View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19122_high_3 (Length: 862)

Name: NF19122_high_3
Description: NF19122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19122_high_3
NF19122_high_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-862)||(45173345-45174206)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 45174206 - 45173345
Alignment:
Q  1 taaagctttaaagcatctaagatacgaannnnnnncgatctatatgctgctcaaccgtcacttttttcaagcaatatgtatgtcggacttacgactcaca 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| || |||||    
T  45174206 taaagctttaaa-catctaagatacaaatttttttcgatctatatgttgctcaaccgtcacttttttcaagcaagatatatgtctgacttatgattcaca 45174108  T
Q  101 cttgttagacaatataatgtttggataaaatgtaaatttggtgaaacaccgtacaaaataaggagagttgcggcaattttaggtgccattaaatgccgtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45174107 cttgttagacaatataatgtttggataaaatgttagtttggtgaaacactgtacaaaacaaggagagttgcggcaattttaggtgccataaaatgtcgtg 45174008  T
Q  201 gctcaaattgccactattttacgttggttccacttatgtcatggatacaggcactgttagcacctattgtggcggtttgaacacctgccgcacaactgtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45174007 gctcaaattgccactattttacgctggttccacttatgtcatggatacaggcactgtcagcacctattgtggcggtttgaacacctgccgcacaactgtt 45173908  T
Q  301 ggaaacgacctataacattttatatttgtgtttgtgaccatgtaag-annnnnnngtttaaattaatgtaacttaccaatataactaatctttatacata 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  45173907 ggaaacgacctataacattttatatttgtgtttgtgaccatgtaagcatttttttgtttaaattaatgtaacatgctaatataactaatctttatacata 45173808  T
Q  400 ataccgtaattttgttgaaaatctaaggtgtatagtttttgtcaaatctacattgttgatttgtcacacagtaatttggttaaactcgcagtaaatacaa 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45173807 ataccgtaattttgttgaaaatctaaggtgtatagtttttgtcaaatctacattgttgatttgtcacacagtaattttgttaaactcgcagtaaatacaa 45173708  T
Q  500 acatgcactaaattttgctttctagcaaattggaaatgccttaaaaagtatggagnnnnnnnnngttaagggataaaaagtttggacctatcctgtttta 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45173707 acatgcactaaattttgctttctagcaaattggaaatgccttaaaaagtatggagtttttttttgttaagggataaaaagtttggagctatcctgtttta 45173608  T
Q  600 tttttcccctttcacgaaaagtgtttaaagtgttatcttgggacatataaacctgaggaagggatacttcagttttatgttataccgtgttcatactctt 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45173607 tttttcccctttcacgaaaagtgtttaaagtgttatcttgggacatataaacctgaggaagggatatttcagttttatgttataccgtgttcatactctt 45173508  T
Q  700 atcattcatgttttcgtcggttttaagaatataaagataaaaagaataaactcgattgaacaatgtccataccttcaataaattgaaagacaacaatatc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45173507 atcattcatgttttcgtcggttttaagaatataaagataaaaagaataaactcgattgaacaatgtccataccttcaataaattgaaagacaacaatatc 45173408  T
Q  800 caacgaccatacctatgcttttcgtaagtgtattacaattatattatactcagatttattttt 862  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45173407 caatgaccatacctatgcttttcgtaagtgtattacaattatattatactcagatttattttt 45173345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University