View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19095_low_17 (Length: 297)

Name: NF19095_low_17
Description: NF19095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19095_low_17
NF19095_low_17
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-266)||(20297563-20297818)
chr4 (215-268)||(20303720-20303773)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (11-269)||(30339485-30339740)
chr5 (11-269)||(30059245-30059500)
chr5 (11-265)||(30434714-30434965)
chr5 (11-269)||(30748531-30748786)
chr5 (11-269)||(29871074-29871329)
chr5 (11-275)||(30482286-30482547)
chr5 (11-270)||(30398952-30399208)
chr5 (11-269)||(30243332-30243587)
chr5 (11-270)||(29852186-29852442)
chr5 (11-269)||(30678128-30678386)
chr5 (17-182)||(4380630-4380795)
chr5 (11-119)||(30714394-30714502)
chr5 (18-183)||(30205481-30205646)
chr5 (24-185)||(30203119-30203280)
chr5 (215-268)||(30205399-30205452)
chr5 (137-184)||(29709995-29710042)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-269)||(26706220-26706475)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-119)||(7582694-7582796)
chr1 (24-113)||(7098456-7098545)
chr1 (215-268)||(7582889-7582942)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 266
Target Start/End: Original strand, 20297563 - 20297818
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||   | ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  20297563 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtcttcca 20297662  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||  |||| ||||||    
T  20297663 tctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatctctactttccgtggtcttactcagctttccctacttgacagtgaag 20297762  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 266  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297763 aaataataacatccttcccagatgggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 20297818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 268
Target Start/End: Original strand, 20303720 - 20303773
Alignment:
Q  215 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 268  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  20303720 aataacatccttccaaaaggggatgttcataaaccttacttgtcttcaaactct 20303773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Original strand, 30339485 - 30339740
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30339485 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtcttcca 30339584  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||||||  |||| ||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||    
T  30339585 tctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttatcttatatgaaggtgaag 30339684  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339685 g---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30339740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 30059500 - 30059245
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  30059500 catagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtcttcca 30059401  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||||||||||||  |||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||   ||||||    
T  30059400 tctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttttcgtaaatgggggtgaag 30059301  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    ||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059300 ga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30059245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30434965 - 30434714
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30434965 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttcca 30434866  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||||||  ||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    ||||||    
T  30434865 tctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaag 30434766  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 265  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434765 g---aataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30434714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 30748786 - 30748531
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  30748786 catagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtcttcca 30748687  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    ||||||||||||||| || |      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    ||||||    
T  30748686 tctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaag 30748587  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748586 g---aataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30748531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 29871329 - 29871074
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |   | ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29871329 catagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtcttcca 29871230  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||||||  ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||  |||| ||||||    
T  29871229 tctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttttgtggtcttactcagcttgccctaagtgacggtgaag 29871130  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29871129 ga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttctatctctg 29871074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 30482547 - 30482286
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||   |||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  30482547 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttggaaatctcatattgccataaacttggactgccatctcttcca 30482448  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||| ||  |||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||   ||  ||||||    
T  30482447 tctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaatggagggtgaag 30482348  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctggaagta 275  Q
    |   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  30482347 g---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaatatctggaagta 30482286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 11 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 30399208 - 30398952
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||   | |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30399208 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtcttcca 30399109  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    ||||||||||||||| ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| || || ||  ||    
T  30399108 tctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgagctttccctagattacggtagag 30399009  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgg 270  Q
    |   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30399008 g---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatcactgg 30398952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Original strand, 30243332 - 30243587
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30243332 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttcca 30243431  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    |||||||||  ||||  |||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||  | || ||   |    
T  30243432 tctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaaactaattcacggtttcg 30243531  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243532 g---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30243587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 29852442 - 29852186
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||   |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  29852442 catagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtcttcca 29852343  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    ||||| |||   ||| ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| ||||| ||        
T  29852342 tctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttacaaagctttggctacatgacggt---t 29852246  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgg 270  Q
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852245 tcagaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgg 29852186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Original strand, 30678128 - 30678386
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaact---tggactaccatgtctt 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||   |||||||||||||   |||||| |||||||||    
T  30678128 catagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactgccatgtctt 30678227  T
Q  108 ccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 207  Q
    ||||||||||||   |||||  |      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||     
T  30678228 ccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctttccctatataacggtt 30678327  T
Q  208 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
      ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678328 tcgg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30678386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 4380795 - 4380630
Alignment:
Q  17 ggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctctt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  4380795 ggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatccatctctt 4380696  T
Q  117 aaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctt 182  Q
    |||  ||||| |||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4380695 aaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctttcgtggtctt 4380630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 119
Target Start/End: Original strand, 30714394 - 30714502
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30714394 catagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattgttgccctaaacttggactgccatgtcttcca 30714493  T
Q  111 tctcttaaa 119  Q
    |||||||||    
T  30714494 tctcttaaa 30714502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 30205646 - 30205481
Alignment:
Q  18 gggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctctta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    ||||    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  30205646 gggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgtcttgtatctctta 30205547  T
Q  118 aatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctta 183  Q
    ||  ||| |||||      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  30205546 aaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatctctagcttttgtggtctta 30205481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203119
Alignment:
Q  24 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccc 123  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||||     || ||||||||||  |||  |||||||||||| | |||||  ||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  124 tcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttact 185  Q
    |  |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttctatggtcttact 30203119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30205452 - 30205399
Alignment:
Q  215 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 268  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30205452 aataacatccttcccggacgggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaagctct 30205399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 137 - 184
Target Start/End: Original strand, 29709995 - 29710042
Alignment:
Q  137 atgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttac 184  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||    
T  29709995 atgtaacaatgagttactgagatcaatctctacctcatgtggtcttac 29710042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 26706475 - 26706220
Alignment:
Q  11 cataggggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttcca 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  ||||   || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  26706475 catagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtcttcca 26706376  T
Q  111 tctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtgaag 210  Q
    ||||||||||||||| ||||      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| || | ||||    
T  26706375 tctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatccctacctttcgtggtcttactgagcttaccctatataacggcgaag 26706276  T
Q  211 gaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 269  Q
    |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706275 g---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 26706220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Original strand, 7582694 - 7582796
Alignment:
Q  17 ggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctctt 116  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||    
T  7582694 ggggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgtt 7582793  T
Q  117 aaa 119  Q
    |||    
T  7582794 aaa 7582796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 7098545 - 7098456
Alignment:
Q  24 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatct 113  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  7098545 ttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatct 7098456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 268
Target Start/End: Original strand, 7582889 - 7582942
Alignment:
Q  215 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 268  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7582889 aataacatccttcccaaaggagatgtttggaaaccttacttgtctccaatctct 7582942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University