View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1910_low_9 (Length: 575)

Name: NF1910_low_9
Description: NF1910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1910_low_9
NF1910_low_9
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (19-571)||(29965018-29965570)
chr5 (19-571)||(30009228-30009780)
chr5 (25-542)||(29953779-29954296)
chr5 (93-555)||(30007314-30007776)
chr5 (66-568)||(30001185-30001684)
chr5 (95-553)||(30043224-30043682)
chr5 (93-555)||(29995525-29995986)
chr5 (93-559)||(30067739-30068205)
chr5 (100-552)||(29946808-29947261)
chr5 (19-568)||(29944820-29945372)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (341-432)||(31890612-31890703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 29965570 - 29965018
Alignment:
Q  19 tttaccagtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtg 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965570 tttactagtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtg 29965471  T
Q  119 caagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcacc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29965470 caaatgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaattggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaagcaatgcacc 29965371  T
Q  219 aattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtcctt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  29965370 aattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattgctgtcctt 29965271  T
Q  319 gataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965270 gataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcgttttctaaccaaatatttgaatctctccctatagcccatgcatttactat 29965171  T
Q  419 aactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29965170 aactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggtaaagtcttaatgtc 29965071  T
Q  519 tcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattcttcgac 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29965070 tcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcattctcttcgac 29965018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 571
Target Start/End: Original strand, 30009228 - 30009780
Alignment:
Q  19 tttaccagtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtg 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009228 tttactagtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtg 30009327  T
Q  119 caagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcacc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30009328 caaatgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaattggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaagcaatgcacc 30009427  T
Q  219 aattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtcctt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30009428 aattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattgctgtcctt 30009527  T
Q  319 gataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009528 gataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcgttttctaaccaaatatttgaatctctccctatagcccatgcatttactat 30009627  T
Q  419 aactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30009628 aactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggtaaagtcttaatgtc 30009727  T
Q  519 tcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattcttcgac 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  30009728 tcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcattctcttcgac 30009780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 25 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 29954296 - 29953779
Alignment:
Q  25 agtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtg 124  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  29954296 agtaataaacttattgcatacaagcataatattgtccttcttgaacctattcaaccctgtcatcacatgccaaacgataagtcggtattacatgcaagtg 29954197  T
Q  125 ttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattga 224  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||     
T  29954196 ttgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattcaaattggaaggactgatattatatggaagttcccaatcaaaacaatgcaccaattgg 29954097  T
Q  225 gctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataat 324  Q
    || | ||| ||  |||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  29954096 gcaataaccaacttaacggtcactaaacccgattgaattccaggacaacgtctgcggccagaaccaaatggtagagattcaaactcttgtccttgataat 29953997  T
Q  325 tcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcg 424  Q
    ||||||||||  || | ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29953996 tcattttcttgccaatgaatctctctgggtaaaattcttcggcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcg 29953897  T
Q  425 tgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatca 524  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||| |    
T  29953896 agtcttttcctttataaaatatccatcaattgttacactctctctacattcacgagggagtaataagggtgcaacagggtaaagtcttaaagtttcatga 29953797  T
Q  525 accaccatatctaagtaa 542  Q
    |||||||| |||||||||    
T  29953796 accaccatctctaagtaa 29953779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 93 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 30007776 - 30007314
Alignment:
Q  93 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  30007776 tccaaacgataactcggtattgcctgcaaatgctgagctcttggtatagagagtccaaatttctcctccatattcaaattggaaggactaatattatgtg 30007677  T
Q  193 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 292  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||  |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30007676 gaagttcccagttaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacgataattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaaccaaa 30007577  T
Q  293 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 392  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||    
T  30007576 tggtatagattcaaactcatgtccttgataattcattttcttgtcaataaatctctctgggtaaaattcatcagcattttctgaccaaacgttacaatct 30007477  T
Q  393 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 492  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30007476 ctcccaatagcccatgcatttactataactcgagtctttttcgttataaaatatccatcaattgttatgctctctctacattcacgagggattaataagg 30007377  T
Q  493 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 555  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30007376 gtccaacaggataaagtcttaaggtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaacttcttca 30007314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 66 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 30001684 - 30001185
Alignment:
Q  66 tggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatat 165  Q
    |||| ||||||||||||  |||||   |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  30001684 tggaactattcaagcttagcatca---tccaaacgataacttggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatat 30001588  T
Q  166 tcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatccc 265  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  |||| |||| || |||||||||||| ||    
T  30001587 tcaaattggaaggactaatattatgtggaagttcccagttaaagcaatgcacgaattgagctataaccaacttaaccgtaatcatacccaattgaattcc 30001488  T
Q  266 aggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatca 365  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| || |||    
T  30001487 aggacaacgtctacgaccagaaccaaatggtatagattcaaactcttgtccgagataattcatttttttctcaataaatctctctgggtaaaattcttca 30001388  T
Q  366 gcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgcttt 465  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| | |    
T  30001387 gcattttctgaccaaacatcaggatctctcccaattgcccatgcatttactataactcgtgtcttttcttttatagaataatcatcaattgttatgttct 30001288  T
Q  466 ctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattc 565  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||| |||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||    
T  30001287 ctctacattcacgagggattaataaaggtgcaacaggataaagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaggtaattaaaattcttcaaatccttttc 30001188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 95 - 553
Target Start/End: Original strand, 30043224 - 30043682
Alignment:
Q  95 caaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtgga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  30043224 caaacgataactcggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattcaaattggagggactaatattatgtgga 30043323  T
Q  195 agttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatg 294  Q
    |||||||| |||||  |||| |  |||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  30043324 agttcccagttaaaacaatggataaattgagctataaccaatttaacagtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaaccaaatg 30043423  T
Q  295 gtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctct 394  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||   |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  30043424 gtatagattcaaactcttgtccaagataattcatttttttctctacaaatctctctgggtaaaattctttagcattttctgaccaaacattaggatctct 30043523  T
Q  395 ccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggt 494  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||| | || ||| |||    
T  30043524 ccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattgttgtgctctctctagattcacgagggactagtaacggt 30043623  T
Q  495 ccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttctt 553  Q
     | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30043624 gctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttctt 30043682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 93 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 29995986 - 29995525
Alignment:
Q  93 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 192  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||   ||||  |||||||||||||    
T  29995986 tccaaacgataacttggtattgcatgcaaatgttgagttcttggtatagtgagtccaaatttttcctccatattcaaactagaagaactaatattatgtg 29995887  T
Q  193 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 292  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  |||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  29995886 gaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgactagaaccaaa 29995787  T
Q  293 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 392  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||    
T  29995786 tggtatagattcaaactcttgtccgagataattcagttt-ttctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggatct 29995688  T
Q  393 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 492  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| | |||||||| | || ||| |    
T  29995687 ctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaatg 29995588  T
Q  493 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 555  Q
    || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29995587 gtgcaacagggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttcttca 29995525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 93 - 559
Target Start/End: Original strand, 30067739 - 30068205
Alignment:
Q  93 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 192  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | || |||||||||||||    
T  30067739 tccaaacgataacttggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattcaaattgaatggactaatattatgtg 30067838  T
Q  193 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 292  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  30067839 aaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacagtagttaaacccaattgaattccagggcaacgtctacgaccataatcaaa 30067938  T
Q  293 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 392  Q
    ||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  30067939 tggtaaactttcaaactcttgtctttgataattcattttcttttcaataaatctctttggataaaattcttcagcattttctgaccaaacattaggatct 30068038  T
Q  393 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 492  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||| | |||| | || |||||    
T  30068039 ctccctattgcccatgcatttaccataattctcgtcttttcctttataaaataatcatcaattgttatgttctctctacatttaggagggactagtaagg 30068138  T
Q  493 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatc 559  Q
    || |||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30068139 gtgcaacaggatacagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatc 30068205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 100 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 29947261 - 29946808
Alignment:
Q  100 gataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatag--tgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||    
T  29947261 gataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggaatagagtga-tctaaatttctcctccatattcaaattggaaggactaatattacatggaagt 29947163  T
Q  198 tcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggta 297  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| | | |||  || | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29947162 tcccaattaaagcaatgtaccaattgagctataaccattttaattgtgatcaaacccatttcaattccaggacaacgtctacgaccagaaccaaatggta 29947063  T
Q  298 tagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccc 397  Q
    |||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| ||| || |||  |||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  29947062 tagatttaaacttatgtccttcataattcattttcatgtcaataaatctttctggatgaaattcttcataattttctgaccaaacactagaatctctctc 29946963  T
Q  398 tatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtcca 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  29946962 tatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttccattataaaatatccatcaattgttatactctctctacattcacgagggagtaacaagggtgca 29946863  T
Q  498 acggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttct 552  Q
    || |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29946862 acagggtaaagtcttaaagtttcatgaaccaccatatctaagtaacttaacttct 29946808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 29945372 - 29944820
Alignment:
Q  19 tttaccagtaataaacttgttgaatacaagcataataatgtcctttatggaccta---ttcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgc 115  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| |  |||| |||   |||||||||  |||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  29945372 tttactagtaataaccttgttgaatgcaaacataatattgtccctcttggaactactattcaagcttgccatcacctgccaaacgataacttggtattgc 29945273  T
Q  116 gtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgc 215  Q
    ||| ||||||||||| ||  ||||||    |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  29945272 gtgtaagtgttgagctctatgtatagattgtccaaatttctcatccatgttcaaattagaaggactaatattatatggaagtttccaattaaagcaatgc 29945173  T
Q  216 accaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtc 315  Q
    |||||||||||||     || ||||||||   |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  29945172 accaattgagctatgcttaacctaacagtcctcaaagccaattgaattccagggcaacgcctacgaccaaatccaaatggtatactttcaaactcttgtc 29945073  T
Q  316 cttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttac 415  Q
    ||| |||||||| |||||||| | |||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |   ||||||||||    
T  29945072 cttcataattcaatttcttattaataaacctctctggacaaaattcttcagcattttctgaccaaacattaggatctctcgctattgtaaatgcatttac 29944973  T
Q  416 tataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| || | |||||||||     
T  29944972 tataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaa 29944873  T
Q  516 gtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattcttc 568  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  29944872 gtttcatcaaccaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttttcttc 29944820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 341 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 31890703 - 31890612
Alignment:
Q  341 aaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtctttt 432  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||| | ||||||||||| || || || ||||||||    
T  31890703 aaatctctctggataaaacgtctcagcattatccgaccaaacattagtgtctctccctattgtccatgcatttattaaaattcttgtctttt 31890612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University