View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1912_low_1 (Length: 774)

Name: NF1912_low_1
Description: NF1912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1912_low_1
NF1912_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-757)||(30103999-30104746)
chr7 (217-736)||(30114418-30114937)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 757
Target Start/End: Original strand, 30103999 - 30104746
Alignment:
Q  7 gtgagaagaactaaaccatctctttaaacactgaaaacaattgaagtgtaactcatttcttgtcttcactagaaacttaatcatggaacttcacaaccac 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30103999 gtgataagaactaaaccatctctttaaacactgaaaacaattgaagtgtaactcatttcttgtcttctctagaaacttaatcatggaactttacaactac 30104098  T
Q  107 attcttcactttacagttctgttcctatgtatgttttctcagttattcaactgccaacaagtttacctcaatggcactgtctttgactgcactaacacca 206  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||     
T  30104099 attcttcacttcacagttctgttcctatgcatgttttctcagttattcaactgccagcaagtatacctcaataacactgtctttgactgcactaacccc- 30104197  T
Q  207 cctcttctgtaccaaaaggatacctctgcaatggccttaaaaagtcatgtacttcctttttagttttcaagtcaaaacctctctatgataaccctacaaa 306  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30104198 --tctactgtaccaaaaggatacctctgcaatggccttaaaaaatcatgtacttcctttttagttttcaagtcaaaacctctctatgataaccctacaaa 30104295  T
Q  307 aattgcctaccttcttcgctctgaagcatcagccatagcctcaatcaataagatccctttaaatgaaaagattccttcaaataaatcaatcattgtccca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30104296 aattgcctaccttcttcgctctgaagcatcagccatagcctcaatcaataagatccctttaaatgaaaagattccttcaaataaatcaatcattgtccca 30104395  T
Q  407 gtcttttgttcatgtgatggaaatatctaccagcatagtacatcttacactgtaaagcagaatgatacttactatgagttggtaaaagaaacttaccaag 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30104396 gtcttttgttcatgtgatggaaatatctaccagcatagtacatcttactctgtaaagcagaatgatacttactatgagttggtaaaagaaacttaccaag 30104495  T
Q  507 gccttacaacctgccaggcattgatgggtcagaactactatgctcctgtcttaattcaacttgatgctgagctcacagttccaatactatgtgcttgtcc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30104496 gccttacaacctgccaggcattgatgggtcagaactactatgctcctgtctcaattcaacttgatgctgagctcacagttccaatactatgtgcttgtcc 30104595  T
Q  607 cacagcaaacctgacggcaaaaggggttacctccttactcgttcacatggtgaactatggtgaaacggttaagtcaataggagaagcttatggggttgat 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30104596 cacagcaaacctgacggcaaaaggggttacctccttactcgttcacatggtgaactatggtgaaacggttaagtcgataggagaagcttatggtgttgat 30104695  T
Q  707 gaacatagtatgcgagaggccaatgagttgtcagggctgcagagtgcaaac 757  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30104696 gaacatagtatgcgagaggccaatgagttgtcagggctgcaaagtgcaaac 30104746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 217 - 736
Target Start/End: Original strand, 30114418 - 30114937
Alignment:
Q  217 accaaaaggatacctctgcaatggccttaaaaagtcatgtacttcctttttagttttcaagtcaaaacctctctatgataaccctacaaaaattgcctac 316  Q
    ||||||||||||||| |||||| | | | |||| ||||| | ||| || |||  ||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  30114418 accaaaaggatacctatgcaatagtcctcaaaactcatgcaattcattcttaactttcaggtcaaaaccttcttatgacaaccctacaagtattgcttac 30114517  T
Q  317 cttcttcgctctgaagcatcagccatagcctcaatcaataagatccctttaaatgaaaagattccttcaaataaatcaatcattgtcccagtcttttgtt 416  Q
    |||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||| || ||| |   |||||||||  ||||  | |||||| |||||||||||||  |||| || |    
T  30114518 cttcttggctcagaagcatcgaccatagcctcaatcaacaacatctcaagaaatgaaaaacttccaaccaataaaacaatcattgtccctatcttgtgct 30114617  T
Q  417 catgtgatggaaatatctaccagcatagtacatcttacactgtaaagcagaatgatacttactatgagttggtaaaagaaacttaccaaggccttacaac 516  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||  |  |   |||||| |||| | | |||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  30114618 catgttctggaaatatctaccaacataacactccttacactgtccaaaaaggtgatacatactttcacttggtaaatgaaacttaccaaagcctcacaac 30114717  T
Q  517 ctgccaggcattgatgggtcagaactactatgctcctgtcttaattcaacttgatgctgagctcacagttccaatactatgtgcttgtcccacagcaaac 616  Q
     || || || |||| ||||||||| || |||||| |||     |||  | ||| ||| ||| | ||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||      
T  30114718 atgtcaagctttgaagggtcagaattattatgcttctgaaaacattgcaattggtgccgaggtaacagttccagtactttgtgcttgtcctacaacaaca 30114817  T
Q  617 ctgacggcaaaaggggttacctccttactcgttcacatggtgaactatggtgaaacggttaagtcaataggagaagcttatggggttgatgaacatagta 716  Q
    | || ||| |||||| | || ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |    
T  30114818 cagatggcgaaagggatcacttccttgctggtttacatagtgaactatggtgaaactgttaagtctataggagaggcttatggtgttgatgaacaaagca 30114917  T
Q  717 tgcgagaggccaatgagttg 736  Q
    |   |||||| |||||||||    
T  30114918 tattagaggcaaatgagttg 30114937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University