View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19133_high_16 (Length: 382)

Name: NF19133_high_16
Description: NF19133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19133_high_16
NF19133_high_16
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (11-364)||(33608950-33609303)
chr3 (11-364)||(33618125-33618478)
chr3 (21-364)||(33627340-33627683)
chr3 (11-365)||(33588233-33588587)
chr3 (11-365)||(33595405-33595759)
chr3 (11-365)||(33602536-33602890)
chr3 (21-245)||(33622433-33622657)
chr3 (24-114)||(33562979-33563069)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33609303 - 33608950
Alignment:
Q  11 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33609303 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 33609204  T
Q  111 tattccctttttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 210  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33609203 tactccctttttaatatggttttaaagggctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 33609104  T
Q  211 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  33609103 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttgggtgtgtccgatatgaggaaggaaccaattgt 33609004  T
Q  311 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgt 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33609003 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgt 33608950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33618478 - 33618125
Alignment:
Q  11 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 110  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33618478 cacagagtgaaagaggttgggtgaataaaaggctacaatattgatccctgtaagctgttggaaaaacgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 33618379  T
Q  111 tattccctttttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||| |||| |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  33618378 tattccctttttaatatggttttaaagggctcttgttgcactgatttcgcaatttctgtccacttgataagttcttctaactcgggttcaatatcaaccg 33618279  T
Q  211 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |  ||||||||||| || |||| ||| ||||| || || |||||||||||||| || ||    
T  33618278 aggatcctctaattttgcgtaaggcttgtttggcttgctctatcttaccacgttctaccaagccgtttggtgtatcggtaatgaggaaggaaccgattgt 33618179  T
Q  311 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgt 364  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  33618178 catcacagctgcaggaaccactgcaagtccaagagagagtctccatccccatgt 33618125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33627683 - 33627340
Alignment:
Q  21 aagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcgatattcccttt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  33627683 aagaggttaggtgaatagaaagcaataatgttgatccctgtaacttgttgaaaaaacgggattgctatcgccattaccaagtgaggtcgatactcccttt 33627584  T
Q  121 ttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactgaggatcctct 220  Q
    | |||||||||||||||| |||||| |  |  |||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  33627583 tgaatatggttttaaagggctcttgttgcagtgattttgcaatttttgttgacctaataagttcttctaactcaggttcaatatcaatggaagatcctct 33627484  T
Q  221 aattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgtcatcactatt 320  Q
     |||||| |||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||   |    
T  33627483 gattttgtgtaatgcttttttggcttgctctatcttaccacgttcgactaagctgttgggtgtgtcagttatgaggaaggcaccaattgtaattacagct 33627384  T
Q  321 gcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgt 364  Q
    ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  33627383 gcaggcacaactgcaagtccaagagagagtctccatccccatgt 33627340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33588587 - 33588233
Alignment:
Q  11 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 110  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33588587 cacagattgaaagaggtttggtgaatagaaagcgacaatgttgatccctgtaaactgttgaaaaaatgggattgaaaatgccatgaccaagtgaggtcga 33588488  T
Q  111 tattccctttttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 210  Q
    ||||  || | |||||||||  |||| | |||||| |  || | ||| | || |||| |  ||||||  |||||||||||||| || |||| |||||  |    
T  33588487 tattgtctctctaatatggtcataaatggctcttgttgcactgctttcgaaatttctgtccacttaaagagttcttctaactcgggctcaacatcaatgg 33588388  T
Q  211 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgt 310  Q
    | |||||||| |||||  | || |||||  | ||||| || |  || ||||||||||| |||||| | |||||||| | ||||||||||| |||||| ||    
T  33588387 atgatcctctgattttttgcaatgctttcctggcttggtctatcttgccacgttcaaccaagctgctgggtgtgtcggatatgaggaaggcaccaattgt 33588288  T
Q  311 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgtt 365  Q
    ||||||   | |||| |||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||    
T  33588287 catcacggcttcaggcaccactgctagtccaagagagagtcgccagccccatgtt 33588233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33595759 - 33595405
Alignment:
Q  11 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 110  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33595759 cacagattgaaagaggtttggtgaatagaaagcgacaatgttgatccctgtaaactgttgaaaaaatgggattgaaaatgccatgaccaagtgaggtcga 33595660  T
Q  111 tattccctttttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 210  Q
    ||||  || |  ||||||||  |||| | |||||| |  || | ||| | || |||| |  ||||||  |||||||||||||| || |||| |||||  |    
T  33595659 tattgtctctcaaatatggtcataaatggctcttgttgcactgctttcgaaatttctgtccacttaaagagttcttctaactcgggctcaacatcaatgg 33595560  T
Q  211 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgt 310  Q
    | |||||||| |||||  | || |||||  | ||||| || |  || ||||||||||| |||||| | |||||||| | ||||||||||| |||||| ||    
T  33595559 atgatcctctgattttttgcaatgctttcctggcttggtctatcttgccacgttcaaccaagctgctgggtgtgtcggatatgaggaaggcaccaattgt 33595460  T
Q  311 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgtt 365  Q
    ||||||   | |||| |||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||    
T  33595459 catcacggctccaggcaccactgctagtccaagagagagtcgccagccccatgtt 33595405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33602890 - 33602536
Alignment:
Q  11 cacagaatggaagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcga 110  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33602890 cacagattgaaagaggtttggtgaatagaaagcgacaatgttgatccctgtaaactgttgaaaaaatgggattgaaaatgccatgaccaagtgaggtcga 33602791  T
Q  111 tattccctttttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactg 210  Q
    ||||  || |  ||||||||  |||| | |||||| |  || | ||| | || |||| |  ||||||  |||||||||||||| || |||| |||||  |    
T  33602790 tattgtctctcaaatatggtcataaatggctcttgttgcactgctttcgaaatttctgtccacttaaagagttcttctaactcgggctcaacatcaatgg 33602691  T
Q  211 aggatcctctaattttgcgtaaggcttttttagcttgctcgagtttaccacgttcaactaagctgttcggtgtgtccgttatgaggaaggaaccaatcgt 310  Q
    | |||||||| |||||  | || |||||  | ||||| || |  || ||||||||||| |||||| | |||||||| | ||||||||||| |||||| ||    
T  33602690 atgatcctctgattttttgcaatgctttcctggcttggtctatcttgccacgttcaaccaagctgctgggtgtgtcggatatgaggaaggcaccaattgt 33602591  T
Q  311 catcactattgcaggaaccactgcaagtccaagcgaaagtctccatccccatgtt 365  Q
    ||||||   | |||| |||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||    
T  33602590 catcacggctccaggcaccactgctagtccaagagagagtcgccagccccatgtt 33602536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 33622657 - 33622433
Alignment:
Q  21 aagaggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcgatattcccttt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||  |||| |||| | | |||||| || ||||| |  |  |||||| |||| || ||||    
T  33622657 aagaggttaggtgaatagaaagcaacaatgttgttccctgtaacatgttcgaaacacgagattgctaaggccattaaaatctgaggttgatactctcttt 33622558  T
Q  121 ttaatatggttttaaaggcctcttggttaaccgattttgcaagttctattgacttaataagttcttctaactcaggttcaatatcaactgaggatcctct 220  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||  || || |||||| ||| || | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  33622557 ttagtatggttttaaagggatctttttttactgattttacaatttgtgttgacttaatatgttcttcaaactcaggttcaatatcaatggaggatccttt 33622458  T
Q  221 aattttgcgtaaggcttttttagct 245  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||    
T  33622457 gattatgcgtaaggctttttcagct 33622433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 33563069 - 33562979
Alignment:
Q  24 aggttaggtgaatagaaagcgacgatgttgatcccggtaagttgttggaaaaatgggattgcaaatgccatcaccaagtgaggtcgatatt 114  Q
    |||||||||| |||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||  || || |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  33563069 aggttaggtgcatagaatgcaaccatgttgatccccgtgagttgttgaaaaagcggaatagcaactgctatcaccaagtgaggtcgatatt 33562979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University