View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1910_low_27 (Length: 396)

Name: NF1910_low_27
Description: NF1910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1910_low_27
NF1910_low_27
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (15-380)||(5289504-5289869)
chr7 (15-380)||(5310347-5310712)
chr7 (16-380)||(5284258-5284622)
chr7 (16-380)||(5302446-5302810)
chr7 (19-380)||(5315061-5315422)
chr7 (16-380)||(46706796-46707160)
chr7 (175-219)||(32530975-32531019)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-380)||(44128524-44128888)
chr1 (16-380)||(44132729-44133093)
chr1 (16-380)||(44141151-44141515)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-372)||(1492126-1492479)
chr5 (16-380)||(1504927-1505291)
chr5 (19-380)||(1477949-1478310)
chr5 (19-380)||(1482143-1482504)
chr5 (16-380)||(1509074-1509438)
chr5 (37-353)||(1499217-1499533)
chr5 (37-353)||(1486647-1486963)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (25-359)||(24163607-24163941)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (46-380)||(37859202-37859536)
chr3 (46-368)||(37863228-37863550)
chr3 (57-380)||(39030021-39030344)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (61-362)||(35250779-35251080)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 380
Target Start/End: Original strand, 5289504 - 5289869
Alignment:
Q  15 ggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289504 ggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtg 5289603  T
Q  115 ccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtcta 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289604 ccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtcta 5289703  T
Q  215 caccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5289704 caccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtac 5289803  T
Q  315 ctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5289804 ctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacacttggatt 5289869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5310712 - 5310347
Alignment:
Q  15 ggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtg 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310712 ggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtg 5310613  T
Q  115 ccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtcta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5310612 ccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtcta 5310513  T
Q  215 caccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5310512 caccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtac 5310413  T
Q  315 ctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5310412 ctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaacactaggatt 5310347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5284622 - 5284258
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5284622 gggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtac 5284523  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284522 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 5284423  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5284422 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacc 5284323  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5284322 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactaggatt 5284258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5302810 - 5302446
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5302810 gggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgc 5302711  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  5302710 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctac 5302611  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5302610 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacc 5302511  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5302510 tctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactaggatt 5302446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5315422 - 5315061
Alignment:
Q  19 ccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccac 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  5315422 ccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccac 5315323  T
Q  119 ctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacc 218  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5315322 ctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacacc 5315223  T
Q  219 acttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5315222 acttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctct 5315123  T
Q  319 accaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5315122 accaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactaggatt 5315061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Original strand, 46706796 - 46707160
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  46706796 gggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgc 46706895  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  46706896 ctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 46706995  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  46706996 accactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacc 46707095  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  46707096 tctaccaccaccatgtcttgcctggcatccaatgaaggtgccatatattcacaaacactgggatt 46707160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 219
Target Start/End: Original strand, 32530975 - 32531019
Alignment:
Q  175 aagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacca 219  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  32530975 aagagtttagtgagttggtaatcggcacccggcatgtctacacca 32531019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 44128888 - 44128524
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44128888 gggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgc 44128789  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44128788 ctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44128689  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  44128688 accacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacc 44128589  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  44128588 tctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaacactaggatt 44128524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 44133093 - 44132729
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44133093 gggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgc 44132994  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44132993 ctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44132894  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  44132893 accacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacc 44132794  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  44132793 tctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaacactaggatt 44132729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 44141515 - 44141151
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44141515 gggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgc 44141416  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44141415 ctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44141316  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  44141315 accacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacc 44141216  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  44141215 tctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaacactaggatt 44141151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 19 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 1492479 - 1492126
Alignment:
Q  19 ccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccac 118  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  1492479 ccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccac 1492380  T
Q  119 ctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacc 218  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1492379 ctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacacc 1492280  T
Q  219 acttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctct 318  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  1492279 gcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacttct 1492180  T
Q  319 accaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaaca 372  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1492179 accaccaccatgtcttgtctagcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaaca 1492126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1505291 - 1504927
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  1505291 gggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcc 1505192  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  1505191 cacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 1505092  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  1505091 accacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgaccccattcttttatagcttttacggcagcctcctttcctagtctaggtacc 1504992  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1504991 tctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtattcacaaacactgggatt 1504927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1478310 - 1477949
Alignment:
Q  19 ccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccac 118  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  1478310 ccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccac 1478211  T
Q  119 ctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacc 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  1478210 ctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacacc 1478111  T
Q  219 acttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctct 318  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  1478110 acttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacttct 1478011  T
Q  319 accaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  1478010 accaccaccatgtcctgcctagcatccaatgacggtgccatgtattcacatacacttggatt 1477949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1482504 - 1482143
Alignment:
Q  19 ccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccac 118  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  1482504 ccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccac 1482405  T
Q  119 ctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacc 218  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1482404 ctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacacc 1482305  T
Q  219 acttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctct 318  Q
    ||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  1482304 acttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggcacctct 1482205  T
Q  319 accaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||    
T  1482204 accaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtattcgcatacactaggatt 1482143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1509438 - 1509074
Alignment:
Q  16 gggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgc 115  Q
    |||||||  |||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||    
T  1509438 gggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgc 1509339  T
Q  116 cacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctac 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| || ||||| || ||||||||||  ||||||| ||| || ||    
T  1509338 cacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaac 1509239  T
Q  216 accacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacc 315  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||||    
T  1509238 accacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttatagccttcactgcaacctcttttcctagcctaggtacc 1509139  T
Q  316 tctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||  |||||||| |||||||    
T  1509138 tttacaaccaccatgtcttgcctagcatccaatgatggtgccgtataagcacaaacattgggatt 1509074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 37 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1499533 - 1499217
Alignment:
Q  37 gtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgtt 136  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||    
T  1499533 gtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagtt 1499434  T
Q  137 ggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgat 236  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||   ||||||||  ||    
T  1499433 ggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaat 1499334  T
Q  237 taagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgc 336  Q
    ||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  1499333 taaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtatctctaccgccatcatgtcttgc 1499234  T
Q  337 cttgcatccaatgaagg 353  Q
    || |||||||| |||||    
T  1499233 ctagcatccaaagaagg 1499217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 37 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1486963 - 1486647
Alignment:
Q  37 gtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgtt 136  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||    
T  1486963 gtgacttcagaacatattaccaacacaagagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgtt 1486864  T
Q  137 ggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgat 236  Q
    |||| |||||||||| ||||||||  || | |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||||  ||    
T  1486863 ggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatat 1486764  T
Q  237 taagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgc 336  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || |||  ||||||||||||||||    
T  1486763 taagtgtgtaatctttgactttggttggccctattcttttatagctttcactgcagcctcatttcctagcctaggcacgtctcgcaccaccatgtcttgc 1486664  T
Q  337 cttgcatccaatgaagg 353  Q
    || |||||||| |||||    
T  1486663 ctagcatccaaagaagg 1486647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Original strand, 24163607 - 24163941
Alignment:
Q  25 aatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaa 124  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  24163607 aatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaa 24163706  T
Q  125 aacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |    
T  24163707 aacacccttgttggtacatcatatacctttttacacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttat 24163806  T
Q  225 ggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccacc 324  Q
     |||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||| ||||||| |||    
T  24163807 agtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgactttggttggccccattcttttatagccttcacggctgcctcctttcctagtcttggtgcctctactacc 24163906  T
Q  325 accatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccat 359  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  24163907 accatgtcttgcctagtatccaaagaaggtgccat 24163941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 46 - 380
Target Start/End: Original strand, 37859202 - 37859536
Alignment:
Q  46 gaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatca 145  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  37859202 gaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatca 37859301  T
Q  146 tataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagt 245  Q
    | || |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||| ||| | ||| ||    
T  37859302 tgtaacgcttcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggt 37859401  T
Q  246 aatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatcc 345  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||   ||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  37859402 aatcttggacttaggttgaccccattccttgatggcctttgttgctgcctcttttcctagtcttggtacctccacaaccaccatgtcttgtcttgcatcc 37859501  T
Q  346 aatgaaggggccatgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| |||||    
T  37859502 aatgaaggtgccatgtactcgcatacacttggatt 37859536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 368
Target Start/End: Original strand, 37863228 - 37863550
Alignment:
Q  46 gaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatca 145  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  37863228 gaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatca 37863327  T
Q  146 tataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagt 245  Q
    |||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||  |||||    
T  37863328 tataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagt 37863427  T
Q  246 aatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatcc 345  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||   |||||| || || |||||  | ||||| || || |||||||| || || |||||||||    
T  37863428 aatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttgttgcagcctcttttcctagctttggtacttccacaaccaccatatcctgtcttgcatcc 37863527  T
Q  346 aatgaaggggccatgtattcaca 368  Q
    || ||||| ||||| || |||||    
T  37863528 aacgaaggtgccatatactcaca 37863550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 39030344 - 39030021
Alignment:
Q  57 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttc 156  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||     
T  39030344 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 39030245  T
Q  157 acatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 256  Q
    |||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||| | ||||||    
T  39030244 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgact 39030145  T
Q  257 ttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggc 356  Q
    | |||||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || || ||  | ||||| ||  | ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||    
T  39030144 taggttgaccccattcattgatagcctttattgctgcttcttttccgagctttggtacttcctcaaccacaatgtcctgtcttgcatccaaagaaggtgc 39030045  T
Q  357 catgtattcacaaacactgggatt 380  Q
    |||  | ||||||| ||| |||||    
T  39030044 cataaactcacaaaaacttggatt 39030021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 61 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 35251080 - 35250779
Alignment:
Q  61 acacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacat 160  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||      
T  35251080 acacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccg 35250981  T
Q  161 atggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttgg 260  Q
    | |||||||| || |  | ||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||  ||||||  || | |||||| ||||| ||||||||    
T  35250980 acggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttgg 35250881  T
Q  261 ttgaccccattcttttatagctttcactgcagcttccttgcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatg 360  Q
    |||||||||||| || || |||||   ||| ||||| || ||||  || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  35250880 ttgaccccattccttgatcgcttttgttgctgcttcttttcctaaccttggcacctctactaccaccatatcttgtcttgcatccaatgatggtgccatg 35250781  T
Q  361 ta 362  Q
    ||    
T  35250780 ta 35250779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University