View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19103_low_50 (Length: 388)

Name: NF19103_low_50
Description: NF19103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19103_low_50
NF19103_low_50
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (13-369)||(19850241-19850598)
chr3 (53-357)||(20035107-20035412)
chr3 (13-357)||(19839662-19840007)
chr3 (13-313)||(19957314-19957615)
chr3 (46-357)||(19833072-19833385)
chr3 (42-357)||(19819774-19820090)
chr3 (218-350)||(19813662-19813794)
chr3 (77-250)||(20005938-20006111)
chr3 (86-153)||(19813562-19813629)
chr3 (211-308)||(19964071-19964168)
chr3 (262-305)||(20026259-20026302)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-360)||(27472991-27473342)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (264-350)||(22655389-22655479)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 369
Target Start/End: Original strand, 19850241 - 19850598
Alignment:
Q  13 gagactcaaggtgaaagcagaagcaatggtatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19850241 gagactcaaggtgaaagcagaagcaatggtatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtcaaa 19850340  T
Q  113 tagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttg-tccttttagagtata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19850341 tagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttgatccttttagagtata 19850440  T
Q  212 catagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatcc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19850441 catagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagtttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatcc 19850540  T
Q  312 aacaatgcttttttgctggtacagaaccaacttcatatttctaattttgattgctagt 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19850541 aacaatgcttttttgctggtacagaaccaacttcatatttctaattttgattgctagt 19850598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 53 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20035412 - 20035107
Alignment:
Q  53 aagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccatt 152  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  20035412 aagtctctttgtctaattctgaatttggtgattttatatcatcatatgtggatggtgaaatagctggatgtggtgatgaagatgaaataaagagtccatt 20035313  T
Q  153 ttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttgt-ccttttagagtatacatagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgat 251  Q
    || |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||  ||||||| | || |||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||     
T  20035312 ttatgatagaaatgatgtcaatgacatcaatggggaaaatgttgagccttttacactagacatggaatttgatcttgaaaacagaatggaaaagcttgaa 20035213  T
Q  252 aaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatccaacaatgcttttttgctggtacagaaccaacttcatattt 351  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  20035212 agagtggtttctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaaatgtttgatccaacaatgtttttttgctggtatagaactaacttcatattc 20035113  T
Q  352 ctaatt 357  Q
    ||||||    
T  20035112 ctaatt 20035107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Original strand, 19839662 - 19840007
Alignment:
Q  13 gagactcaaggtgaaagcagaagcaatggtatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaa 112  Q
    |||||||||||||| ||  | ||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19839662 gagactcaaggtgatagttgtagctatgctatcagaaacgaagtctcattgtctaattctgaatttggtgattttatatcatcaaatgtggatggtgaaa 19839761  T
Q  113 tagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttg-tccttttagagtata 211  Q
    | ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||  ||||||| | || |    
T  19839762 tggctggatgctgtgatgaagatgaaatcaagagtctattttatgatagaaatgatgtcaatgacatcaatggggaaattgttgagccttttacactaaa 19839861  T
Q  212 catagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatcc 311  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||    
T  19839862 catggaaattgatcttgaaaacaggatcgagaagcttgaaagagtggtttctaaacttaaagaagcaagatttggccaaaaggtttaacatgattgatcc 19839961  T
Q  312 aacaatgcttttttgctggtacagaaccaacttcatatttctaatt 357  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19839962 aacaatgcttttttgctggtatagaaccaacttcatattcctaatt 19840007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 313
Target Start/End: Original strand, 19957314 - 19957615
Alignment:
Q  13 gagactcaaggtgaaagcagaagcaatggtatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaa 112  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||    
T  19957314 gagactcaaggtgaaagctgtagcgatgctatcagaaatgaagtctctttgtctagttctgaatttggtgaattcatatcatcaaatatggatggtgaaa 19957413  T
Q  113 tagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttg-tccttttagagtata 211  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||| |||||||| | || |    
T  19957414 tagctggattttgtgatgaagatgaaatcaagagtccattttatgatagaaatgatgtcaacgacatcaatggggaaagtgttgatccttttacactaga 19957513  T
Q  212 catagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatcc 311  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  19957514 catggtatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgaaagagtggtttctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaaatatttgatcc 19957613  T
Q  312 aa 313  Q
    ||    
T  19957614 aa 19957615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 46 - 357
Target Start/End: Original strand, 19833072 - 19833385
Alignment:
Q  46 agaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaaga 145  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  19833072 agaaacgaagtatctttgtctaattctgaatttggtgattttatatcatcaaatgtggatggtgaaatagccgaatgtggggatgaagatgaaagcaaga 19833171  T
Q  146 atccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttgt-ccttttagagtatacatagaatttgatcttgaaaacaggattgagaa 244  Q
     |||| ||| | || ||| ||||||| || |||||| ||||||| ||||||  ||||||| | || ||||   |||||||||||||||||| ||||||||    
T  19833172 gtccactttataatagaattgatgtcaattacatcaatggggaaagtgttgagccttttacactagacatgatatttgatcttgaaaacagaattgagaa 19833271  T
Q  245 gcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatccaacaatgc-ttttttgctggtacagaaccaact 343  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||    
T  19833272 gcttgaaagagtgttttctaagcttaaagaagaaagatttggccaaaaggttgaaaatgtttgatccaacaatgctttttttgctggcatagagcaaact 19833371  T
Q  344 tcatatttctaatt 357  Q
    |||| || ||||||    
T  19833372 tcattttcctaatt 19833385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 42 - 357
Target Start/End: Original strand, 19819774 - 19820090
Alignment:
Q  42 tatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatc 141  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19819774 tatcagaaatcaagtctctttgtctagttctgaatttggtgattttatatcatcaaaagtggatggtgaaatagttggatgtggtgatgaagatgaaatc 19819873  T
Q  142 aagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttgtcc-ttttagagtatacatagaatttgatcttgaaaacaggattg 240  Q
    |||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||  |||||  | ||||| | || | || | | ||||||||||||||||||| |    
T  19819874 aagagtctattttatgatagaaatgatgtcaatgacatcaatggcgaaaatgttgagcgttttacactagagatggtacttgatcttgaaaacaggatcg 19819973  T
Q  241 agaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatccaacaatgcttttttgctggtacagaacca 340  Q
    |||||||||| | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  19819974 agaagcttgaaagagtggtttctaagctcaaagaagcaagatttggccaaaagtttgaaaatgtttgatctaacaatgtttttttgctggtgtagaacca 19820073  T
Q  341 acttcatatttctaatt 357  Q
    |||||||||| ||||||    
T  19820074 acttcatattcctaatt 19820090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 218 - 350
Target Start/End: Original strand, 19813662 - 19813794
Alignment:
Q  218 atttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatccaacaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19813662 atttgatcttgaaaacaggattgagaaacttgaaagagtgttttctaagctcaaagaagcaagatttggccgaaaggttgaaaatgtttgatccaacaat 19813761  T
Q  318 gcttttttgctggtacagaaccaacttcatatt 350  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  19813762 gcttttttgctgatatagaaccaacttcatatt 19813794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 77 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 20006111 - 20005938
Alignment:
Q  77 ttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatga 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  20006111 ttggtgattttatatcatcaaatgttggtggtgaa-tagctggatgtgggaatgaagatgaaatcaaaaatccattttgtgatagaaatgatgtcgatgc 20006013  T
Q  177 catcagtggggaaggtgtt-gtccttttagagtatacatagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttga 250  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||||||| | || | || | ||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  20006012 cattaatggggaaggtgttagtccttttacattagatatggcatttgatcttgaagagaggattaagaagcttga 20005938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 86 - 153
Target Start/End: Original strand, 19813562 - 19813629
Alignment:
Q  86 ttatatcatcaaatgtggatcgtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattt 153  Q
    ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19813562 ttatatcatcagatgtggcaagtgaaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagagtccattt 19813629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 211 - 308
Target Start/End: Original strand, 19964071 - 19964168
Alignment:
Q  211 acatagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttga 308  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||| |||| |||||   || | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19964071 acataggatttgaacttgaaaacagaattcagaatcttgaaggagaggttgctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggtttaaattgtttga 19964168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 20026302 - 20026259
Alignment:
Q  262 ctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20026302 ctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttaaaattgtt 20026259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 360
Target Start/End: Original strand, 27472991 - 27473342
Alignment:
Q  13 gagactcaaggtgaaagcagaagca---atggtatcagaaacaaagtctctttgcctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatcgtg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27472991 gagactcaaggtgaaagcagaagaagctatggtatcagaaacaaagtctctttttctaattctgaacttggtgattttatatcatcaaatgtggatggtg 27473090  T
Q  110 aaatagctggatgtggggatgaagatgaaatcaagaatccattttgtgatggaaatgatgtccatgacatcagtggggaaggtgttg-tccttttagagt 208  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  27473091 aaatagcaagatatggggatgaagatgaaatcaagaattcattttgtgatgaaaatgatgtcaatgacatcagtggggaaagtattgatccatttagagt 27473190  T
Q  209 atacatagaatttgatcttgaaaacaggattgagaagcttgataaagtgttgtctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttga 308  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27473191 atacatggaatttgatcttgaaaacaggattcagaagcttgaaaaaaggttctctaagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaactgtttga 27473290  T
Q  309 tccaacaatgcttttttgctggtacagaaccaacttcatatttctaattttg 360  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27473291 tccaacaatgcttttttgctggtatagaaccaacttcatatttctaattttg 27473342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 264 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22655479 - 22655389
Alignment:
Q  264 aagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaattgtttgatccaacaatg----cttttttgctggtacagaaccaacttcatatt 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||     |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  22655479 aagcttaaagaagcaagatttggccaaaaggttgaaaatgtttgatacaaaaatgtttttttttttgctggtatggaaccaacttcatatt 22655389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University