View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19069_high_1 (Length: 926)

Name: NF19069_high_1
Description: NF19069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19069_high_1
NF19069_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-869)||(364610-365466)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 825; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 825; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 365466 - 364610
Alignment:
Q  13 tcatcatataaactaaattcctgagcatcaaattctaattcaatttcaaaaactctaaatgtttctaagaaaatgaatgaggggattaccaatttgtcac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  365466 tcatcatataaactaaattcctgagcatcaaattctaattcaatttcaaaaactctaaatgtttctaagaaaaccaacgaggggattaccaatttgtcac 365367  T
Q  113 tccagccaaggatgagtacatggtttctttcgatgacctcgctctttccttttctaagtgaatcaaccttctctgatatagcatccgaaacaagcccaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365366 tccagccaaggatgagtacatggtttctttcgatgacttcgctctttccttttctaagtgaatcaaccttctctgatatagcatccgaaacaagcccaag 365267  T
Q  213 catcatggcaaatataagcatgccacccgcactaattgagacagagacgattctctggccggttccttctgtttcagcgtgatttcctgcgtcagctaca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365266 catcatggcaaatataagcatgccacccgcactaattgagacagagacgattctctggccggttccttctgtttcagcgtgatttcctgcgtcagctaca 365167  T
Q  313 taagtccaagaatgccaaagtgcttcagccatgctaccgccagtaaccgcatacaacgctaaaccaccaaatgctataagaaagagagttgcacaaagaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365166 taagtccaagaatgccaaagtgcttcagccatgctaccaccagtaaccgcatacaacgctaaaccaccaaatgctataagaaagagagttgcacaaagaa 365067  T
Q  413 gtgcaagtagctttgcataaggatatatggagaaaaatacatctaccatataagcaactctcttctttaatggtacatcctccttgttactttctgttct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365066 gtgcaagtagctttgcataaggatatatggagaaaaatacatctaccatataagcaactctcttctttaatggtacatcctccttgttactttctgttct 364967  T
Q  513 cctcaagaaattaattatttgaggaagataatcaagatatttgtacaatacaaaaggcaaaatcaatgtgaaaagcacaatatataaagctattgttcta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364966 cctcaagaaattaattatttgaggaagataatcaagatatttgtacaatacaaaaggcaaaatcaatgtgaaaagcacaatatataaagctattgttcta 364867  T
Q  613 ctatctgcattatcatcgtcatcaacctcttcttgtatggatgtttttccgttccgggaacaaaaatcaatttgaccacagagttgaagtttcatatcct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364866 ctatctgcattatcatcgtcatcaacctcttcttgtatggatgtttttccgttacgggaacaaaaatcaatttgaccacagagttgaagtttcatatcct 364767  T
Q  713 ggagccaaagaaattgaattgataaataaacaatggattcaatccaacacaaacaagaaatttaaagggtgcaatcaataataccttgagtttggcaagt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  364766 ggagccaaagaaattgaattgataaataaacaatggattcaatccaacacaaacaagaaatttaaagggtgcaatcagtaataccttgagtttggcaagt 364667  T
Q  813 ttgtattgcaaataagctgaatagggtacaagaataatacaacagataactaactgc 869  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364666 ttgtattgtaaataagctgaatagggtacaagaataatacaacagataactaactgc 364610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University