View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19122_low_8 (Length: 616)

Name: NF19122_low_8
Description: NF19122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19122_low_8
NF19122_low_8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-599)||(35167723-35168310)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (25-598)||(33632706-33633279)
chr7 (27-598)||(18262627-18263198)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (25-598)||(30281723-30282296)
chr3 (134-598)||(3424042-3424506)
chr3 (325-449)||(20832384-20832508)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (25-598)||(3939479-3940030)
chr4 (407-598)||(5668888-5669079)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (109-482)||(1159771-1160144)
chr6 (109-482)||(23121696-23122069)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (293-494)||(27181037-27181238)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (118-343)||(40953005-40953230)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 35168310 - 35167723
Alignment:
Q  13 aatatcggcaagagaggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatgg 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35168310 aatatcgtcaagagaggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatgg 35168211  T
Q  113 attcttctaaggctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaatt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35168210 attcttctaaggctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaatt 35168111  T
Q  213 ctttaagactggtttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35168110 ctttaagactggtttcatgcctaatattatcaactatacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccatt 35168011  T
Q  313 gcctgttgttcagtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgc-tttt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35168010 gcctgttgttcagtgatatataagattatttccaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttaaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttt 35167911  T
Q  412 gtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattg 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35167910 gtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattg 35167811  T
Q  512 atcttcagaaggcttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatta 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35167810 atcttcagaaggcttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatta 35167723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 33633279 - 33632706
Alignment:
Q  25 agaggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatggattcttctaagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  33633279 agaggtcctatgttatctcagcaccaacaagacttgttgtgctccaagttcacagccgtggaagtcaaaaatgtgttattctccatggactcttctaaag 33633180  T
Q  125 ctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattctttaagactgg 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33633179 ctccaggtattgatggttacaatgttcatttctttaaatgctcttggaatattattggtgatagtgtcattgatgctatattagatttctttaagactgg 33633080  T
Q  225 tttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctgttgttca 324  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33633079 attcatgcctaaaattattaactgtacttatatgactttgctccccaaagaagttaatgttacatcagttaagaattttaggcccattgcttgttgttca 33632980  T
Q  325 gtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaaggg 424  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  33632979 gtgatttataagattatttctaaaattttaacaagcagaatgcaaggagtcttaaatagtgttgtaagtgaaaatcaatctgcttttgtcaaaggtaggg 33632880  T
Q  425 tgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggc 524  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33632879 taatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccgagatgcatggtgaaaattgatcttcagaaggc 33632780  T
Q  525 ttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||| | | ||| ||||||||||    
T  33632779 ttataattcggttgaatggccgtttataaaacatttaatgcttgagttgggtttttcctacaaatttgtaaatt 33632706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 18263198 - 18262627
Alignment:
Q  27 aggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatggattcttctaaggct 126  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  18263198 aggtcctatgtaatctcagcaccaacaagacctgttgtgctccgagttcacagccgtggaagtcaaaaatgcgttattctccatggactcttctaaagct 18263099  T
Q  127 ccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattctttaagactggtt 226  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |    
T  18263098 ccaggtattgatggttacaatgttcatttctttaaatactcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgttatatcagatttctttaagactggat 18262999  T
Q  227 tcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctgttgttcagt 326  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18262998 tcatgcctaaaattattaactgtacttatgtgactttgttccccaaagaagttaatgttacatcagttaagaattttaggcccattgcttgttgttcagt 18262899  T
Q  327 gatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaagggtg 426  Q
    ||| |||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  18262898 gatttataagattatttctaaaattttaacaagcagaatgcaaggagtcttaaatagtgttgtaagtgaaaatcaatctgcttttgtcaaaggtagggtg 18262799  T
Q  427 atttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggctt 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262798 atttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttcttcgaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggctt 18262699  T
Q  527 attattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
    || |||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  18262698 atgattcggttgaatggtcgtttataaaacatttaatgcttgagttgggttttccctacaaatttgtaaatt 18262627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 30282296 - 30281723
Alignment:
Q  25 agaggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatggattcttctaagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  30282296 agaggtcctatgttatctcagcaccaacaagacttgttgtgctccgagttcacagcagtggaagtcaaaaatgcgttattctccatggactcttctaaag 30282197  T
Q  125 ctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattctttaagactgg 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30282196 ctccaggtattgatggttacaatgttcatttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagatttctttaagactgg 30282097  T
Q  225 tttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctgttgttca 324  Q
     ||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  30282096 attcatgcctaaaattattaacagtacttatatgactttgatccccaaagaagttaatgttacatcagttaagaattttaggcccatagcttgttgttca 30281997  T
Q  325 gtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaaggg 424  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30281996 gtgatttataagattatttctaaaattttaacaagcagaatgcaaggagtcttaaatagtgttgtaagtgaaaatcaatctgcttttgtcaaaggtaggg 30281897  T
Q  425 tgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggc 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30281896 tgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagcaggaaagggatttctccgaggtgcatggtgaaaattgatcttcaaaaggc 30281797  T
Q  525 ttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  30281796 ttatgattcggttgaatggccgtttataaaacatttaatgcttgagttgggttttccctacaaatttgtaaatt 30281723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 134 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 3424506 - 3424042
Alignment:
Q  134 ttgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattctttaagactggtttcatgcc 233  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  3424506 ttgatggtaacagtgttcatttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagatttctttaagattggattcatgcc 3424407  T
Q  234 taatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctgttgttcagtgatatat 333  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  3424406 taaaattattaacggtacttatgtgactttgctccccaaagaagttaatgttacatcagttaagaattttaggcccattgcttgttgttcagtgatttat 3424307  T
Q  334 aagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaagggtgatttttg 433  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3424306 aagattatttctaaaattttaacaagcagaatgcaaggagtcttaaatagtgttgtaagtgaaaatcaatctgctttagtcaaaggtagggtgatttttg 3424207  T
Q  434 acaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggcttattattc 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3424206 acaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccgaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggcttatgattc 3424107  T
Q  534 agttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
     |||||||  |||||||||||  |||||||||||||| |||||||| | | ||| ||||||||||    
T  3424106 ggttgaattgccgtttataaaacatttaatgcttgagttgggtttttcctacaaatttgtaaatt 3424042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 20832508 - 20832384
Alignment:
Q  325 gtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaaggg 424  Q
    ||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||| ||| | || |||| ||   ||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||      
T  20832508 gtgatttataagattatctctaaagttctaacaaattgaatacaatgtgttttgagtaacattgtttgtgagaatcaatgtgattttgtcaaaggaagaa 20832409  T
Q  425 tgatttttgacaatattattttaag 449  Q
    |||| || || |||||||| |||||    
T  20832408 tgatcttggataatattatattaag 20832384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 3940030 - 3939479
Alignment:
Q  25 agaggtcctatgttatctcagcatcagcaagacttgttgtgctcagagttcacaaccatggaggtcaaaaatgcgttattctccatggattcttctaagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3940030 agaggtcctatgttatctcagcaccaacaagacttgttgtgctccgagttcacagctgtggaagtcaaaaatgcgttattctccatggactcttctaaag 3939931  T
Q  125 ctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattctttaagactgg 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3939930 ctccaggtattgatggttacaatgttcatttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagatttctttaagactgg 3939831  T
Q  225 tttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctgttgttca 324  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||                      || |||||||||    
T  3939830 attcatgcctaaaattattaactgtacttatgtgactttactccccaaagaagttaatgttacatc----------------------gcttgttgttca 3939753  T
Q  325 gtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaaggg 424  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  3939752 gtgatatataagattatttctaaaattttaacaagcagaatgcaaggagtcttaaatagtgttgtaagtgaaaatcaatctgcttttgtcaaaggtaggg 3939653  T
Q  425 tgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaaaattgatcttcagaaggc 524  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3939652 tgatttttgacaatattatttaaagccatgaactagtcaaaagttatagcaggaaagggatttctccgaggtgcatggtgaaaattgatcttcaaaaggc 3939553  T
Q  525 ttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3939552 ttatgattcggttgaatggccgtttataaaacatttaatgcttgagttgggttttccctacaaatttgtaaatt 3939479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 407 - 598
Target Start/End: Original strand, 5668888 - 5669079
Alignment:
Q  407 cttttgtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctccaaggtgcatggtgaa 506  Q
    ||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||||| || |||||||| || ||| | ||    
T  5668888 cttttgtcaaaggtaaggtaatctttgataatatcatcttaagtcatgaacttataaaaagttatggtaggaaaggtatatctccaagatgtatgctaaa 5668987  T
Q  507 aattgatcttcagaaggcttattattcagttgaatgaccgtttataaactatttaatgcttgagatgggttttccatgcaagtttgtaaatt 598  Q
    ||||||| |  | ||||| ||| | ||  ||||||| || ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  5668988 aattgatttgaaaaaggcctatgactctattgaatggccttttattaagtatcttatgcttgagctgggttttccatacaagtttgtaaatt 5669079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 109 - 482
Target Start/End: Original strand, 1159771 - 1160144
Alignment:
Q  109 atggattcttctaaggctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattag 208  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||| |  | ||||| ||| || ||| |  ||||||| |||||||| |  ||||||| |||||||||  |||    
T  1159771 atggatccctctaaagccccaggtattgatggctttaatgttcattttttcaaaagtacttggaatattattggagcaagtgtcaatgatgctattatag 1159870  T
Q  209 aattctttaagactggtttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcc 308  Q
    ||| |||||  ||||  ||||||||||  ||||| ||| |||| |||||||||||| |||| |||  | | ||||  |||||| ||||||||| ||||||    
T  1159871 aatactttagaactgaattcatgcctagaattataaacagtacatatgtgactttgatacctaaaataccaaatgccacatcaattaagaattataggcc 1159970  T
Q  309 cattgcctgttgttcagtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgct 408  Q
    ||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||  ||| |  |||| |   |||||||||| ||  |  ||||  |||||||||||| ||||| ||||    
T  1159971 catagcatgttgctatgtgatatacaagattatttctaaagtgttaactaacagaatgcaaggtgttctagatagcattgttagtgaaagtcaatctgct 1160070  T
Q  409 tttgtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagg 482  Q
    ||| ||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||    
T  1160071 tttatcaaagggagagtgatctttgataatatcattttaagccatgaacttgtcaagagctatggtaggaaagg 1160144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 482
Target Start/End: Original strand, 23121696 - 23122069
Alignment:
Q  109 atggattcttctaaggctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattag 208  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||| |  | ||||| ||| || ||| |  ||||||| |||||||| |  ||||||| ||||||| |  |||    
T  23121696 atggatccctctaaagccccaggtattgatggctttaatgttcattttttcaaaagtacttggaatattattggagcaagtgtcactgatgcttttatag 23121795  T
Q  209 aattctttaagactggtttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcc 308  Q
    ||| |||||  ||||  ||||||||||  ||||| ||| |||| |||||||||||| |||| |||  | | ||||  |||||| ||||||||| ||||||    
T  23121796 aatactttagaactgtattcatgcctagaattataaacagtacatatgtgactttgatacctaaaataccaaatgccacatcaattaagaattataggcc 23121895  T
Q  309 cattgcctgttgttcagtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttagtgaaaatcaatatgct 408  Q
    |||  | ||||| |  |||||||| ||||||||||  ||| |  |||| |   |||||||||| ||  |  ||||  |||||||||||| ||||| ||||    
T  23121896 catatcatgttgctttgtgatatacaagattatttctaaagtgttaactaacagaatgcaaggtgttctagatagcattgttagtgaaagtcaatctgct 23121995  T
Q  409 tttgtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagg 482  Q
    ||| ||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||    
T  23121996 tttatcaaagggagagtgatctttgataatatcattttaagccatgaacttgtcaagagctatggtaggaaagg 23122069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 293 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 27181238 - 27181037
Alignment:
Q  293 ttaagaattttaggcccattgcctgttgttcagtgatatataagattattttcaaaattctaacaagttgaatgcaaggagtcttgaatagtgttgttag 392  Q
    ||||||| ||||| || || || ||||| || ||||| ||||||||||| |  |||||| |||||| | |||||||||| ||||||| |||  ||||| |    
T  27181238 ttaagaactttagacctatagcttgttgctctgtgatttataagattatctctaaaattataacaaatagaatgcaaggtgtcttgagtagcattgtttg 27181139  T
Q  393 tgaaaatcaatatgcttttgtcaaaggaagggtgatttttgacaatattattttaagccatgaactagtcaaaagttatagtaggaaagggatttctcca 492  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||  |||| || ||||| ||||| || ||||| ||| |||| || ||||||||| ||| |||||| || ||||||    
T  27181138 tgagaatcagtctgcttttgtcaaaggtggggtaatctttgataatatcatgttaagtcataaacttgtaaaaagttatggtaagaaaggtatatctcca 27181039  T
Q  493 ag 494  Q
    ||    
T  27181038 ag 27181037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 343
Target Start/End: Original strand, 40953005 - 40953230
Alignment:
Q  118 tctaaggctccaggtattgatggttacagtgttcgtttctttaaatgctcttggaacattattggtgatagtgtcattgatgctatattagaattcttta 217  Q
    ||||| || |||||||||||||| |  | ||||| ||| || ||| |  ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| |  |||||| |||||    
T  40953005 tctaaagccccaggtattgatggctttaatgttcattttttcaaaagtacttggaatattattggcgcaagtgtcattgatgctgttatagaatacttta 40953104  T
Q  218 agactggtttcatgcctaatattatcaactgtacttatgtgactttgctacccaaagaagctaatgatacatcagttaagaattttaggcccattgcctg 317  Q
      ||||| ||||||||||  ||||| ||| |||| |||||||||||| |||| |||  | | ||||  |||||| ||||||||| |||||||||  | ||    
T  40953105 gaactggattcatgcctagaattataaacagtacatatgtgactttgatacctaaaataccaaatgccacatcaattaagaattataggcccataacatg 40953204  T
Q  318 ttgttcagtgatatataagattattt 343  Q
    ||| || | |||||| ||||||||||    
T  40953205 ttgctctgcgatatacaagattattt 40953230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University