View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19122_low_4 (Length: 752)

Name: NF19122_low_4
Description: NF19122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19122_low_4
NF19122_low_4
[»] chr4 (33 HSPs)
chr4 (1-752)||(55908345-55909094)
chr4 (1-568)||(546828-547395)
chr4 (295-496)||(1524397-1524598)
chr4 (231-459)||(1600443-1600671)
chr4 (322-608)||(553354-553640)
chr4 (252-568)||(7225751-7226067)
chr4 (297-493)||(659701-659895)
chr4 (223-607)||(640791-641172)
chr4 (252-509)||(8186959-8187216)
chr4 (223-487)||(1548265-1548527)
chr4 (384-511)||(8184030-8184157)
chr4 (2-70)||(1600814-1600882)
chr4 (241-312)||(12121314-12121385)
chr4 (304-562)||(53761692-53761947)
chr4 (322-455)||(12116513-12116646)
chr4 (238-401)||(6006409-6006573)
chr4 (346-568)||(55505070-55505289)
chr4 (293-496)||(1552676-1552879)
chr4 (241-312)||(1504968-1505039)
chr4 (385-476)||(1519143-1519234)
chr4 (241-351)||(558630-558740)
chr4 (238-503)||(3438420-3438684)
chr4 (390-503)||(7307840-7307953)
chr4 (1-113)||(3438269-3438381)
chr4 (223-486)||(532186-532443)
chr4 (241-312)||(1489218-1489289)
chr4 (438-592)||(566080-566234)
chr4 (292-357)||(1533898-1533963)
chr4 (385-493)||(1513408-1513516)
chr4 (238-277)||(570737-570776)
chr4 (385-456)||(12121458-12121529)
chr4 (292-338)||(1495830-1495876)
chr4 (327-496)||(570338-570507)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-752)||(1037281-1038032)
chr2 (135-468)||(32785526-32785856)
chr2 (293-562)||(45244994-45245263)
chr2 (244-317)||(44575459-44575532)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (117-752)||(354-992)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (223-569)||(51764282-51764625)
chr3 (303-568)||(51113700-51113965)
chr3 (230-568)||(13470581-13470916)
chr3 (325-560)||(51120834-51121069)
chr3 (1-376)||(514345-514720)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-124)||(276-399)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (244-562)||(18315133-18315451)
chr8 (390-562)||(27922429-27922601)
chr8 (223-496)||(32151288-32151558)
chr8 (3-277)||(17627678-17627952)
chr8 (124-469)||(17636137-17636486)
chr8 (390-484)||(17628020-17628114)
chr8 (304-526)||(34936083-34936305)
[»] chr6 (25 HSPs)
chr6 (222-560)||(6432084-6432419)
chr6 (223-587)||(6594448-6594809)
chr6 (303-568)||(14820608-14820873)
chr6 (243-560)||(7119080-7119394)
chr6 (243-560)||(7131558-7131872)
chr6 (4-562)||(7993805-7994360)
chr6 (303-560)||(6394787-6395044)
chr6 (303-568)||(6402775-6403040)
chr6 (223-562)||(6426432-6426768)
chr6 (408-569)||(14818296-14818457)
chr6 (231-541)||(6409948-6410255)
chr6 (303-562)||(6585156-6585415)
chr6 (303-568)||(6415881-6416146)
chr6 (238-568)||(10579593-10579921)
chr6 (378-562)||(19632360-19632544)
chr6 (295-578)||(11936186-11936469)
chr6 (295-578)||(11948166-11948449)
chr6 (412-562)||(6603230-6603380)
chr6 (1-119)||(6596566-6596684)
chr6 (226-352)||(9411483-9411609)
chr6 (303-484)||(6596847-6597028)
chr6 (438-487)||(14802332-14802381)
chr6 (223-512)||(6423188-6423474)
chr6 (1-35)||(6432596-6432630)
chr6 (1-35)||(8913689-8913723)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-541)||(19468125-19468656)
chr1 (420-556)||(7554415-7554551)
chr1 (226-608)||(9586514-9586893)
chr1 (1-120)||(29658573-29658692)
chr1 (1-120)||(29691088-29691207)
chr1 (1-120)||(29718600-29718719)
chr1 (226-352)||(9581199-9581325)
chr1 (226-282)||(29658807-29658863)
chr1 (1-113)||(33160874-33160986)
chr1 (438-555)||(29718977-29719094)
chr1 (226-282)||(29691322-29691378)
chr1 (226-282)||(29718834-29718890)
chr1 (223-282)||(30827308-30827367)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (223-541)||(41889393-41889711)
chr5 (293-562)||(32267396-32267662)
chr5 (223-553)||(41901377-41901704)
chr5 (411-568)||(20478109-20478266)
chr5 (238-279)||(37938092-37938133)
chr5 (87-170)||(32267785-32267868)
chr5 (206-279)||(38267378-38267451)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (303-555)||(10614521-10614773)
chr7 (304-560)||(15092071-15092327)
chr7 (448-562)||(10170145-10170259)
chr7 (448-562)||(10177670-10177784)
chr7 (1-113)||(10169756-10169868)
chr7 (1-113)||(10177281-10177393)
chr7 (297-349)||(7977712-7977764)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (308-477)||(1388-1560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 752
Target Start/End: Original strand, 55908345 - 55909094
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908345 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattga 55908444  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908445 ggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaatttttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 55908544  T
Q  201 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908545 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 55908644  T
Q  301 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908645 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagt 55908744  T
Q  401 tcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908745 tcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctg 55908844  T
Q  501 gaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908845 gaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatg 55908944  T
Q  601 ccaatgttactgcatcggcggtgttttcaaacacgtcattaagaaagggaactgctccccctccttttataatcagcgatagagagatgaaactctttta 700  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  55908945 ccaatgttactgcatcggtggtgttttcaagcacgtcattaagaaaggtaactgctccacctcattttagaatcagcgatagagag--gaaactcttgta 55909042  T
Q  701 gcgtcaaggatgtcttgtttttcaacatttttaatgtatcctgctaaagttt 752  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55909043 gcgtcaaggatgtcttgttttccaacattttgaatgtatcctgctaaagttt 55909094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 547395 - 546828
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| |    |||||| | |  ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  547395 tgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtga 547296  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 200  Q
      |||||||||||| |||||   | |||    |||||||||| |||||||||||||  | ||||| |||| ||| || |||||| ||||| ||||||||     
T  547295 gatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttg 547196  T
Q  201 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 300  Q
    |||   ||||      ||  | |||||| ||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||| || |  || | |||||||||||    
T  547195 gctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctg 547096  T
Q  301 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctag-agtgaaactacttagaataaactttaaag 399  Q
    ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||| || | |||| ||| |||||| ||| || |||| |||||| |||    
T  547095 aagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtt-tagtagtgaacctatttggaatgaactttgaag 546997  T
Q  400 ttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttct 499  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||||||| ||||  |||  ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  || |||| ||    
T  546996 ttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T
Q  500 ggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    |||| | |||  | | ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||| |||| |||||    
T  546896 ggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagaga 546828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 295 - 496
Target Start/End: Original strand, 1524397 - 1524598
Alignment:
Q  295 tatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactt 394  Q
    |||||||||||||||||  | | ||| ||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||||| | |  |||| | | |||| |||||    
T  1524397 tatctgaagaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactt 1524496  T
Q  395 taaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactg 494  Q
    | |||||||  | || |||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||| ||||||    
T  1524497 tgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactg 1524596  T
Q  495 tt 496  Q
    ||    
T  1524597 tt 1524598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 231 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 1600671 - 1600443
Alignment:
Q  231 atcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagat 330  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1600671 atcataatgtttgcttccaattttcccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagat 1600572  T
Q  331 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 430  Q
     || |||  ||||||||||||| |||||| | ||||| | | |||| || |   |||| |||||| |||||| | || | |||||||| ||||||||| |    
T  1600571 tttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcata 1600472  T
Q  431 tacatgtgttgatgatgaaacactctata 459  Q
    |||| | ||||| |||||| |||||||||    
T  1600471 tacaagggttgacgatgaagcactctata 1600443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 322 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 553640 - 553354
Alignment:
Q  322 taaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 421  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||  ||| || | | |||||||||||||   || | |||||||| ||    
T  553640 taaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaa 553541  T
Q  422 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcaca 521  Q
    |||||||  |||| | |||||||||||| ||||  || |||| ||||| | ||||| ||||||||| ||||||||  ||    |||||  ||| ||||||    
T  553540 cttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgttgttgttttattgtagtgatgtcaca 553441  T
Q  522 gagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgtt 608  Q
    || || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  553440 gataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgtgataaagtgcatgcaaatgtt 553354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 252 - 568
Target Start/End: Original strand, 7225751 - 7226067
Alignment:
Q  252 ttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttga 351  Q
    |||||||||||| |  | |||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  7225751 ttccccaatttggagctgcttgatttgagctcttcccataacatgtatgaagaaggggtttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttga 7225850  T
Q  352 atttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaac 451  Q
    | ||| |||||||| | |||||||| ||||  |  || |||||| ||||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||  ||      
T  7225851 acttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaagg 7225950  T
Q  452 actctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaac 551  Q
    |||   | |||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||  ||| ||||| ||||| ||  |||| || || || ||||||    
T  7225951 acttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgttttgaggtcaccgagaagggattgaagcacgtggtagaaaac 7226050  T
Q  552 tgcacacaactcagaga 568  Q
    ||||  ||||| |||||    
T  7226051 tgcaagcaactgagaga 7226067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 297 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 659895 - 659701
Alignment:
Q  297 tctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaacttta 396  Q
    |||||||||| |||| || || || ||||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||| |||||| |||| ||| ||||    |||||| |||     
T  659895 tctgaagaagatattggtcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttg 659796  T
Q  397 aagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaact 493  Q
    |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||  |||| |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  659795 aagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggttttacaact 659701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 223 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 641172 - 640791
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |  || |||||||||||    ||  || || ||||||||| |   |||| | ||||| |    
T  641172 atgaaaacataataatgtttgcttccatgttcccaaatttacggttgcttgatttgagtgattgtgatcacgtatctgaagga---atttttcaagtttt 641076  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||   |||  | |||| || |||||| |||| || ||| || | ||   ||| |||||||| |||    
T  641075 aaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaac 640976  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    |||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||  |||| ||||| || ||||| |||||| ||||| || | || |||     
T  640975 ttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtcattatgtaacaa 640876  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgt 607  Q
    |||| || ||||| ||||| || |||||||||| | || | ||||| ||| ||||   ||||||| |||| |||||||| |||||    
T  640875 agaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgctaatgt 640791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 252 - 509
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187216
Alignment:
Q  252 ttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttga 351  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||    ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||| || ||||  ||||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  352 atttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaac 451  Q
    | |||||||||||| | |||||    ||     |||| |||||| || || |  || | |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8187059 acttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaac 8187158  T
Q  452 actctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgt 509  Q
    ||| |||   || ||||| | ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||    
T  8187159 actttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgt 8187216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 223 - 487
Target Start/End: Original strand, 1548265 - 1548527
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  1548265 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 1548364  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaa-taaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 421  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||     |||  | |||||| |||||| | | | |||||| || ||||  || | |||||||| ||    
T  1548365 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 1548461  T
Q  422 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 487  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||    
T  1548462 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 1548527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 384 - 511
Target Start/End: Original strand, 8184030 - 8184157
Alignment:
Q  384 agaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggc 483  Q
    ||||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||||   |||||||| | |||||||||||    
T  8184030 agaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggc 8184129  T
Q  484 ttttacaactgtttctggaaaattgtga 511  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  8184130 ttttggaactgttactggaaaattgtga 8184157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 1600882 - 1600814
Alignment:
Q  2 gtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgc 70  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||    
T  1600882 gtttcttggtgatttggtttctataaaccttagtgaatgtagtatgctcacagaatcagccttgtttgc 1600814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 241 - 312
Target Start/End: Original strand, 12121314 - 12121385
Alignment:
Q  241 ttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtattt 312  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12121314 ttgcttccgttttccccaatttgcaattgcttgatttgagtttttgctataacatatctgaagaaggtattt 12121385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 304 - 562
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761947
Alignment:
Q  304 aaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcc 403  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||| || |||| ||||||  ||||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  404 tgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 503  Q
      |  |||||| ||| |||||||||  |||    ||| | ||| ||||||||  | ||||||| || |||||| |||||||||| ||| | || ||| ||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaa-tattactgaaa 53761888  T
Q  504 aattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
     |||||||| | ||||| || || || ||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  53761889 cattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaact 53761947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 322 - 455
Target Start/End: Original strand, 12116513 - 12116646
Alignment:
Q  322 taaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 421  Q
    ||||||||||||||||  | || ||||  || |||||||||||||| | | | ||||| | |||||| |||||| | |||||  | ||||||||||| ||    
T  12116513 taaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaa 12116612  T
Q  422 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactc 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12116613 cttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 6006573 - 6006409
Alignment:
Q  238 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaa 337  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||| ||| |  | ||||||||||| ||| |  |||||||||| |||||| ||  | ||||| |||||| |||| ||||    
T  6006573 tgtttgcttcagtttgccccaatttacaactcttggatttgagctcttgcgagtacatatctgatgaaggtgttgctcaagttttaaggaaatgtagtaa 6006474  T
Q  338 ggttagacatttgaa-tttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagtt 401  Q
    | ||||||||||||| || | || ||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  6006473 gattagacatttgaacttaaaccaactgttcaagactgaagctacttagaatagactttaaagtt 6006409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 346 - 568
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505289
Alignment:
Q  346 atttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatga 445  Q
    |||||||  ||||||||||||| | |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  || |||||||||| ||||||||| |||||   ||||| ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  446 tgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtc 545  Q
    || |||||| ||| ||| |||||| |||||| |||| ||||| ||  ||||  || ||||| | |||   ||||||||||| || |||||||| ||  |     
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgat---gtcacagagaagggagtgaaacacgtgtta 55505266  T
Q  546 gaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  55505267 gaaaactgcacacaactaagaga 55505289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 496
Target Start/End: Original strand, 1552676 - 1552879
Alignment:
Q  293 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcc--tactgttctag-agtgaaactacttagaata 389  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   |||||||||| ||||||||||||| ||||||  || | || ||| || ||| |||||| || |     
T  1552676 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttggactg 1552772  T
Q  390 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 489  Q
    |||||| || ||||  || | || ||||| || ||||||||||||  | || |||||||||||||| || |||| ||||| |||||| |||||||||| |    
T  1552773 aactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggcttttgc 1552872  T
Q  490 aactgtt 496  Q
    | |||||    
T  1552873 agctgtt 1552879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 312
Target Start/End: Original strand, 1504968 - 1505039
Alignment:
Q  241 ttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtattt 312  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  || |||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504968 ttgcttccgttttccccaatttgcaattggttaattttagttattgccataacatatctgaagaaggtattt 1505039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519234
Alignment:
Q  385 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgt 476  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaacacttgt 1519234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 558740 - 558630
Alignment:
Q  241 ttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggt 340  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||| ||  || ||||| ||||| ||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||| |||  |    
T  558740 ttgcttccgttttcccgaatttgaaattgcttgatttgatctattgtcataaaatatcagaaaaaggtatttgtcatgttttaaggacatgttctaacat 558641  T
Q  341 tagacatttga 351  Q
    |||||||||||    
T  558640 tagacatttga 558630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 503
Target Start/End: Original strand, 3438420 - 3438684
Alignment:
Q  238 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaa 337  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||    ||| |  |||||||||| |||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||    
T  3438420 tgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaa 3438519  T
Q  338 ggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgt 437  Q
    | ||||||||||||| |||||    ||||   |||||||  |   |  ||| |||||| | ||| |  |||| ||||| || | ||||||||||||| |     
T  3438520 gattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaaga 3438619  T
Q  438 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 503  Q
    ||||||||| ||| |||| || | |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  3438620 gttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 3438684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 390 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 7307953 - 7307840
Alignment:
Q  390 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 489  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||| |||||   |||||||||||| ||||   |||||||||||| | ||||||| ||||||| |    
T  7307953 aactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggcttttgc 7307854  T
Q  490 aactgtttctggaa 503  Q
    | ||||| ||||||    
T  7307853 acctgttactggaa 7307840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 3438269 - 3438381
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| | |  ||| | ||| | ||| |||| |||||||||||||||| |||    
T  3438269 tgtttcatggtgatttggtgtctataaaccttagtgattgttcgatgctcacaaaattagccttattttcactcattagtaattgtccttcacttagtga 3438368  T
Q  101 cgtcaaaatggaa 113  Q
      | |||||||||    
T  3438369 gataaaaatggaa 3438381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 223 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 532443 - 532186
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||  | || || |||||||  ||  ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |    
T  532443 atgaaagcattataatgtttgcatccattttccccaatttacatatgctggacttgagctattgttataacatatctaaagaaggtatttatcaagtttt 532344  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
     | ||||   |||||| | ||| ||||||| ||| |   || ||| |||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||  |  |||||||||| |||    
T  532343 gaagaga---tgtaagatcagagatttgaacttaac---ctcttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaac 532250  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttt 486  Q
    |||||| |||||    ||||||||||||  || ||| ||| |||||| |||||| ||| |||||    
T  532249 ttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaagaattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 241 - 312
Target Start/End: Original strand, 1489218 - 1489289
Alignment:
Q  241 ttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtattt 312  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1489218 ttgctgcccttttccccaatttgcaattgcttaatttgacttattgctataacatatctgaagaaggtattt 1489289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 566234 - 566080
Alignment:
Q  438 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaac 537  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||||||||| || ||||  ||| || ||  | |  | || |||||||| || |||||||    
T  566234 gttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgcagctgtcactgcaatataatcaaaatgttacagagaagggagtgaaac 566135  T
Q  538 atgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataa 592  Q
    |  | || ||||||||||||||||| |||||| || | |||| ||||||| ||||    
T  566134 acctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgttataa 566080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 357
Target Start/End: Original strand, 1533898 - 1533963
Alignment:
Q  292 acatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttag 357  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||    
T  1533898 acatatctgaagaaggtattagtcatgttttaaggagatgttgtaagatgacacatttgaacttag 1533963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 493
Target Start/End: Original strand, 1513408 - 1513516
Alignment:
Q  385 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 484  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||  | ||||||||   |||| |||||||    
T  1513408 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggct 1513507  T
Q  485 tttacaact 493  Q
    ||| |||||    
T  1513508 tttgcaact 1513516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 570776 - 570737
Alignment:
Q  238 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgattt 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  570776 tgtttgcttccattttccccaatttgcaactacttgattt 570737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 456
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121529
Alignment:
Q  385 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactct 456  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactct 12121529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 292 - 338
Target Start/End: Original strand, 1495830 - 1495876
Alignment:
Q  292 acatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaag 338  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||    
T  1495830 acatatctgaagaaggtattggtcatgttttaaggagatgttgtaag 1495876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 327 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 570507 - 570338
Alignment:
Q  327 agatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgt 426  Q
    |||||||||||  |||| |||||||| |||||  |||| || | ||||||||| | | || | |||||| ||||||   || | |||||||| |||||||    
T  570507 agatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgt 570408  T
Q  427 cacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 496  Q
    || ||||| | |||||| | |||  ||||||| |||| ||||| | |||| | |||||||| ||||||||    
T  570407 catatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgtt 570338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 752
Target Start/End: Original strand, 1037281 - 1038032
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037281 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattga 1037380  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037381 ggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 1037480  T
Q  201 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037481 acttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 1037580  T
Q  301 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagt 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037581 aagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagt 1037680  T
Q  401 tcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037681 tcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctg 1037780  T
Q  501 gaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037781 gaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatg 1037880  T
Q  601 ccaatgttactgcatcggcggtgttttcaaacacgtcattaagaaagggaactgctccccctccttttataatcagcgatagagagatgaaactctttta 700  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1037881 ccaatgttactgcatcggtggtgttttcaagcacgtcattaagaaaggtaaatgctccacctcattttagaatcagcgatagagagatgaaactcttgta 1037980  T
Q  701 gcgtcaaggatgtcttgtttttcaacatttttaatgtatcctgctaaagttt 752  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  1037981 gcgtcaaggatgtcttgttttccaacattttgaatgtatcatgctaaagttt 1038032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 135 - 468
Target Start/End: Original strand, 32785526 - 32785856
Alignment:
Q  135 agtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatca 234  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||||  |||||||| ||| |||||| |  ||||  | |||||| |||||    
T  32785526 agtgtacaaaattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatca 32785625  T
Q  235 tattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttg 334  Q
       ||||| |||| |||||  ||||||||||| | |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||   |||||||     
T  32785626 ggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaattttta---agatgttc 32785722  T
Q  335 taaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacataca 434  Q
    |||| |||||||||||||||| | | ||| ||| ||| |  | |  | | |||| |||||||||| |||  || |||||||||| |||||||||||||||    
T  32785723 taagattagacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacataca 32785822  T
Q  435 tgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaa 468  Q
     |  ||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  32785823 agaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaa 32785856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 293 - 562
Target Start/End: Original strand, 45244994 - 45245263
Alignment:
Q  293 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaac 392  Q
    |||| ||| |||||| || ||| | ||| ||||||||||||||||  |||| ||||| || ||||  | |||||| ||| || || ||| | ||||||||    
T  45244994 cataactggagaaggaatgtgtcatgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaac 45245093  T
Q  393 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaac 492  Q
    ||| |||||||  || | |||||||| || |||||| | |||   |||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| |||||||||| ||||    
T  45245094 tttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaac 45245193  T
Q  493 tgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    | ||  || |||| ||| || | |||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  45245194 tattattgaaaaaatgttatcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaact 45245263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 317
Target Start/End: Original strand, 44575459 - 44575532
Alignment:
Q  244 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaa 317  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||   ||||| ||||||||||    
T  44575459 cttccatttttcccaatttgcaattacttgatttgagcttttgctattacatatccatagaagatatttgtgaa 44575532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 752
Target Start/End: Original strand, 354 - 992
Alignment:
Q  117 acaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagcttgcaattttcagt 216  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  354 acaagtttggggggaaagtgcgtagataattctaattcttcaatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcacttcatttagcttgcaattttcagt 453  T
Q  217 tactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttc---cccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  454 tactaaatgaaaacatcatattgtttaagagtatttgtgatcccaatttacaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttg 553  T
Q  314 tgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagag 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  554 tgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagag 653  T
Q  414 gtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatg 513  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  654 gtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactggaaaattgtgatg 753  T
Q  514 aagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgttactgc 613  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || || ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  754 aagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacaacttcgataaatcgattttgggggttgtgataatgtgaatgctaacgtttctgc 853  T
Q  614 atcggcggtgttttcaaacacgtcattaagaaagggaactgctccccctccttttataatcagcgatagagagatgaaactcttttagcgtcaaggatgt 713  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| | |||||   ||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  854 atcggtggtgttttcaagcatgtcattaagaaaggtaactgctccccttcattttagattcagcagcagagagatgaaactcttgtagcgttgaggatgt 953  T
Q  714 cttgtttttcaacatttttaatgtatcctgctaaagttt 752  Q
    |||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  954 cttgtttcccaacattctgaatgtgtcctgctaaagttt 992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 223 - 569
Target Start/End: Original strand, 51764282 - 51764625
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |  || ||| ||  ||||||| |||   || | ||||||||| |    
T  51764282 atgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaag---gtgtctgtgaagtttt 51764378  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||||||  || || | ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||  |  | ||||||||  ||    
T  51764379 aaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagac 51764478  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    ||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||||||| | ||||  |    
T  51764479 ttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaagg 51764578  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaa 569  Q
    |||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||    
T  51764579 agaagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcacacaattgagagaa 51764625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 303 - 568
Target Start/End: Original strand, 51113700 - 51113965
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||| | | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  51113700 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 51113799  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  51113800 ccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 51113899  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    ||||||| |  | ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  51113900 aaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagaga 51113965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 230 - 568
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470916
Alignment:
Q  230 catcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggaga 329  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||  |  ||| ||  | ||||   | ||||||||||| ||||| |||||| |    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatc---aaaaggtatttgtcaagttttaaggata 13470677  T
Q  330 tgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcac 429  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||   | |||||| |||||| |||| ||||||   |||||  |  | |||||||| |||||||||     
T  13470678 tgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaa 13470777  T
Q  430 atacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatgg 529  Q
    |||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||  |||| || | ||||||||  | ||    
T  13470778 atacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagaggg 13470877  T
Q  530 tgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
     ||||||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  13470878 agtgaaacatgtggtagagaactgcacacagctaagaga 13470916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 325 - 560
Target Start/End: Original strand, 51120834 - 51121069
Alignment:
Q  325 ggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaactt 424  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| ||  ||   ||||| ||||||||||| | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||| |||||    
T  51120834 ggagatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaactt 51120933  T
Q  425 gtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagag 524  Q
    ||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||||||| | |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||  |||    | |||||| |     
T  51120934 gtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaa 51121033  T
Q  525 aatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 560  Q
    || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  51121034 aaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 51121069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 514345 - 514720
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||  |||||   ||||||||| | |   || ||||||| || |||| ||| ||||||||||||| |||    
T  514345 tgtttcttggtcatttgttgtctataaacttgagcaaatgttcaatgctcacacatttatccttgtttgcacttgttaagaactgtccttcacttagtga 514444  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 200  Q
      |||||||| |  |||||||| | ||| || |  ||||||| || || ||||||| | |||| | |||| | |||| ||||||||| || ||| ||||     
T  514445 gatcaaaatgaattacacaagtattgggaaacaatgtgtagagaactccaattctttgttggactttgttgtgaaccctcaattaaaatctctctatttg 514544  T
Q  201 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 300  Q
    |||  |||||     |||  | |||||||| | ||| |||||||||| |||||||| ||||||||  |  ||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  514545 gctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatttgagctattgtgataacatatctg 514644  T
Q  301 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaa 376  Q
    |  || |||| ||| ||||| ||| |||||| | |||| |||| |||||||| |||||| |||| || ||||||||    
T  514645 acaaaagtatctgtcaagttttaaagagatggtctaagattaggcatttgaacttagcccactgctcaagagtgaa 514720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 399 - 276
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  399 tgtttcttggcgatttggtgtctataaatcttagtgaatgtagcatgctcacatactcaaccatgtttgcactcgttaggaattatccttcacttattga 300  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagttt 124  Q
      ||||||||||||||||||||||    
T  299 gatcaaaatggaacacacaagttt 276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 244 - 562
Target Start/End: Original strand, 18315133 - 18315451
Alignment:
Q  244 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttag 343  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | || |||| | || ||||    
T  18315133 cttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattag 18315232  T
Q  344 acatttgaatttagcctactg-ttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 442  Q
    ||| ||||| |||| ||  || ||| ||| |||| |||| | |||| ||||||||||||||  || | |||||||| |||||||||||||||   |||||    
T  18315233 acagttgaacttag-ctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttga 18315331  T
Q  443 tgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgta 542  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| | |||| || ||||||| ||||||||  |||||   |||  ||| ||||||||||| || |  ||  ||||     
T  18315332 tgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtg 18315431  T
Q  543 gtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    || |||||||||||||||||    
T  18315432 gtagaaaactgcacacaact 18315451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 390 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27922601 - 27922429
Alignment:
Q  390 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 489  Q
    |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||      
T  27922601 aactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttga 27922502  T
Q  490 aactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    || |||  || ||||||||| ||||  ||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||    
T  27922501 aattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaact 27922429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 223 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 32151558 - 32151288
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  32151558 atgataacatcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagtttt 32151459  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctaga-gtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 421  Q
    |   ||||| | | || |||| |||||||||||  ||  ||||| || | ||||| || | | |||| |||||  ||||| |  |  | |||||||| ||    
T  32151458 a---agatgctctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtt-tacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaa 32151363  T
Q  422 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 496  Q
    |||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  32151362 cttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtt 32151288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 277
Target Start/End: Original strand, 17627678 - 17627952
Alignment:
Q  3 tttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattgacg 102  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||||   || || ||| ||||| | |||||||| || ||||||||||||| |||      
T  17627678 tttcttggtaatttggtgtctgtaaaccttagttattgtcggatgctcgacgaatcagccttgttttcactcgttagtaaatgtccttcacttaatgaga 17627777  T
Q  103 tcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagc 202  Q
    | |||||||||  ||||  | | |||||| ||||| || | ||||||||||||| | ||||||  ||| ||| || ||||||||| || ||| |||| ||    
T  17627778 taaaaatggaatgcacatctattggggaagagagtctaaagaattctaattctttggtggatttcgttgtaagccctcaattaaaatctctctatttggc 17627877  T
Q  203 ttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgattt 277  Q
    || |||||    | ||    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  17627878 tttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 124 - 469
Target Start/End: Original strand, 17636137 - 17636486
Alignment:
Q  124 tgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagcttgcaattttcagttactaaa 223  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||| ||||| ||||||||  ||| |||||    ||||  | |    
T  17636137 tgggggaaaataatgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagaga 17636236  T
Q  224 tgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttcta 323  Q
    ||||| | |||||  | | | | |||||||||||||||||||  | ||||||||  |    ||| |||| ||||| ||  ||||||||||| ||||| ||    
T  17636237 tgaaagcctcataaagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagtttta 17636336  T
Q  324 aggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactac----ttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgttt 419  Q
    ||| |||||| |||  |||| |||||||| |||| |   ||||| |||||||||||||     | |||| |||||| |||||||  |||| ||||||||     
T  17636337 aggggatgttctaatattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttg 17636436  T
Q  420 aacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaa 469  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| |||||| || | ||| ||||||||||    
T  17636437 aacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaa 17636486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 390 - 484
Target Start/End: Original strand, 17628020 - 17628114
Alignment:
Q  390 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 484  Q
    ||||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| || |||||  | |||||||||| ||||||| ||||||    
T  17628020 aactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggct 17628114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 526
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936305
Alignment:
Q  304 aaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcc 403  Q
    ||||||||| | | ||| |||||||||||||| |  ||||||||||| | || ||| | ||||| | |||||| || |  ||||| | |||| | |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  404 tgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 503  Q
      || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||   ||| |||| | |||| |||||||||| ||||| || ||  ||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaa 34936282  T
Q  504 aattgtgatgaagtcacagagaa 526  Q
    ||||||  ||| ||||| |||||    
T  34936283 aattgttgtgatgtcacggagaa 34936305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 4e-40; HSPs: 25)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 222 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6432419 - 6432084
Alignment:
Q  222 aatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttc 321  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |  || |||   |||  |||||   |||||||| |||||     
T  6432419 aatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatttgcgttggtgtcatcgtataaatgaag---gtatttgtcaagttt 6432323  T
Q  322 taaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 421  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| |||   | |||||| |||| | |||| |||||| |||||||  |  |  ||||||| ||    
T  6432322 taaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaa 6432223  T
Q  422 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcaca 521  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| || ||| | ||||||||| | ||||||    
T  6432222 cttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcaca 6432123  T
Q  522 gagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 560  Q
     |||| || ||||||| ||| || ||||| |||||||||    
T  6432122 cagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcacacaa 6432084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 223 - 587
Target Start/End: Original strand, 6594448 - 6594809
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |  | ||||||||||| |  | | || | ||||||||||   |||||||| ||||| |    
T  6594448 atgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaag---gtatttgtcaagtttt 6594544  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||| | ||| ||   ||||| |||||||| |||| | |||||||||||  ||||||  || | ||||||||  ||    
T  6594545 aaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtac 6594644  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    |||||| |||||   ||||||||||| |||||   | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    || |||||||||||| |  ||||||    
T  6594645 ttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacag 6594744  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgt 587  Q
    || | || |  |||||||| || ||||||||||||||| | |||||| |  ||||| ||||||||    
T  6594745 aggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagaaatgtatttgaggggttgt 6594809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 303 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820608
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||  |  |||||  |||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  | ||||||||||| ||||| ||| |||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | || || ||    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttga 14820674  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| || |||||    
T  14820673 aaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagaga 14820608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 243 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 7119394 - 7119080
Alignment:
Q  243 gcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggtta 342  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||   | ||| |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||    
T  7119394 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagatta 7119298  T
Q  343 gacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 442  Q
     ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||   ||||   |  | |||||||| ||||||||| ||||    |||||    
T  7119297 aacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttga 7119198  T
Q  443 tgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgta 542  Q
    ||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || ||||| || | |||||| | || |  |||||||||||     
T  7119197 tgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtg 7119098  T
Q  543 gtcgaaaactgcacacaa 560  Q
    |  |||||||||||||||    
T  7119097 gaagaaaactgcacacaa 7119080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 243 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 7131872 - 7131558
Alignment:
Q  243 gcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggtta 342  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||   | ||| |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||    
T  7131872 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagatta 7131776  T
Q  343 gacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 442  Q
     ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||   ||||   |  | |||||||| ||||||||| ||||    |||||    
T  7131775 aacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttga 7131676  T
Q  443 tgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgta 542  Q
    ||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || ||||| || | |||||| | || |  |||||||||||     
T  7131675 tgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtg 7131576  T
Q  543 gtcgaaaactgcacacaa 560  Q
    |  |||||||||||||||    
T  7131575 gaagaaaactgcacacaa 7131558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 562
Target Start/End: Original strand, 7993805 - 7994360
Alignment:
Q  4 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattgacgt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||| ||||| | |||||||| || ||||| ||||||  |||  |    
T  7993805 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaat 7993904  T
Q  104 caaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagct 203  Q
    ||||||||||| ||||| | | |||  |  ||||||||| ||||  ||||  | || ||||| |  |  || || |||||| ||||| ||   |||||||    
T  7993905 caaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgacggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagct 7994004  T
Q  204 tgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaag 303  Q
      |  |   |||||   | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  | || |||||||  || ||| ||   ||||||   |    
T  7994005 ctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatct---g 7994101  T
Q  304 aaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcc 403  Q
    ||||||||||| | ||| |||||| |||||||||| | || ||||||||  ||||| | ||| | |||||||| |||||  |||| ||||||  ||||||    
T  7994102 aaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 7994201  T
Q  404 tgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 503  Q
      |  |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||| |||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || || |||    
T  7994202 gaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaa 7994301  T
Q  504 aattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
      |||| |||| || || ||| | || ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  7994302 ctttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 7994360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 303 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394787
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||| | ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||| || | | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    || ||    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttga 6394845  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 560  Q
     |||||| |  | |||||||| || |||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  6394844 taattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaa 6394787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 303 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402775
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||| ||| |    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||  |||||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  || |||| ||||| ||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||  |||| ||  ||      
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactattattgag 6402841  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    | ||||| || | |||||||| || || | |||||||||  | |||||||| |||||||| |||||    
T  6402840 agattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagaga 6402775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 223 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 6426768 - 6426432
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||     |||| | | ||||||||||   |||||||||||||| |    
T  6426768 atgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaag---gtatttgtgaagtttt 6426672  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||| |  |||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| ||     
T  6426671 aaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaat 6426572  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    |||||| | ||| |  |||||||||||||  | |||  ||||||||| ||||||||| || |||| ||| | || || ||||||||| | |  ||||||     
T  6426571 ttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaa 6426472  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
     ||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  6426471 tgaagggtgtgaaacaagtggtagaaaactgcacacaact 6426432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 408 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 14818457 - 14818296
Alignment:
Q  408 ttagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaatt 507  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| | | | || || |||||||    
T  14818457 ttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaatt 14818358  T
Q  508 gtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaa 569  Q
    || || | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  14818357 gtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagagaa 14818296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 231 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 6410255 - 6409948
Alignment:
Q  231 atcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagat 330  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||     |||||  | ||||||||||   |||||||| ||||| ||  || ||    
T  6410255 atcattttgtttgcttccatttttcccaatttacaactacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaag---gtatttgtcaagttttacagaaat 6410159  T
Q  331 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 430  Q
    |||||||| |||  |||||| | |||||||| ||    | |||||| |||| | |||| |||||| |||||||  |  |  ||||||| |||| |||| |    
T  6410158 gttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaa 6410059  T
Q  431 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 530  Q
    |||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| || | || |||||| | |||||| |||| ||     
T  6410058 tacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttgcaactatttttgtacaactgtgataatgtcacacagaaggga 6409959  T
Q  531 gtgaaacatgt 541  Q
    |||||||||||    
T  6409958 gtgaaacatgt 6409948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 303 - 562
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585415
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||| |||  |||| |||||||| ||  |    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||  ||||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  | || ||||| || ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| || ||||||  |||| || ||| |    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    |  ||||||  | ||||||||||| ||  |||||||||| || ||||  |||||||||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaact 6585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415881
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || |||||||||| || | |||||||| |||||||  |||   | |||||| |||| | ||||  |||||  |||||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  |  | |||||||| ||||||||| |||||   ||| ||||| |||| |||||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||||| || || ||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttga 6415947  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    |  ||||||| | ||||||||    || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  6415946 attttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaactaagaga 6415881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 238 - 568
Target Start/End: Original strand, 10579593 - 10579921
Alignment:
Q  238 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaa 337  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||   | ||| |  ||||||||||||   |||||| | |||||  | | |||||| ||||    
T  10579593 tgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaag---gtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaa 10579689  T
Q  338 ggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgt 437  Q
    | |||  |||||||| |||||| | ||| | |||||||| | ||||||||||||  ||  | ||||  |  | |||||||| ||||||||| |||||       
T  10579690 gattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaa 10579789  T
Q  438 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgttt-ctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaa 536  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| ||| ||| |||| ||| |    |||||| |||| || || |||    
T  10579790 gttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaa 10579889  T
Q  537 catgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  10579890 catgtggtagaaaactgcacacaacttagaga 10579921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 378 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 19632544 - 19632360
Alignment:
Q  378 ctacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 477  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||  |  ||||||||||  |||||||  |||||   |||||||||||   ||| | | |||||||||| |||||||    
T  19632544 ctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgtt 19632445  T
Q  478 gtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    |||||||||| ||||| || ||| ||||||||| | |  |||||||||| || |||||||| || || |||||||||| ||||||    
T  19632444 gtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaact 19632360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 578
Target Start/End: Original strand, 11936186 - 11936469
Alignment:
Q  295 tatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactt 394  Q
    |||||||||||||||||  | | ||| ||| || |||||||||  ||||||||||||||||| |   |||||| ||| |||| |||| || | | |||||    
T  11936186 tatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactt 11936285  T
Q  395 taaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactg 494  Q
    | |||||||  || | ||||||||  ||||||||  |||| | ||||| ||| || ||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||    
T  11936286 tgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactg 11936385  T
Q  495 tttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttg 578  Q
    |  ||  ||  |||||| |  |||||||| || || ||||  ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||    
T  11936386 tcacttaaattttgtgaaggtgtcacagacaaaggagtgacgcatgtggttgaaaaatgcacacaaatgagagaggtcgatttg 11936469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 578
Target Start/End: Original strand, 11948166 - 11948449
Alignment:
Q  295 tatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactt 394  Q
    |||||||||||||||||  | | ||| ||| || |||||||||  ||||||||||||||||| |   |||||| ||| |||| |||| || | | |||||    
T  11948166 tatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactt 11948265  T
Q  395 taaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactg 494  Q
    | |||||||  || | ||||||||  ||||||||  |||| | ||||| ||| || ||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||    
T  11948266 tgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactg 11948365  T
Q  495 tttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttg 578  Q
    |  ||  ||  |||||| |  |||||||| || || ||||  ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||    
T  11948366 tcacttaaattttgtgaaggtgtcacagacaaaggagtgacgcatgtggttgaaaaatgcacacaaatgagagaggtcgatttg 11948449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 412 - 562
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603380
Alignment:
Q  412 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 511  Q
    |||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | ||||  |||||||||  |||| ||  || || ||||| |    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgtta 6603329  T
Q  512 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    | | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  6603330 ttatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaact 6603380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 119
Target Start/End: Original strand, 6596566 - 6596684
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||   | ||||||||| || ||| ||||| ||||||| || ||||||||||| |||| |||    
T  6596566 tgtttcttggtgatttggtttctataaaccttaatcattgttcaaggctcacagaatcagccgtgttttccctcgtaagaaattgtccttcgcttagtga 6596665  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacaca 119  Q
      |||||||| || |||||    
T  6596666 gatcaaaatgcaaaacaca 6596684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 9411609 - 9411483
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaag 325  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||   ||   |||||||||| | ||||||||||   | ||| ||||    
T  9411609 aaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcggatgttgtaacatatctaacgaaggtattttgcaggttttaag 9411510  T
Q  326 gagatgttgtaaggttagacatttgaa 352  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||    
T  9411509 gagatgtggtaacattagacatttgaa 9411483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 303 - 484
Target Start/End: Original strand, 6596847 - 6597028
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| | |||||||||  |||| |||  |||||||| | |||| | ||||| || ||||| | ||||  |||||||||| || |||    
T  6596847 gaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattc 6596946  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 484  Q
    |  |  | |||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||| ||||||    
T  6596947 cccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 438 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 14802381 - 14802332
Alignment:
Q  438 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 487  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  14802381 gttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtctttt 14802332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 6423474 - 6423188
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  || | ||||||||||     |||||| | |||| ||| |   |||||||| | ||| |    
T  6423474 atgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatttgaagggttgccatcaaatatttgatg---gtatttgtcatgtttt 6423378  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    | ||| |||| || || ||| ||||||||| |||||||| |||     |||||| |||| |  ||| |||||| |||||||  |  | |||||||| |||    
T  6423377 acggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaac 6423278  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgat 512  Q
    |||||| ||||| | |||   ||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||| ||||| || || ||| ||||||||    
T  6423277 ttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactattacttgaagattgtgat 6423188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 6432630 - 6432596
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 35  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6432630 tgtttcttgctgatttggtgtctataaaccttagt 6432596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Original strand, 8913689 - 8913723
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 35  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8913689 tgtttcttggtaatttggtgtctataaaccttagt 8913723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 6e-39; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Original strand, 19468125 - 19468656
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     |||||| | ||  || ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19468125 tgtttcttggtgatttagtgtctataaaccttagtgaatgtatggacctcacatattcaaccttgtttacactcgttaggaattgtccttcacttagtga 19468224  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccattta 200  Q
      ||||||||||| | |     ||||| | || ||||||||| |||||| |||||| |  ||||| || | ||  || |||||||||||  ||| | ||     
T  19468225 gatcaaaatggaaaata-----ttgggagtaa-gagtgtagagaattctgattctttgccggattttggtgtattccctcaattaaagtatctctacttg 19468318  T
Q  201 gcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctg 300  Q
    |||   ||||    ||||    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| ||| ||| |  |||||||      
T  19468319 gctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatc-- 19468416  T
Q  301 aagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagt 400  Q
      ||||| |||||| ||||| ||||||| |||| |||  |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||| || | ||||||  |||    
T  19468417 -ggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagt 19468515  T
Q  401 tcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctg 500  Q
    |||  |  | |||||||| || |||||| |||||   ||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||||  || | ||| ||    
T  19468516 tcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttggaattatttgtg 19468615  T
Q  501 gaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 541  Q
    ||   |||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  19468616 gacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 19468656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 420 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 7554551 - 7554415
Alignment:
Q  420 aacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtca 519  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||| ||| ||   |||||| | ||||    
T  7554551 aacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatgtca 7554452  T
Q  520 cagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 556  Q
    |||| || || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7554451 cagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcac 7554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 226 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 9586893 - 9586514
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaag 325  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  | |||||| || ||   |||  |||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||      
T  9586893 aaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaca 9586794  T
Q  326 gagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttg 425  Q
     ||||||||| || |||||||||||||  || | |   |||||   || || ||||||  ||| || ||| |||| ||  |  |||||||||| ||||||    
T  9586793 aagatgttgtcagattagacatttgaacatatctt---gttctcctgtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttg 9586697  T
Q  426 tcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagaga 525  Q
    ||| |||||  |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||  |||||| |||| ||||| || || || | | |||||||| || | ||||||   |    
T  9586696 tcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaattgttatcatgtcacaagca 9586597  T
Q  526 atggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgtt 608  Q
    ||||  |||| | ||| || ||||| |||||||| || | |||| |||||||| | |||||||||||  ||||||| ||||||    
T  9586596 atggattgaagcgtgtggtagaaaattgcacacatctaaaagaaatcgatttgagaggttgtgataaattgaatgctaatgtt 9586514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 29658573 - 29658692
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||| || ||  ||||| | |||||||  |||||||||||||||| |||    
T  29658573 tgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttactggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtga 29658672  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaa 120  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  29658673 catcaaaatggaatacacaa 29658692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 29691088 - 29691207
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||| || ||  ||||| | |||||||  |||||||||||||||| |||    
T  29691088 tgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttactggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtga 29691187  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaa 120  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  29691188 catcaaaatggaatacacaa 29691207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 29718600 - 29718719
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||| || ||  ||||| | |||||||  |||||||||||||||| |||    
T  29718600 tgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttactggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtga 29718699  T
Q  101 cgtcaaaatggaacacacaa 120  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  29718700 catcaaaatggaatacacaa 29718719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 226 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 9581325 - 9581199
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaag 325  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  | |||||| || ||   |||  |||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||     
T  9581325 aaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaa 9581226  T
Q  326 gagatgttgtaaggttagacatttgaa 352  Q
     ||||||||| || |||||||||||||    
T  9581225 aagatgttgtcagattagacatttgaa 9581199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 282
Target Start/End: Original strand, 29658807 - 29658863
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagct 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||    
T  29658807 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaacttggaagtgcttgatttgagct 29658863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 33160986 - 33160874
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||| | | ||||||||| || ||  ||||| | || ||||  || ||||||||||||| |||    
T  33160986 tgtttcttgctgctttggtgtctataaaccttaatggatgttggaggctcacagaatcagcattgttttcacttgttacaaactgtccttcacttagtga 33160887  T
Q  101 cgtcaaaatggaa 113  Q
    | |||||||||||    
T  33160886 catcaaaatggaa 33160874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 555
Target Start/End: Original strand, 29718977 - 29719094
Alignment:
Q  438 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaa-gtcacagagaatggtgtgaaa 536  Q
    ||||||||| || ||||| |||| || ||||  | ||||||||| ||||| ||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  29718977 gttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgt-atgaatgtcacagagaatggagtgaaa 29719075  T
Q  537 catgtagtcgaaaactgca 555  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  29719076 catgtggttcaaaactgca 29719094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 282
Target Start/End: Original strand, 29691322 - 29691378
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagct 282  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||    
T  29691322 aaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttgagct 29691378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 282
Target Start/End: Original strand, 29718834 - 29718890
Alignment:
Q  226 aaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagct 282  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||    
T  29718834 aaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttgagct 29718890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30827367 - 30827308
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagct 282  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||    
T  30827367 atgaaaacatcctattgtttacttctattttccccaatttggaggtgcttgatttgagct 30827308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 541
Target Start/End: Original strand, 41889393 - 41889711
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||   ||   |  ||||| ||| |||||||||  | ||||| |    
T  41889393 atgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagtttt 41889492  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    ||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||| ||   ||||| | |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| |||    
T  41889493 aaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaac 41889592  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    || ||| |||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| |||||||   || |||| ||  |||||||| |||| ||||||     
T  41889593 ttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaa 41889692  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgt 541  Q
    |||| || ||||| |||||    
T  41889693 agaagggagtgaatcatgt 41889711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 293 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 32267662 - 32267396
Alignment:
Q  293 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaac 392  Q
    ||||||||||||||||||   | || || |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||| || | ||||| | ||||||||||     ||| |||    
T  32267662 catatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaac 32267566  T
Q  393 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaac 492  Q
    ||| |||||||  |||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||  ||     
T  32267565 tttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaat 32267466  T
Q  493 tgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 562  Q
    |||  ||  |||||||| ||||  ||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  32267465 tgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcacgcaact 32267396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 223 - 553
Target Start/End: Original strand, 41901377 - 41901704
Alignment:
Q  223 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 322  Q
    ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||   ||   |  ||||| |||||||||||||  | ||||| |    
T  41901377 atgaagacatcacaatgttcgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagtttt 41901476  T
Q  323 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 422  Q
    |||||  ||||||||  ||||||||||||| ||| || | ||||| | ||||| ||||     |||| ||||| |||||||  || | |||||||| |||    
T  41901477 aaggatgtgttgtaacattagacatttgaacttatccaagtgttccatagtgagactaga---aatagactttgaagttcccaaactggaggtgttgaac 41901573  T
Q  423 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 522  Q
    |||||| |||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||  || |||  ||  || ||||| |||| ||||||     
T  41901574 ttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaaattgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaa 41901673  T
Q  523 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactg 553  Q
    |||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  41901674 agaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 411 - 568
Target Start/End: Original strand, 20478109 - 20478266
Alignment:
Q  411 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 510  Q
    |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||| | | | |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |  | ||| ||||||| |    
T  20478109 gaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactactgaaaaattgcg 20478208  T
Q  511 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 568  Q
    || | ||||||  ||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  20478209 ataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagaga 20478266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 37938133 - 37938092
Alignment:
Q  238 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttga 279  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37938133 tgtttgcttccattttccccaatctgcaatttcttgatttga 37938092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 32267868 - 32267785
Alignment:
Q  87 ccttcacttattgacgtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgtt 170  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||| || | ||| |||||||| |||| | |||||| |||| |||||||| ||||    
T  32267868 ccttcacttagtgagatcaaaatggaacacacatgtattgggaaaaagagtctagagagttctaaatctttgatggattttgtt 32267785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 279
Target Start/End: Original strand, 38267378 - 38267451
Alignment:
Q  206 caattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttga 279  Q
    ||||||||  |||| | |||||||| ||||| | | ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  38267378 caattttcgtttacaagatgaaaacctcatactatatgcttccattttccccagtctgcaatttcttaatttga 38267451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 303 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 10614773 - 10614521
Alignment:
Q  303 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 402  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||   | |||||| |||||| |||| ||| ||   ||||    
T  10614773 gaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttc 10614674  T
Q  403 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 502  Q
    |  |  | |||||||| ||||||||| ||||    ||| ||||| ||||||||||| ||||||| || || ||| |||||||||| ||||| || || ||    
T  10614673 ccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttga 10614574  T
Q  503 aaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgca 555  Q
    |  || | || | ||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||    
T  10614573 actttctcataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 304 - 560
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092327
Alignment:
Q  304 aaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcc 403  Q
    ||||||||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||||| ||| |    ||||  || |||||||||| | |||| ||||||  ||||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  404 tgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 503  Q
     ||  | |||||||| || |||||| | |||   ||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaa 15092270  T
Q  504 aattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 560  Q
      |||| || | ||||||||    || |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  15092271 ttttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaa 15092327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 448 - 562
Target Start/End: Original strand, 10170145 - 10170259
Alignment:
Q  448 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 547  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10170145 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10170244  T
Q  548 aaactgcacacaact 562  Q
    ||||||| |||||||    
T  10170245 aaactgctcacaact 10170259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 448 - 562
Target Start/End: Original strand, 10177670 - 10177784
Alignment:
Q  448 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 547  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10177670 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10177769  T
Q  548 aaactgcacacaact 562  Q
    ||||||| |||||||    
T  10177770 aaactgctcacaact 10177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 10169756 - 10169868
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||     | ||||| | ||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10169756 tgtttattggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtga 10169855  T
Q  101 cgtcaaaatggaa 113  Q
      |||||||||||    
T  10169856 gatcaaaatggaa 10169868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 10177281 - 10177393
Alignment:
Q  1 tgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgccctcgttaggaattgtccttcacttattga 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||     | ||||| | ||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10177281 tgtttattggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtga 10177380  T
Q  101 cgtcaaaatggaa 113  Q
      |||||||||||    
T  10177381 gatcaaaatggaa 10177393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 297 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7977764 - 7977712
Alignment:
Q  297 tctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacattt 349  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  7977764 tctgaagaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacattt 7977712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 308 - 477
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1560
Alignment:
Q  308 tatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaa 407  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  |||||    ||| | ||| ||  ||| ||||||  ||||||| |     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  408 ttagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgt---tgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 477  Q
     ||||||||||  |||||||| |||||  |||   ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtt 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University