20454624
Alignment:
Q  99 aagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatatt 174  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20454699 aagcacaatataacacaataaattaatagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttataatatt 20454624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 8 - 70
Target Start/End: Original strand, 9721550 - 9721612
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatt 70  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  9721550 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattagagtacatatgagctttatt 9721612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 22430520 - 22430347
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  22430520 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 22430421  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22430420 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 22430347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 22436114 - 22435941
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  22436114 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 22436015  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22436014 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 22435941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 630903 - 630730
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  630903 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 630804  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  630803 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 630730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 636454 - 636281
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  636454 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 636355  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  636354 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 636281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 43777163 - 43776990
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43777163 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 43777064  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43777063 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 43776990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 7909950 - 7910123
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  7909950 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 7910049  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7910050 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 7910123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 7917405 - 7917578
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  7917405 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 7917504  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7917505 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 7917578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14898955 - 14898782
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  14898955 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttagggagcaagcacaat 14898856  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  14898855 atggtccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacctgtaatattcataaca 14898782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 22425150 - 22424977
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  22425150 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattgggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 22425051  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22425050 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccatttgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 22424977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14893402 - 14893225
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcac--- 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||       
T  14893402 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 14893303  T
Q  105 -aatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14893302 aaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 14893225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 43771635 - 43771463
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43771635 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaggtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 43771538  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43771537 atggcccaataagctaacaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 43771463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 26694324 - 26694152
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26694324 agaagaaagaagattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaata 26694225  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     |   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26694224 aggttcaataaactaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 26694152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 1519318 - 1519141
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatga----cttagggagtaagca 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    ||| ||||| |||||    
T  1519318 gagaagaaagaggattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgaatgacttggggagcaagca 1519219  T
Q  104 caatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  1519218 caatatgacccaataagctaacaatataatccaataatccaattgctatatggatatccacttataatattcataaca 1519141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 1525820 - 1525641
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttaca------gagaaatacaatgacttagggagtaag 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||  || | |||||||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  1525820 gagaagaaagaggattatattatttttttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatatttatagagaaatacaatgacttggggagcaag 1525721  T
Q  102 cacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1525720 cacaatatgacctaataagctaacagtatgatccaataacccaatttctatatggacatccacttataatattcataaca 1525641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 26702420 - 26702321
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26702420 agaagaaagaagattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaata 26702321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 173
Target Start/End: Original strand, 19052428 - 19052518
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatat 173  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  19052428 caatgacttggggagcaagcacaatatcgtccaataagctaatagtatgactcaataactcaattgctatatggatattcacttataatat 19052518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 11147200 - 11147147
Alignment:
Q  25 tattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagaga 78  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  11147200 tattattattttgtggtgtataattaggttacatttgagttttatttacagaga 11147147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 14188470 - 14188410
Alignment:
Q  28 tattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatga 88  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||| ||||||||    
T  14188470 tattctcttgtggtgtacaattatgttacatgtggtctctatttatagagaagtacaatga 14188410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Original strand, 26711464 - 26711638
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26711464 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 26711563  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26711564 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 26711638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 27178957 - 27179130
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27178957 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 27179056  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27179057 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 27179130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 15716796 - 15716623
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  15716796 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 15716697  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15716696 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 15716623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 27194958 - 27195131
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27194958 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 27195057  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27195058 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatagacatccacttgtaatattcataaca 27195131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 15711215 - 15711041
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  15711215 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttataaagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 15711116  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15711115 atggtccaataaactaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 15711041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Original strand, 33498406 - 33498580
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  33498406 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctccatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 33498505  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33498506 atagcccaataagctaaaaatatgatccaacaacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 33498580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 181
Target Start/End: Original strand, 33492968 - 33493097
Alignment:
Q  52 gttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgcta 151  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  33492968 gttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttagggagcaagcacaatatagcccaataagctaacaatatgatccaacaactcaattgcta 33493067  T
Q  152 tatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33493068 tatggacatccacttgtaatattcataaca 33493097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 146
Target Start/End: Original strand, 3343872 - 3344002
Alignment:
Q  20 gattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgactt----agggagtaagcacaatatgaccca 115  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||    ||| || |||||||||||||||||    
T  3343872 gattctattattttcttgttatatataattaggttacatataagttctatttatatagaaatacaatgacttgggaaggaagcaagcacaatatgaccca 3343971  T
Q  116 ataagctaacaatatgatccaataacccaat 146  Q
    ||||||||| | ||| | |||||||||||||    
T  3343972 ataagctaatagtataacccaataacccaat 3344002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 17721909 - 17721823
Alignment:
Q  10 gaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttaggga 96  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  17721909 gaagagagatgattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatacgagctctatttatagagaaatataatgacttgggga 17721823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 165
Target Start/End: Original strand, 16498808 - 16498889
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 165  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498808 caatgactt-gggagcaagcacaatatggcccaataagctaatagtataacctaataacccaattgctatatggacatccact 16498889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 33491511 - 33491559
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttac 56  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33491511 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttac 33491559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 91
Target Start/End: Original strand, 16498728 - 16498794
Alignment:
Q  25 tattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgactt 91  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  16498728 tattattctcttgtggtatgcaattaggttacatatgagctctatttatagagagatacaatgactt 16498794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 29645066 - 29644986
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatga 88  Q
    ||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||||||| ||||||| |||  | |||||| |||||| ||||||||    
T  29645066 gagaagaaaaaggattatattatcgttttgtgatgtataattatgttacatgtgatttttatttatagagaagtacaatga 29644986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 17721796 - 17721717
Alignment:
Q  102 cacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||  ||||||||||||  | ||||| ||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  17721796 cacaatatagcccaataagctagtagtatgacccaataaccaaattcttacatggacatccacttataatattcataaca 17721717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 79
Target Start/End: Original strand, 27162769 - 27162823
Alignment:
Q  25 tattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaa 79  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | |||||||| ||||    
T  27162769 tattattctcttgtgatgtataattgtgttacatatcagttttatttacatagaa 27162823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 16648595 - 16648422
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  16648595 gagaagaaagaggattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 16648496  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16648495 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 16648422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 17622956 - 17622783
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17622956 gagaagaaagaggattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 17622857  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17622856 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 17622783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 32148649 - 32148476
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  32148649 gagaagaaagaggattatattattttcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaat 32148550  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32148549 atggcccaataaactaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 32148476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 42209070 - 42208892
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataatta------ggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagc 102  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  42209070 agaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagc 42208971  T
Q  103 acaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42208970 acaatatggtccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 42208892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 44655770 - 44655598
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||| || || |||||||| |    
T  44655770 agaataaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagcttaatttatagagaaatacaaagacttgggtagcaagcacaaca 44655671  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44655670 agacccaataagctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 44655598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Original strand, 42167609 - 42167781
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  42167609 agaagaaagaggattatgttattttcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaata 42167708  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     | |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  42167709 aggcccaataaactaacagtatgatcaaataactcaattgctatatggacatccactggtaatattcataaca 42167781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 557859 - 558032
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  557859 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaat 557958  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  557959 atggcccaataagctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccacttataatattcataaca 558032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 576042 - 576215
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || || || ||||||    
T  576042 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaatcacaat 576141  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  576142 atggcccaataagctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccacttataatattcataaca 576215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 25499247 - 25499152
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcac 104  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  25499247 agaagaaagaggaatatattattctcttgtgatgtatcattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25499152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 25494010 - 25493915
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcac 104  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  25494010 agaagaaagaggaatatattattctcttgtgatgtatcattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25493915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 25499151 - 25499053
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  25499151 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 25499053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 4 - 181
Target Start/End: Original strand, 38011672 - 38011845
Alignment:
Q  4 gagtgagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagca 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    || |  ||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||| ||||   || |    
T  38011672 gagtgagaagaaagaggattatattattctct----atattcaattaggttacatatgagctctatagatagagtaatacaatgacttggggatccagta 38011767  T
Q  104 caatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     ||||   |||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  38011768 taataaagcccaataaactaagagtatgacctaataacccaattgttatatggacatccacttctaatattcataaca 38011845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 181
Target Start/End: Original strand, 26456872 - 26457007
Alignment:
Q  47 attaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaat 146  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||| |||| ||||||  | ||||||||||| | ||| | ||||||| |||||    
T  26456872 attaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggagagcaagcgcaatatagcacaataagctaatagtataacccaataatccaat 26456971  T
Q  147 tg-ctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26456972 tgcctatatggacatccacttataatattcataaca 26457007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 83 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 25493914 - 25493816
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  25493914 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtatgacccattaacctaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 25493816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 181
Target Start/End: Original strand, 42162377 - 42162415
Alignment:
Q  143 caattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42162377 caattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 42162415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 91
Target Start/End: Original strand, 11726487 - 11726552
Alignment:
Q  25 tattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgactt 91  Q
    |||||||||||| || |||  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  11726487 tattattctcttatgttgtc-aataaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaataactt 11726552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 20192579 - 20192752
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20192579 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaat 20192678  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20192679 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 20192752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6162420 - 6162247
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  6162420 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 6162321  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  6162320 atgacccaataaactaacaatatgatccaataacccaatttctatatggatatccacttgtaatattcataaca 6162247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 20197943 - 20198116
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20197943 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaat 20198042  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  20198043 atggcccaataaactaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccatttgtaatattcataaca 20198116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6156723 - 6156550
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  6156723 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 6156624  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  6156623 atggcccaataaactaacaatatgatccaataacccaatttctatatgaacattcacttgtaatattcataaca 6156550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 53982265 - 53982094
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  53982265 agaaaaaagaggattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgactt-gggagcaagcacaata 53982167  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53982166 aggcccaataagctaacagtatgatcaaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 53982094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 85
Target Start/End: Original strand, 12733922 - 12733982
Alignment:
Q  25 tattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaa 85  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  12733922 tattattctcttgtgataaccaattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaa 12733982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 161
Target Start/End: Original strand, 7156308 - 7156350
Alignment:
Q  119 agctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatc 161  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7156308 agctaataatatgatccaataacccaattgctatatgaacatc 7156350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 19582081 - 19582035
Alignment:
Q  135 caataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  19582081 caataacccaattgatatatggacatccacttataaaattcataaca 19582035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 174
Target Start/End: Original strand, 7739869 - 7739909
Alignment:
Q  134 ccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatatt 174  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||    
T  7739869 ccaataacccaattgatatatgaacatccacttataatatt 7739909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Original strand, 28375708 - 28375882
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28375708 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 28375807  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28375808 atggcccaataagctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacag 28375882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 28366968 - 28367141
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28366968 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 28367067  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28367068 atggcccaataagctaacaatatgatccaataactcaattgctatattgacatccacttgtaatattcataaca 28367141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 8 - 174
Target Start/End: Original strand, 1536542 - 1536708
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1536542 gagaagaaagaggattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 1536641  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatatt 174  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1536642 atggcccaataagctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttataatatt 1536708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 30963161 - 30963332
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30963161 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaagtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 30963258  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  30963259 atggtccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttataatattcataaca 30963332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 306 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 38090308 - 38090183
Alignment:
Q  306 actcattgcatatgaattgaatcttaaatataatatgtcttagtaacatatgtccttcagacacatttgttnnnnnnnnnnnnnttgtatttgtaaacaa 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||    
T  38090308 actcattgcatatgaattgaatcttaaatataatatgtcttagtaac--atgtccttcagacacatttgttaaaaaataaaaaattgtatttgtaaacaa 38090211  T
Q  406 ttgcagcaaataaaatcatgtttcttac 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38090210 ttgcagcaaataaaatcatgtttcttac 38090183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 130
Target Start/End: Original strand, 30927370 - 30927490
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30927370 gagaagaaagatgattatattattcttttgtgatgtataattaagtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 30927467  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatat 130  Q
    |||  ||||||||||||||||||    
T  30927468 atggtccaataagctaacaatat 30927490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 186 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 38091647 - 38091525
Alignment:
Q  186 tattgaatttacaatcaccaacttctcaacacta-atatgagtgagcgactagaatctttagaacnnnnnnnnnggaattaaaatcaaaatagaaattga 284  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||| |||||||    
T  38091647 tattgaatttacaattaccaacttctcaacacttgatatgagtgagcgactagaatctttagaacaaaagaaaaggaattaaaatcaaaatataaattga 38091548  T
Q  285 tataatgattatgaacgatagac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  38091547 tataatgattatgaacgatagac 38091525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 163
Target Start/End: Original strand, 34647923 - 34648068
Alignment:
Q  10 gaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatat 109  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| || ||||| |||||||||      
T  34647923 gaagagagatgattctattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgagctcaatttatacagaaatacaatgatttggggagcaagcacaat-- 34648020  T
Q  110 gacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcca 163  Q
          |||  |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34648021 ------atagcctaatagtataacccaataacccaattgctatatggacatcca 34648068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 126 - 181
Target Start/End: Original strand, 30957702 - 30957757
Alignment:
Q  126 aatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30957702 aatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 30957757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 135 - 181
Target Start/End: Original strand, 14664069 - 14664115
Alignment:
Q  135 caataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  14664069 caataacccaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 14664115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 91
Target Start/End: Original strand, 14663985 - 14664063
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgactt 91  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||  || | ||||||||||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14663985 gagaagaaagaagattatattattctcttggtatctctaattaggtt-----tgagctctatttatagagaaatacaatgactt 14664063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 350979 - 351152
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  350979 gagaagaaagaggattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 351078  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  351079 atggaccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 351152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 345658 - 345831
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  345658 gagaagaatgaggattatattattttcttatgatgtataattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaat 345757  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  345758 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 345831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Original strand, 12756149 - 12756322
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12756149 gagaagaaagatgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 12756248  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12756249 atggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataaca 12756322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 41043650 - 41043473
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41043650 agaagaaagaggattatgctattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaata 41043551  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacagatat 186  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  41043550 aagcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatagacatccacttgtaatattcataacaaatat 41043473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 187
Target Start/End: Original strand, 24052021 - 24052200
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  24052021 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 24052120  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacagatata 187  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  24052121 atggcccaataaactaacaatatgatccaataactcaattgttatatggacatccatttgtaatattcataacagttata 24052200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41049023 - 41048858
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    |||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||| || || ||||    
T  41049023 agaagaaagaagattatgttattatcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttataaataaatacaatgacttggggagcaaacataata 41048924  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     |||||||||||||||       ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41048923 agacccaataagctaa-------atcaaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 41048858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 2232186 - 2232107
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatga 88  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||| || |||||| |||||| || |||||    
T  2232186 gagaagaaagaggattatattattatcttgtggtgtacaa-tatgttacatatgatctatatttatagagaagtataatga 2232107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14856109 - 14855936
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  14856109 gagaagaaagaggattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaagcacaat 14856010  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14856009 atggcccaatatgctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 14855936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14847251 - 14847078
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||| || ||||||    
T  14847251 gagaagaaagaagattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagttctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaatcacaat 14847152  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14847151 atggcccaataagctaacaatatgatcaaataacccaattgctatatggatatccacttgtaatattcataaca 14847078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 26680741 - 26680570
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaata 108  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26680741 agaagaaagaggattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgactt-gggagcaagcacaata 26680643  T
Q  109 tgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
     | |||||||| |||||| ||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26680642 aggcccaataaactaacagtatgatcaaaaaactcaattgctacatggacatccacttgtaatattcataaca 26680570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6933107 - 6933039
Alignment:
Q  113 ccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6933107 ccaataagctaacagtatgacccaataacccaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 6933039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6924902 - 6924849
Alignment:
Q  128 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6924902 tatgatccaataacccaattgctatatcgacatccacttataatattcataaca 6924849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 182
Target Start/End: Original strand, 10345850 - 10345904
Alignment:
Q  128 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaacag 182  Q
    |||||| |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  10345850 tatgatgcaataacttaattgttatatgaacatccacttgtaatattcataacag 10345904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0211 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0211
Description:

Target: scaffold0211; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 27076 - 26903
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | |||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27076 gagaagaaagaggattatattattctctttttatgttttattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 26977  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26976 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataaca 26903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 11130 - 10984
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaat 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||  || |  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11130 gagaagaaagatgattatattattctcttggtatatccaattaggttatatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaat 11031  T
Q  108 atgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatat 154  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  11030 atgacccaataagctaatagtatgacccaataacccaattgctatat 10984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 46 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 8830 - 8695
Alignment:
Q  46 aattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaa 145  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  8830 aattagattacatataatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataagctaatagtatgacccaataacccaa 8731  T
Q  146 ttgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  8730 ttgctatatagacatccacttataatattcataaca 8695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 8 - 104
Target Start/End: Original strand, 11413 - 11509
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcac 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  11413 gagaagaaagaggattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 11509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 181
Target Start/End: Original strand, 11510 - 11608
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  11510 caatgacttagggagcaaccacaatatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatgtggacatccacttataatattcataaca 11608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 39636 - 39540
Alignment:
Q  8 gagaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttacagagaaatacaatgacttagggagtaagcac 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  39636 gagaagaaagaggattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgaggagcaagcac 39540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 39539 - 39441
Alignment:
Q  83 caatgacttagggagtaagcacaatatgacccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcacaaca 181  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| | || || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  39539 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtacgacccaataacctaattgttatatggacatccacttataatattcataaca 39441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1317 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1317
Description:

Target: scaffold1317; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 50
Target Start/End: Original strand, 2027 - 2068
Alignment:
Q  9 agaagaaagaggattgtattattctcttgtgatgtataatta 50  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  2027 agaagaaagaggaatatattattctcttgtgatgtatcatta 2068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University