View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19073_high_2 (Length: 712)

Name: NF19073_high_2
Description: NF19073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19073_high_2
NF19073_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-695)||(12549623-12550314)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 12550314 - 12549623
Alignment:
Q  10 aagaatatatgtaaaaacaaggaactgttcatacatgacagatcaaaatatatacaactatcctcaagaaacttaaagcctcctgttttccctatacagt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  12550314 aagaatatatgtaaaaacaaggaactgttcatacatgacagatcaaaatatatacaactatcctcaagaaaataatagcctcctgttttccctatacagt 12550215  T
Q  110 aaacttgggaaatggattccctgcagtaactgcatcaaacaattaccgacctcaaccctctgatctaaattaatggccgtttaaaaccgttttagtgaac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12550214 aaacttgggaaatggattccctgcagtaactgcatcaaacaattaccgacctcaaccctctgatctaaattaatggccgtttaaaaccgttttagtgaac 12550115  T
Q  210 gtgtaatctaaactgtaccatcttaaatcaatggtcgagagtgtttactgtgtacttttattactgcaaggaatccgaattgtacgcttgacgtaatctt 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12550114 gtgtaatctgaactgtaccatcttaaatcaatggtcgagagtgtttactgtgtacttttattactgcaaggaatccgaattgtacgcttgacgtaatctt 12550015  T
Q  310 acatgcatctaatatgtttgtgcactcaatttcaattgcctgctcagtttattcaatataaatgtcatacactaaaatcaggtgtatggccaaaatcagc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12550014 acatgcatctaatatgtttgtgcactcaatttcaattgcctgctcagtttattcaatataaatgtcatacactaaaatcaggtgtatggccaaaatcggc 12549915  T
Q  410 gaatggaaagaacggtagtagtactgtcactatattggagcaaaattacctttttccaaaatggtcctgtcactatattggtcaaatgccagctgcaact 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12549914 gaatggaaagaacggtagtagtactgtcactatattggagcaaagttacctttttccaaaatggtcctgtcactatattggtcaaatgccagctgcaact 12549815  T
Q  510 ggtaacctaatctctgctctccgtaaaactgaatccagtctgaagaccaggtatttatctgtggtgtgctacatcaaaatatagattatataactaaaaa 609  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12549814 ggtaacctaatctgtgctctccgtaaaactgaatccagtctgaagaccaggtatttatctgtggtgtgctacatcaaaatatagattatataactaaaaa 12549715  T
Q  610 tcaattagtacaaattacaaaagacttccttacctagaaaaaagacatgataaatgataacca------taacaattacaataacatacctg 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||    
T  12549714 tcaattagtacaaattacaaaagacttccttacctagaaaaaagacatgataaatgataaccataaccataacaattacaataacatacctg 12549623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University