View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1911_low_51 (Length: 258)

Name: NF1911_low_51
Description: NF1911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1911_low_51
NF1911_low_51
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (17-243)||(2690730-2690956)
chr7 (17-241)||(2099723-2099947)
chr7 (17-241)||(2126983-2127207)
chr7 (17-241)||(2073996-2074220)
chr7 (17-241)||(2139589-2139813)
chr7 (17-241)||(2066896-2067120)
chr7 (17-241)||(2136357-2136580)
chr7 (69-243)||(2115133-2115307)
chr7 (17-211)||(2244587-2244781)
chr7 (17-235)||(2058624-2058842)
chr7 (85-160)||(1695681-1695756)
chr7 (87-243)||(2119851-2120007)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (87-150)||(24031851-24031914)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 2690956 - 2690730
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2690956 ctgtgctggaattccaagctgccgttttaggataaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2690857  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2690856 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataaaggaaaagaaattttactaacaaaaca 2690757  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtatct 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  2690756 agagaccagacaaacaccattgtatct 2690730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2099723 - 2099947
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2099723 ctgtgctggagttccaagatgctgtttttggataaccgagaagattatcagaggctaagttattgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2099822  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   | ||  || ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  2099823 gctttcatattgatgacactttggctgaatttgaggaaaacatgtagtaaatgtgaaagtgaaaagtgaatacaggaaaagaaattttagtaacaaaaca 2099922  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  2099923 agagacctgacaaacaccattgtat 2099947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2126983 - 2127207
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2126983 ctgtgctggaattccaagatgatgttttaggataaccaagaagatcatcagaggctaagttattgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2127082  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   | ||  || ||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  2127083 gctttcatattgatgacactttggctgaatttgaggaaaacatgtagtaaatgtgaaagtgaaaagtgaatacaggaaaagaaattttagtaacaaagca 2127182  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  2127183 agagacctgacaaacaccattgtat 2127207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2073996 - 2074220
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2073996 ctgtgctggaattccaagatgatgttttaggataaccaagaagatcatcagaggctaagttattgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2074095  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    ||||||||    |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||   | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2074096 gctttcatcaccatgacactttggatgaatttgaggaaaacatgtagtaaatgcgaaagagaagagtgaataaagaaaaagaaattttactaacaaaaca 2074195  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  2074196 agagacctgacaaacaccattgtat 2074220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2139589 - 2139813
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2139589 ctgtgctggaattccatgatgctgttttaggataaccaagaagcttatcagaggcaatcttgttgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2139688  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||   | ||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  2139689 gctttcatattgatgacactttggctgaatttgaggtaaagatgtagtaaatgtgaaagagaaaagtgaataaaggaaaagaaattttacaaacaaaact 2139788  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
     ||||||| ||||||||||||||||    
T  2139789 tgagaccatacaaacaccattgtat 2139813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2066896 - 2067120
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||||| |   | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2066896 ctgtgctggaattccaagatgctgttttaggaaaaccaagaagcttatcagaggcaatcctgttgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2066995  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   | | | || |||||||   | ||||||||||||| ||||||||||    
T  2066996 gctttcatattgatgacactttggctgaatttgaggaaaacatgtagtaaatgtgaaacagaaaagtgaatgcagtaaaagaaattttagtaacaaaaca 2067095  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  2067096 agagacctgacaaacaccattgtat 2067120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Original strand, 2136357 - 2136580
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2136357 ctgtgctggaattccaagatgatgttttaggataaccaagaagatcatcagaggctaagttattgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 2136456  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||   | ||| |  ||||||||| |||||| |||  |||| |||||||||    
T  2136457 gctttcatattgatgacattttggctgaatttgaggtaaacatgtagtaaatgtgaaagagagaagtgaataa-ggaaaaaaaaaattacaaacaaaaca 2136555  T
Q  217 agagaccagacaaacaccattgtat 241  Q
     ||||||| ||||||||||||||||    
T  2136556 tgagaccacacaaacaccattgtat 2136580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 69 - 243
Target Start/End: Original strand, 2115133 - 2115307
Alignment:
Q  69 ggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatggctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaat 168  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2115133 ggctaagttattgatgacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatggctttcatcaccatgacactttggatgaatttgaggaaaacatgtagtaaat 2115232  T
Q  169 aaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaacaagagaccagacaaacaccattgtatct 243  Q
       | ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  2115233 gtgaaagagaaaagtgaataaaggaaaagaaattttagtaacaaaacaagagacctgacaaacaccattttatct 2115307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2244781 - 2244587
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||||||  | ||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  2244781 ctgtgctggaattccatgaagctgttttcggataacttagaagatttgctgaggctaagttattaatgacaaagccttgctttaattgcaacaaagcttg 2244682  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaa--taaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaaca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  | |||||||||||  ||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  2244681 gctttcatattgatgacactttggctgaatttgatgaaaacatgtagtaaatgtgaaagagaaaat--tgaataaaggaatataaattttactaaca 2244587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 235
Target Start/End: Original strand, 2058624 - 2058842
Alignment:
Q  17 ctgtgctggaattccaagatgctgttttagggtaaccgagaagattatccgaggctaggttattgataacaaagccttccttaaattgcaacaaggcatg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| | |  || ||||||   || |||||   |||||||||||||||||| || || |||||    
T  2058624 ctgtgctggaattccaagatgctgctttaggataactgagagggtactcggaggctttcttgttgatgttaaagccttccttaaattgtaagaaagcatg 2058723  T
Q  117 gctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtgaataatggaaaagaaattttactaacaaaaca 216  Q
    ||||||||    |||||||||||||| ||||  || |||||||| |||||||   | ||  || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  2058724 gctttcatcatcatgacactttggcttaattaaagaaaaacatgtagtaaatgtgaaagtgaaaagtgaataaaggaaaagaaattttacaaacaaaaca 2058823  T
Q  217 agagaccagacaaacacca 235  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2058824 agagaccagacaaacacca 2058842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 1695756 - 1695681
Alignment:
Q  85 acaaagccttccttaaattgcaacaaggcatggctttcatatggatgacactttggctgaatttcaggaaaacatg 160  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  1695756 acaaagccttccttaaattgtaacaaggcatggctttcatcttgatgacactttggctgaactaaaggaaaacatg 1695681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 243
Target Start/End: Original strand, 2119851 - 2120007
Alignment:
Q  87 aaagccttccttaaattgcaacaaggcatggctttcatatggatgacactttggctgaatttcagg-aaaacatgcagtaaataaaagagaaaatagtga 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |  | |||||||||| ||||||  ||| |||||||| ||||| ||  | ||| || | |||    
T  2119851 aaagtcttccttaaattgcaacaaggtatggc-ttcatctatacgacactttggttgaattaaaggaaaaacatgtagtaattatgaaagagaacaatga 2119949  T
Q  186 ataatggaaaagaaattttactaacaaaacaagagaccagacaaacaccattgtatct 243  Q
     ||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  2119950 gtaaaggaaaagaaactggactaaaaaaacaagagaccacagaaacaccattctatct 2120007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 150
Target Start/End: Original strand, 24031851 - 24031914
Alignment:
Q  87 aaagccttccttaaattgcaacaaggcatggctttcatatggatgacactttggctgaatttca 150  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| || || ||||||||||    
T  24031851 aaagtcttccttaacttgcaacagggcatggctttcatattcatgaccctatgactgaatttca 24031914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University