View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19103_high_4 (Length: 667)

Name: NF19103_high_4
Description: NF19103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19103_high_4
NF19103_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-667)||(55963170-55963832)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 667
Target Start/End: Original strand, 55963170 - 55963832
Alignment:
Q  18 ctaaatggaatggatgagcaaaaggcattggcttttgtacctgaaggaccacttctggaagaagagttctgggacaacgtgagaaggtatggtttgtatg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55963170 ctaaatggaatggatgagcaaaaggcattggcttttgtacctgaaggaccacttctggaagaagagttctgggacaacgtgagaaggtatggtttgtatg 55963269  T
Q  118 cactaactgttagtacaggtgcaatttacactattttggtgcctatatttgagcttctcaagaatccaattactgcaattctcatcattgctattcttgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55963270 cactaactgttagtacaggtgcaatttacactattttggtgcctatatttgagcttctcaagaatccaattactgcaattctcatcattgctattcttgg 55963369  T
Q  218 aggtggtttctacattgtttctcaagtccttattgctatggttggcgtttctgattttagttatgattatgcaaactagatagtttatttgtcaaagcaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55963370 aggtggtttctacattgtttctcaagtccttactgctatggttggcgtttctgattttagttatgattatgcaaactagatagtttatttgtcaaagcaa 55963469  T
Q  318 tgtttttgaatccatagttttatttaatttgtaccatagtaaactcagttaaaagtcctccattgaatggaatgagatattacaattgcctgaaattatg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55963470 tgtttttgaatccatagttttatttaatttgtaccatagtaaactcggttaaaagtcctccattgaatggaatgagatattacaattgcctgaaattatg 55963569  T
Q  418 tttataagttgagttagatacaagtacaactcaaattttaaaattaaattgatctaatagtatttggataagatggttg--ttttagtgaatatttggta 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  55963570 tttataagttgagttagatacaagtacaactcaaattttaaaagtaaattgatctaataatatttggataagatggttgttttttagtgaatatttggta 55963669  T
Q  516 tcgcgatgggcggaggctcaacataattataatataccctatgata----------acttattttctctagctacacaatagccaacacaatggaggtcg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55963670 tcgcgatgggcggaggctcaacataattatactataccctatgataacaaatatacacttattttctctagctacgcaatagccaacacaatggaggtcg 55963769  T
Q  606 gttgagttgctaagaagttgacacataccctataaaagcgtaaa-ttaatttgtgccgccgat 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  55963770 gttgagttgctaagaagttgacacataccctataagagcgtaaatttaatttgtgccgccgat 55963832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University