View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19106_high_1 (Length: 771)
Name: NF19106_high_1
Description: NF19106
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19106_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 757
Target Start/End: Original strand, 4921261 - 4922006
Alignment:
| Q |
13 |
aatatcaataaaccataaaaaccatacattagaatcagttttagcttagaaaatggtttgatacttacattttacccatgatgtcattttttcccaacgt |
112 |
Q |
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| T |
4921261 |
aatatcaataaaccataaaaaccatacattagaatcagttttagcttagaaaatggtttgatacttacattttacccatgatgtcattttttcccaacgt |
4921360 |
T |
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| Q |
113 |
gtttccgtcgttttgcttcttttcatgttttatgatgaaatgtaggcttgannnnnnngtacctcccttggttatcattggctatcaagcggaattcgtg |
212 |
Q |
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| T |
4921361 |
gtgtccgtcgttttgcttcttttcatgttttatgatgaaatgtaggcttgatttttttgtacttcccttggttatcattggctatcaagcggaattcgtg |
4921460 |
T |
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| Q |
213 |
tgggaaatatgcttgcaaaatactcaaagcataaaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaaagagctatgccatcaattttctctggacga |
312 |
Q |
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| T |
4921461 |
tgggaaatatgcttgcaaaatactcaaagcgtagaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaaagaactatgccatgagttttctctggacga |
4921560 |
T |
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| Q |
313 |
gcttaagaaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggagaaatatgcggcaatatagtgtacaaaggttatgtcaaatataatggtgaaaat |
412 |
Q |
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| T |
4921561 |
tcttaagaaagctaccaataactttgataaaaatcgaaaaattggacaagtaaactacaatatagtctacaaaggctatgtcaaatataatggtgaaaat |
4921660 |
T |
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| Q |
413 |
gattatccaatagcattgttgcggataacaaatacattcatgaaagaatcgttcaagaatgaaattgaactccactgccagctttctcacccaaatttga |
512 |
Q |
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| T |
4921661 |
gattatccaatagcattgttgcggataaaagatacatacatgaaagaaacgttcaagaatgaaattgaactccactgccagatttgtcatccaaatttga |
4921760 |
T |
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| Q |
513 |
tatctttgataggattttgtgaccnnnnnnntgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgttcaag |
612 |
Q |
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| T |
4921761 |
tatctttgataggattttgtgaccaaaaaaatgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgttcaag |
4921860 |
T |
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| Q |
613 |
ggacacggtttcactctcttgg-nnnnnnnggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcccgatttt |
711 |
Q |
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| T |
4921861 |
ggacacggtttcactctcttggaaaaaaaaggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactgcactaccttcacactggagcaaagcgcccgatttt |
4921960 |
T |
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| Q |
712 |
ccaccgtgacgtaaagccttacagcattcttttggataacaatatg |
757 |
Q |
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| T |
4921961 |
ccaccgtgacgtaaagccttacagcattcttttggataacaatatg |
4922006 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 757
Target Start/End: Original strand, 4927510 - 4928247
Alignment:
| Q |
43 |
agaatcagttttagcttagaaaatggtttgatacttacattttacccatgatgtcatttttt-cccaacgtgtttccgtcgttttgcttctttt------ |
135 |
Q |
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| T |
4927510 |
agaatcagttttagcttagaaaatggtttgatacttacattttacccatgatgtcatttttttcccaacgtgtttccgtcgttttgcttcttttagttca |
4927609 |
T |
|
| Q |
136 |
----------------catgttttatgatgaaatgtaggcttgannnnnnngtacctcccttggttatcattggctatcaagcggaattcgtgtgggaaa |
219 |
Q |
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| T |
4927610 |
ttttctaagaggcattcatgttttatgatgaaatgtaggcttgatttttttgtacttcccttggttatcattggctatcaagcggaattcgtgtgggaaa |
4927709 |
T |
|
| Q |
220 |
tatgcttgcaaaatactcaaagcataaaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaaagagctatgccatcaattttctctggacgagcttaag |
319 |
Q |
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| T |
4927710 |
tatgcttgcaaaatactcaaagcgtagaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaatgagctatgccatgagttttctctggacgagcttaag |
4927809 |
T |
|
| Q |
320 |
aaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggagaaatatgcggcaatatagtgtacaaaggttatgtcaaatataatggtgaaaatgattatc |
419 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4927810 |
aaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggaaaagtaatgggcgatatagtctacaaaggctatgtcaaatataatggtgaaaatgattatc |
4927909 |
T |
|
| Q |
420 |
caatagcattgttgcggataacaaatacattcatgaaagaatcgttcaagaatgaaattgaactccactgccagctttctcacccaaatttgatatcttt |
519 |
Q |
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| T |
4927910 |
caatagcattgttgcggataacagatgtatttaggggacaaggtttcaagaatgaaatagaacacctctgccagctttgtcacccaaatttgatatcttt |
4928009 |
T |
|
| Q |
520 |
gataggattttgtgaccnnnnnnntgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgttcaagggacacg |
619 |
Q |
| |
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| T |
4928010 |
tataggattttgtgaccaaaaaaataagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggcactctccaagatcacttaggttcgagggatatg |
4928109 |
T |
|
| Q |
620 |
gtttcactctcttggnnnnnnnggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcccgattttccaccgtg |
719 |
Q |
| |
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| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
4928110 |
gaatcactctcgtggaagaaaaggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactatcttcacactggaacaaagcgtccgattttccaccgtg |
4928209 |
T |
|
| Q |
720 |
acgtaaagccttacagcattcttttggataacaatatg |
757 |
Q |
| |
|
|||||| || | | |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4928210 |
acgtaattccacagaacattcttttggataacaatatg |
4928247 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 212 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 4908508 - 4907969
Alignment:
| Q |
212 |
gtgggaaatatgcttgcaaaatactcaaagcataaaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaaagagctatgccatcaattttctctggacg |
311 |
Q |
| |
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| T |
4908508 |
gtgggaaatatgcttgtaaaatattcaaagcgtaaaagtccttccaagaaacaatatccaactgttatagaagagcgatgccatcaattttctctggatg |
4908409 |
T |
|
| Q |
312 |
agcttaagaaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggagaaatatgcggcaatatagtgtacaaaggttatgtcaaatataatggtgaaaa |
411 |
Q |
| |
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| T |
4908408 |
atcttaagaaatctactaataactttgacgaacatctaagaatagggttaacagaattcagtatagcttacaaaggttatctcaaacataatggtgaaac |
4908309 |
T |
|
| Q |
412 |
tgattatccaatagcattgttgcggataacaaatacattca-tgaaagaatcgttcaagaatgaaattgaactccactgccagctttctcacccaaattt |
510 |
Q |
| |
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| T |
4908308 |
tgattatccaatagcagtgaaacggatgatacatatatttaatgaatggaa-gttcaagaaggaaattgaactcaactgccagcttcatcacccaaattt |
4908210 |
T |
|
| Q |
511 |
gatatctttgataggattttgtgaccnnnnnnntgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgttca |
610 |
Q |
| |
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| T |
4908209 |
gacgtcttttataggattctgtgaccacaagtatgagaaaattcttgtgtat------gagtacatgtccaatggctctctctatgatcacctacttttg |
4908116 |
T |
|
| Q |
611 |
agggacacggtttcactctcttggnnnnnnnggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcccgattt |
710 |
Q |
| |
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| T |
4908115 |
agggatatggaatcattgtcatggaagaaaaggctagaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcgcaattt |
4908016 |
T |
|
| Q |
711 |
tccaccgtgacgtaaagccttacagcattcttttggataacaatatg |
757 |
Q |
| |
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| ||| ||||| |||||||| | | ||||||||| ||||| |||||| |
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|
| T |
4908015 |
ttcactgtgacataaagcctcaaaccattcttttagataagaatatg |
4907969 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 213 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 4904586 - 4904049
Alignment:
| Q |
213 |
tgggaaatatgcttgcaaaatactcaaagcataaaagttcgtccaagaaaca---atgttcaacatttataaaagagctatgccatcaattttctctgga |
309 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4904586 |
tgggaaatatgcctgtaaaatactcaaaccataaaagttcatccaggaagcagcaatgtccaacatctataaaagaactatgccatcaattttctcttga |
4904487 |
T |
|
| Q |
310 |
cgagcttaagaaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggagaaatatgcggcaatatagtgtacaaaggttatgtcaaatataatggtgaa |
409 |
Q |
| |
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| T |
4904486 |
agatcttaagaaatcaagcaataactttgatgaaactcgaaaacttggacaatcactatacagtatagtgtacaaaggttatctcaaacataatggtgaa |
4904387 |
T |
|
| Q |
410 |
aatgattatccaatagcattgttgcggataacaaatacatt-catgaaagaatcgttcaagaatgaaattgaactccactgccagctttctcacccaaat |
508 |
Q |
| |
|
||||| |||||| |||||||| | |||| ||| || ||| || | || ||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||| ||| |
|
|
| T |
4904386 |
aatgagtatccagtagcattggagaggatgacacttagattgggcgattggat-gttcaagaaggtaattgaactccacagccaacttcatcaccctaat |
4904288 |
T |
|
| Q |
509 |
ttgatatctttgataggattttgtgaccnnnnnnntgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgtt |
608 |
Q |
| |
|
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| T |
4904287 |
ttgatatctttaataggattctgcgacgagaaagatgagaaaattatagtgtat------gagtacatgttcaatggttctctctatgatcacttatgtt |
4904194 |
T |
|
| Q |
609 |
caagggacacggtttcactctcttggnnnnnnnggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcccgat |
708 |
Q |
| |
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||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || |
|
|
| T |
4904193 |
caagggatctagaatcactctcatggaagaaaaggcttgaaatatgcattggagttgcaagaggactacactatcttcacaccggagcaaagcgcgcaat |
4904094 |
T |
|
| Q |
709 |
tttccaccgtgacgtaaagccttacagcattcttttggataacaa |
753 |
Q |
| |
|
||| ||| |||| |||||||| | | |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4904093 |
ttttcactgtgatataaagcctcaaacaattcttttagataacaa |
4904049 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 214 - 757
Target Start/End: Original strand, 5821747 - 5822284
Alignment:
| Q |
214 |
gggaaatatgcttgcaaaatactcaaagcataaaagttcgtccaagaaacaatgttcaacatttataaaagagctatgccatcaattttctctggacgag |
313 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||| |||||| || |||||| ||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| || || |
|
|
| T |
5821747 |
gggaaagatgtttgtaaaatattcgaagcatgaaagttcatccaataaaaaatgtccaacagttatagaagagctatgtcatcaattttctcttgaagaa |
5821846 |
T |
|
| Q |
314 |
cttaagaaagctaccaataactttgatgaaaatcgaaaaattggagaaatatgcggcaatatagtgtacaaaggttatgtcaaatataatggtgaaaatg |
413 |
Q |
| |
|
|||| |||| | ||||||||||| | |||| ||||||||||| || || | || ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| || |
|
|
| T |
5821847 |
cttaggaaatcaaccaataacttcgctgaagatcgaaaaattagaaaatcactattcagtatagtgtacaaaggttatctcaaacatagtggtgaaactg |
5821946 |
T |
|
| Q |
414 |
attatccaatagcattgttgcggataacaaatacattc-atgaaagaatcgttcaagaatgaaattgaactccactgccagctttctcacccaaatttga |
512 |
Q |
| |
|
| |||||||||| | || |||||| | |||| || | | ||| | | ||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |
|
|
| T |
5821947 |
agtatccaatagaagtgaagcggatgagaaatttatccgacgaatgga-agttcaagaaggaaattgaactccacagtaagcttcatcacccgaatttga |
5822045 |
T |
|
| Q |
513 |
tatctttgataggattttgtgaccnnnnnnntgagaaaattctcgtgtataaaaaagatgaaatggtcaatggctctctccgtgatcacttatgttcaag |
612 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| |||||| || | ||| | ||||| ||| | |||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
5822046 |
ggtcttttataggattctgtgatcataaagatgagaaaattcttgtgtat------gagtacatgttaaatggatctttgtatgatcagttacgttcaag |
5822139 |
T |
|
| Q |
613 |
ggacacggtttcactctcttggnnnnnnnggcttgaaatatgcattggagctgcaaaaggactacactaccttcacactggagcaaagcgcccgattttc |
712 |
Q |
| |
|
| | | || |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |
|
|
| T |
5822140 |
gaatatggaatcactctcatggaagaaaaggcttgaaatatgcatcggagctgctaagggactacactaccttcacactggaacaaagcgcacggttttt |
5822239 |
T |
|
| Q |
713 |
caccgtgacgtaaagccttacagcattcttttggataacaatatg |
757 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||| ||| | | ||||||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
5822240 |
cattgtgacataaaacctcaaaccattcttttagataagaatatg |
5822284 |
T |
|
Back To:
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