View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19103_low_15 (Length: 481)

Name: NF19103_low_15
Description: NF19103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19103_low_15
NF19103_low_15
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-466)||(30024227-30024692)
chr2 (1-466)||(30036005-30036470)
chr2 (1-466)||(30117430-30117895)
chr2 (1-466)||(30230143-30230608)
chr2 (1-466)||(30132187-30132652)
chr2 (1-263)||(30237436-30237698)
chr2 (144-466)||(30069302-30069624)
chr2 (144-466)||(30182735-30183057)
chr2 (150-466)||(30791364-30791680)
chr2 (147-466)||(30253202-30253522)
chr2 (149-466)||(30160715-30161032)
chr2 (141-466)||(30280672-30280997)
chr2 (247-465)||(30173122-30173340)
chr2 (253-401)||(30031253-30031401)
chr2 (253-401)||(30225391-30225539)
chr2 (130-199)||(30173367-30173436)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30024692 - 30024227
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30024692 catataaactttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30024593  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30024592 atgtattttttggtgtgcataagtatttctgacatttattggcagagtattgatatgtagaatgcaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 30024493  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30024492 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 30024393  T
Q  301 tgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30024392 tgtaatccatgagagaagcttctaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 30024293  T
Q  401 catgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30024292 catgtgctgcaataaactctatgccacattcttcaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 30024227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 466
Target Start/End: Original strand, 30036005 - 30036470
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30036005 catataaactttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30036104  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30036105 atgtattttttggtgtgcataagtatttctgacatttattggcagagtattgatatgtagaatgcaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 30036204  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30036205 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 30036304  T
Q  301 tgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30036305 tgtaatccatgagagaagcttctaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 30036404  T
Q  401 catgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30036405 catgtgctgcaataaactctatgccacattcttcaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 30036470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 466
Target Start/End: Original strand, 30117430 - 30117895
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30117430 catataaactttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30117529  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117530 atgtattttttggtgtgcataagtatttctgacatttattggcagagtattgatatgtagaatgcaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 30117629  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117630 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 30117729  T
Q  301 tgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117730 tgtaatccatgagagaagcttctaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 30117829  T
Q  401 catgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117830 catgtgctgcaataaactctatgccacattcttcaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 30117895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 466
Target Start/End: Original strand, 30230143 - 30230608
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30230143 catataaactttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30230242  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30230243 atgtattttttggtgtgcataagtatttctgacatttattggcagagtattgatatgtagaatgcaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 30230342  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30230343 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 30230442  T
Q  301 tgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30230443 tgtaatccatgagagaagcttctaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 30230542  T
Q  401 catgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30230543 catgtgctgcaataaactctatgccacattcttcaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 30230608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 466
Target Start/End: Original strand, 30132187 - 30132652
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30132187 catataaactttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30132286  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30132287 atgtattttttggtgtgcataagtatttctgacatttattggcagagtattgatatgtagaatgcaccttttcgattganagaaggggtactgtatcaac 30132386  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggta 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30132387 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtn 30132486  T
Q  301 tgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30132487 tgtaatccatgagagaagcttctaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcat 30132586  T
Q  401 catgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30132587 catgtgctgcaataaactctatgccacattcttcaatataaatttcttggagatgctgaagctctt 30132652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 30237436 - 30237698
Alignment:
Q  1 catataaaccttatgaaaacatggaataaaactaacactctcattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatttattaaaa 100  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30237436 catatgaactttaagaaaacatggaataaaactaacactctaattttgctccctttttcaatgagaaaataacaagtagcacgccacttatctattaaaa 30237535  T
Q  101 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30237536 atgtattttttggtgtgtataagtatttctgccatttattggcagagtattgagatgtagaatgcaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaac 30237635  T
Q  201 tggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaag 263  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30237636 tggaacaatttcttggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagcttgtcacaatgaag 30237698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 144 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30069624 - 30069302
Alignment:
Q  144 agagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaataga 243  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| || ||||| ||  || |||||| |||| |||||||||||||     
T  30069624 agagtactgagatgtagaatgcaccttttcaattgaaaggaggggtagtgtatcaaccgggacaatatctcggcaatttatagacattggcttgaatagt 30069525  T
Q  244 acaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaa 343  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  30069524 tcgagcttgtcacaatgaagcacatccacatctcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccattgtagaagcttcgaagttgtgtcaaatcttgga 30069425  T
Q  344 aactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaat 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||   |||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  30069424 aactcaaagatgttaattctgggaaaataaatattggaaatctgttgaccaattcatcttgtgctacaataatctccatgccacattcttcaatataaat 30069325  T
Q  444 ttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30069324 ttcttggagatgctgaagctctt 30069302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 144 - 466
Target Start/End: Original strand, 30182735 - 30183057
Alignment:
Q  144 agagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaataga 243  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||     
T  30182735 agagtattgagatgtagaatgcacctgttcaattgagagaagggattttgtatcaactgggacaatttcttggtaatttatagactttggtttgaatagg 30182834  T
Q  244 acaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaa 343  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |  |||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  30182835 acgagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaagcaggacaatccagggtaagtaatccacggtagaagctttgaagttgtttcaaatctcgaa 30182934  T
Q  344 aactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaat 443  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| || |||||| ||| || |||||| ||| | |||||||||||| ||||||||    
T  30182935 aactcaaaaatgttaattctgggaaattaagtattggaactgtgtcagacatttcatcttgttctacaataatctcaacgccacattcttttatataaat 30183034  T
Q  444 ttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
      ||||||||| |||||||||||    
T  30183035 cccttggagattctgaagctctt 30183057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 150 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30791680 - 30791364
Alignment:
Q  150 ttgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaagc 249  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||  |||||| ||||| |||||||||||||||  |||||    
T  30791680 ttgagatgtaaaaagtaccttttcaattgagagaaggggaagtgtatcaactgggacactgtctcggtaatatagagtctttggcttgaatagttcaagc 30791581  T
Q  250 ttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactca 349  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||| || ||||||| | |||||||    
T  30791580 ttgtcacaatgaagcacatccagatctcttaaaactggacaatccaaggtatgaaatccatagtagaagcttcgaagttctgtcaaatcttggaaactca 30791481  T
Q  350 aagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttcttg 449  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||  | ||||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||  |||||||  |||||    
T  30791480 aagaagttaattctgggaaaataagtattggaactctgtcaaccatttcatcatgtgctacaataatttctacgccacattcttctatataaagctcttg 30791381  T
Q  450 gagatgctgaagctctt 466  Q
    |||||| ||||||||||    
T  30791380 gagatgttgaagctctt 30791364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 147 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30253522 - 30253202
Alignment:
Q  147 gtattgagatgt-agaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaac 245  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| | || ||| |||| |||||| || |  |||||||  |    
T  30253522 gtattgagatttgagattgtaccttttcaattgagagaaggggtagtgtatcaactagtacattgtcttggcaattaagagaccttagtgtgaatagttc 30253423  T
Q  246 aagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | | ||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30253422 aagcttgtcacaatgaagcacatccacatcttttaagaaaagacaatctaaggtatgtaatccaaggtagaatcttcgaagttgtgtcaaatcacgaaaa 30253323  T
Q  346 ctcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaattt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||   |||||||||  |||||| |||||| | |||| |||||||||||||| ||  |||||||  |    
T  30253322 ctcaaagatgttaattctgggaaattaagtactggaacagtgtcagccgtttcatcttgtgctactataatctctatgccacatttttctatataaagct 30253223  T
Q  446 cttggagatgctgaagctctt 466  Q
    | ||||||||| |||||||||    
T  30253222 cctggagatgcagaagctctt 30253202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 149 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30161032 - 30160715
Alignment:
Q  149 attgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaatagaacaag 248  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| | ||| |  | |||| |||||||||||  |||||||||||    ||    
T  30161032 attgagatgtaaattgtaccttttcgattgagaggaggggtagtgtgtcaactaggacagtggcttggttatttagagactcaggcttgaatagttggag 30160933  T
Q  249 cttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactc 348  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||      
T  30160932 cttgtcacaatgaaacacatccacatcacttaataaaggacaatccaaggtatgtgatacacggtagaagcttcgaagttgtgacaattctcgaaaacat 30160833  T
Q  349 aaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttctt 448  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||  || |||  ||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||| ||  |||| |||  |||    
T  30160832 agagacgttaattttgggaaaataaaaattggaattgtgtcagctatttcatcatgagccacaataatctctacgccacatttttctatatgaatccctt 30160733  T
Q  449 ggagatgctgaagctctt 466  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  30160732 ggagatgttgaagctctt 30160715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 141 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 30280997 - 30280672
Alignment:
Q  141 ggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaactggaacaatttcctggtaatttagagactttggcttgaat 240  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| | ||  ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  30280997 ggcacagtattgagatgtaaattgtaccttttcaattgacagaaggggtagtgtatcaactgggacattatctcggttatttagagcctttggcttaaat 30280898  T
Q  241 agaacaagcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctc 340  Q
    ||    || | ||| ||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30280897 agtgggagttcgtcgcaatgaaacacatccacatcttttaatacaggacaatccaaggtatgtgatacacggtagaagcttcgaagttgtggcaactctc 30280798  T
Q  341 gaaaactcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatata 440  Q
    ||||||  | ||| |||| || |||||||||||  || |||  |||||| || | ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||| ||||     
T  30280797 gaaaacatagagacgttagttttgggaaaataaacattggaattgtgtctgctatttcatcatgagccacaataatctctacgccacattctttgatatg 30280698  T
Q  441 aatttcttggagatgctgaagctctt 466  Q
    |||  |||||||||| ||||||||||    
T  30280697 aatcccttggagatgttgaagctctt 30280672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 247 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 30173340 - 30173122
Alignment:
Q  247 agcttgtcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaac 346  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||  |||     
T  30173340 agcttgtcacaatgaaacacatccatatctcttaaaacaggagaatccaaggtatgtgatgcatgatagaagcttcgaagttgtgtcaattctcttaaag 30173241  T
Q  347 tcaaagatgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatcatgtgctgcaataaactctatgccacattctttaatataaatttc 446  Q
     || ||||||||||| ||| ||||||||  | |||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||  |||| ||   |    
T  30173240 acagagatgttaattttggaaaaataagctttggatttgtgtcagccatttcatcctgtgctacaataatctctatgccacattcttctatatgaagcac 30173141  T
Q  447 ttggagatgctgaagctct 465  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30173140 ttggagatgctgaagctct 30173122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 30031401 - 30031253
Alignment:
Q  253 tcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaag 352  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||| |||||   || |||||| ||||||||||   ||||||||| |||||| |  |||  ||| | ||||||||    
T  30031401 tcacaatgatacacatccaaatctcttaagacaggcacatgcaaggtgtgtaatccatagcagaagcttctaagttgagctaaacttcggagactcaaag 30031302  T
Q  353 atgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatc 401  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||| ||||||    
T  30031301 atgttaattttgggaaaacaagtattggaactgtgtcagccatttcatc 30031253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 30225539 - 30225391
Alignment:
Q  253 tcacaatgaagcacatccacatgtcttaaaacaggacaatccaaggtatgtaatccatgagagaagcttcgaagttgtgacaaatctcgaaaactcaaag 352  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||| |||||   || |||||| ||||||||||   ||||||||| |||||| |  |||  ||| | ||||||||    
T  30225539 tcacaatgatacacatccaaatctcttaagacaggcacatgcaaggtgtgtaatccatagcagaagcttctaagttgagctaaacttcggagactcaaag 30225440  T
Q  353 atgttaattctgggaaaataagtatcggatatgtgtcagccaattcatc 401  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||| ||||||    
T  30225439 atgttaattttgggaaaacaagtattggaactgtgtcagccatttcatc 30225391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 30173436 - 30173367
Alignment:
Q  130 tgacatttattggcagagtattgagatgtagaatgtaccttttcgattgagagaaggggtactgtatcaa 199  Q
    |||||||| | || |||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  30173436 tgacatttgtgggaagagtattgaaatgtaaactgtaccttttcaattgagagaaggggtagtgtatcaa 30173367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University