View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19070_high_3 (Length: 611)

Name: NF19070_high_3
Description: NF19070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19070_high_3
NF19070_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-593)||(36717341-36717919)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-596)||(2040772-2041352)
chr8 (19-596)||(1352305-1352872)
chr8 (125-578)||(1357444-1357894)
chr8 (101-524)||(1364328-1364735)
chr8 (12-132)||(10043769-10043881)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (276-572)||(24620337-24620630)
chr3 (46-245)||(24619728-24619936)
chr3 (264-402)||(18179888-18180026)
chr3 (410-550)||(18180117-18180255)
chr3 (52-104)||(18179206-18179255)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 36717919 - 36717341
Alignment:
12 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccaggt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717919 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccaggt 36717820  T
112 ccgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
36717819 ccgttgtctccagaaaatcttcttttattaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcg 36717720  T
212 caagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatct 311  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717719 cgagtcgatcaactgcttcattctcagcctgagccatttttttt-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatct 36717621  T
312 tcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
36717620 tcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaattttttccacaatttatcagttatagggctcaaatccatcccttcacttgc 36717521  T
412 cttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
36717520 cttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--t 36717423  T
512 tatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaa 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717422 tatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaa 36717341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 596
Target Start/End: Original strand, 2040772 - 2041352
Alignment:
19 ttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcac-----atttg-atccaggtc 112  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||| ||    
2040772 ttcattgctgtgttatttttgacctccaagctattaagaaaatccttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcactgacaagttgtatccagatc 2040871  T
113 cgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgc 212  Q
    | || |||||| ||||||||||||  || ||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
2040872 cattatctccacaaaatcttctttcgctgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgc 2040971  T
213 aagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 312  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2040972 gagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccactcttttg-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 2041070  T
313 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgcc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | | | |    
2041071 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttctccacaattgatctgttatagggctcaaatccatcccttgagtggac 2041170  T
413 ttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacatttt 512  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
2041171 ttctcaatatgcatcaactggtcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatcatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--tt 2041268  T
513 atcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaaaag 596  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
2041269 atcaatacctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaacaaaag 2041352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 1352872 - 1352305
Alignment:
19 ttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcac-----atttg-atccaggtc 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||| ||    
1352872 ttcattgctgtgatatttttgacctcaaaactattaagaaaatccttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcactgacaagttgtatccagatc 1352773  T
113 cgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgc 212  Q
    | || |||||| |||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||     
1352772 cattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgtttcgt 1352673  T
213 aagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 312  Q
     |||||||||||||||||||||||| || ||||||         || ||||||||||||| |||||||||||||             |||||||||||||    
1352672 gagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttg-actttagcctcatacaactgcaaccaagtg-------------tttctttcatctt 1352587  T
313 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgcc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |    
1352586 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggctcaaatccatccctttatttgtc 1352487  T
413 ttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacatttt 512  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
1352486 ttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--tt 1352389  T
513 atcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaaaag 596  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
1352388 atcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaacaaaag 1352305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 125 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 1357894 - 1357444
Alignment:
125 aaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgcaagtcgatcaac 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
1357894 aaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaac 1357795  T
225 tgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 324  Q
    |||||||||||||  ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1357794 tgcttcattctcagtctgagccacttttttg-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 1357696  T
325 attagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgccttctcaatatgc 424  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
1357695 attagtgcaatttataccaaattgcttttcaaagaactttttccacaatttatctgttatagggctcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgc 1357596  T
425 atcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattttatcaatagcttt 524  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
1357595 atcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--ttatcaatagcttt 1357498  T
525 ctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacagg 578  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
1357497 ctcaacacaaagatcaaccaaacatgtttgatcctttctcttcatcataacagg 1357444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 101 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 1364735 - 1364328
Alignment:
101 ttgatccaggtccgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttcctt 200  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
1364735 ttgatccaggtccatcatctccacaaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttcctt 1364636  T
201 gtagcattgcgcaagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactctttt 300  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||         || ||||||||||||| |||||||||||||             |    
1364635 gtagcgttgcgtgagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttg-actttagcctcatacaactgcaaccaagtg-------------t 1364550  T
301 ttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
1364549 ttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggctcaaatccatc 1364450  T
401 ccttcacttgccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggt 500  Q
    |||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1364449 ccttgagtggacttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggt 1364350  T
501 attttacattttatcaatagcttt 524  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
1364349 attttaca--ttatcaatagcttt 1364328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 132
Target Start/End: Original strand, 10043769 - 10043881
Alignment:
12 attattcttcattgctgtgatattttttacctc-aaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccagg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||    
10043769 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaaactattaagaaaatctttctttgact---------tattgctgctcttcacatttgatccagg 10043859  T
111 tccgttgtctccagaaaatctt 132  Q
    ||| || |||||| ||||||||    
10043860 tccattatctccacaaaatctt 10043881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 276 - 572
Target Start/End: Original strand, 24620337 - 24620630
Alignment:
276 gcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaattt 375  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||    
24620337 gcaaccatgtgaatgaaactattttttctttcatatccttaactacttcatttgtgcaaattataccaaactgcttttcaataaactttttccacagttt 24620436  T
376 atctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatga 475  Q
    ||    |||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
24620437 attcgatatatggctcaaatccatcc-ttcattggccttctcaatatgcatgttccggtcaagtgtgcagtgaggcaagattcactcaagcatatgatga 24620535  T
476 tcaacatgactaacatctccaaggtattttacattttatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcat 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
24620536 tcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--ttatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaatatgtttgatcctttctcttcatcat 24620630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 46 - 245
Target Start/End: Original strand, 24619728 - 24619936
Alignment:
46 aaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttga---------tccaggtccgttgtctccagaaaatcttcttt 136  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||||| ||  ||||| | ||||||||||    
24619728 aaacaattaagaaaatatttctttgatttcttcattatgttgctgctcttcacatttgagaagttgtatctaggtccattacctccacacaatcttcttt 24619827  T
137 tactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgcaagtcgatcaactgcttcattctc 236  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| |     
24619828 tactaggtggaattttggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttttagcattgcgtgggtcgatcaactgcttcattttt 24619927  T
237 aacctgagc 245  Q
    |||||||||    
24619928 aacctgagc 24619936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 264 - 402
Target Start/End: Original strand, 18179888 - 18180026
Alignment:
264 cctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactt 363  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||| || ||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
18179888 cctcatacaactgcaaccatctgaatgacactcttttttctgtcatcctcctaattatttcatttgtgcaacttataccaaactgcttttcaaagaactt 18179987  T
364 tttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatccc 402  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
18179988 tttccacaatttatctgttaccgggctcaaatccatccc 18180026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 410 - 550
Target Start/End: Original strand, 18180117 - 18180255
Alignment:
410 gccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacat 509  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||| |     
18180117 gccttctcgatatgcgtcaactggtcaagtgtgcagtgtggcaagattcgttcaagcagatgatgatcaacaggaccaacatttccaaggtatcttaaa- 18180215  T
510 tttatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatg 550  Q
     ||||| |||||| | | ||||||||| ||||||| |||||    
18180216 -ttatctatagctgtttgaacacaaagatcaaccagagatg 18180255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 104
Target Start/End: Original strand, 18179206 - 18179255
Alignment:
52 ttaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttga 104  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
18179206 ttaagaaattctatctttgacttcttcattatgt---tgctcttcacatttga 18179255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University