View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19083_low_3 (Length: 606)

Name: NF19083_low_3
Description: NF19083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19083_low_3
NF19083_low_3
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-606)||(4144958-4145546)
chr8 (18-606)||(4134156-4134744)
chr8 (18-606)||(4152961-4153549)
chr8 (18-606)||(4123611-4124199)
chr8 (46-606)||(4163342-4163908)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 606
Target Start/End: Original strand, 4144958 - 4145546
Alignment:
Q  18 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144958 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 4145057  T
Q  118 tttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgaga 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4145058 tttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgaga 4145157  T
Q  218 aaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145158 aaaactcttccattccatggaccagttctccaataaatttttttatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 4145257  T
Q  318 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145258 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 4145357  T
Q  418 tgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145358 tgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 4145457  T
Q  518 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145458 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 4145546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 606
Target Start/End: Original strand, 4134156 - 4134744
Alignment:
Q  18 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134156 cattttgatccacctcaagtctaaaatgttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 4134255  T
Q  118 tttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgaga 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4134256 tttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgaga 4134355  T
Q  218 aaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134356 aaaacccttccattccatggaccagttctccaataaatttttttatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 4134455  T
Q  318 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134456 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttattagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 4134555  T
Q  418 tgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 517  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134556 tgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 4134655  T
Q  518 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4134656 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgataccatttggtttgttcaatattacaagatttccatctttgtgaattgtgacaattccatt 4134744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 606
Target Start/End: Original strand, 4152961 - 4153549
Alignment:
Q  18 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4152961 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcatatactcaatcaacttgagtgttccatgcggtgtcaatgagagaattccgaacatagt 4153060  T
Q  118 tttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgaga 217  Q
    ||| || |||||||| ||||| ||| |||| |||||||||  |||   | | |||||||||||   || ||| |||||  ||| ||| || | |||||||    
T  4153061 tttatcagcaaaattgtaagtaatataagtagttccatcagtgtcttgatcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgaga 4153160  T
Q  218 aaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  || | |||    
T  4153161 aaaacccttccattccatggacctgttctccaatgaatatttttatctttccaaatgaaaacttctggtgcatccaatctttcaagactagctgaataat 4153260  T
Q  318 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 417  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||||| |||    
T  4153261 gtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatattttcttacctgttacttggttagctgcaattctcattgttggaacagctgcatc 4153360  T
Q  418 tgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 517  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  4153361 tgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccggaactgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaa 4153460  T
Q  518 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 606  Q
    |||||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4153461 gatgaaatgtttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaatattataaaatttccatctttgtgaattgtgacaattccatt 4153549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 606
Target Start/End: Original strand, 4123611 - 4124199
Alignment:
Q  18 cattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagt 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4123611 cattttgatcaacctcaaatctaagaagttcctttttattcatatactcaaccaacttaagtgttccatgtggtgtcaatgacagaattccaaacatagt 4123710  T
Q  118 tttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgaga 217  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |||   | | ||| |||||||   || ||| | |||  |||  || || |||||||||    
T  4123711 tttgtcggcgaaattgtaagtaatataagtagttccatcattgtcttgaacaaaatgccaaccgtgtaaatacttggttaacatactcggtgttccgaga 4123810  T
Q  218 aaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaat 317  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||       ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  || | |||    
T  4123811 aaaaccaatccattccatggaccagttctccaatgaattttcttatcataccaaatgaaaacttctggtgcatccaatctttcaagactagctgaataat 4123910  T
Q  318 gtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatc 417  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||||| |||    
T  4123911 gtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatattttcttacctgttacttggttagctgcaattctcattgttggaacagctgcatc 4124010  T
Q  418 tgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa 517  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  4124011 tgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaactgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaa 4124110  T
Q  518 gatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 606  Q
    |||||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4124111 gatgaaatgtttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaatattacaagatttccatttttgtgaattgtgactattccatt 4124199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 46 - 606
Target Start/End: Original strand, 4163342 - 4163908
Alignment:
Q  46 ttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaa 145  Q
    |||||| ||||||  | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| | ||    
T  4163342 ttccttattattcaaaaactcaaccaacttaagtgttccatttggtgtcaatgagagaattccaaacatagctttgacggcgaaatcataagttagataa 4163441  T
Q  146 gtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttc 245  Q
    || |||||||| | |||   | | |||||||||||   || ||| |||||  ||| ||| || | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4163442 gtagttccatctttgtcttgatcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaaccgttccattccatggaccagttc 4163541  T
Q  246 tccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttt 345  Q
    |||||| ||       ||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||   | || ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4163542 tccaatgaattctcttatcataccaaataaaaacttctggtgcatccaatctttcaagacttcctatataatgtcctgaagaaggatcattttcactttt 4163641  T
Q  346 tcttgctacaaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaaactatcccagatt 445  Q
    ||||| ||||||||  || | ||| || ||  |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||| |||    
T  4163642 tcttgatacaaaagatatattcttccccgttgctttattagatgcaattctcatcgttggaacagcggcatccgcagggtgagtgaaactatcccaaatt 4163741  T
Q  446 gttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa----ga--tgaaatgtttgttgaccaaa 539  Q
    |||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||| |||||    ||  ||||||| ||||||||||||    
T  4163742 gttgatctagaattgatgtcacttagaatcaagtttcctacatcaacaagttgagctgtggaatttattgaatttggacttgaaatgcttgttgaccaaa 4163841  T
Q  540 tgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatt 606  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4163842 tgatgctaccattttctttgttcaatattacaagatttccatttttgtgaattgtgactattccatt 4163908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University