View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1906_high_3 (Length: 484)

Name: NF1906_high_3
Description: NF1906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1906_high_3
NF1906_high_3
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (16-465)||(40063372-40063821)
chr2 (33-465)||(40081722-40082154)
chr2 (55-463)||(40094006-40094414)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (126-404)||(22012115-22012393)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 40063821 - 40063372
Alignment:
Q  16 aaacacaaacaaataacccaacatagtcaatctaaacctaagtgaaacataacaaattagcaagggaacaggaattcagataaacaccttctttacaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063821 aaacacaaacaaataacccaacatagttaatctaaacctaagtgaaacataacaaattagcaagggaacaagaattcagataaacaccttctttacaatt 40063722  T
Q  116 gacagcgctttattgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagagattacctgat 215  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40063721 gacagcgccttattgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaaaagattacctgat 40063622  T
Q  216 tatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatac 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063621 tatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctacttttccccatgatgttgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatac 40063522  T
Q  316 atgtgcacacaaactttctagctgttttgtagcaaaagctatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatataagagtgttgccgtttggtttc 415  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40063521 atgggcacacaaactttctagctgttttgtagcaaaagctatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatacaagagtgttgccgtttggtttc 40063422  T
Q  416 aaaaacgatcgtggtacatggtatctgcgagatgggattaatgtctcagt 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063421 aaaaacgatcgtggtacatggtatctgcgagatgggattaatgtctcagt 40063372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 40082154 - 40081722
Alignment:
Q  33 ccaacatagtcaatctaaacctaagtgaaacataacaaattagcaagggaacaggaattcagataaacaccttctttacaattgacagcgctttattgct 132  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40082154 ccaacatagtcaatctaaaccaatgtgaaacataacaaattagtaagggaacaggagttcagataaacaccttctttacaattgacagcgccttattgct 40082055  T
Q  133 gctgcagcgtccgcggtagaagtttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagagattacctgattatgattaggacagttg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||    
T  40082054 gctgcagcgtccgcggtagaagtttccacacgtccctaaaggtgttccatagcttgcaaatttgatggatgaaattacctgattatgattaggacaactg 40081955  T
Q  233 agcaacagtgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgtgcacacaaacttt 332  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  40081954 agcaacagagcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgtgaacacacacttt 40081855  T
Q  333 ctagctgttttgtagcaaaagctatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatataagagtgttgccgtttggtttcaaaaacgatcgtggtac 432  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40081854 ccagctgttttgtagcaaaagatatttgggtcggatcaccgccattttcctcaaacaatacaagagtgttgccgtttggtttcaaaaacgatcgtggtac 40081755  T
Q  433 atggtatctgcgagatgggattaatgtctcagt 465  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  40081754 atggtatctgcaagatgcgattattgtctcagt 40081722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 55 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 40094414 - 40094006
Alignment:
Q  55 aagtgaaacataacaaattagcaagggaacaggaattcagataaacaccttctttacaattgacagcgctttattgctgctgcagcgtccgcggtagaag 154  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094414 aagtgaaccataacaaattagaaagggaacatgaatccagataaacaccttctttacaattgacagtgtcttattgctgctgcagcgtccgcggtagaag 40094315  T
Q  155 tttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagagattacctgattatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctactt 254  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094314 tttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctactt 40094215  T
Q  255 ttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgtgcacacaaactttctagctgttttgtagcaaaagc 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||     
T  40094214 ttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacacacacttcctatctgttttgtagcaaaaga 40094115  T
Q  355 tatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatataagagtgttgccgtttggtttcaaaaacgatcgtggtacatggtatctgcgagatgggatt 454  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |||||| ||||    
T  40094114 tatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtttccatttggtttcaaaaacgactgtggcacgtggtatctgtgagatgagatt 40094015  T
Q  455 aatgtctca 463  Q
    |||||||||    
T  40094014 aatgtctca 40094006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 404
Target Start/End: Original strand, 22012115 - 22012393
Alignment:
Q  126 tattgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagagattacctgattatgattagg 225  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | ||||||| || |||||  | || |||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||| |||    
T  22012115 tattgctgctgcagcttccgtggttgtagtttccacaagtcccacgaggcgttccaaagcttgcaaatttaatggaagagatcgcctgattaggataagg 22012214  T
Q  226 acagttgagcaacagtgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgtgcacac 325  Q
     || |  ||  ||||| |||| ||||| ||||   ||||||||| ||     |||||   |||||   | || |||||||| |||| |||||||| ||||    
T  22012215 gcattccagtgacagtacaggacctacctttctttctgattctgcattcgaattccatgtgtctacaggtggagggtgagattcagttacatgtgaacac 22012314  T
Q  326 aaactttctagctgttttgtagcaaaagctatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatataagagtgttgc 404  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||| || || || ||  ||||||||||||||| || ||||||||    
T  22012315 acactttctatctgttttgtaccaaaagatatttttgtagggtcgcctccgctttcctcaaacaatacaaaagtgttgc 22012393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University