View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19097_high_20 (Length: 421)

Name: NF19097_high_20
Description: NF19097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19097_high_20
NF19097_high_20
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-405)||(11545660-11546062)
chr2 (52-203)||(11559141-11559292)
chr2 (230-379)||(11559350-11559493)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-203)||(20915470-20915670)
chr7 (1-160)||(20916430-20916589)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Original strand, 11545660 - 11546062
Alignment:
Q  1 tggctcgttgttaaccttggcagcccaaattctgagcactagtccacatgaaattgaccaagtgcttaatgtggaagatattactgatataaacacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11545660 tggctcgttgttaaccttggcagcccaaattctgagcactagtccacatgaaattgaccaagtgcttaatgtggaagatattactgatatcaacacacat 11545759  T
Q  101 ttggcaactactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagctctatttaacaatttggacgt--agttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataa 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11545760 ttggcaactactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagctctatttaacaatttggacgtgtagttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataa 11545859  T
Q  199 atcaacgcttttctttgtattatgttataattaagtttgcttgacattttaaatcgtataataatacatgactttggtcttttttctatgaatgatgaat 298  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11545860 atcaatgcttttctttgtattatgttataa----gtttgcttgacattttaaatcgtataataatacatgactttggtcttttttctatgaatgatgaat 11545955  T
Q  299 ttatctattctatgttattgttatcagttaaagctgttaatttattgctcaaaaagttagagctgttaatttggttcaagagaatttccttgattgtggg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11545956 ttatctattctatgttattgttatcagttaaagctgttaatttattgctcaaaaagttagagctgttaatttggttcaagagaatttccttgattgtggg 11546055  T
Q  399 agcattt 405  Q
    |||||||    
T  11546056 agcattt 11546062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 52 - 203
Target Start/End: Original strand, 11559141 - 11559292
Alignment:
Q  52 aattgaccaagtgcttaatgtggaagatattactgatataaacacacatttggcaactactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagctctatttaa 151  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   | ||| |||||| ||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11559141 aattggccaagtgcttaatgtggattctcttaatgatatcaacagtcaattggcatctactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagttctatttaa 11559240  T
Q  152 caatttggacgtagttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataaatcaa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11559241 caatttggacgtagttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataaatcaa 11559292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 230 - 379
Target Start/End: Original strand, 11559350 - 11559493
Alignment:
Q  230 taagtttgcttgacattttaaatcgtataataatacatgactttggtcttttttctatgaatgatgaatttatcta-ttctatgttattgttatcagtta 328  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||      |||| |||||||    
T  11559350 taagtttgcttgacattttaaatcttataataatacatgactttggtcttttctctatgaatgatgaattgatctatttcta------tgttttcagtta 11559443  T
Q  329 aagctgttaatttattgctcaaaaagttagagctgttaatttggttcaaga 379  Q
     |||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11559444 gagctattgatttattg-tcaaaaagttagagcagttaatttggttcaaga 11559493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20915670 - 20915470
Alignment:
Q  1 tggctcgttgttaaccttggcagcccaaattctgagcactagtccacatgaaattgaccaagtgcttaatgtggaagatattactgatataaacacacat 100  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||| |||| |||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||     
T  20915670 tggctcattgttaactttggcatcccaaattatgagtactaatccatatgcaattgaccaagtggttaatttggattatgttactgatatcaacacccaa 20915571  T
Q  101 ttggcaactactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagctctatttaacaatttggacgtagttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataaat 200  Q
    |||||||||||||||||  | ||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20915570 ttggcaactactattctgcaagtg-aggatgcttttttgagctatatttaacaatttgga-atagttgttcattttgttgcttaagcaaacaaaataaat 20915473  T
Q  201 caa 203  Q
    |||    
T  20915472 caa 20915470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 20916430 - 20916589
Alignment:
Q  1 tggctcgttgttaaccttggcagcccaaattctgagcactagtccacatgaaattgaccaagtgcttaatgtggaagatattactgatataaacacacat 100  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | ||  || |||||||||| ||||| ||     
T  20916430 tggctcattgttaactttggcatcccaaatttcgagtactagtccatatgcaattgactaagtgcttaattttgattatgttactgatatgaacacccaa 20916529  T
Q  101 ttggcaactactattctaaatgtgaaggatgctcttatgagctctatttaacaatttgga 160  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  20916530 ttggcaactactattctgcaagtgaaggatgctctcatgagctatatttaacagtttgga 20916589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University