View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19145_high_3 (Length: 674)
Name: NF19145_high_3
Description: NF19145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19145_high_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 660
Target Start/End: Original strand, 37332728 - 37333372
Alignment:
| Q |
16 |
cattatggagtgattgcatatgtgattgggaacactttttcgtcaattccattcattttattggttacaataattccagcagctataacttattacctcc |
115 |
Q |
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| T |
37332728 |
cattatggagtgattgcatatgtgattgggaacactttttcatcaataccattcattttattggttacaataattccagcagctataacttattacctcc |
37332827 |
T |
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| Q |
116 |
ctggtctacagaaaggatttgaacactttttgtactttgccagtgttttattttctagcctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagttgcaagcat |
215 |
Q |
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| T |
37332828 |
ctggtctacagaaaggatttgaacactttttgtacttcgctagtgttttattttctagcctaatgttagtggagggtcttatgatgatagttgcaagcat |
37332927 |
T |
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| Q |
216 |
tgtccctaactatctcatgggaatcataactggtgctggaattcaaggaatcatgatgttggttggagggttctttaaattgccacatgaaatccctaag |
315 |
Q |
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| T |
37332928 |
tgtccctaattatctaatgggaattataactggtgctggaattcaaggaatcatgatgttggttggagggttctttaaattgccacatgaaatccctaag |
37333027 |
T |
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| Q |
316 |
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415 |
Q |
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| T |
37333028 |
ccattttggaggtatccactacactatgttgcatttcattcatatgtatttgaaggattgttcaagaatgagtatgaaggactaagatttgatattaaaa |
37333127 |
T |
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| Q |
416 |
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515 |
Q |
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| T |
37333128 |
atggacaaggcacaaatagttacatcactggtgaagaggttttgagggatacttggcaaagtaacatgagttactcaaaatgggttgatcttgcaatttt |
37333227 |
T |
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| Q |
516 |
gctagggatgattgttttgtatcgagttttgttccttattatcatcaaggttacggagaaggtgaagcctattgttggatcattgttatcttgtatggtt |
615 |
Q |
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| T |
37333228 |
gctagggatgattgttttgtatcgagttttgttccttattatcatcaaggttacggagaaggtgaagcctattgttggatcattgttatcttgtatggtc |
37333327 |
T |
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| Q |
616 |
gtgtctcccaatacaacaatacatgttgtggagaaggatgatgct |
660 |
Q |
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| T |
37333328 |
gtgtctcccaatacaacaatacatgttgtggagaaggatgatgct |
37333372 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 660
Target Start/End: Original strand, 37323519 - 37324157
Alignment:
| Q |
16 |
cattatggagtgattgcatatgtgattgggaacactttttcgtcaattccattcattttattggttacaataattccagcagctataacttattacctcc |
115 |
Q |
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| T |
37323519 |
cattatggtgtgattgcatatgtgattgggaacactttttcgtcaattccattcattttattggttacaataattccagcagctataacttattacctcc |
37323618 |
T |
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| Q |
116 |
ctggtctacagaaaggatttgaacactttttgtactttgccagtgttttattttctagcctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagttgcaagcat |
215 |
Q |
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| T |
37323619 |
ctggtctacagaaaggatttgaacactttttgtactttgctagtgttttattttctagcctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagttgcaagcat |
37323718 |
T |
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| Q |
216 |
tgtccctaactatctcatgggaatcataactggtgctggaattcaaggaatcatgatgttggttggagggttctttaaattgccacatgaaatccctaag |
315 |
Q |
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| T |
37323719 |
tgtccctaactatctcatgggaatcataactggtgctggaattcaaggaatcatgattttggttggagggttctttaaattgccacatgaaattcctaag |
37323818 |
T |
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| Q |
316 |
ccattttggaggtatccactacactatgttgcatttcattcatatgtatttgaaggattgttcaagaatgagtatgaaggactaagatttgatattaaaa |
415 |
Q |
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| T |
37323819 |
ccattttggagatatccactacactatgttgcatttcatacatatggatttgaaggattgttcaagaatgagtatgaagggttaatattttctactaaaa |
37323918 |
T |
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| Q |
416 |
atggacaaggcacaaatagttacatcactggtgaagaggttttgagggatacttggcaaagtaacatgagttactcaaaatgggttgatcttgcaatttt |
515 |
Q |
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| T |
37323919 |
acggacaaggcacaaatggttacattagtggtgaagaggttttgagagatatttggcaaagtaacatgagttactcaaaatgggttgatcttgcaatttt |
37324018 |
T |
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| Q |
516 |
gctagggatgattgttttgtatcgagttttgttccttattatcatcaaggttacggagaaggtgaagcctattgttggatcattgttatcttgtatggtt |
615 |
Q |
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| T |
37324019 |
gctagggatgattgttttgtatcgagttttgtttcttgttattatcaaaattacagagaaggtgaagcctattattggaccattattatcttgca----- |
37324113 |
T |
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| Q |
616 |
gtgtctcccaatacaacaatacatgttgtggagaaggatgatgct |
660 |
Q |
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| T |
37324114 |
-tgtcacccaatacaacaatacatgttgtggagaagcctgatgct |
37324157 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 19542878 - 19542286
Alignment:
| Q |
16 |
cattatggagtgattgcatatgtgattgggaacactttttcgtcaattccattcattttattggttacaataattccagcagctataacttattacctcc |
115 |
Q |
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| T |
19542878 |
cattatggtgtgattgcttatgtgattgggaacactttttcctcgattccgttcatttttttggttacaatgattcccgcagctataacttattacctct |
19542779 |
T |
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| Q |
116 |
ctggtctacagaaaggatttgaacactttttgtactttgccagtgttttattttctagcctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagttgcaagcat |
215 |
Q |
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| T |
19542778 |
ctggtcttcacaatggatccgaacactttttgtacttcgctgcagttttattttcgagtctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagtagcaagcgt |
19542679 |
T |
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| Q |
216 |
tgtccctaactatctcatgggaatcataactggtgctggaattcaaggaatcatgatgttggttggagggttctttaaattgccacatgaaatccctaag |
315 |
Q |
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| T |
19542678 |
tgtccctaaccatctaatgggaatcataactggtgctggaatccaagcaatcatgattttaattggagggttctttaaattgccacatgatcttcctaag |
19542579 |
T |
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| Q |
316 |
ccattttggaggtatccactacactatgttgcatttcattcatatgtatttgaaggattgttcaagaatgagtatgaaggactaagatttgatattaaaa |
415 |
Q |
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| T |
19542578 |
ccaatttggcgatatccattacattatgttgcttttcatacatattcctttgaaggattgtttaagaatgagtatgaaggactaagatttaatgtaaaaa |
19542479 |
T |
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| Q |
416 |
atggacaaggcacaaatagttacatcactggtgaagaggttttgagggatacttggcaaagtaacatgagttactcaaaatgggttgatcttgcaatttt |
515 |
Q |
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| T |
19542478 |
agggacaaggcactagtaattacattactggtgaagagattttgagagatatttggcaaagtgacatgagttactctaaatgggttgatcttggaatttt |
19542379 |
T |
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| Q |
516 |
gctagggatgattgttttgtatcgagttttgttccttattatcatcaaggttacggagaaggtgaagcctattgttggatcattgttatcttg |
608 |
Q |
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| T |
19542378 |
gcttgggatgattgttttgtatcgagttttgttccttgttataaccaagattacagagaaagtgaagcctgttcttggatcattgttaacttg |
19542286 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 164 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 37345361 - 37345199
Alignment:
| Q |
164 |
tattttctagcctaatgttggtggaaagtcttatgatgatagttgcaagcattgtccctaactatctcatgggaatcataactggtgctggaattcaagg |
263 |
Q |
| |
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| T |
37345361 |
tattttcttgtctaatgttagtggagagtcttatgatgatagttgcaagcattgttcctgattttctaatgggaattataactggtgctggaattcaagg |
37345262 |
T |
|
| Q |
264 |
aatcatgatgttggttggagggttctttaaattgccacatgaaatccctaagccattttggag |
326 |
Q |
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| T |
37345261 |
aatcatgatgttggctggtggattctttagattgccaaatgatcttcctaatccattttggag |
37345199 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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