View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19069_low_3 (Length: 561)

Name: NF19069_low_3
Description: NF19069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19069_low_3
NF19069_low_3
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-427)||(38321809-38322235)
chr8 (1-331)||(38301067-38301397)
chr8 (1-366)||(38306967-38307329)
chr8 (1-354)||(38314310-38314667)
chr8 (1-318)||(38309709-38310026)
chr8 (1-382)||(38317720-38318107)
chr8 (1-208)||(38326521-38326728)
chr8 (499-546)||(38322307-38322354)
chr8 (279-379)||(38326805-38326908)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-206)||(38849411-38849616)
chr4 (295-405)||(38849199-38849312)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 38321809 - 38322235
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321809 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 38321908  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321909 tttggatttttgcataggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 38322008  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaat 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38322009 aattttgttcgcgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtattgttttggtaactagttgtcactttaattattaaccttttcaat 38322108  T
Q  301 tatgatatgtagttggagaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagcatctaatggttttgattt 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38322109 tatgatatgtagttggagaagacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgacagtgatgactaaatggagcaagcatctaatggttttgattt 38322208  T
Q  401 tgaagtcaaacgccgatggtgatgatg 427  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38322209 tgaagtcaaacgccggtggtgatgatg 38322235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 38301067 - 38301397
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| ||    
T  38301067 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccga 38301166  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||  |||||| ||    
T  38301167 ttttgagttttgcatgggctcacgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcac 38301266  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaat 300  Q
    ||||||||| |  |||||||| || | ||||| | |||||||| |||||||| || || ||||||||| | | |||| || |||||| ||||| ||||||    
T  38301267 aattttgttaataatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggtttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaat 38301366  T
Q  301 tatgatatgtagttggagaagatgacgatga 331  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  38301367 tatgatatgtagatggagaagatgatgatga 38301397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 38306967 - 38307329
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||    
T  38306967 atgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatatccagatctatcaatactggcttgtgacttgttaagtgttcccattaccactgtggcttctga 38307066  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||||| ||||| |||||| |||| |||||    
T  38307067 ttttgaattttgcatgggctcacgcgtgtttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatggatgtggaaactagaatttgtgctcgcagttggctgtac 38307166  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaat 300  Q
    ||||| |||   |||||||||||  ||||||| | |||      |||||||| |  |||||||||||| | |  ||| ||  ||| ||||||| ||||||    
T  38307167 aatttcgttagtgatggtaatctgtgtaatttgaatgt------atatgattctgttgttttgataaccactggtcaattacattgttaacctcttcaat 38307260  T
Q  301 tatgatatgtagttgg---agaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatg 366  Q
    |||||| ||||| |||   ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38307261 tatgatttgtagatggaaaagacgatgaagacgactttgaagaaataatgaatgaaattgatggtgatg 38307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 38314310 - 38314667
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||  |||  | ||||||||    
T  38314310 atgtattacaatggtggaagagtaattcaaatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgttaagtgttcccattgccacagtggcttctga 38314409  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||| || |||||||||||||  |  || || ||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||  ||||| |||| ||||||| |||| |||||    
T  38314410 ttttgaattttgcatgggctcacgtgtgttaaacaagtataaagatcgcatgttaccaatggatgtggaaactagaatttgcactcgcagttggctgtac 38314509  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataacta-gttttcactttaattattaaccttttcaa 299  Q
    |||||||||   ||||||||||||  |||||||| ||| |||| | || | |||| |||||||||||| |  |    | |||| ||||||| || ||| |    
T  38314510 aattttgttagtgatggtaatctatctaatttaaatgtgaatataaataagtgtattgttttgataaccacctgggtaatttagttattaatctcttcga 38314609  T
Q  300 ttatgatatgtagttggagaa---gatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 354  Q
    ||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314610 ttatgatatgtagatggagaagacgacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 38314667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Original strand, 38309709 - 38310026
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  | |||||||||||| ||||| ||| |||| |||| |||||    
T  38309709 atgtattacagtggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaattctggcctgcgacttgttaagttttcccattaccactgtcgcatctga 38309808  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||| || |||||||||||||  |  || |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||| ||||  ||||| | |||||||||| ||||||| ||    
T  38309809 ttttgagttttgcatgggctcacgtgtgtttaacaaatataaagatcgtatgttgccaaataatgtggaaactagaatatgtactcgcacttggttgcac 38309908  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaat 300  Q
    |||||||||  | |||||||| || ||||||| | |||||||| ||||||||  | |||||||||| | | | |||| ||||||||||| |||  |||||    
T  38309909 aattttgttggcaatggtaatttatgtaatttgaatgtaaatatatatgatttaattgttttgatagccactgttcaatttaattattatcctcctcaat 38310008  T
Q  301 tatgatatgtagttggag 318  Q
    |||||||||||| |||||    
T  38310009 tatgatatgtagatggag 38310026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Original strand, 38317720 - 38318107
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||  |||| | ||||||||    
T  38317720 atgtattacaatggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaatattagcttgcgacttgttaagtgttcccattgccactgttgcttctga 38317819  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||  || ||||||||||| |  |  || |||||||||||| ||||||||| | | || | |||| ||||  ||||| | |||||||||| |||||| |||    
T  38317820 ttctgaattttgcatgggttcacgtgtctttaacaagtatgaagatcgtacgctgcccacgaatgtggaaactagaatctgtactcgcagttggttatac 38317919  T
Q  201 aattttgttcacgatggtaatctac---gtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttc 297  Q
    ||||||||   ||||||||||||||   ||  ||||| |||||||| ||||||||||| | || ||||||| |||  ||| ||| ||||||||||| |||    
T  38317920 aattttgtaagcgatggtaatctactatgttctttaaatgtaaataaatatgattgtattcttctgataaccagtggtcaattttattattaacctcttc 38318019  T
Q  298 aattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagc 382  Q
    |||| ||||||||||   ||||||  |||   |||||||| || | |||||||||||||| ||||| || |||  |||||| ||||||    
T  38318020 aattgtgatatgtagacagagaaggcgacagagatgacttggatggaataatgaatgaaattgataatggtgaaaaaatggtgcaagc 38318107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 38326521 - 38326728
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||  |||| |||| |||||    
T  38326521 atgtattagaatggtggaagagtaattataattgatttccagatctatcaattttggcttgtgacttgttaagtgttcccattgccactgtcgcatctga 38326620  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    |||||| |||||||||||    | ||| ||| | ||||||||||| | |||| | || |||||| |||| || ||| | |||||| ||| ||||||||||    
T  38326621 tttggaattttgcatgggtgcacgcgtatttgaaaagtataaagaccttatgctgcctatgaatgtggaagccagaatctgtacttgcagttggttgtac 38326720  T
Q  201 aattttgt 208  Q
    ||||||||    
T  38326721 aattttgt 38326728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 499 - 546
Target Start/End: Original strand, 38322307 - 38322354
Alignment:
Q  499 aactatatagagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggatt 546  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38322307 aactatataaagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggatt 38322354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 279 - 379
Target Start/End: Original strand, 38326805 - 38326908
Alignment:
Q  279 tttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatgg 375  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||| |||| |||  | |||||  ||||||    
T  38326805 tttaattattaacctcttcaattttgatatgtagatgaagaggatgacgatgatgactttgaagaaactatgaacgaaattgacggcgatgaaaaaatgg 38326904  T
Q  376 agca 379  Q
    ||||    
T  38326905 agca 38326908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 38849616 - 38849411
Alignment:
Q  1 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||| ||  | || | ||||||||    
T  38849616 atgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatttccggatctatcaatattggcctgcgacttgttaagtgttcccattgccgctgtagcttctga 38849517  T
Q  101 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 200  Q
    ||  || |||||||||||||  |  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  38849516 ttctgaattttgcatgggctcacgtgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtggaagctagaatttgtactcgcagttggttgtac 38849417  T
Q  201 aatttt 206  Q
    ||||||    
T  38849416 aatttt 38849411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38849312 - 38849199
Alignment:
Q  295 ttcaattatgatatgtagttggagaaga---tgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagcatctaatgg 391  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||     
T  38849312 ttcaattatgatatgtagatggagaagacgatgacgacgactttgaagaaataaagaatgaaattgataatgatgaaaaaatggagcaagcttctaatga 38849213  T
Q  392 ttttgattttgaag 405  Q
     |||| ||||||||    
T  38849212 ctttggttttgaag 38849199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University