View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19103_low_45 (Length: 402)

Name: NF19103_low_45
Description: NF19103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19103_low_45
NF19103_low_45
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (7-387)||(4202-4583)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-380)||(14941115-14941490)
chr4 (7-380)||(14931910-14932285)
chr4 (7-354)||(30627130-30627487)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-380)||(12899959-12900333)
chr3 (7-385)||(30683643-30684023)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-380)||(41895640-41896014)
chr2 (7-380)||(22634237-22634612)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-380)||(45490023-45490399)
chr8 (7-380)||(45498981-45499357)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (7-380)||(29958013-29958388)
chr5 (7-380)||(15321587-15321962)
chr5 (7-380)||(15330590-15330965)
chr5 (7-385)||(18707787-18708167)
chr5 (7-385)||(18716801-18717181)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (191-380)||(19419278-19419468)
[»] scaffold0103 (1 HSPs)
scaffold0103 (150-343)||(26795-26992)


Alignment Details
Target: scaffold0113 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4583 - 4202
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  4583 tgagacgaaattgttcttttcaaagttgagatcgatctctaaatctattgaaacttttctttgtactttgttgcttagtacgtgagacaagagctttgta 4484  T
Q  107 cagctcatttcctttccattcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtga 206  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  4483 caactcattttctttccattcttgctgtagctttcaatcttgagcccaaagaaaaggcttttgttgtactaggttgctttcttgttatgttgtgaggtga 4384  T
Q  207 tcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacctttttgc 305  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  4383 ccataaagtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcatgccaacccttttgc 4284  T
Q  306 acatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataact 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4283 acatgatattaaatatgttctttttgttcatatgtacatcagtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatgacataact 4202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 14941490 - 14941115
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14941490 tgagatgaaactgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 14941391  T
Q  107 cagctcatttcctttccattc-ttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| |||| | || | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  14941390 cagctcatttccttttcatttgttgctgtaacattaagtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 14941291  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacctttttg 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  14941290 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtctttcactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttg 14941191  T
Q  305 cacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14941190 cacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 14941115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 14932285 - 14931910
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14932285 tgagatgaaactgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 14932186  T
Q  107 cagctcatttcctttccattc-ttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| |||| | || | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  14932185 cagctcatttccttttcatttgttgctgtaacattaagtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 14932086  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacctttttg 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||    
T  14932085 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtctttcactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaccctttttg 14931986  T
Q  305 cacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14931985 cacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtactaagcttcaaataatatttccttgtcatga 14931910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 354
Target Start/End: Original strand, 30627130 - 30627487
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  |||| ||||| |||||||    
T  30627130 tgagatgaaaatgttc-tttgaaagttgagatcgatctctaaagttgctgaagctttcctttgtactttgtttcttgctatatgaggcatgaactttgta 30627228  T
Q  107 cagctcatttcctttccattcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgcttt-cttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    || ||||||  |||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||| || |||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  30627229 caactcattgacttatcattcttgctgtagttttcaatcttgagcccaaagaaaagg-atttcttatactaggtggctttccttgtcatgttgtgaggtg 30627327  T
Q  206 atcat-aagtgaatatccaaaggat----------catagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgc 294  Q
    | ||| ||| |||||||||||||||          |||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||   ||| | ||  |||| ||||       
T  30627328 accataaagagaatatccaaaggatcatagatttacatagtattgcatttgtcatacatccttgatgtgttgtcgtgcttacattgacccttttcatgct 30627427  T
Q  295 aacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaag 354  Q
     | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  30627428 gagctttttgcacgtgaaattaaatatgttctttttgtgcatatgtatatttgtagtaag 30627487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Original strand, 12899959 - 12900333
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12899959 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 12900058  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    || |||||||||||| || || ||| |||| | |  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  12900059 caactcatttccttttcacttgttgctgtaacata-agtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 12900157  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacctttttg 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  12900158 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttg 12900257  T
Q  305 cacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12900258 cacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 12900333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 7 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30684023 - 30683643
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30684023 tgagatgaaactgttcctttcgaagttgagatcgatctctaaatctgctgaggctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 30683924  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  30683923 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaagtg 30683825  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  30683824 accataaagtaaatatccaaaggtttatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaaccattttt 30683725  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataa 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  30683724 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtcatgatataa 30683643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 41896014 - 41895640
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  41896014 tgagatgaaactgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgccgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 41895915  T
Q  107 cagctcatttcctttccattc-ttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| |||| | |  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  41895914 cagctcatttccttttcatttgttgctgtaacata-agtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 41895816  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacctttttg 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  41895815 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttg 41895716  T
Q  305 cacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41895715 cacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 41895640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 22634612 - 22634237
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22634612 tgagatgaatttgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 22634513  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    || |||||||||||| || || ||| |||| | |  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  22634512 caactcatttccttttcacttgttgctgtaacata-agtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 22634414  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaaccttttt- 303  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||     
T  22634413 accataaagtgaatatccaaaggttcatagtattgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttt 22634314  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  22634313 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaaccttcaaataatatttccttgtcatga 22634237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Original strand, 45490023 - 45490399
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  45490023 tgagatgaaactgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcatttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 45490122  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    || |||||||||||| || || ||| |||| | || | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  45490123 caactcatttccttttcatttgttgctgtaacattaagtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 45490222  T
Q  206 atcat-aagtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  45490223 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtctttcactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttt 45490322  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45490323 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 45490399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Original strand, 45498981 - 45499357
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  45498981 tgagatgaaaccgttccttttaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcatttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 45499080  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | || | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  45499081 cagctcatttccttttcatttgttgctgtaacattaagtcttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 45499180  T
Q  206 atcat-aagtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  45499181 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtctttcactcttgatgtgttgtcgaaattatagtggtcattctcatgccaacctttttt 45499280  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45499281 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 45499357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 29958388 - 29958013
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29958388 tgagatggaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 29958289  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  29958288 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggcagctttcttgtcatgttgtgaggtg 29958190  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||  |||||    
T  29958189 accataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaactattttt 29958090  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29958089 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatga 29958013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Original strand, 15321587 - 15321962
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15321587 tgagatgaaactgttcctttcgaagttgagatcgatctctaaatctgctgaggctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 15321686  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  15321687 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 15321785  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  15321786 accataaagtaaatatccaaaggtttatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaaccattttt 15321885  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  15321886 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtcatga 15321962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 7 - 380
Target Start/End: Original strand, 15330590 - 15330965
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15330590 tgagatgaaactgttcctttcgaagttgagatcgatctctaaatctgctgaggctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 15330689  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  15330690 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaggtg 15330788  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  15330789 accataaagtaaatatccaaaggtttatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaaccattttt 15330888  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  15330889 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtcatga 15330965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 7 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18708167 - 18707787
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18708167 tgagatgaaactgttcctttcgaagttgagatcgatctctaaatctgctgaggctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 18708068  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  18708067 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaagtg 18707969  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  18707968 accataaagtaaatatccaaaggtttatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaaccattttt 18707869  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataa 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  18707868 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtcatgatataa 18707787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 7 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18717181 - 18716801
Alignment:
Q  7 tgagatgaaactgttcctttcaaagttgagatcgatctctaaatctgctgaagctttcctttgtactttgttggttgttacgtgagacatgagctttgta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18717181 tgagatgaaactgttcctttcgaagttgagatcgatctctaaatctgctgaggctttcctttgtactttgttgcttgctacgtgagacatgagctttgta 18717082  T
Q  107 cagctcatttcctttcca-ttcttgttgtagctttcaatcttgtgcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgctttcttgtcatgttgtgaggtg 205  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||| | |   | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  18717081 cagctcatttccttttcacttgttgctgtaccataaga-cttgagcccaaagaaaaggcttttcttgtactaggtagctttcttgtcatgttgtgaagtg 18716983  T
Q  206 atcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattgcaacc-ttttt 303  Q
    | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  ||||| |||||    
T  18716982 accataaagtaaatatccaaaggtttatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaaatatagtggtcattctcatgccaaccattttt 18716883  T
Q  304 gcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataa 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  18716882 gcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtcatgatataa 18716801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 191 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 19419468 - 19419278
Alignment:
Q  191 tcatgttgtgaggtgatcataa-gtgaatatccaaaggatcatagttttgtatttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctc 289  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19419468 tcatgttgtgaggtgaccataaagtgaatatccaaaggttcatagttttgtttttgtcttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtcattctc 19419369  T
Q  290 attgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatga 380  Q
    ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  19419368 atgccaacctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtaataagtttcaaataacatttccttgtcatga 19419278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 343
Target Start/End: Original strand, 26795 - 26992
Alignment:
Q  150 gcccaaagaaaaggcttttgttgtactagattgct-ttcttgtcatgttgtgaggtgatc-ataagtgaatatccaaaggatcatagt-tttgtatttgt 246  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  || || |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||| ||   |||| |    
T  26795 gcccaaagaaaagccttttgttgtactatgttactattcttgtcatgttgtgaggtgaccaaaaagtgaatatccaagggatcatagtattacaatttat 26894  T
Q  247 cttacactcttgatgtgttgtcgaaattataatggtccttctcattg-caacctttt--tgcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgttca 343  Q
    ||| ||| ||||||||||||||   ||   | ||| ||||| | |||  ||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26895 ctttcac-cttgatgtgttgtcatgatatcattggcccttc-ctttgtaaaccttttgctgcatatgatattaaatgtgttctttttgttcatatgttca 26992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University