View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1910_low_17 (Length: 459)
Name: NF1910_low_17
Description: NF1910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1910_low_17 |
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| [»] chr8 (5 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 15874486 - 15874045
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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15874486 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgttcaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15874387 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
15874386 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatgccaaaaaaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaaagattgaag |
15874287 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
15874286 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15874187 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
15874186 |
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15874087 |
T |
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| Q |
419 |
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459 |
Q |
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| T |
15874086 |
aatcaacttcccaagaataatgcttgagattctatgcgaaga |
15874045 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Original strand, 15899583 - 15900023
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
15899583 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15899682 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
15899683 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctgattatggcaaaaaaattgataaagatgctaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag |
15899782 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
15899783 |
ataatattgaagatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15899882 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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15899883 |
gctacactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagatacttttttgttggag |
15899982 |
T |
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| Q |
419 |
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459 |
Q |
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| T |
15899983 |
aatcaacttccaaaaataatgcttgagattctatgcgaaga |
15900023 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Original strand, 15920611 - 15921051
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
15920611 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15920710 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
15920711 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgcttattatggcaaaaaaattgataaagatgttaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag |
15920810 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
15920811 |
ataatattgaatatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15920910 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
15920911 |
gctacactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagatactaatttgttagag |
15921010 |
T |
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| Q |
419 |
aaccaacttccaaacaaaatgcttgagattctatgcgaaga |
459 |
Q |
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| T |
15921011 |
aaccagcttccaaacaaaatgcttgagattctatgcaaaga |
15921051 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 14060901 - 14060466
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
14060901 |
tttgcgacaaaatgaaagattttataagtattgctcaccaaagattatatcatttggtccgatccatcacaataataaatgtcttaaagaaggagagcag |
14060802 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
14060801 |
tacaaacttctatggacctctacatttcttgaggaatatggcaaagaaatcaatcaagatggtaaccaagcatgcaaacttttgcttaacaagattgaag |
14060702 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
14060701 |
ataatattgaagaattgaagaacatgttcactgaagatgcaattgaaggattcaatgacaatgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttcctt |
14060602 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
14060601 |
gctacatttcatgggaaatgtcgatgaccaatatcccgaagggctaaatcttaagtttgaccaattgatgtatatatggagagatgtttcgttgttagag |
14060502 |
T |
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| Q |
419 |
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454 |
Q |
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| T |
14060501 |
aaccaacttccataccaaatgcttgagattatatgc |
14060466 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 70 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 14049479 - 14049095
Alignment:
| Q |
70 |
atttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaatt |
169 |
Q |
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| T |
14049479 |
atttggtcccatccatcacaatagtgaatgtcttaaagaaggagagcattacaagcttctgtggacatctacatttgttgaggaatatggcaaacaaatc |
14049380 |
T |
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| Q |
170 |
gataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggct |
269 |
Q |
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| T |
14049379 |
aatcaagatggccaccaagcctgcaaacttttgcttaacaagattgaagataatattgtagaattgaagaacatgttcacggaagatgcaattgaaggat |
14049280 |
T |
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| Q |
270 |
acaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatct |
369 |
Q |
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| T |
14049279 |
tcaatgacaacgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctgcattttatggaaaatgtcgatgaccaatatcctgaagggctaaatct |
14049180 |
T |
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| Q |
370 |
taagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggagaaccaacttccaaacaaaatgcttgagattctatgc |
454 |
Q |
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| T |
14049179 |
taagtttgatcaattgatgtacatatggagagatgttaagttgttggagaaccaacttccataccaaatgcttgagattatatgc |
14049095 |
T |
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Back To:
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