View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19127_high_1 (Length: 1039)

Name: NF19127_high_1
Description: NF19127
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19127_high_1
NF19127_high_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-992)||(14579875-14580848)
chr8 (1-998)||(14542733-14543712)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (4-912)||(34263086-34263991)
chr5 (4-813)||(35622007-35622810)
chr5 (805-991)||(35622991-35623177)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (621-915)||(37599764-37600052)
chr4 (172-666)||(10404054-10404548)
chr4 (373-657)||(10378074-10378358)
chr4 (708-825)||(37605482-37605591)
chr4 (763-848)||(10403887-10403972)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 845; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 845; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 992
Target Start/End: Original strand, 14579875 - 14580848
Alignment:
Q  1 aacagcccatctattatgaaataattctcctattgaagagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14579875 aacagcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagttttggtaaattcgaagctaag 14579974  T
Q  101 ttaacgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14579975 ttaacgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgact 14580074  T
Q  201 cggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccgaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  14580075 cggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccaagaagagtttcggttaatataagcaaa 14580174  T
Q  301 accaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14580175 accaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcagttagcaaaacaaga 14580274  T
Q  401 acacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattg 500  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580275 acacatgtaccaatagacgaacgccagaaaccaatcaagaatttcatagcggagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattg 14580374  T
Q  501 acattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580375 acattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagatgaatcagctaatgctgcaagaaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaa 14580474  T
Q  601 agaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580475 agaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagat 14580574  T
Q  701 cttgggagtttgcatatatcagaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580575 cttgggagtttgcatatatcagaggatgaagtgcatattgaa------------------tttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 14580656  T
Q  801 ttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacatggctactgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataat 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580657 ttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacattgcaactgcaacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataat 14580756  T
Q  901 tacatcccatgataaaattggtttcttttcttgctcaatattggaatgagattcaggtacattaatttgtactgaaccttccatagctattg 992  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14580757 tacatcccatgacaaaattggtttcttttcttgctcaatattggaatgagattcaagtacattaatttgtactgaaccttccattgctattg 14580848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 14543712 - 14542733
Alignment:
Q  1 aacagcccatctattatgaaataattctcctattgaagagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14543712 aacagcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagttttggtaaattcgaagctaag 14543613  T
Q  101 ttaacgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543612 ttaacgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgact 14543513  T
Q  201 cggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccgaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  14543512 cggtaacaaagagataagcaatgacagattaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccaagaagagtttcggttaatataagcaaa 14543413  T
Q  301 accaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14543412 accaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctctgttagcaaaacaaga 14543313  T
Q  401 acacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattg 500  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543312 acacatgtacctatagacgaacgccagaaaccaatcaagaatttcattgctgagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattg 14543213  T
Q  501 acattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543212 acattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctgccaatagatgaatcagctaatgctgcaagaaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaa 14543113  T
Q  601 agaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543112 agaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagat 14543013  T
Q  701 cttgggagtttgcatatatcagaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543012 cttgggagtttgcatatatcagaggatgaagtgcatattgaatt------------------tgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 14542931  T
Q  801 ttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacatggctactgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataat 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14542930 ttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacattgcaactgcaacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataat 14542831  T
Q  901 tacatcccatgataaaattggtttcttttcttgctcaatattggaatgagattcaggtacattaatttgtactgaaccttccatagctattgaaaatg 998  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14542830 tacatcccatgacaaaattggtttcttttcttgctcaatattggaatgagattcaggtacattaatttgtactgaaccttccattgctattgaaaatg 14542733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 912
Target Start/End: Original strand, 34263086 - 34263991
Alignment:
Q  4 agcccatctattatgaaataattctcctattgaagagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagtta 103  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||| |||  || |||||||| ||||| |||  |||    
T  34263086 agcccatcttttatgaatcaattcacctattgaagagtaatgttgaaaaattgtaaccttttcttttgtgggtggttttggtaaactcgaacctagatta 34263185  T
Q  104 acgctatcatcatcggca---ctttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgact 200  Q
      | ||||||||||  ||   |||||||  ||  |||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  34263186 gtgttatcatcatcatcaacactttcttttgataaaactcttttgagcctttttataatttctttctctcgaccttgcataataagccaccttggcgact 34263285  T
Q  201 cggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccgaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaa 300  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34263286 cagtaacgaagaaataagcaatgacagagtaacatatagcagggattgacgaccaaaggtagagagatttccaagaagagtttcggttaatataagcgaa 34263385  T
Q  301 accaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaaga 400  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34263386 accaggtaaacacatgtatcccattgtgaaagtaaaatactcaagaattccaaccctaaatcgccattctgcgttaactttctcggtaagcaaaacaaga 34263485  T
Q  401 acacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattg 500  Q
    ||||| ||  | || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||    
T  34263486 acacacgtggcaatggatgaacgccagaaaccgatcaagaatttcaaggcagagtaaatccaaacattagtggaaaagattatcagaatggaagttattg 34263585  T
Q  501 acattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaa 600  Q
    ||||    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  || | |||| || ||||||||| |||||    
T  34263586 acatcagaacacaagaaaagaataacatgttttttcgaccaaaagatgaatcagctaatgctgcaagaaaggaaaagccaaaaaaacaacctatgaagaa 34263685  T
Q  601 agaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagat 700  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34263686 agaagattgtggtaaacctgtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaagggtgtgtgtcccaagaccaagaagat 34263785  T
Q  701 cttgggagtttgcatatatcagaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 800  Q
    |||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||| ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34263786 cttgagagtttgcaaatatcagaggacgaagtacatgatgaa------tttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgc 34263879  T
Q  801 ttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacatggctactgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataat 900  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34263880 ttatgaatgactgttgtgcatcaaagaacatagcaaatgctacaagaacagcttgaaagaaatccatccaaccaaaatttgataaacttttttctattat 34263979  T
Q  901 tacatcccatga 912  Q
    | ||||||||||    
T  34263980 ttcatcccatga 34263991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 813
Target Start/End: Original strand, 35622007 - 35622810
Alignment:
Q  4 agcccatctattatgaaataattctcctattgaagagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagtta 103  Q
    ||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||  || |||||||| | ||||||| ||||    
T  35622007 agcccattttttatgaaacaattttcctattgaagagtaatgtttaaaaattgaaattttttcttttgcgggcggttttggtaaacttgaagctaggtta 35622106  T
Q  104 acgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcgg 203  Q
    | | ||||||||||  |||||||||| || |||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35622107 atgttatcatcatcaacactttcttctgatgaaactttattgagcattttcagaatttctttctctcgaccttgcataacaagccaccttggcgactcgg 35622206  T
Q  204 taacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccgaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaaacc 303  Q
    |||| |||| |||||||||||  |||||  |||||||||| | ||| |||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622207 taacgaagaaataagcaatgaaggagtagaatatagcagggattgatgaccaaaggtaaagagatttccatgaagagtttcggttaatataagcgaaacc 35622306  T
Q  304 aggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaagaaca 403  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622307 gggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactcggaatcgccatttggcgctaactttctcggtaagcaaaacaagaaca 35622406  T
Q  404 catgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggttgaaaagattatgagcatggaagttattgaca 503  Q
    ||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  35622407 catgtaccgatcgaggatcgccagaaaccaatcaagaatttcaaggcagagtaaatccaaacattggtggataagattataagcatggaagttattgaca 35622506  T
Q  504 ttgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaaaaagaaccaagaagacaacctataaagaaaga 603  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  ||||| | ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  35622507 ttgagacacaagaaaatattaggacttttttccgaccgaaagacgagtcagctaatgctgcaagaaaggaagaaccaagaagacagcctgtgaagaaaga 35622606  T
Q  604 agattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagatctt 703  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  35622607 agattgtggtaaacctatgacgaatgtgctagcacattcaagattccaataagaaatgattgtgtttgaagagtgtgtgtcccaagaccaagaggatctt 35622706  T
Q  704 gggagtttgcatatatcagaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgctta 803  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  |||| ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622707 gggagtttgcaaatatcagaggatgaagaacatgatgaa------tttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgctta 35622800  T
Q  804 tgaatgattg 813  Q
    ||||||||||    
T  35622801 tgaatgattg 35622810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 805 - 991
Target Start/End: Original strand, 35622991 - 35623177
Alignment:
Q  805 gaatgattgttgtgcatcaaagaacatggctactgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataattaca 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35622991 gaatgattgttgtgcatcaaagaacattgctattgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctatgattaca 35623090  T
Q  905 tcccatgataaaattggtttcttttcttgctcaatattggaatgagattcaggtacattaatttgtactgaaccttccatagctatt 991  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||    
T  35623091 tcccatgataaccttggtttattttcttgctcaatattggaacgagattcaggtacatcaatttgcaccggaccttccattgctatt 35623177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 621 - 915
Target Start/End: Complemental strand, 37600052 - 37599764
Alignment:
Q  621 tgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgtgtttgaaggatgtgtgtcccaagaccaagaagatcttgggagtttgcatatatc 720  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||    
T  37600052 tgatgaatgtgttaacacattcaagattccagttagaaatgattgtgtttgaagggtgtgtgtcccaagaccaagaagatctctagagtttgcaaatatc 37599953  T
Q  721 agaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgcttatgaatgattgttgtgca 820  Q
    ||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| | ||      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  37599952 agaggatggagtacatgatgaatttgtgtttgtgtctatg------caatgccattttgggtaattatcagtgtaaatgcttataaatgactcttgtgca 37599859  T
Q  821 tcaaagaacatggctactgctacaagaacagcttgtaagaaatccatccacccaaaatttgataaacttttttctataattacatcccatgataa 915  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||    
T  37599858 tcaaagaacatagcaattgctacaagaacagcttgaaataaatccattcaaccaaaatttgataaaaaaatttctataatttcatcccatgataa 37599764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 172 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 10404548 - 10404054
Alignment:
Q  172 accttgcataacaagccacctaggcgactcggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccgaatgtaaagacttttc 271  Q
    ||||||||| | |||||| || || |||||||||||||||| |||| ||||||  | ||||  |||||| |||| ||| | || |||||||| |||||||    
T  10404548 accttgcattagaagccatcttggagactcggtaacaaagaaataaccaatgattgtgtaaattatagctggaattgatgtccaaatgtaaacacttttc 10404449  T
Q  272 cacgaagagtttcggttaatataagcgaaaccaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcag 371  Q
    ||||| ||   |||   || |||||| | ||| ||||| ||||||||||| | ||||||   |||||| ||||| ||||||||  | || | ||| || |    
T  10404448 cacgatgaaaatcgaaaaacataagctacaccgggtaatgacatgtaccctaatgtgaagcaaaaatattcaacgattccaaccgtgaacctccactcgg 10404349  T
Q  372 cactaactttctcggtaagcaaaacaagaacacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggt 471  Q
     ||||||||| || || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10404348 tactaactttttccgttaacaaaacaagaacacatgtaccgatagacgaacgccaaaatccgataaggaatttgaaagccgagtaaatccaaacattggt 10404249  T
Q  472 tgaaaagattatgagcatggaagttattgacattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaa 571  Q
    |||||| |  ||||  || || ||||||||||| || | |||||| |  || | |||||||||||| ||||  || | ||||||||| |  || |    |    
T  10404248 tgaaaacacaatgatgattgaggttattgacatcgataaacaagagataatcaacatgttttttcttccaagggatgtatcagctaaagtagctaatgca 10404149  T
Q  572 aaagaaccaagaagacaacctataaagaaagaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgagaaatgattgt 666  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  10404148 aaagaaccaattaggcaacctatgaagaatgaagattgtggtaaacctgtgatgaagctacttgcacattcaagactccattgagatatgattgt 10404054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 373 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 10378358 - 10378074
Alignment:
Q  373 actaactttctcggtaagcaaaacaagaacacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatcaagaatttcaaagcggagtaaatccaaacattggtt 472  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||     
T  10378358 actaactttctcggttagcaaaacaagaacacaagttccaatcgacgaacgcaaaaacccaatcaagaatttaaaaacagaataaatccaaacattggta 10378259  T
Q  473 gaaaagattatgagcatggaagttattgacattgagacacaagaaaagattagcatgttttttctaccaatagacgaatcagctaatgctgcaaggaaaa 572  Q
    || || |  ||||| || |||| ||| |||||||| | |||||| |  |  |||||||| ||||||||||  || | ||||||||| | ||| || | ||    
T  10378258 gagaaaacaatgagaatagaagctatagacattgataaacaagacataacaagcatgttctttctaccaagtgatgtatcagctaaagttgctagaagaa 10378159  T
Q  573 aagaaccaagaagacaacctataaagaaagaagattgtggtaaaccagtgatgaatgtgctagcacattcaagattccaatgaga 657  Q
    | ||||| | ||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |  ||  | ||||||||||||||| |||| |||||    
T  10378158 acgaaccgaaaagacaaccaatgaagaacgacgattgaggtaaacctgttacaaaactactagcacattcaagactccattgaga 10378074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 708 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 37605591 - 37605482
Alignment:
Q  708 gtttgcatatatcagaagatgaagtgcatgttgaatttgtgtttgtgtttgtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgcttatgaa 807  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||    
T  37605591 gtttgcaaatatcagaggatggagtgcatgatgaatttgtgt--------gtgtttgtgcagtgccattttgggtaattatcaaggtaaatgcctgtgaa 37605500  T
Q  808 tgattgttgtgcatcaaa 825  Q
    ||||||||||||||||||    
T  37605499 tgattgttgtgcatcaaa 37605482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 763 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 10403972 - 10403887
Alignment:
Q  763 tgtgcagtgccattttgggtaattatcagtgtaaatgcttatgaatgattgttgtgcatcaaagaacatggctactgctacaagaa 848  Q
    |||||| |||||| |||||||||  || ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || | || ||||||||    
T  10403972 tgtgcaatgccatgttgggtaatcgtcggtgtaaattgttatgaatgattgttgtgcgtcgaagaacattgcgaatgatacaagaa 10403887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University