View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19141_low_17 (Length: 336)

Name: NF19141_low_17
Description: NF19141
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19141_low_17
NF19141_low_17
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-336)||(11994996-11995305)
chr2 (18-336)||(12247623-12247934)
chr2 (113-229)||(32682381-32682497)
chr2 (75-197)||(9423384-9423506)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (28-278)||(42116967-42117217)
chr5 (59-333)||(42128062-42128332)
chr5 (28-309)||(42122687-42122965)
chr5 (18-274)||(34233388-34233641)
chr5 (18-274)||(34241161-34241414)
chr5 (73-271)||(41714170-41714368)
chr5 (72-270)||(41618304-41618502)
chr5 (72-215)||(41572665-41572808)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (28-278)||(25523639-25523889)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-306)||(11117347-11117638)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (28-278)||(8522341-8522588)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 11994996 - 11995305
Alignment:
18 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
11994996 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattgga 11995095  T
118 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11995096 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 11995195  T
218 gaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtcttattgttgtttgtggtt 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||| |||||||||||||||||||||||    
11995196 gaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatca---------aatgtcttagtcttattgttgtttgtggtt 11995286  T
318 attttctctattgtgtgtt 336  Q
    |||||||||||||||||||    
11995287 attttctctattgtgtgtt 11995305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 12247934 - 12247623
Alignment:
18 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattgga 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||||  ||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
12247934 aaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttcacttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattgga 12247835  T
118 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12247834 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 12247735  T
218 gaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtcttattgttgtttgtggtt 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
12247734 gaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtctt-------gttgtggtt 12247642  T
318 attttctctattgtgtgtt 336  Q
    |||||||||||||||||||    
12247641 attttctctattgtgtgtt 12247623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 113 - 229
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682497
Alignment:
113 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
213 taaaagaagagtgaaaa 229  Q
    ||| |||||||||||||    
32682481 taagagaagagtgaaaa 32682497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 197
Target Start/End: Original strand, 9423384 - 9423506
Alignment:
75 tgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattgga 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||| |||| ||| ||| | |||||||||    
9423384 tgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaattgga 9423483  T
175 aagtctagatggcttgtgatgat 197  Q
    ||| ||||||||| |||||||||    
9423484 aagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 42117217 - 42116967
Alignment:
28 ggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtg 127  Q
    ||||||||||| | |||| ||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
42117217 ggacctgaacatcattctccaatttcagccaacaacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtg 42117118  T
128 gatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaa 227  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
42117117 gatttgtgattggaataggcattggatattttatgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaa 42117018  T
228 aaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatca 278  Q
    ||| ||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
42117017 aagaagaacaagaatgagaaggaaccatggtacaaccatgaatcagaatca 42116967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 59 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 42128332 - 42128062
Alignment:
59 acaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattg 158  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||     
42128332 acaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatatta 42128233  T
159 catgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggt 258  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||   ||||||    
42128232 tatgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggt 42128133  T
259 gcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtcttattgttgtttgtggttattttctctattgtgt 333  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||| ||||||    || | |||||||||||||||||||    
42128132 tcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattg----ttctagttattttctctattgtgt 42128062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 42122965 - 42122687
Alignment:
28 ggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtg 127  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||   | || |||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||    
42122965 ggacctgaacaacattctccaccttcagccaagaac---tcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtg 42122869  T
128 gatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaa 227  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||     
42122868 gatttgtgattggaatatgcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtccgcctaagagaagagtgac 42122769  T
228 aaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtcttattgttgt 309  Q
    ||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||| ||||||||||    
42122768 aaggagaacaagagtgaggagggcacatggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgt 42122687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Original strand, 34233388 - 34233641
Alignment:
18 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattgga 117  Q
    |||||| || ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||     
34233388 aaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggt 34233484  T
118 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |    
34233485 tatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaaga 34233584  T
218 gaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcaga 274  Q
    |||||||||| |||||| ||  |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||    
34233585 gaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcaga 34233641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Original strand, 34241161 - 34241414
Alignment:
18 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattgga 117  Q
    |||||| || ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||     
34241161 aaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggt 34241257  T
118 tatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |    
34241258 tatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaaga 34241357  T
218 gaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcaga 274  Q
    |||||||||| |||||| ||  |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||    
34241358 gaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcaga 34241414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 73 - 271
Target Start/End: Original strand, 41714170 - 41714368
Alignment:
73 agtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattg 172  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||| || |    
41714170 agtgcagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcg 41714269  T
173 gaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatc 271  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||| ||||| |||| |||| | ||||| ||||||||||||    
41714270 gaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatc 41714368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 270
Target Start/End: Original strand, 41618304 - 41618502
Alignment:
72 gagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaatt 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||   |||| ||||||    
41618304 gagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaatt 41618403  T
172 ggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaat 270  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||   |||||||| ||||||  |||||||||| || |  |||||  |||||||||||    
41618404 ggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagtgacaaggagcacaagagtgaggagaactcatggctcaaccatgaat 41618502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 215
Target Start/End: Original strand, 41572665 - 41572808
Alignment:
72 gagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaatt 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||   |||| ||||      
41572665 gagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaacc 41572764  T
172 ggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaa 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||    
41572765 ggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaa 41572808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Original strand, 25523639 - 25523889
Alignment:
28 ggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtg 127  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||    
25523639 ggacttgaacaacattctccaccttcacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtg 25523738  T
128 gatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaa 227  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||    
25523739 gatttctgattggaataggcattggatattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaa 25523838  T
228 aaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatca 278  Q
    ||  ||  ||||| |||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||    
25523839 aaaaaggacaagaatgaggaggaatcatggtacagccatgaatcagaatca 25523889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11117638 - 11117347
Alignment:
18 aaagaagtgcggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacag---cttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaatt 114  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||     || || || ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
11117638 aaagaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaatt 11117539  T
115 ggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagccta 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
11117538 ggatatgcatgtggatttgtgattggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagccta 11117439  T
215 aaagaagagtgaaaaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagtcttattgt 306  Q
    | |||||||||| ||||||| |||||||||| ||    |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||| |||||||    
11117438 agagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagcgcacatggttcaaacatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgt 11117347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 8522588 - 8522341
Alignment:
28 ggacctgaacaacgttctgcaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaatggtggcaattggatatggatgtg 127  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||   ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||    
8522588 ggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaac---ttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtg 8522492  T
128 gatttgtgattggaataggcctcggatattgcatgtttttaattggaaagtctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaa 227  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
8522491 gatttgtgattggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaa 8522392  T
228 aaggagagcaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatca 278  Q
    ||| ||  ||||| |||  ||||||||  || ||| || ||||||||||||    
8522391 aagaaggacaagaatgacgaggaaccaaagttcaatcacgaatcagaatca 8522341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University