View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19104_high_1 (Length: 977)

Name: NF19104_high_1
Description: NF19104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19104_high_1
NF19104_high_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (91-961)||(30946805-30947675)
chr1 (20-62)||(30947701-30947743)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 30947675 - 30946805
Alignment:
Q  91 ctgatgactatcaatagttgaaacaaaatgaatgaataattacaacgcatatcaggtatttttatacaagatagctaggtgggattctatggcatgttac 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947675 ctgatgactatcaatagttgaaacaaaatgaatgaataattacaacgcatatcaggtatttttatacaagatagctaggtgggattctatggcatgttac 30947576  T
Q  191 aagtaacagtaaactactaaacttactcttttcagcagattaactctatcttgcaatccatccattgcttgttcattatcatgctcatcaatttcatggg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947575 aagtaacagtaaactactaaacttactcttttcagcagattaactctatcttgcaatccatccattgcttgttcattatcatgctcatcaatttcatggg 30947476  T
Q  291 aagaacctgaggaatacattgatgatgctctgattccaccctcctcaatgccatcaaaaagagcaactctgttgtttcgggtgtctctgaaataggaaat 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947475 aagaacctgaggaatacattgatgatgctctgattccaccctcctcaatgccatcaaaaagagcaactctgttgtttcgggtgtctctgaaataggaaat 30947376  T
Q  391 aataattcatataaagaaattagtaaaatccaatatggtcaggtaataaacacgagcaaaataaaatccacttctcaacatttgaacagctttatactga 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947375 aataattcatataaagaaattagtaaaatccaatatggtcaggtaataaacacgagcaaaataataaccacttctcaacatttgaacagctttatactga 30947276  T
Q  491 tcagagtcacgatacatctccataattgcataaaatatcaagataaattaatcagattgaaatatgtctatctcaacatttctaatagagtaatatctta 590  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947275 tcagagtcacgatgcatctccataattgcataaaatatcaagataaattaatcagattgaaatatgtctatctcaacatttctaatagagtaatatctta 30947176  T
Q  591 ggcaaaagataaatacattaaacatttcttaacaattaacttttacacagatatcaaataaaccttaatgacatgaataaacaaggaaaaactgaaggac 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30947175 ggcaaaagataaatacattaaacatttcttaacaattaacttttacacagatatcaaataaaccttattgacatgaatagacaaggaaaaactgaaggac 30947076  T
Q  691 tgaattaacacgaataaaacactgaatggcacagatgatgatttaatgacacatacaaggaggtattcatctcagtatataacaccttgcatcagatttt 790  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947075 tgaattaacacgaataaaacactgtatggcacagatgatgatttaatgacacatacaaggaagtattcatctcagtatataacaccttgcatcagatttt 30946976  T
Q  791 ttacaagtttgttacaagaatctacatgcatgtatgaggatagtttagtttacttgctcgcatatttaatctaattctttctattacctactatcgattg 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30946975 ttacaagtttgttacaagaatctacatgcatgtatgaggatagtttagtttacttgctcacatatttaatctaattctttctattacctactatcgatta 30946876  T
Q  891 ttattacattactaatgaacactcgcaagcacctccccctttgttgaatccttctcctcttctctattcat 961  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946875 ttattacattactaatgaacactcgcaagcacctccccctttgttgaatccttctcctcttctctattcat 30946805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 30947743 - 30947701
Alignment:
Q  20 tacttcccaacagaaacaatatcatattaacatgaccttgaag 62  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947743 tacttcccaacagaaacaatatcatattaacatgaccttgaag 30947701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University