View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19097_low_1 (Length: 1013)

Name: NF19097_low_1
Description: NF19097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19097_low_1
NF19097_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-1004)||(10598818-10599815)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 10599815 - 10598818
Alignment:
Q  1 ctcaatatggttataatgatgatgcgattgatttgtttttggagatgttggtgagtagtgggtatgttccggataggtttacgttaactgggttgatatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10599815 ctcaatatggttataatgatgaagcgattgatttgtttttggaaatgttggtgagtagtgggtatgtgccggatagatttacgttgactgggttgatatc 10599716  T
Q  101 tgtgtgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtttggttttggatttgtgtgttaggtgtagtttg 200  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10599715 ggtttgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtttggttttggatttgtgtgttgggtgtagtttg 10599616  T
Q  201 gttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcgagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagagagcataatgtgatgtcgtggacggcacttattaatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  10599615 gttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcaagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagggagcataatgtgatgtcgtggacggctcttgttaatg 10599516  T
Q  301 gatatgtaagaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagattgtttagcgatatgttgcttcagggttgtgttgcgccaaattgctttacgttttc 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||    
T  10599515 gatatgtacgaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagaatgtttagtaatatgttgcttcagggtggtgttgcgccgaactgctttacgttctc 10599416  T
Q  401 tggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctaattttgattttggtgaacaagttcacgggcaaacgattaaattaggtctttctgcgattgattgtgta 500  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10599415 cggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctgattttgattttggtgaacaggttcatgggcaaacgattaaattaggtctttctgcaattgattgtgta 10599316  T
Q  501 gggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaggtctgggagaatggaaggtgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaagaatttggtttcgggtagtg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |    
T  10599315 gggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaagtctggaagaatggaatctgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaagaatttggtttcggagacag 10599216  T
Q  601 ggatcgttggtgatgcaagtgtgaaagattcgaatttaaattctgaacaagacataaaccctgaaattgaatacactggtagtagcaaagttagttcgtt 700  Q
       | |||| |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |  ||| |||| |||||||   ||||||| |   ||||||||||||    
T  10599215 ---ttgttgatgatacaaatgtgaaagattttaatttgaattctgaacaagacttggaccgtgaagttgaatatgttggtagtgg---agttagttcgtt 10599122  T
Q  701 tttatatgctagcctgttgagtggtgctgcttgtattggtacaataggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggtgaagatgggatttcggactgac 800  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  10599121 tacatatgctagcctcttgagtggtgctgcttgtattggtacaattggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggttaagattggatttcggactgac 10599022  T
Q  801 ctaagtgttaataatgctttgatctctatgtattctaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatggaagatcgcaatgtcataa 900  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10599021 ttaagtgttaataatgctttgatctctatgtattccaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatggaagattgcaatgtcataa 10598922  T
Q  901 cttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatgggtttgctacaaaagcactagaattgttctatgatatgctcaaaacaggtgtgaaacctgatga 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| ||||    
T  10598921 cttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatggatttgcttcaaaagcactagaattgttctataatatgcttgaaacaggtgtgaagcctaatga 10598822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University