View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19083_high_2 (Length: 679)

Name: NF19083_high_2
Description: NF19083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19083_high_2
NF19083_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-664)||(51350157-51350830)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 664
Target Start/End: Original strand, 51350157 - 51350830
Alignment:
Q  11 agaatatcacagtgacattgattttattagagctgcaaagtatagtttctgtcaaattcacagaagcacaccgcgattctatcaaactcacc-taaatgc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  51350157 agaatatcacagtgacattgattttattagagctgcaaagtatagtttctgtcaaattcacagaagcacaccgcgattctatcaaattcaccataaatgc 51350256  T
Q  110 gaatgtgcactcatgatgatgatggtgaatatattactgcaattgtcaatttagcacagtagaatcttgatgcttgtagtaaaaacaaaattaataagat 209  Q
    ||||||||||||||  ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350257 gaatgtgcactcatagtgat---ggtgaatatattactgcaattgtcaatttagcacagtagaatcttgatgcttgtagtaaaaacaaaattaataagat 51350353  T
Q  210 atctctgcattaattgatatctaccacttgtgataatctatactggtatgctaataatgtagtactggtattattgaatataaaatagaaataactacat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350354 atctctgcattaattgatatctaccacttgtgataatctatactggtatgctaataatgtagtactggtattattgaatataaaatagaaataactacat 51350453  T
Q  310 ttactccaacctgaatttaaaattgaaattggagagacttatgactctatttcaccctccaattcttgaccgtgacaaccagcaccttcaagaacaatta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350454 ttactccaacctgaatttaaaattgaaattgaagagacttatgactctatttcaccctccaattcttgactgtgacaaccagcaccttcaagaacaatta 51350553  T
Q  410 caaaataataagtatatg----------------------attgtcaaaatactaaaactctcacacgttcgaaaacgataattatttgagaaaattgaa 487  Q
    ||||||||||||||||||                      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350554 caaaataataagtatatgaagcactgacagagatacggacattgtcacaatactaaaactctcacacgttcgaaaacgataattatttgagaaaattgaa 51350653  T
Q  488 tgtaagtatgtgtcatgtcggtgttcaacacacctgacacacattcaacttgaatagctatatataaaacatatggaggcgaatgaagaaacggtccctg 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350654 tgtaagtatgtgtcatgtcggtgttcaacacatctgacacacattcaacttgaatagctatatataaaacatatggaggcgaatgaagaaacggtccctg 51350753  T
Q  588 taaaatacccaacaatggactccctcctggattcggggtacaatagaatctctttccagaaacaatgcaaattagtg 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51350754 taaaatacccaacaatggactccctcctggattcggggtacaatagaatctctttccagaaacaatgcaaattagtg 51350830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University