View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19128_high_1 (Length: 822)
Name: NF19128_high_1
Description: NF19128
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19128_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 810
Target Start/End: Original strand, 1429318 - 1430107
Alignment:
| Q |
21 |
ttagtgtcatattcatgcttgtaatgttcataacatccttgactataacaaataagcaactgaattttccaatatgtgttttggtgtagcagcaccatca |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429318 |
ttagtgtcatattcatgcttgtaatgttcataacatccttgactataacaaataagcaactgaattttccaatatgtgttttggtgtagcagcaccatca |
1429417 |
T |
|
| Q |
121 |
tagaaagtgaagtttcaactttcaacatccatatatttacttagaaaattgtatttcaaccatttatacattcaataatacaaataagaatatgaataat |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429418 |
tagaaagtgaagtttcaacttttaacatccatatatttacttagaaaattgtatttcaaccatttatacattcaattatacaaataagaatatgaataat |
1429517 |
T |
|
| Q |
221 |
atataaatttcctatagacatggtaacttttgtgaacacccttaaacaaggaaaaatattgaaagtnnnnnnnttcactctttgttatagtattttatat |
320 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429518 |
atataaatttcctatagacatggtaacttttgtgaacacccttaaacaaggaaaaatattgaaagtaaaaaaattcactctttgttatagtattttatat |
1429617 |
T |
|
| Q |
321 |
atacagactcagattcatagaactttaatgccattgtcttttataatttgagagttggaatcaagaagagtttccaatgatctttttgatttcctgttcc |
420 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429618 |
atacagactcagattcatagaactttaatgccattgtcttttataatttgagagttggaatcaagaagagtttccaatgatctttttgatttcctgttcc |
1429717 |
T |
|
| Q |
421 |
tagctcgccccgcttcttttaacagctcggctaacctacgtttctcatcatcgacatcagggttcgctgttcctagcttctcttctctcattccaactac |
520 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429718 |
tagctcgccccgcttcttttaacagctcggctaacctacgtttctcatcatcgacatcagggttcgctgttcctagcttctcttctctcattccaactac |
1429817 |
T |
|
| Q |
521 |
atattccaacatttcaatggcatcatccactctgcaaatcattataattaccaagaaatgttagcaattaaaaccacaaaaattctagtactcgacaaaa |
620 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429818 |
atattccaacatttcaatggcatcatccactctgcaaatcattataattaccaagaaatgttagcaattaaaaccacaaaaattctagtactcgacaaaa |
1429917 |
T |
|
| Q |
621 |
ctatgttatatatgtcgatgttattcagcttgtaatattttatttgacatggtataaatataaaacaatgcattggtaaaacactgatgaaccgatataa |
720 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1429918 |
ctatgttatgtatgtcgatgttattcagcttgtaatattttatttgacatggtataaatactgtacaatgcattggtaaaacactgatgaaccgatataa |
1430017 |
T |
|
| Q |
721 |
tcgaaactgcacatgagaccgagatagtactgtactatgtcgagatcagaacaataaaatgtaacgagatttaagggtcaatgatgatgt |
810 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
1430018 |
tcgaaactgcacatgagaccgagatagtactgtactatgtcgagatcagaacaataaaatgtaacgagatttaagggtcaatgacgatgt |
1430107 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 353 - 810
Target Start/End: Original strand, 8063677 - 8064131
Alignment:
| Q |
353 |
attgtcttttataatttgagagttggaatcaagaagagtttccaatgatctttttgatttcctgttcctagctcgccccgcttcttttaacagctcggct |
452 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | || || ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
8063677 |
attgtcttttataatttgagagtttgaatcaagaagagtttccaacgatctttttgatttcctgtttcttgatcttcctgcttcttttaacaactcggcc |
8063776 |
T |
|
| Q |
453 |
aacctacgtttctcatcatcgacatcagggttcgctgttcctagcttctcttctctcattccaactacatattccaacatttcaatggcatcatccactc |
552 |
Q |
| |
|
||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8063777 |
aacctgcatttttcatcgtcgacatcagggtttgctgttcctagattctcttctctcattccaactacatattccaacatttcaatggcatcatccactc |
8063876 |
T |
|
| Q |
553 |
tgcaaatcattataattaccaagaaatgttagcaattaaaaccacaaaaattctag--tactcgacaaaactatgttatatatgtcgatgttattcagct |
650 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8063877 |
tgcaaatcattataattaacaaaaaatgttagcaattaaaacctaaataattctagtatactcgacaaaactatgttatatatgtcgatgttattcagct |
8063976 |
T |
|
| Q |
651 |
tgtaatattttatttgacatggtataaatataaaacaatgcattggtaaaacactgatgaaccgatataatcgaaactgcacatgagaccgagatagtac |
750 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
8063977 |
tgtaatatgttatatgacatggtataaatataaaacaatgcattagtaaaacatggatgaaccgatataatccaaactggacataagatcgagata---- |
8064072 |
T |
|
| Q |
751 |
tgtactatgtcgagatcagaacaataaaatgtaacgagatttaagggtcaatgatgatgt |
810 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
8064073 |
-gcaccatgtcgagatcagaacaataaaaagtaaggagatttaagggtcaatgacgatgt |
8064131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University