View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19085_high_27 (Length: 252)

Name: NF19085_high_27
Description: NF19085
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19085_high_27
NF19085_high_27
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-236)||(4677425-4677660)
chr1 (16-227)||(34465148-34465359)
chr1 (57-221)||(15596056-15596220)
chr1 (42-99)||(52549023-52549080)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (1-235)||(1302294-1302528)
chr7 (1-214)||(8660248-8660461)
chr7 (35-236)||(3148353-3148554)
chr7 (17-214)||(7876735-7876932)
chr7 (45-236)||(8655331-8655522)
chr7 (42-236)||(8668447-8668641)
chr7 (42-227)||(6790401-6790586)
chr7 (7-214)||(8647705-8647912)
chr7 (42-236)||(13332076-13332270)
chr7 (54-236)||(10492939-10493121)
chr7 (35-220)||(27829264-27829449)
chr7 (45-227)||(8630219-8630401)
chr7 (50-214)||(8584470-8584634)
chr7 (39-220)||(8610662-8610843)
chr7 (66-214)||(8602738-8602886)
chr7 (57-222)||(17269096-17269261)
chr7 (120-205)||(8591411-8591496)
chr7 (114-222)||(17261388-17261496)
chr7 (130-220)||(8582661-8582751)
chr7 (130-205)||(8635513-8635588)
chr7 (117-172)||(8546721-8546776)
chr7 (39-214)||(29581088-29581263)
chr7 (132-214)||(8104069-8104151)
chr7 (130-214)||(29577003-29577087)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (40-215)||(16656524-16656699)
chr2 (53-209)||(43626329-43626485)
chr2 (42-220)||(12235796-12235974)
chr2 (42-220)||(12244329-12244507)
chr2 (120-220)||(12257918-12258018)
chr2 (53-220)||(16661003-16661170)
chr2 (42-220)||(14705461-14705639)
chr2 (138-220)||(7543275-7543357)
chr2 (138-208)||(12000343-12000413)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (43-215)||(28220950-28221122)
chr5 (39-227)||(42554110-42554298)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (42-236)||(9322990-9323184)
chr4 (42-236)||(9377469-9377663)
chr4 (42-236)||(9334962-9335155)
chr4 (48-220)||(35133452-35133624)
chr4 (41-209)||(30776126-30776294)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (54-236)||(43745806-43745985)
chr8 (117-215)||(12529871-12529969)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (180-236)||(28911296-28911352)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 4677425 - 4677660
Alignment:
Q  1 agcttcttttgattatttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677425 agcttcttttgattatttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggct 4677524  T
Q  101 ggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4677525 ggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaat 4677624  T
Q  201 gctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677625 gctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 4677660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Original strand, 34465148 - 34465359
Alignment:
Q  16 tttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacag 115  Q
    ||||||||||||||| |  ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| || |||| |||  | ||||  ||    
T  34465148 tttgaaagatcatggcgaaaaaatgtgaaggacgtgctgtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtag 34465247  T
Q  116 agtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaa 215  Q
    ||| ||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  34465248 agtagagattattgacaatgaccaaggtaacacaaccacaccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatcaa 34465347  T
Q  216 tctgccaccaac 227  Q
     |||| ||||||    
T  34465348 actgctaccaac 34465359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15596220 - 15596056
Alignment:
Q  57 ggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacac 156  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | || || ||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||| ||  ||||    
T  15596220 ggaatagaccttggaacaacgtattcttgtgttgctgtgtggcttgatgaacagaatagagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacac 15596121  T
Q  157 cttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgcc 221  Q
    ||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  15596120 cttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtcaagctgcc 15596056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 99
Target Start/End: Original strand, 52549023 - 52549080
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggc 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  52549023 gaaggacttgctgtgggaatagacctttgtactacgtattcatgtgttgctgtatggc 52549080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1302528 - 1302294
Alignment:
Q  1 agcttcttttgattatttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1302528 agcttcttttgattatttgaaagatcatggcgataaagtacgaaggacgtgctgttggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggct 1302429  T
Q  101 ggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaat 200  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| ||    
T  1302428 ggagaatcacaatagagtagagatcatctacaacgaccaaggcaacaaaacaacaccgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgat 1302329  T
Q  201 gctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaa 235  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||  |||||||    
T  1302328 gctgctaagaatcaggctgcaaccaatcctgaaaa 1302294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8660461 - 8660248
Alignment:
Q  1 agcttcttttgattatttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  8660461 agcttcttttgattatttgaacgatcatggggataaagtacgaaggacgtgctattggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggct 8660362  T
Q  101 ggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaat 200  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  8660361 ggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaacgaccaaggaaacaaaacaacaccttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgat 8660262  T
Q  201 gctgctaagaatca 214  Q
    ||||||||||||||    
T  8660261 gctgctaagaatca 8660248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3148554 - 3148353
Alignment:
Q  35 aaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaat 134  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  3148554 aaagtacgaaggatgtgcagtgggaatcgaccttggaacaacgtattcgtgcgttgctgtttggctcgatgagcacaacagagttgagattattcacaat 3148455  T
Q  135 gaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaa 234  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||    
T  3148454 gaccaaggcaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatcaagctcccacaaaccctgaaa 3148355  T
Q  235 ac 236  Q
    ||    
T  3148354 ac 3148353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 214
Target Start/End: Original strand, 7876735 - 7876932
Alignment:
Q  17 ttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacaga 116  Q
    ||||||||| |||| |  ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||| |||    
T  7876735 ttgaaagattatggcgaaaaaatacgaaggacgtgcggtgggaatagaccttggaacaacgtattcctgtgttgctgtgtggcttgatgaacacaataga 7876834  T
Q  117 gtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    || || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  7876835 gtcgaaattattcacaatgaacaaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatca 7876932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 8655522 - 8655331
Alignment:
Q  45 ggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggca 144  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  8655522 ggacgtgctgtcggaatagacctcggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgacgatcacaatagagttgagattattcacaatgatcaaggca 8655423  T
Q  145 acaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||| |||||| | ||||||    
T  8655422 atagaactacaccttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattggcaatggagctgagaatcaatctgctaccaaccccgaaaac 8655331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 8668641 - 8668447
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  8668641 gaaggacgtgcagtgggaatagatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 8668542  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | |||  || ||||||||||||||||||||| |   | || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  8668541 gaaaccgaataacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaac 8668447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 42 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6790586 - 6790401
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||  | ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  6790586 gaaggatgtgctgtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcacaatgaccaag 6790487  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaac 227  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  6790486 gtaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaac 6790401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8647912 - 8647705
Alignment:
Q  7 ttttgattatttgaaagatcatgggggtaaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaa 106  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |  |||  | ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  |    
T  8647912 ttttgtttacttgaaagatcatggcgaaaaaacacgaaggacttgcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcttgatga 8647813  T
Q  107 tcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgct 206  Q
     ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||| |||    
T  8647812 acacaatagagttgagattattcacaatgatcaaggaaacagaactacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgct 8647713  T
Q  207 aagaatca 214  Q
    || |||||    
T  8647712 aaaaatca 8647705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 13332076 - 13332270
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  13332076 gaaggacgtgcagtgggaatcgaccttggaacaacctactcatgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 13332175  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | || | ||| |||||||||||||||||||| |   | |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  13332176 gaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatcaatctgccactaaccctgaaaac 13332270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 236
Target Start/End: Original strand, 10492939 - 10493121
Alignment:
Q  54 gtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaa 153  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||  | ||| | ||||| || |||||| ||||||| ||||| || | ||| |    
T  10492939 gtgggaatagatcttggaacaacctactcatgtgttgctgtatggcttgatgaacaccaaagagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 10493038  T
Q  154 caccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    ||||||||||||||||||| |   | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10493039 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaac 10493121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 220
Target Start/End: Original strand, 27829264 - 27829449
Alignment:
Q  35 aaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaat 134  Q
    |||||||||||| | | |||||||||| || || || || || || || || ||||| | ||||| |||  | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  27829264 aaagtatgaagggctttctgtgggaattgacctaggtacaacgtactcgtgcgttgcagcgtggcaggatcaacacaacagagtggagattattcacaat 27829363  T
Q  135 gaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||| | || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  27829364 gaacaaggcaacaagacaacaccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaagaaccaagctgc 27829449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 45 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8630401 - 8630219
Alignment:
Q  45 ggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggca 144  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||| ||| ||| ||||  |  | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||    
T  8630401 ggacatgctgtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaatgatgaaggca 8630302  T
Q  145 acaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaac 227  Q
    | ||||  |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||||||||| ||||  |||||| ||||    
T  8630301 ataaaatcacaccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatcaggctgccatcaac 8630219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 50 - 214
Target Start/End: Original strand, 8584470 - 8584634
Alignment:
Q  50 tgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaa 149  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||| ||| ||| ||||  |  | |||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| |||    
T  8584470 tgctgtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaa 8584569  T
Q  150 acaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    |  |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||||||||| ||||    
T  8584570 atcacaccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8584634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 8610843 - 8610662
Alignment:
Q  39 tatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaac 138  Q
    ||||| |||| |||| | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||  |  |||||||||  ||||| ||  | ||||| |    
T  8610843 tatgagggacctgctattggaattgatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtatggcaggaacaaaacaacagagctgagataatccataatgagc 8610744  T
Q  139 aaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||| |||| ||| || |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||    
T  8610743 aaggaaacagaaccactccttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagctgc 8610662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8602886 - 8602738
Alignment:
Q  66 cttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttg 165  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||  |  ||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||    
T  8602886 cttggaacaacctattcatgtgtagctgtttggcaggaccaaaacaacagggcagagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttcttttg 8602787  T
Q  166 ttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||    
T  8602786 ttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatca 8602738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269096
Alignment:
Q  57 ggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggc-tggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaaca 155  Q
    |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||| || |||| |||   ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||     
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaa-cacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactact 17269163  T
Q  156 ccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgcca 222  Q
    || ||||||||||||||| || | ||| ||||||| || ||| || | |||||||||||| ||||||    
T  17269162 ccgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgcca 17269096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 8591496 - 8591411
Alignment:
Q  120 gagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgc 205  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || | ||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  8591496 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgc 8591411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17261496 - 17261388
Alignment:
Q  114 agagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatc 213  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  17261496 agagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactccttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatc 17261397  T
Q  214 aatctgcca 222  Q
    || ||||||    
T  17261396 aagctgcca 17261388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 8582751 - 8582661
Alignment:
Q  130 acaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |||||| ||||||||| ||||||| || |||||| ||||    
T  8582751 acaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctgc 8582661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 205
Target Start/End: Original strand, 8635513 - 8635588
Alignment:
Q  130 acaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgc 205  Q
    ||||||| ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  8635513 acaatgagcaagggaacagaatcacaccttcttgtgttgctttcactgacgcacaaaggttgattggtgatgctgc 8635588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 8546776 - 8546721
Alignment:
Q  117 gtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttt 172  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8546776 gtggaaatcattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttt 8546721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 214
Target Start/End: Original strand, 29581088 - 29581263
Alignment:
Q  39 tatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaac 138  Q
    |||||||||| |||| | ||||| || || || || || ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| |||  ||||| ||  ||||||| |    
T  29581088 tatgaaggacctgctatcggaatcgacctcggcacaacctattcatgtgtagcagtttggcaggagaatatcaaccgagctgagatcatccacaatgatc 29581187  T
Q  139 aaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    |||||||   ||| ||||||||| |||| ||||| ||||||   |  ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  29581188 aaggcaatggaaccacaccttctgttgtagctttcactgactcactgaggttgattagtaatgctgctaaaaatca 29581263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8104151 - 8104069
Alignment:
Q  132 aatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||| ||||||||| |||||   | |||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  8104151 aatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 8104069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 214
Target Start/End: Original strand, 29577003 - 29577087
Alignment:
Q  130 acaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatca 214  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||| |||||    | |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  29577003 acaatgatcaaggcaatagaaccacaccttctgttgtagctttcactgattcactaaggttaattggtaatgctgctaaaaatca 29577087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 215
Target Start/End: Original strand, 16656524 - 16656699
Alignment:
Q  40 atgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaaca 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||    
T  16656524 atgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttgctgtgtggatggaccgtcacaacagagcagagatcatacacaatgacca 16656623  T
Q  140 aggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaa 215  Q
     || |||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  16656624 gggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaa 16656699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 43626485 - 43626329
Alignment:
Q  53 tgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaaca 152  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| ||  |  |||  ||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||| |||     
T  43626485 tgtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacagaact 43626386  T
Q  153 acaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaag 209  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  43626385 acaccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaag 43626329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12235974 - 12235796
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||| |||  | |||    |||| ||||| ||| |||| || ||||    
T  12235974 gaaggacttgctgtggggatagaccttggtacaacatattcatgtgttgcagtatggcaggaacagcactctcgagttgagatcattcacaacgatcaag 12235875  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  12235874 gcaatagaacaaccccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgc 12235796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Original strand, 12244329 - 12244507
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||| |||  | |||    | || || || ||| |||| || || |    
T  12244329 gaaggacgtgccgtgggaatagaccttggtacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaggaacaacactctcgtgttgaaatcattcacaacgatcagg 12244428  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  12244429 gcaacagaacaacaccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaagctgc 12244507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 120 - 220
Target Start/End: Original strand, 12257918 - 12258018
Alignment:
Q  120 gagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctg 219  Q
    ||||| ||| |||| || ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  12257918 gagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgccttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctg 12258017  T
Q  220 c 220  Q
    |    
T  12258018 c 12258018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 220
Target Start/End: Original strand, 16661003 - 16661170
Alignment:
Q  53 tgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaaca 152  Q
    |||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||| ||||  |  | |||||||| ||||||||  |||| ||  ||||||||||||      
T  16661003 tgtgggcatagacctaggaacaacatactcatgtgttgctgtttggttggaagagaaaaacagagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaatt 16661102  T
Q  153 acaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | |||  |||||||||| ||||| ||||    
T  16661103 acaccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatcaagctgc 16661170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14705639 - 14705461
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| || |||| |||  | ||  |  |||| || || ||| |||| || ||||    
T  14705639 gaaggatgtgctgtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaag 14705540  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14705539 gcaatagaacaactccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgc 14705461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 138 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7543357 - 7543275
Alignment:
Q  138 caaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  7543357 caaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgc 7543275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 138 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 12000413 - 12000343
Alignment:
Q  138 caaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaa 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  12000413 caaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggtttgttggtgatgctgctaa 12000343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28221122 - 28220950
Alignment:
Q  43 aaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaagg 142  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||  | ||||| || || ||||||||| ||||||| |||||    
T  28221122 aaggatgtgctgtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaagg 28221023  T
Q  143 caacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaa 215  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  28221022 caacaaaacaactccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaa 28220950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 227
Target Start/End: Original strand, 42554110 - 42554298
Alignment:
Q  39 tatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaac 138  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||||   ||  | || || ||||| ||||||||| ||||||| |    
T  42554110 tatgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttactgtgtgggaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatc 42554209  T
Q  139 aaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaac 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  42554210 aaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatcaaaccgccaccaac 42554298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 9322990 - 9323184
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  9322990 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9323089  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | |||  |||||||||||||||||||||||| |   | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  9323090 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaac 9323184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 9377469 - 9377663
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  9377469 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9377568  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | |||  |||||||||||||||||||||||| |   | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  9377569 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaac 9377663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 9334962 - 9335155
Alignment:
Q  42 gaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaag 141  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  9334962 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9335061  T
Q  142 gcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    | |||  |||||||||||||||||||||||| |   | || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  9335062 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaac 9335155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 35133624 - 35133452
Alignment:
Q  48 cgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaaca 147  Q
    |||||| | |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||  ||  | ||| |  |||| || || ||| |||| || ||| ||||||    
T  35133624 cgtgctatcggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaaca 35133525  T
Q  148 aaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgc 220  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  35133524 aaacaacaccttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgc 35133452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30776294 - 30776126
Alignment:
Q  41 tgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaa 140  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||| |  | |||||||| || |||||  |||| ||  ||    
T  30776294 tgaaggacatgccgtggggatagaccttggaacaacgtactcgtgtgtggctgtttggctggaggagaaaaacagagttgaaattatccacaacgatgaa 30776195  T
Q  141 ggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaag 209  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| | |||  ||||||||||    
T  30776194 ggcagcaaaatcacaccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaag 30776126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 43745985 - 43745806
Alignment:
Q  54 gtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaa 153  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||  | || || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  43745985 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaacaa 43745886  T
Q  154 caccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    |   |||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||| | ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||    
T  43745885 c---ttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaac 43745806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12529969 - 12529871
Alignment:
Q  117 gtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgacgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaa 215  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||| || ||||||||| ||||||| || ||||||    
T  12529969 gtggaaataattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaa 12529871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 180 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 28911352 - 28911296
Alignment:
Q  180 gatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaac 236  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||    
T  28911352 gatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccaccaaccccgaaaac 28911296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University