View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19075_high_1 (Length: 590)

Name: NF19075_high_1
Description: NF19075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19075_high_1
NF19075_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-573)||(50834451-50835016)
chr3 (8-573)||(50840837-50841402)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-268)||(11729626-11729886)
chr8 (8-268)||(23739938-23740198)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 50835016 - 50834451
Alignment:
Q  8 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgacccn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  50835016 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgaccca 50834917  T
Q  108 nnnnnntaatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 207  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834916 aaaaaataatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 50834817  T
Q  208 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttcaaattatccagaatatatttataactctgaaacagaatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834816 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttcaaattatccagaatatatttataactctgaaacagaatat 50834717  T
Q  308 tgggattgactaataattatgtaaatagaaattacatagacacactaaatatatggttatgggcttggagaattgatgccaagaatccatgtgaaaggta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834716 tgggattgactaataattatgtaaatagaaattacatagacacactaaatatatggttatgggcttggagaattgatgccaagaatccatgtgaaaggta 50834617  T
Q  408 caggagaatatgcccatggaaagacgggattgatgatcaaaagcaaagctcaacactaatgcaaagtcaataaaagacattcaaaactccaaatgaagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834616 caggagaatatgcccatggaaagacgggattgatgatcaaaagcaaagctcaacactaatgcaaagtcaataaaagacattcaaaactccaaatgaagaa 50834517  T
Q  508 attacacacctcttgttcttacaaaccgagaaagcaaattcattccccaagtgagggcataagaag 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834516 attacacacctcttgttcttacaaaccgagaaagcaaattcattccccaagtgagggcataagaag 50834451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 573
Target Start/End: Original strand, 50840837 - 50841402
Alignment:
Q  8 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgacccn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  50840837 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgaccca 50840936  T
Q  108 nnnnnntaatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 207  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50840937 aaaaaataatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 50841036  T
Q  208 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttcaaattatccagaatatatttataactctgaaacagaatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841037 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttcaaattatccagaatatatttataactctgaaacagaatat 50841136  T
Q  308 tgggattgactaataattatgtaaatagaaattacatagacacactaaatatatggttatgggcttggagaattgatgccaagaatccatgtgaaaggta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841137 tgggattgactaataattatgtaaatagaaattacatagacacactaaatatatggttatgggcttggagaattgatgccaagaatccatgtgaaaggta 50841236  T
Q  408 caggagaatatgcccatggaaagacgggattgatgatcaaaagcaaagctcaacactaatgcaaagtcaataaaagacattcaaaactccaaatgaagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841237 caggagaatatgcccatggaaagacgggattgatgatcaaaagcaaagctcaacactaatgcaaagtcaataaaagacattcaaaactccaaatgaagaa 50841336  T
Q  508 attacacacctcttgttcttacaaaccgagaaagcaaattcattccccaagtgagggcataagaag 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841337 attacacacctcttgttcttacaaaccgagaaagcaaattcattccccaagtgagggcataagaag 50841402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 11729886 - 11729626
Alignment:
Q  8 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgacccn 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  11729886 ataatactaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacaaagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgaccta 11729787  T
Q  108 nnnnnntaatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 207  Q
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729786 aaaaaataatgtaacaaaataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 11729687  T
Q  208 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729686 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttca 11729626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 23740198 - 23739938
Alignment:
Q  8 ataattctaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacacagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgacccn 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  23740198 ataatactaaacaaccatgaaaaccattaaccactataaattacaaagaaatctggataaagtgttcagaaaaatgtttgtactcatcattcatgaccta 23740099  T
Q  108 nnnnnntaatgtaacaacataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 207  Q
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23740098 aaaaaataatgtaacaaaataagaaagaaagatagaacaaccttggaatttcaagaaaccaagagaccatgaaactttttaaaagaaaatagatggatag 23739999  T
Q  208 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23739998 tgcaagaagtgacagagaaaagtaacatgaacaaaattcacgactcaaactgattatttca 23739938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University